Result of FASTA (omim) for
pF1KB8376
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8376, 626 aa
1>>>pF1KB8376 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7500+/-0.000551; mu= 6.7228+/- 0.033
mean_var=268.9733+/-55.940, 0's: 0 Z-trim(113.4): 360 B-trim: 33 in 1/56
Lambda= 0.078202
statistics sampled from 22323 (22765) to 22323 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 9.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002352 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated ( 626) 4208 489.7 1.3e-137
NP_001186145 (OMIM: 159460,616680) myelin-associat ( 601) 4022 468.7 2.6e-131
NP_542167 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated ( 582) 3869 451.4 4.1e-126
XP_011527635 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1173) 578 80.5 3.7e-14
XP_011527631 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1701) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527629 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
NP_075556 (OMIM: 600751) sialoadhesin precursor [H (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527628 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_006723673 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527630 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527626 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527627 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1709) 578 80.7 4.6e-14
XP_011527632 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesi (1623) 564 79.1 1.3e-13
NP_001172029 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 751) 471 68.2 1.2e-10
NP_001762 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 isof ( 847) 471 68.2 1.3e-10
NP_001172030 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 670) 413 61.6 1e-08
NP_001172028 (OMIM: 107266) B-cell receptor CD22 i ( 759) 407 61.0 1.8e-08
XP_016882085 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 410) 395 59.3 3.2e-08
NP_055256 (OMIM: 605640) sialic acid-binding Ig-li ( 463) 395 59.3 3.4e-08
XP_011525034 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 465) 395 59.3 3.4e-08
XP_011525032 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 477) 395 59.3 3.5e-08
XP_016882084 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 479) 395 59.3 3.5e-08
NP_001185487 (OMIM: 605640) sialic acid-binding Ig ( 479) 395 59.3 3.5e-08
XP_006723209 (OMIM: 605640) PREDICTED: sialic acid ( 481) 395 59.3 3.5e-08
XP_011525036 (OMIM: 605639) PREDICTED: sialic acid ( 488) 385 58.2 7.7e-08
NP_001171079 (OMIM: 159590) myeloid cell surface a ( 310) 352 54.2 7.8e-07
XP_011525834 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 364) 352 54.3 8.6e-07
NP_001763 (OMIM: 159590) myeloid cell surface anti ( 364) 352 54.3 8.6e-07
XP_011508698 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1296) 361 56.1 9.1e-07
XP_011508699 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1296) 361 56.1 9.1e-07
XP_016882997 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 418) 352 54.4 9.3e-07
XP_011525833 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 418) 352 54.4 9.3e-07
XP_005264764 (OMIM: 269400,605158) PREDICTED: pero (1455) 361 56.1 9.8e-07
NP_036425 (OMIM: 269400,605158) peroxidasin homolo (1479) 361 56.1 9.9e-07
NP_001288026 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-lik ( 766) 350 54.5 1.6e-06
XP_011541335 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin ( 766) 350 54.5 1.6e-06
XP_016882998 (OMIM: 159590) PREDICTED: myeloid cel ( 402) 339 52.9 2.5e-06
XP_016873908 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin ( 791) 343 53.8 2.8e-06
NP_954648 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein ( 583) 327 51.8 8e-06
NP_115499 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein ( 633) 327 51.8 8.5e-06
XP_011525667 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 658) 327 51.9 8.7e-06
NP_001316459 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like prote ( 658) 327 51.9 8.7e-06
XP_016882837 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 673) 327 51.9 8.8e-06
XP_011525665 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 708) 327 51.9 9e-06
NP_954649 (OMIM: 607762) kin of IRRE-like protein ( 708) 327 51.9 9e-06
XP_011525664 (OMIM: 607762) PREDICTED: kin of IRRE ( 708) 327 51.9 9e-06
NP_001155179 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-lik ( 600) 324 51.5 1e-05
XP_016873909 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin ( 778) 324 51.6 1.2e-05
XP_011541333 (OMIM: 607761,612581) PREDICTED: kin ( 778) 324 51.6 1.2e-05
NP_115920 (OMIM: 607761,612581) kin of IRRE-like p ( 778) 324 51.6 1.2e-05
>>NP_002352 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated glyc (626 aa)
initn: 4208 init1: 4208 opt: 4208 Z-score: 2591.6 bits: 489.7 E(85289): 1.3e-137
Smith-Waterman score: 4208; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
610 620
>>NP_001186145 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated g (601 aa)
initn: 4022 init1: 4022 opt: 4022 Z-score: 2478.3 bits: 468.7 E(85289): 2.6e-131
Smith-Waterman score: 4022; 100.0% identity (100.0% similar) in 601 aa overlap (26-626:1-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
520 530 540 550 560 570
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
580 590 600
>>NP_542167 (OMIM: 159460,616680) myelin-associated glyc (582 aa)
initn: 4035 init1: 3869 opt: 3869 Z-score: 2385.2 bits: 451.4 E(85289): 4.1e-126
Smith-Waterman score: 3869; 99.8% identity (100.0% similar) in 574 aa overlap (1-574:1-574)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELRPAVVHGVWY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 FNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRGD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LGGYNQYTFSEHSVLDIVNTPNIVVPPEVVAGTEVEVSCMVPDNCPELRPELSWLGHEGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GEPAVLGRLREDEGTWVQVSLLHFVPTREANGHRLGCQASFPNTTLQFEGYASMDVKYPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 VIVEMNSSVEAIEGSHVSLLCGADSNPPPLLTWMRDGTVLREAVAESLLLELEEVTPAED
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 GVYACLAENAYGQDNRTVGLSVMYAPWKPTVNGTMVAVEGETVSILCSTQSNPDPILTIF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 KEKQILSTVIYESELQLELPAVSPEDDGEYWCVAENQYGQRATAFNLSVEFAPVLLLESH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 CAAARDTVQCLCVVKSNPEPSVAFELPSRNVTVNESEREFVYSERSGLVLTSILTLRGQA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 QAPPRVICTARNLYGAKSLELPFQGAHRLMWAKIGPVGAVVAFAILIAIVCYITQTRRKK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESERRLGSERRLLGLRGEPPELDLSYSHS
:::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_542 NVTESPSFSAGDNPPVLFSSDFRISGAPEKYESKEVSTLESH
550 560 570 580
610 620
pF1KB8 DLGKRPTKDSYTLTEELAEYAEIRVK
>>XP_011527635 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesin is (1173 aa)
initn: 282 init1: 105 opt: 578 Z-score: 375.2 bits: 80.5 E(85289): 3.7e-14
Smith-Waterman score: 578; 26.1% identity (60.2% similar) in 540 aa overlap (1-521:1-522)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELR-PAVVHGVW
: :: : :. .. :.... ::. :..... .:.:. ::: :.:: ... : . ..:
XP_011 MGFLPKLLLLASFFPAGQAS-WGVSSPQDVQGVKGSCLLIPCIFSFPADVEVPDGITAIW
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YFNSPYPKNYPPVVFKSRTQVVHESFQGRSRLLGDLGLRNCTLLLSNVSPELGGKYYFRG
:.. : . : .. ..:. :.::....:. : :.:::....:: .:.: ::
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>>XP_011527628 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesin is (1709 aa)
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>>XP_006723673 (OMIM: 600751) PREDICTED: sialoadhesin is (1709 aa)
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pF1KB8 MIFLTALPLFWIMISASRGGHWGAWMPSSISAFEGTCVSIPCRFDFPDELR-PAVVHGVW
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