Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8405
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8405, 804 aa
1>>>pF1KB8405 804 - 804 aa - 804 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5709+/-0.00113; mu= -8.5696+/- 0.067
mean_var=287.9050+/-58.514, 0's: 0 Z-trim(111.8): 78 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.075587
statistics sampled from 12560 (12632) to 12560 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16
Scan time: 4.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53605.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 804) 5326 594.8 1.9e-169
CCDS53604.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 801) 5304 592.4 9.9e-169
CCDS7821.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 ( 808) 3630 409.8 8.9e-114
CCDS44844.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 750) 1112 135.2 3.8e-31
CCDS58217.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 753) 1112 135.2 3.8e-31
CCDS8699.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 763) 1112 135.2 3.9e-31
CCDS41761.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 377) 1090 132.7 1.1e-30
CCDS58216.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 642) 1091 132.9 1.6e-30
CCDS81672.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 ( 728) 1091 132.9 1.8e-30
CCDS44299.1 SOX13 gene_id:9580|Hs108|chr1 ( 622) 739 94.5 5.7e-19
>>CCDS53605.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (804 aa)
initn: 5326 init1: 5326 opt: 5326 Z-score: 3155.7 bits: 594.8 E(32554): 1.9e-169
Smith-Waterman score: 5326; 100.0% identity (100.0% similar) in 804 aa overlap (1-804:1-804)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 PGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB8 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
790 800
>>CCDS53604.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (801 aa)
initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 3142.8 bits: 592.4 E(32554): 9.9e-169
Smith-Waterman score: 5304; 100.0% identity (100.0% similar) in 801 aa overlap (4-804:1-801)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNL
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEAR
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLG
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 PGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRP
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEK
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYP
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMY
720 730 740 750 760 770
790 800
pF1KB8 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DDYEDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
780 790 800
>>CCDS7821.1 SOX6 gene_id:55553|Hs108|chr11 (808 aa)
initn: 3671 init1: 2133 opt: 3630 Z-score: 2156.1 bits: 409.8 E(32554): 8.9e-114
Smith-Waterman score: 4879; 91.1% identity (91.1% similar) in 842 aa overlap (4-804:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREKEEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEELP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 TLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDREIMTSVTF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELLGEI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 KGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQEQI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPGITY
240 250 260 270 280 290
310 320
pF1KB8 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQ-------------------------------
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 KPGDNYPVQFIPSTMAAAAASGLSPLQLQKGHVSHPQINQRLKGLSDRFGRNLDTFEHGG
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB8 ----------QLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GHSYNHKQIEQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQPPNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVK
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 DEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 DEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSS
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 LGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 --------------LDILSSLNSPALFGDQDTVMKAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVD
480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 GKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEGSKAMN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKSNEDGKLGPGVIDLTRPEDAEG-----
530 540 550 560 570
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 GSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ---------------GATVAEARVYRDARGRASSEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAF
580 590 600 610 620
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 PDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 PDMHNSNISKILGSRWKSMSNQEKQPYYEEQARLSKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGK
630 640 650 660 670 680
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 KLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 KLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITTGTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCS
690 700 710 720 730 740
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 STSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMYDDYEDDPKSDYSSENEAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 STSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMINGEDEMEMYDDYEDDPKSDYSSENEAPE
750 760 770 780 790 800
800
pF1KB8 AVSAN
:::::
CCDS78 AVSAN
>>CCDS44844.1 SOX5 gene_id:6660|Hs108|chr12 (750 aa)
initn: 2204 init1: 867 opt: 1112 Z-score: 672.6 bits: 135.2 E(32554): 3.8e-31
Smith-Waterman score: 2874; 59.5% identity (78.8% similar) in 812 aa overlap (4-804:1-750)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGRMSSKQATSPFACAADGEDAMTQDLTSREK--EEGSDQHVASHLPLHPIMHNKPHSEE
::::. .::.. :::: :: .:::.: :: :: : ::::: . :::::::
CCDS44 MSSKRPASPYG-EADGEVAM---VTSRQKVEEEESDGLPAFHLPLHVSFPNKPHSEE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDR-EIMTS
. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::.:. : ..:
CCDS44 FQPVSLLTQETCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGGRQSGESLSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEKMERLNTSELL
...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:. ......
CCDS44 TALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNF-
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GEIKGTPESLAEKERQLSTMITQLISLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMDLARQQQ
::::::::::::::::: ::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.::.:::
CCDS44 GEIKGTPESLAEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQRQQMELAKQQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 EQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPG
::::::::::::::::::::::::::::..::::::.:: :::::::: ::::::.:::
CCDS44 EQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAA--AQQGFLLPPG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 ITYKPG--DNYPVQFIPSTMAAAAAS--GLSPLQLQQLYAAQLASMQVSPGAKMPSTPQP
..:: : : ::::.::.:::::::. ::.:::::::::::::.::::::.:.:. ::
CCDS44 FSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 PNTAGTVSPTGIKNEKRGTSPVTQVKDEAAAQPLNLSSRPKTAEPVKSPTSPTQNLFPAS
: ...::::.:...: .:: . :::.: ::::::..:::.. :::::::. .::
CCDS44 -NLGAAVSPTSIHTDKSTNSPPPKSKDEVA-QPLNLSAKPKTSDG-KSPTSPTSPHMPAL
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 KTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSPALFGDQDTVM
. . : :.:.:. ... .: :..: :: :.:.:
CCDS44 RINSGAGPLKASVPAALASPSARVSTIGY-----------------LN------DHDAVT
410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 KAIQEARKMREQIQREQQQQQPHGVDGKLSSINNMGLNSCRNEKERTRFENLGPQLTGKS
:::::::.:.::..:::: .:::.. .:..:::.::.:::.: .:.: ::. :.
CCDS44 KAIQEARQMKEQLRREQQV-----LDGKVAVVNSLGLNNCRTEKEKTTLESLTQQLAVKQ
450 460 470 480 490
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::.::.. ...:.. :..:: : :.:.:.::..:::.:.
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CCDS44 EPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARL
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:: ::::::.:::::::::::.:::::::::::: .::.:::::::.:.:::: ::::.:
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. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: . . .: :..
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pF1KB8 ED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
:: . :.::.: :::: ::.:..: : .::
CCDS44 EDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::.:. : ..:
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...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:. ......
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::::::::::::::::::::::::::::..::::::.:: ::::::::: :::::.:::
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. . : :.:.:. ... .: :..: : :: :.:.:
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pF1KB8 NEDGKLGPGVIDLTRPEDAEGSKAMNGSAAKLQQYYCWPTGGATVAEARVYRDARGRASS
::.::.. ...:.. :..:: : :.:.:.::..:::.:.
CCDS58 NEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGS--------------------AGVSESRIYRESRGRGSN
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CCDS58 EPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARL
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pF1KB8 GTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMING
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CCDS58 A-GVVYPGAIAMAGM-PSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHI--KEEIQA
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pF1KB8 ED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
:: . :.::.: :::: ::.:..: : .::
CCDS58 EDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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CCDS86 GRQSGESLSSTALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDK
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. ...... ::::::::::::::::: ::.:: :::::::::::::::::::::::::
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:::. .:: . . : :.:.:. ... .: :..: ::
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CCDS86 SLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGS--------------------AGVSESRI
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::..:::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: ::
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:::::::::::: ::::::.:::::::::::.:::::::::::: .::.:::::::.:.:
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::: ::::.:. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: .
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CCDS86 HI--KEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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:::::::: ::::::.:::::::::::.:::::::::::: .::.:::::::.:.::::
CCDS41 EEQARLSKQHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQA
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::::.:. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: . .
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pF1KB8 NEMINGED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
.: :..:: . :.::.: :::: ::.:..: : .::
CCDS41 KEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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pF1KB8 LPTLVSTIQQDADWDSVLSSQQRMESENNKLCSLYSFRNTSTSPHKPDEGSRDR-EIMTS
. . :. . :... :: ..::. : .. .:.::::.: .::.:. : ..:
CCDS58 FQPVSLLTQETCGHRTPTSQHNTMEVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEGGRQSGESLSS
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...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:. ......
CCDS58 TALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDKLLAMGSGNF-
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pF1KB8 EQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGHMPPLMIPIFPHDQRTLAAAAAAQQGFLFPPG
::::::::::::::::::::::::::::..::::::.:: ::::::::: :::::.:::
CCDS58 EQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAA--QQGFLLPPG
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CCDS58 FSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSPGGKLPGIPQG
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CCDS58 -NLGAAVSPTSIHTDKSTNSP---------------------------------------
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: ::
CCDS58 -------PPKS-------------------------------------------------
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::.: .:.: ::. :.
CCDS58 -------------------------------------------KEKTTLESLTQQLAVKQ
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CCDS58 NEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGS--------------------AGVSESRIYRESRGRGSN
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CCDS58 EPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEKQPYYEEQARL
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pF1KB8 SKIHLEKYPNYKYKPRPKRTCIVDGKKLRIGEYKQLMRSRRQEMRQFFTVGQQPQIPITT
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CCDS58 SKQHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNVGQQAQIPIAT
500 510 520 530 540 550
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pF1KB8 GTGVVYPGAITMATTTPSPQMTSDCSSTSASPEPSLPVIQSTYGMKTDGGSLAGNEMING
. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: . . .: :..
CCDS58 A-GVVYPGAIAMAGM-PSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEPHI--KEEIQA
560 570 580 590 600
780 790 800
pF1KB8 ED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
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CCDS58 EDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
610 620 630 640
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10 20 30 40
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CCDS81 MLTDPDLPQEFERMSSKRPASPYG-EADGEVAM---VTSRQKVEEEESDGLPAFHLPLH-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
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: ..::. : .. .:.::::.: .::
CCDS81 ----------------------------------EVDGNKVMSSFAPHNSSTSPQKAEEG
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110 120 130 140 150 160
pF1KB8 SRDR-EIMTSVTFGTPERRKGSLADVVDTLKQKKLEEMTRTEQEDSSCMEKLLSKDWKEK
.:. : ..:...:::::::::::::::::::.:.::. ..: :.. .:::::::::.:
CCDS81 GRQSGESLSSTALGTPERRKGSLADVVDTLKQRKMEELIKNEPEETPSIEKLLSKDWKDK
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
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. ...... ::::::::::::::::: ::.:: :::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LLAMGSGNF-GEIKGTPESLAEKERQLMGMINQLTSLREQLLAAHDEQKKLAASQIEKQR
150 160 170 180 190 200
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:::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::..::::::.:: :::::::::
CCDS81 QQMELAKQQQEQIARQQQQLLQQQHKINLLQQQIQVQGQLPPLMIPVFPPDQRTLAAAA-
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290 300 310 320 330 340
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:::::.:::..:: : : ::::.::.:::::::. ::.:::::::::::::.:::::
CCDS81 -QQGFLLPPGFSYKAGCSDPYPVQLIPTTMAAAAAATPGLGPLQLQQLYAAQLAAMQVSP
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:.:.:. :: : ...::::.:...: .:: . :::.: ::::::..:::.. ::::
CCDS81 GGKLPGIPQG-NLGAAVSPTSIHTDKSTNSPPPKSKDEVA-QPLNLSAKPKTSDG-KSPT
320 330 340 350 360 370
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pF1KB8 SPTQNLFPASKTSPVNLPNKSSIPSPIGGSLGRGSSLGKWKSQHQEETYELDILSSLNSP
:::. .:: . . : :.:.:. ... .: :..: ::
CCDS81 SPTSPHMPALRINSGAGPLKASVPAALASPSARVSTIGY-----------------LN--
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:.:.: :::::::.:.::..:::: .:::.. .:..:::.::.:::.: .:
CCDS81 ----DHDAVTKAIQEARQMKEQLRREQQV-----LDGKVAVVNSLGLNNCRTEKEKTTLE
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CCDS81 SLTQQLAVKQNEEGKFSHAMMDFNLSGDSDGS--------------------AGVSESRI
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::..:::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: ::
CCDS81 YRESRGRGSNEPHIKRPMNAFMVWAKDERRKILQAFPDMHNSNISKILGSRWKAMTNLEK
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CCDS81 QPYYEEQARLSKQHLEKYPDYKYKPRPKRTCLVDGKKLRIGEYKAIMRNRRQEMRQYFNV
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::: ::::.:. ::::::::.:: :::.. :. ::.:.::::..::::::::.: .
CCDS81 GQQAQIPIATA-GVVYPGAIAMAGM-PSPHLPSEHSSVSSSPEPGMPVIQSTYGVKGEEP
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pF1KB8 SLAGNEMINGED-EMEMYDDY---EDDPKSDYSSENEAPEAVSAN
. .: :..:: . :.::.: :::: ::.:..: : .::
CCDS81 HI--KEEIQAEDINGEIYDEYDEEEDDPDVDYGSDSENHIAGQAN
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70 80 90 100 110 120
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CCDS44 RPGVSEAA-SGSQEKLD-FNRNLKEVVPAIEKLLSSDWKERFLGRNSMEA-KDVKGTQES
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CCDS44 LAEKELQLLVMIHQLSTLRDQLLTAHSEQKNMAAMLFEKQQQQMELARQQQEQIAKQQQQ
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:.:::::::::::::: : .:: .::: :: ... : .. .: .. . : : :: . :
CCDS44 LIQQQHKINLLQQQIQ-QVNMPYVMIPAFPPSHQPLPVTPDSQLALPIQP-IPCKPVE-Y
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CCDS44 PLQLLHSPPAPVVKR---------------------PGAMATHHPLQEPS----------
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:::::...::. : .: ...:: .: .:
CCDS44 -------------------QPLNLTAKPKAPE------------LPNTSSSP-SLKMSSC
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CCDS44 VPRP---------------PSHGGPTR--DLQSSPPSLPLGFLGEGDAVTKAIQDARQL-
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CCDS44 -------LHSHSGALDGSPNTPFRKDLISLDSSPAKERLE------------DGCVHPL-
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CCDS44 ------EEAMLSCDMDGS--------------------RHFPESRNSS----HIKRPMNA
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::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::::::::::. ::::::.
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CCDS44 YKYKPRPKRTCIVEGKRLRVGEYKALMRTRRQDARQSYVIPPQAGQVQMSS-SDVLYPRA
500 510 520 530 540
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CCDS44 EDEDSEGEEKSDGELVVLTD
610 620
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]