Result of FASTA (omim) for
pF1KB8402
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8402, 782 aa
1>>>pF1KB8402 782 - 782 aa - 782 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0414+/-0.000585; mu= 15.0212+/- 0.036
mean_var=325.7863+/-63.449, 0's: 0 Z-trim(118.0): 1940 B-trim: 113 in 1/54
Lambda= 0.071057
statistics sampled from 28282 (30564) to 28282 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.358), width: 16
Scan time: 12.140
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1495 168.7 1.3e-40
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1495 168.8 1.3e-40
XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1444 163.1 3.7e-39
NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [ ( 707) 1444 163.1 3.7e-39
NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 22 ( 707) 1444 163.1 3.7e-39
XP_005259469 (OMIM: 604749) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1417 160.4 2.5e-38
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1416 160.3 2.8e-38
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1416 160.3 2.8e-38
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1416 160.3 2.8e-38
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1415 160.1 2.8e-38
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1415 160.1 2.8e-38
NP_004225 (OMIM: 604749) zinc finger protein 235 [ ( 738) 1412 159.9 3.6e-38
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1412 159.9 3.7e-38
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1412 159.9 3.7e-38
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1412 159.9 3.7e-38
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1412 159.9 3.7e-38
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 1412 160.0 3.8e-38
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 1412 160.0 3.8e-38
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 1409 159.7 4.9e-38
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 1409 159.8 5.1e-38
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 1409 159.8 5.1e-38
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1401 158.7 7.5e-38
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1401 158.8 8.1e-38
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1401 158.8 8.2e-38
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1398 158.4 9.5e-38
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1398 158.4 9.5e-38
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1398 158.4 9.5e-38
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1398 158.4 9.5e-38
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1398 158.4 9.5e-38
>>XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger pro (1168 aa)
initn: 1001 init1: 1001 opt: 1495 Z-score: 850.4 bits: 168.7 E(85289): 1.3e-40
Smith-Waterman score: 1502; 34.5% identity (62.6% similar) in 588 aa overlap (192-763:318-892)
170 180 190 200 210
pF1KB8 KEGIPGPRNLDLPGLWDVPAWESTQHPWPVCGESCWENNHLVMHQRGHSKDRTRR-----
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220 230 240 250 260 270
pF1KB8 -AWEKFNKRAETQMPWSSPRVQRHFRCGVCGKSFRRKLCLLRHLAAHTGRGPFRNADGEM
:. ::. .. .. .. .. ..: :::... : : :::. :.. .
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: .:.. . :::: .: ::: .. . .. :. : : . .: :.: :
XP_016 GFSMFSILTKHEVIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSNLMEHKKIHTGETPYKCEECGKGFSM
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:. :::..: .::. : : . :..:.:.:: :::..: ::: .: : : .:. :.::
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: ::::.:. .:.: :: :.:.::.:..: ::..:: . : .:. .::::.:..: ::
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: :. .. .. :. .:. : :..:: :::.: . . ::.: : :: :::..: .: :.:
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pF1KB8 RLKAQLLSHQGLHTGERPFHCPECDKNFWERGHMLRHQRIHRPERPFACGDCGKGFIYKS
. : .:...:.::.:..: :: : : . . . .:. :: :.:. : .:::.. . :
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820 830 840 850 860 870
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:. : ..:: : :
XP_016 TLSYHKKIHTGEKPYKCEECGKGFSMFSILTKHEVIHTGEKPYKCEECGKAFSWLSVFSK
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>--
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pF1KB8 SECGERSPMSARLASPCRAHTGEKPFQCAHCTKRFRLRRLLQVHQHAHGGERPFSCRKCG
: : : . .: :. : ::.:..:..::
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:.:. ...: ..:.::: ..: ::. ... . : :...::.:::.. ::: .:
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:.: :.. : ::.:..: :::..:. . .: :: ..:.:: :..: .::: : .
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: :. ::. :.:..: ::::.:. :.:::: .:.::.:..: ::...: ...:. :
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.:.::::.:..: :: : . . . . :...:.:: :..:: :::.: : . .: . :
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pF1KB8 TGEKPFQCPKCDKSFRLKAQLLSHQGLHTGERPFHCPECDKNFWERGHMLRHQRIHRPER
::::
XP_016 TGEKL
>--
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: : . ..: :.:.: ..: . :.:
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. ..: .:.:..: :. ..: : : .: : : .. : ::.:. :.:::..:..
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: .: .:.::. ..: .: : : ..:: :. :. :.: .: ::::.:.. : :: :
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.:.::.:..: :
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>>NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 isofo (1280 aa)
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Smith-Waterman score: 1502; 34.5% identity (62.6% similar) in 588 aa overlap (192-763:318-892)
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:. ::. .. .. .. .. ..: :::... : : :::. :.. .
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pF1KB8 CFRHELTHPSHRLPQQGEKPAQCTPCGKRSLPVDSTQARRCQHSREGPASWRE-GRGAS-
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pF1KB8 CGECGKGFTRQSKLTEHLRVHSGERPFQCPECNRSFRLKGQLLSHQRLHTGERPFQCPEC
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>>NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [H (707 aa)
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