Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8376
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8376, 626 aa
1>>>pF1KB8376 626 - 626 aa - 626 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5891+/-0.00115; mu= 12.9515+/- 0.068
mean_var=155.5657+/-32.934, 0's: 0 Z-trim(106.2): 173 B-trim: 8 in 3/48
Lambda= 0.102829
statistics sampled from 8662 (8873) to 8662 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 3.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12455.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 ( 626) 4208 637.3 1.8e-182
CCDS56090.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 ( 601) 4022 609.7 3.5e-174
CCDS12456.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 ( 582) 3869 587.0 2.3e-167
CCDS13060.1 SIGLEC1 gene_id:6614|Hs108|chr20 (1709) 578 99.3 4.5e-20
CCDS54247.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 ( 751) 471 83.0 1.5e-15
CCDS12457.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 ( 847) 471 83.1 1.7e-15
CCDS54249.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 ( 670) 413 74.4 5.6e-13
CCDS54248.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 ( 759) 407 73.5 1.1e-12
CCDS12825.1 SIGLEC9 gene_id:27180|Hs108|chr19 ( 463) 395 71.5 2.8e-12
CCDS56100.1 SIGLEC9 gene_id:27180|Hs108|chr19 ( 479) 395 71.5 2.8e-12
>>CCDS12455.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 (626 aa)
initn: 4208 init1: 4208 opt: 4208 Z-score: 3389.5 bits: 637.3 E(32554): 1.8e-182
Smith-Waterman score: 4208; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
610 620
>>CCDS56090.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 (601 aa)
initn: 4022 init1: 4022 opt: 4022 Z-score: 3240.6 bits: 609.7 E(32554): 3.5e-174
Smith-Waterman score: 4022; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (26-626:1-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
520 530 540 550 560 570
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
580 590 600
>>CCDS12456.1 MAG gene_id:4099|Hs108|chr19 (582 aa)
initn: 4035 init1: 3869 opt: 3869 Z-score: 3118.1 bits: 587.0 E(32554): 2.3e-167
Smith-Waterman score: 3869; 99.8% identity (100.0% similar) in 574 aa overlap (1-574:1-574)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
:::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS12 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESKEVSTLESH
550 560 570 580
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
>>CCDS13060.1 SIGLEC1 gene_id:6614|Hs108|chr20 (1709 aa)
initn: 342 init1: 105 opt: 578 Z-score: 473.8 bits: 99.3 E(32554): 4.5e-20
Smith-Waterman score: 578; 26.1% identity (60.2% similar) in 540 aa overlap (1-521:1-522)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELR-PAVVHGVW
: :: : :. .. :.... ::. :..... .:.:. ::: :.:: ... : . ..:
CCDS13 MGFLPKLLLLASFFPAGQAS-WGVSSPQDVQGVKGSCLLIPCIFSFPADVEVPDGITAIW
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRG
:.. : . : .. ..:. :.::....:. : :.:::....:: .:.: ::
CCDS13 YYD--YSGQRQVVSHSADPKLVEARFRGRTEFMGNPEHRVCNLLLKDLQPEDSGSYNFRF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DLGGYNQYTFSEHSVLDIVN---TPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLG
... :... . ... ... .:.:. : :.. ::::. .: .: : . . .:.: :
CCDS13 EISEVNRWSDVKGTLVTVTEEPRVPTIASPVELLEGTEVDFNCSTPYVCLQEQVRLQWQG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 HEGLGEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDV
.. . .. : :. .. ::.. . . .:. : :: : : : : . ..:
CCDS13 QDPARSVTFNSQKFEPTGVG-HLETLHMAMSWQDHGRILRCQLSVANHRAQSEIH--LQV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KYPPVIVEM---NSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPL--LTWMRDGTVLREAVAESLLLE
:: : :.. :. . . : :.: : ..:. : . . :..::. :. ... .:.
CCDS13 KYAPKGVKILLSPSGRNILPGELVTLTCQVNSSYPAVSSIKWLKDGVRLQ---TKTGVLH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 LEEVTPAEDGVYACLAENAYGQD-NRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQ
: ... .. :::.: :::. :. . ..: ...: . . : . .:..::...:.:
CCDS13 LPQAAWSDAGVYTCQAENGVGSLVSPPISLHIFMAEVQVSPAGPI--LENQTVTLVCNTP
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB8 SN-PDPILTIFKEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYG-QRATAFNLS
.. :. . . ....: . :.:.: .. : : :.: ..: .: .:. ..
CCDS13 NEAPSDLRYSWYKNHVLLEDAHSHTLRLHL--ATRADTGFYFCEVQNVHGSERSGPVSVV
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 VEFAPVL-LLESHCAAARDTVQCL-CVVKSNPEPSVAFELPSRNV--TVNESEREFVYSE
:. :. .: . . : : : : :.: .... .. . : ..:.. .:
CCDS13 VNHPPLTPVLTAFLETQAGLVGILHCSVVSEPLATLVLSHGGHILASTSGDSDHSPRFSG
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 RSGLVLTSI-LTLRGQAQAPP-RVICTARNLYGAKSLELPFQG-AHRLMWAKIGPVGAVV
:: .:. : .: .. . :.: : : . : :.. : ::. :.:.. ::
CCDS13 TSG--PNSLRLEIRDLEETDSGEYKCSATNSLGNATSTLDFHANAARLL---ISPAAEVV
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 AFAILIAIVCYITQTRRKKNVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSER
CCDS13 EGQAVTLSCRSGLSPTPDARFSWYLNGALLHEGPGSSLLLPAASSTDAGSYHCRARDGHS
530 540 550 560 570 580
>>CCDS54247.1 CD22 gene_id:933|Hs108|chr19 (751 aa)
initn: 318 init1: 118 opt: 471 Z-score: 392.4 bits: 83.0 E(32554): 1.5e-15
Smith-Waterman score: 475; 28.4% identity (54.2% similar) in 472 aa overlap (3-451:7-469)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPD-ELRPAVV
.: : : .. .: : ..: : .. :.::.:: ::: . : .:. ..
CCDS54 MHLLGPWLLLLVLEYLAFSDS--SKWVFEHPETLYAWEGACVWIPCTYRALDGDLESFIL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 HGVWYFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKY
.:. : ...: . : : : ..::: . .:::: . : . .:.
CCDS54 FHNPEYNKNTSKFDGTRLYESTKDGKVPSEQKRVQFLGDKN-KNCTLSIHPVHLNDSGQL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YFRGDLGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWL
.: . . . . .: . :.: .:::. . :: ..:.. .: .:.::
CCDS54 GLRMESKTEKWMERIHLNVSERPFPPHIQLPPEIQESQEVTLTCLLNFSCYGYPIQLQWL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GHEG--LGEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYAS
:: . . :: . ...... : :.: : .:. . :: . . . . ..
CCDS54 -LEGVPMRQAAVTSTSLTIKSVFTR-SELKFSPQWSHHGKIVTCQLQDADGKFLSNDTVQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 MDVKYPPVIVEMNSSVEAI--EGSHVSLLCGADSNPPPLLT--WMRDGTVLREAVAESLL
..::. : . . .:: ::. :.. : ..:. : : :..::: :.. ...
CCDS54 LNVKHTPKLEIKVTPSDAIVREGDSVTMTCEVSSSNPEYTTVSWLKDGTSLKKQ--NTFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 LELEEVTPAEDGVYACLAENAYGQD-NRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMV-AVEGETVSILC
:.:.::: ..: : : . : : .. : :.:.::: ::. :::: : .::
CCDS54 LNLREVTKDQSGKYCCQVSNDVGPGRSEEVFLQVQYAPEPSTVQILHSPAVEGSQVEFLC
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 STQSNPDPILTIFKEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYG--QRATAF
. .:: : : . . . . ..: ....: . : : : ::::: : ::. .
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]