Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8255
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8255, 317 aa
1>>>pF1KB8255 317 - 317 aa - 317 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2516+/-0.00118; mu= 4.8810+/- 0.068
mean_var=147.0173+/-31.734, 0's: 0 Z-trim(105.2): 216 B-trim: 3 in 1/48
Lambda= 0.105777
statistics sampled from 8026 (8293) to 8026 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.623), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 1.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 2171 343.6 1.2e-94
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 425 77.2 2e-14
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 416 75.9 6.4e-14
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 411 75.0 8.5e-14
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 405 74.1 1.7e-13
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 393 72.3 5.7e-13
CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 369) 392 72.2 7.1e-13
CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 ( 410) 388 71.6 1.2e-12
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 364 67.9 1.3e-11
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 363 67.7 1.4e-11
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 364 67.9 1.5e-11
CCDS55863.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1194) 371 69.4 1.6e-11
CCDS9070.1 APAF1 gene_id:317|Hs108|chr12 (1205) 371 69.4 1.6e-11
CCDS75899.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 266) 360 67.2 1.6e-11
CCDS11291.1 NLE1 gene_id:54475|Hs108|chr17 ( 485) 348 65.6 9.2e-11
>>CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 (317 aa)
initn: 2171 init1: 2171 opt: 2171 Z-score: 1812.7 bits: 343.6 E(32554): 1.2e-94
Smith-Waterman score: 2171; 100.0% identity (100.0% similar) in 317 aa overlap (1-317:1-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALR
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CCDS34 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDIINALC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDIINALC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FSPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FSPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFA
250 260 270 280 290 300
310
pF1KB8 GYTDNLVRVWQVTIGTR
:::::::::::::::::
CCDS34 GYTDNLVRVWQVTIGTR
310
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 273 init1: 204 opt: 425 Z-score: 372.5 bits: 77.2 E(32554): 2e-14
Smith-Waterman score: 435; 32.2% identity (61.2% similar) in 289 aa overlap (30-312:13-284)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALR
. ::.: ... : . .. ::.. . .:
CCDS30 MATKESRDAKAQLALSSSANQS----KEVPENPNYAL-KCTLV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 GHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQI
::.. ::.: .: .:.. :.: : . .: : . . ::. .. .::.:::. ..
CCDS30 GHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB8 VSGSRDKTIKLWNTL-GVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNL
::.: :::.:::.. : : :.. .::..: : :.: :. .:.: ..:. ::.:..
CCDS30 VSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLK--GHSNYVFCCNFNPPSN--LIISGSFDETVKIWEV
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTL--DGGDIIN
. : . .:. ...: . .::: .::. :: .:: :. : :: : . ..
CCDS30 KTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVS
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 ALCFSPN-RYWLCAATGPSIKIWDL-EGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADG
. :::: .: : :. ..:.:: .:. :: :. : : : .:. :
CCDS30 FVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSRGRC----LKTY---TGHKNEK-YCIFANFSVTG
220 230 240 250 260
300 310
pF1KB8 -QTLFAGYTDNLVRVWQVTIGTR
. . .: :::: .:..
CCDS30 GKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISAACHPTENLIASAALENDKTIKLW
270 280 290 300 310 320
>>CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 (436 aa)
initn: 564 init1: 159 opt: 416 Z-score: 363.4 bits: 75.9 E(32554): 6.4e-14
Smith-Waterman score: 426; 31.0% identity (60.4% similar) in 268 aa overlap (51-311:4-256)
30 40 50 60 70
pF1KB8 IATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALR--GHSHFVSDVVISSDGQFA
:. :: : ::. :..: .: :..
CCDS55 MLWNFKPHARAYRYVGHKDVVTSVQFSPHGNLL
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 LSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLGVC
:.: : :.::: .: .:: : :: ::.:.. ....:.::.::.: ..
CCDS55 ASASRDRTVRLWIPDKRGKFSEFKAHTAPVRSVDFSADGQFLATASEDKSIKVW-SMYRQ
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 KYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTV
.. . :..:: :..:::.. .::::. :: .:.:. .: . .: .:. : :
CCDS55 RFLYSLYRHTHWVRCAKFSPDGR--LIVSCSEDKTIKIWDTTNKQCVNNFSDSVGFANFV
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 TVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGK---HLYTLDGGDIINALCFSPN-RYWLCAATGP
.:.:. ::.:.: . .::. .: : . .:: .: . : :. : . :..
CCDS55 DFNPSGTCIASAGSDQTVKVWDVRVNKLLQHYQVHSGG--VNCISFHPSGNYLITASSDG
160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 SIKIWDL-EGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVT
..:: :: ::..: . .... : ....: :. . .: .:. : .:.
CCDS55 TLKILDLLEGRLIY--------TLQGHTGP--VFTVSFSKGGELFASGGADTQVLLWRTN
210 220 230 240 250
pF1KB8 IGTR
CCDS55 FDELHCKGLTKRNLKRLHFDSPPHLLDIYPRTPHPHEEKVETVEINPKLEVIDLQISTPP
260 270 280 290 300 310
>>CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 (315 aa)
initn: 441 init1: 195 opt: 411 Z-score: 361.2 bits: 75.0 E(32554): 8.5e-14
Smith-Waterman score: 411; 30.0% identity (58.4% similar) in 303 aa overlap (14-308:20-301)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGI
:.: :.. : .:. .:.:..:.: . : :: :
CCDS75 MNSGVPATLAVRRVKFFGQHGGEVNSSAFSPD-GQMLLTGSEDGCVYGW-----ETRSGQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFS
: ::. :. .: ::.. :.: : :.::::.. . : . :: ..: .:.::
CCDS75 LLWRLGGHTGPVKFCRFSPDGHLFASASCDCTVRLWDVARAKCLRVLKGHQRSVETVSFS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 SDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLG--VCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDK
:.::..::. :: . ::.. . . . : .: . .. :::. . ... .::.
CCDS75 PDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRLLV---GHRDSIQSSDFSPTVNC--LATGSWDS
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB8 LVKVWNLANCKLKTNHI---GHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYT
:..:.: ..: ::.. .. . : .: : :::. : .: . .. :
CCDS75 TVHIWDLRMVTPAVSHQALEGHSANISCLCYSASG-LLASGSWDKTIHIWKPTTSSLLIQ
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 LDGG-DIINALCFSPNRYWLCAATGPS--IKIWDLEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQC
: : .... :::.. :: :..: : .:.:: . .. ::: :.... :
CCDS75 LKGHVTWVKSIAFSPDELWL-ASAGYSRMVKVWDCNTGKCLETLKQGVLDVAHT-----C
230 240 250 260 270 280
290 300 310
pF1KB8 TSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTIGTR
:.. ::. : .: .:. :
CCDS75 ---AFTPDGKILVSGAADQTRRQISRTSKSPRDPQT
290 300 310
>>CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 (340 aa)
initn: 333 init1: 221 opt: 405 Z-score: 355.8 bits: 74.1 E(32554): 1.7e-13
Smith-Waterman score: 405; 31.5% identity (60.0% similar) in 260 aa overlap (56-310:48-297)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 QFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDG
.:.:::: . . ..:... .:.: ::
CCDS85 IADARKACADVTLAELVSGLEVVGRVQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWATDSKLLVSASQDG
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 TLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTL---GVCKYTV
: .:: : . .. . ... :.. :.. .. .. :. :. ...: : : .
CCDS85 KLIVWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNFVACGGLDNMCSIYNLKSREGNVKVSR
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 QDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSP
. .:. ..:: :: . : :..: : : .:.. . . :: .:::: ...:::
CCDS85 ELSAHTGYLSCCRFLDD--NNIVTSSG-DTTCALWDIETGQQKTVFVGHTGDCMSLAVSP
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 DGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHLYTLDGGDI-INALCFSPNRYWLCAATGP-SIKIWD
: .: ::. :..: :::. :: :. : . :::.:: :: .:... : ...:
CCDS85 DFNLFISGACDASAKLWDVREGTCRQTFTGHESDINAICFFPNGEAICTGSDDASCRLFD
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310
pF1KB8 LEGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTIGTR
:.. ::.: : .. ::.:.: .:. ::::: : ::
CCDS85 LRA-------DQELICFSHESIICGITSVAFSLSGRLLFAGYDDFNCNVWDSMKSERVGI
260 270 280 290 300
CCDS85 LSGHDNRVSCLGVTADGMAVATGSWDSFLKIWN
310 320 330 340
>>CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 (314 aa)
initn: 443 init1: 195 opt: 393 Z-score: 346.4 bits: 72.3 E(32554): 5.7e-13
Smith-Waterman score: 408; 29.4% identity (57.4% similar) in 282 aa overlap (11-285:59-313)
10 20 30 40
pF1KB8 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTI
: ::.: : .:. .. ::: : :.
CCDS43 FSPDGQMLLTGSEDGCVYGWETRSGQLLWRLGGHTGPVKFCRFSPD-GHLFASASCDCTV
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 IMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRR
.: ..: . :.:.::.. : : .: :.. ::.:: . :::. .: :
CCDS43 RLWDVARAKC-----LRVLKGHQRSVETVSFSPDSRQLASGGWDKRVMLWDVQSGQMLRL
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
pF1KB8 FVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNTLGVCKYTVQD--ESHSEWVSCVRFSP
.::: .. : :: ...:: :.:...:. : . .. :.:: .::. .
CCDS43 LVGHRDSIQSSDFSPTVNCLATGSWDSTVHIWDLRMVTPAVSHQALEGHSANISCLCY--
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLANCKLKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAML
:.. ...: .::: ...:. .. .: . ::. ...... ::: ::.: . .. .
CCDS43 -SASGLLASGSWDKTIHIWKPTTSSLLIQLKGHVTWVKSIAFSPDELWLASAGYSRMVKV
210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 WDLNEGKHLYTLDGG-DIINALCFSPNRYWLCAATGPSIKIWDLEGKIIV----DELKQE
:: : :: : :: : :. .. :.:. :::.: :. ...
CCDS43 WDCNTGKCLETLKGVLDVAHTCAFTPD------------------GKILVSGAADQTRRQ
260 270 280 290 300
280 290 300 310
pF1KB8 VISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLFAGYTDNLVRVWQVTIGTR
. ::.. . ::
CCDS43 ISRTSKSPRDPQT
310
>>CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (369 aa)
initn: 465 init1: 173 opt: 392 Z-score: 344.6 bits: 72.2 E(32554): 7.1e-13
Smith-Waterman score: 418; 31.6% identity (59.2% similar) in 282 aa overlap (37-311:2-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 LRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTIIMWKLTRDETNYGIPQ-RALR--GHS
:. ...:.. :: :: : ::.
CCDS54 MDSCLMVWHMK--------PQSRAYRFTGHK
10 20
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 HFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRRFVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSG
:. : .: .:.. ::: : :.:.: .. . : .:: : :: : ::....:..
CCDS54 DAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVRIWVPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTA
30 40 50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SRDKTIKLWNTLGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPNSSNPIIVSCGWDKLVKVWNLANCK
: :::.:.: : :. . .: .:: :..:::.. .::: . :: ::.:. .. .
CCDS54 SDDKTVKVWAT-HRQKFLFSLSQHINWVRCAKFSPDGR--LIVSASDDKTVKLWDKSSRE
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LKTNHIGHTGYLNTVTVSPDGSLCASGGKDGQAMLWDLNEGKHL--YTLDGGDIINALCF
.. : :... : :.:. :..: :. . .::. . : : : .. .:.: :
CCDS54 CVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAAGMDNTVKVWDVRTHRLLQHYQLHSA-AVNGLSF
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290
pF1KB8 SPN-RYWLCAATGPSIKIWDL-EGKIIVDELKQEVISTSSKAEPPQCTSLAWSADGQTLF
:. : . :.. ..:: :: ::... : . : :..:.: :. .
CCDS54 HPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLLY---------TLHGHQGPA-TTVAFSRTGEYFA
200 210 220 230 240
300 310
pF1KB8 AGYTDNLVRVWQVTIGTR
.: .:. : ::.
CCDS54 SGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLASSMGNLPEVDFPVPPGRGRSVESVQS
250 260 270 280 290 300
>>CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 (410 aa)
initn: 557 init1: 203 opt: 388 Z-score: 340.7 bits: 71.6 E(32554): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 461; 31.2% identity (56.8% similar) in 324 aa overlap (11-311:104-408)
10 20 30 40
pF1KB8 MTEQMTLRGTLKGHNGWVTQIATTPQFPDMILSASRDKTI
:.:: . ::.. : : :. :::.: ::
CCDS32 EAKEEFTSGGPLGQKRDPKEWIPRPPEKYALSGHRSPVTRVIFHPVFSVMV-SASEDATI
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 IMWKLTRDETNYGIPQRALRGHSHFVSDVVISSDGQFALSGSWDGTLRLWDLTTGTTTRR
.: :: : .:.:.::. :.:. .. .:.. : : : :..:::. :
CCDS32 KVWDY---ET--GDFERTLKGHTDSVQDISFDHSGKLLASCSADMTIKLWDFQGFECIRT
140 150 160 170 180
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pF1KB8 FVGHTKDVLSVAFSSDNRQIVSGSRDKTIKLWNT-LGVCKYTVQDESHSEWVSCVRFSPN
. :: ..: :::. .. .:::.:::::::.:.. : : : .: ::: :: ::
CCDS32 MHGHDHNVSSVAIMPNGDHIVSASRDKTIKMWEVQTGYCVKTFT--GHREWVRMVR--PN
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200
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