Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8323, 253 aa
1>>>pF1KB8323 253 - 253 aa - 253 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7908+/-0.000768; mu= 12.0437+/- 0.046
mean_var=71.0932+/-14.254, 0's: 0 Z-trim(108.4): 25 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.152111
statistics sampled from 10151 (10170) to 10151 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.312), width: 16
Scan time: 2.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 ( 253) 1671 375.5 1.9e-104
CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 251) 1278 289.3 1.7e-78
CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 410) 1257 284.7 6.5e-77
CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 686) 1258 285.0 8.8e-77
CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 ( 704) 1239 280.9 1.6e-75
CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 ( 241) 1104 251.1 5.2e-67
CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX ( 247) 1090 248.0 4.5e-66
CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 ( 205) 981 224.0 6.1e-59
CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 ( 236) 775 178.9 2.8e-45
>>CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1 (253 aa)
initn: 1671 init1: 1671 opt: 1671 Z-score: 1988.6 bits: 375.5 E(32554): 1.9e-104
Smith-Waterman score: 1671; 100.0% identity (100.0% similar) in 253 aa overlap (1-253:1-253)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
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CCDS25 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
190 200 210 220 230 240
250
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
:::::::::::::
CCDS25 EIAYSDVAKRLTK
250
>>CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (251 aa)
initn: 1304 init1: 1253 opt: 1278 Z-score: 1522.6 bits: 289.3 E(32554): 1.7e-78
Smith-Waterman score: 1278; 74.7% identity (89.3% similar) in 253 aa overlap (1-253:1-250)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
:. : :: .:..: :::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS49 MTDSATANG---DDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
::::::.::::::::::.:::..::::::::::::::.: : :: ::. :: ::::::.:
CCDS49 RKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGID
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.:::.:::.::: :. . : : :::::
CCDS49 IFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
:.:.::::::::::::.::.:::::::.::: ::::.:::: :::.:::::::: .:.:.
CCDS49 GDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEI
180 190 200 210 220 230
250
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
:.::.::::::..
CCDS49 ELAYADVAKRLSRS
240 250
>>CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (410 aa)
initn: 1308 init1: 1242 opt: 1257 Z-score: 1494.3 bits: 284.7 E(32554): 6.5e-77
Smith-Waterman score: 1257; 75.0% identity (89.9% similar) in 248 aa overlap (9-253:162-409)
10 20 30
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDK---EPLIELFVKAGSDGESIGNC
::.:.. .: : :::::: ::::::::
CCDS47 KEDLPSPSSFTIQHSKAFSTTKYSCYSDAEGLEEKEGAHMNPEIYLFVKAGIDGESIGNC
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 PFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFL
:::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::.:::..::::::::::::
CCDS47 PFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFL
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 EEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYL
::.: : :: ::. :: ::::::.:::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.::
CCDS47 EETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYL
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 NSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMT
:.:::.::: :. . : : ::::::.:.::::::::::::.::.:::::::.::: :::
CCDS47 NTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLDGDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMT
320 330 340 350 360 370
220 230 240 250
pF1KB8 GIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK
:.:::: :::.:::::::: .:.:.:.::.::::::..
CCDS47 GLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEIELAYADVAKRLSRS
380 390 400 410
>>CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (686 aa)
initn: 1252 init1: 1252 opt: 1258 Z-score: 1491.9 bits: 285.0 E(32554): 8.8e-77
Smith-Waterman score: 1258; 76.8% identity (92.0% similar) in 237 aa overlap (15-251:449-685)
10 20 30 40
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMI
.: : :::::: :::::::::::::::::
CCDS13 EEGPAEGSGEAARVNGRREDGEASEPRALGQEHDITLFVKAGYDGESIGNCPFSQRLFMI
420 430 440 450 460 470
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 LWLKGVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKY
::::::.:.::::::::::::::::::::.:::.::..::::::::::::::: : ::.:
CCDS13 LWLKGVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRY
480 490 500 510 520 530
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 LKLSPKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEID
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CCDS13 PKLGTQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEID
540 550 560 570 580 590
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 ENSMEDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNA
: ::. : ::::::.:.:::::::::::::.:.::::::.:..:.:::::::::.::
CCDS13 AYSTEDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNA
600 610 620 630 640 650
230 240 250
pF1KB8 YSRDEFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK
:.:::::::::.:.:.: ::::::::.
CCDS13 YARDEFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
660 670 680
>>CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21 (704 aa)
initn: 1228 init1: 1228 opt: 1239 Z-score: 1469.2 bits: 280.9 E(32554): 1.6e-75
Smith-Waterman score: 1239; 76.0% identity (92.7% similar) in 233 aa overlap (19-251:471-703)
10 20 30 40
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
:. ...:: :::::::::::::::::::::
CCDS82 ASEPRALGQEHDITLFVKVKLTALGCSRIAIKKYLRAGYDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
450 460 470 480 490 500
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 GVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLS
::.:.::::::::::::::::::::.:::.::..::::::::::::::: : ::.: ::.
CCDS82 GVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRYPKLG
510 520 530 540 550 560
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 PKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSM
.:::::.:: :.::::::.:::.. .::: :..:::.:.:::.::::::::::: :
CCDS82 TQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEIDAYST
570 580 590 600 610 620
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 EDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRD
::. : ::::::.:.:::::::::::::.:.::::::.:..:.:::::::::.:::.::
CCDS82 EDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNAYARD
630 640 650 660 670 680
230 240 250
pF1KB8 EFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK
:::::::.:.:.: ::::::::.
CCDS82 EFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK
690 700
>>CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6 (241 aa)
initn: 1087 init1: 1087 opt: 1104 Z-score: 1316.5 bits: 251.1 E(32554): 5.2e-67
Smith-Waterman score: 1104; 67.2% identity (87.0% similar) in 238 aa overlap (14-251:3-240)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
...: .:::::::::: .::::::::::::.::::::.:.::::: :
CCDS47 MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
:. .:.: :: . ::. ...::.::.:::::::: :::::.: ::. .:::::::.:
CCDS47 RRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLD
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
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CCDS47 IFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
:::.::::::::::::::.:: ::::.: ::. . :. :::.:::.:.::..:::.:.:.
CCDS47 GNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEI
170 180 190 200 210 220
250
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
:.:: .::: :
CCDS47 ELAYEQVAKALK
230 240
>>CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX (247 aa)
initn: 1094 init1: 1076 opt: 1090 Z-score: 1299.7 bits: 248.0 E(32554): 4.5e-66
Smith-Waterman score: 1090; 64.1% identity (86.9% similar) in 245 aa overlap (7-250:1-245)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDK-EPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDL
..::. . .: ::::::::::::::::::: :::::::::::: :.:::::.
CCDS14 MSGLRPGTQVDPEIELFVKAGSDGESIGNCPFCQRLFMILWLKGVKFNVTTVDM
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGM
::: .:..:::::.:::...:.:.::: :::::::..: ::.: .::::. :: .:
CCDS14 TRKPEELKDLAPGTNPPFLVYNKELKTDFIKIEEFLEQTLAPPRYPHLSPKYKESFDVGC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFL
..::::::::::.. :::. .:..::: ...::.:::.:: :::: .: :. : : ::
CCDS14 NLFAKFSAYIKNTQKEANKNFEKSLLKEFKRLDDYLNTPLLDEIDPDSAEEPPVSRRLFL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 DGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKE
::...:::::.:::::.:.::.:::::.:::: :..:.:::: :::.:.:::.::: :::
CCDS14 DGDQLTLADCSLLPKLNIIKVAAKKYRDFDIPAEFSGVWRYLHNAYAREEFTHTCPEDKE
180 190 200 210 220 230
240 250
pF1KB8 VEIAYSDVAKRLTK
.: .:..:::.
CCDS14 IENTYANVAKQKS
240
>>CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6 (205 aa)
initn: 978 init1: 978 opt: 981 Z-score: 1171.7 bits: 224.0 E(32554): 6.1e-59
Smith-Waterman score: 981; 74.9% identity (87.9% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
:. : :: .:..: :::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS59 MTDSATANG---DDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
::::::.::::::::::.:::..::::::::::::::.: : :: ::. :: ::::::.:
CCDS59 RKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGID
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.:::.:::.::: :. . : : :::::
CCDS59 IFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
:.:.::::::::::::.::
CCDS59 GDELTLADCNLLPKLHVVKEQVPLKGMI
180 190 200
>>CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9 (236 aa)
initn: 773 init1: 529 opt: 775 Z-score: 926.4 bits: 178.9 E(32554): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 775; 50.7% identity (76.9% similar) in 229 aa overlap (16-244:3-229)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
: ..:::::. ::::.:.:: :::::.: :::: :..:::: .
CCDS70 MAETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTR
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
:.: :...:::.. :.. ..:..:::. .::.::::.: :: . .:.:.. :::::: :
CCDS70 RSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGND
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
.: ::::.::: : .::: . ::..: .:: :: .:: :. . ... : :.:::
CCDS70 VFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHEL--AGEPQLRESRRRFLD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
:...:::::.:::::::: .: ..:. :: :. :. ::: .:... :: ::: . :.
CCDS70 GDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEI
170 180 190 200 210 220
250
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
::
CCDS70 LAAYRPAVHPR
230
253 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 11:45:13 2016 done: Fri Nov 4 11:45:13 2016
Total Scan time: 2.020 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]