Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8416
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8416, 1052 aa
1>>>pF1KB8416 1052 - 1052 aa - 1052 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8838+/-0.00108; mu= 17.9152+/- 0.065
mean_var=62.7839+/-12.414, 0's: 0 Z-trim(102.0): 32 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.161864
statistics sampled from 6734 (6750) to 6734 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.561), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 3.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3516.1 UBA6 gene_id:55236|Hs108|chr4 (1052) 6979 1639.2 0
CCDS14275.1 UBA1 gene_id:7317|Hs108|chrX (1058) 2603 617.3 5.5e-176
CCDS2805.1 UBA7 gene_id:7318|Hs108|chr3 (1012) 1691 404.3 6.7e-112
CCDS12439.1 UBA2 gene_id:10054|Hs108|chr19 ( 640) 334 87.4 1.1e-16
CCDS2910.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 ( 449) 315 82.9 1.7e-15
CCDS2909.1 UBA3 gene_id:9039|Hs108|chr3 ( 463) 315 82.9 1.7e-15
CCDS54284.1 SAE1 gene_id:10055|Hs108|chr19 ( 266) 303 80.1 7e-15
CCDS54285.1 SAE1 gene_id:10055|Hs108|chr19 ( 299) 303 80.1 7.9e-15
CCDS12696.1 SAE1 gene_id:10055|Hs108|chr19 ( 346) 303 80.1 9e-15
>>CCDS3516.1 UBA6 gene_id:55236|Hs108|chr4 (1052 aa)
initn: 6979 init1: 6979 opt: 6979 Z-score: 8795.8 bits: 1639.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6979; 99.7% identity (99.8% similar) in 1052 aa overlap (1-1052:1-1052)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
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CCDS35 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
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CCDS35 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLEDHPHKLE
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CCDS35 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
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CCDS35 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
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CCDS35 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
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CCDS35 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDGRNAIFQLEKAILSNEATKS
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CCDS35 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
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CCDS35 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 VSGLVALEKIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
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CCDS35 VSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB8 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB8 YVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
1030 1040 1050
>>CCDS14275.1 UBA1 gene_id:7317|Hs108|chrX (1058 aa)
initn: 2185 init1: 950 opt: 2603 Z-score: 3273.1 bits: 617.3 E(32554): 5.5e-176
Smith-Waterman score: 2603; 42.7% identity (71.2% similar) in 1030 aa overlap (38-1045:49-1055)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 AAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLS
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CCDS14 PGSNCSPAQSVLSEVPSVPTNGMAKNGSEADIDEGLYSRQLYVLGHEAMKRLQTSSVLVS
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 GMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIA
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CCDS14 GLRGLGVEIAKNIILGGVKAVTLHDQGTAQWADLSSQFYLREEDI--GKNRAEVSQPRLA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISAD
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CCDS14 ELNSYVPVTAYTGPLVE----DFLSGFQVVVLTNTPLEDQLRVGEFCHNR--GIKLVVAD
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLEDHPHKLETGQFLTF
..:....::::::.:. . :..::.: ..: .:. :::.::::.. : .:.:.:..:
CCDS14 TRGLFGQLFCDFGEEMILTDSNGEQPLSAMVSMVTKDNPGVVTCLDEARHGFESGDFVSF
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 REINGMTGLNGSI-QQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFESLERQL
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CCDS14 SEVQGMVELNGNQPMEIKVLGPYTFSICDTSNFSDYIRGGIVSQVKVPKKISFKSLVASL
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATSIS-ETL
.: ...::.. : ..: .. :: :: ...: : ..:. ::. :: ... ..:
CCDS14 AEPDFVVTDFAKFSRPAQLHIGFQALHQFCAQHGRPPRPRNEEDAAELVALAQAVNARAL
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 E--EKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLEAAD
.. ... :... :...: : :.:. : .::.:.:::.:: .::: :. ::::..: .
CCDS14 PAVQQNNLDEDLIRKLAYVAAGDLAPINAFIGGLAAQEVMKACSGKFMPIMQWLYFDALE
380 390 400 410 420 430
430 440 450 460 470
pF1KB8 IV----ESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNF
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CCDS14 CLPEDKEVLTEDKC---LQRQNRYDGQVAVFGSDLQEKLGKQKYFLVGAGAIGCELLKNF
440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 ALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKID
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CCDS14 AMIGLGCG-EGGEIIVTDMDTIEKSNLNRQFLFRPWDVTKLKSDTAAAAVRQMNPHIRVT
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB8 AHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGH
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CCDS14 SHQNRVGPDTERIYDDDFFQNLDGVANALDNVDARMYMDRRCVYYRKPLLESGTLGTKGN
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 TEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKF
..:..: :::::.: .::::. ::.::::.:: :::::.:::::.::. :.. :..
CCDS14 VQVVIPFLTESYSSSQDPPEKSIPICTLKNFPNAIEHTLQWARDEFEGLFKQPAENVNQY
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB8 WQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIK-LLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQL
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CCDS14 LTDPKFVERTL-RLAGTQPLEVLEAVQRSLVLQRPQTWADCVTWACHHWHTQYSNNIRQL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB8 LHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDL
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CCDS14 LHNFPPDQLTSSGAPFWSGPKRCPHPLTFDVNNPLHLDYVMAAANLFAQTYGLT-GSQDR
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB8 SADALLNILSEVKIQEFKPSN--KVVQTDETARKPDHVPISSEDGRNAIFQLEKAILSNE
.: : ..:. :.. :: :.. :. .:. .. . : .:.: .. :: : .
CCDS14 AAVA--TFLQSVQVPEFTPKSGVKIHVSDQELQSAN---ASVDDSR---LEELKATLPSP
790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB8 ATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIAT
..: ..:::::: : :.:::.:::::::. :.: ::: :.: :::::::::::
CCDS14 DKLPGFKMYPIDFEKDDDSNFHMDFIVAASNLRAENYDIPSADRHKSKLIAGKIIPAIAT
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KB8 TTATVSGLVALEKIKVTGGY-PFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIW
:::.: ::: :: ::. :. ...::: :::::.:. :.: . . . : .:.:
CCDS14 TTAAVVGLVCLELYKVVQGHRQLDSYKNGFLNLALPFFGFSEPLAAPRHQYYNQ-EWTLW
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000
pF1KB8 DRWTVHG----KEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHA--KRLKLTM
::. :.: :..:: .:.. : .. .: ::. :::.::: ::. .:: :
CCDS14 DRFEVQGLQPNGEEMTLKQFLDYFKTEHKLEITMLSQGVSMLYSFFMPAAKLKERLDQPM
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB8 HKLVKPTTEKK---YVD-LTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
..:. ....: .: :.. . . .. ::. : :::
CCDS14 TEIVSRVSKRKLGRHVRALVLELCCNDESGEDVEVPYVRYTIR
1020 1030 1040 1050
>>CCDS2805.1 UBA7 gene_id:7318|Hs108|chr3 (1012 aa)
initn: 1531 init1: 366 opt: 1691 Z-score: 2122.4 bits: 404.3 E(32554): 6.7e-112
Smith-Waterman score: 2037; 37.5% identity (65.6% similar) in 1035 aa overlap (35-1045:6-1010)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 EPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHV
:: .:. ::::: ::::. :::.. ..:
CCDS28 MDALDASKLLDEELYSRQLYVLGSPAMQRIQGARV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEK-CQAW-DLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAV
..::. ::: :.:::::: :. ..:.:: . : : ::...:.:::.:. .:.::::
CCDS28 LVSGLQGLGAEVAKNLVLMGVGSLTLHDPHPTC--WSDLAAQFLLSEQDL--ERSRAEAS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIK
. .:.:: :.:. . ..: :: .:: .: :::: :: : :.. .:... .
CCDS28 QELLAQLNRAVQVVVHTGDITE--DL-LLD-FQVVVLTAAKLEEQLKVGTLCHKH--GVC
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 FISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLED-HPHKLET
:..::..:. ..::::::..: : : : :: :..:.:..:::.: . . : ..
CCDS28 FLAADTRGLVGQLFCDFGEDFTVQDPTEAEPLTAAIQHISQGSPGILTLRKGANTHYFRD
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GQFLTFREINGMTGLNG-SIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
:...:: :.::. :: . ..: : :. ::::: . ::.:: ..:: :::: .
CCDS28 GDLVTFSGIEGMVELNDCDPRSIHVREDGSLEIGDTTTFSRYLRGGAITEVKRPKTVRHK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
::. : .:. . . .. . .: :. :: .::. ..: :. :.: .. :: .
CCDS28 SLDTALLQPHVVAQSSQEVHHAHCLHQAFCALHKFQHLHGRPPQPWDPVDAETVVGLARD
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410
pF1KB8 IS--ETLEEKP---DVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQ
. . ::.: .. .:. .. .. : :::..: .:.::.::::::.. :: :: :
CCDS28 LEPLKRTEEEPLEEPLDEALVRTVALSSAGVLSPMVAMLGAVAAQEVLKAISRKFMPLDQ
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 WLYLEAADIVESLGK--PECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGC
:::..: : . :. : :. ::.:::. : .: . .::. . .::: :::::
CCDS28 WLYFDALDCLPEDGELLPSPEDCALRGSRYDGQIAVFGAGFQEKLRRQHYLLVGAGAIGC
390 400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 EMLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKIN
:.:: :::.:.:... :. ::.: : ::.:::.:::::: . . .::. .:: :. .:
CCDS28 ELLKVFALVGLGAGNSGGL-TVVDMDHIERSNLSRQFLFRSQDVGRPKAEVAAAAARGLN
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KB8 SQIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGT
.... . :::: ::.:.:... : . .:::. .::::: .:: :.:::..::
CCDS28 PDLQVIPLTYPLDPTTEHIYGDNFFSRVDGVAAALDSFQARRYVAARCTHYLKPLLEAGT
510 520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 MGTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEE---IPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFS
:: : . :..::.::.: . . : : ::.. ::.. :::.:::: .:: :
CCDS28 SGTWGSATVFMPHVTEAYRAPASAAASEDAPYPVCTVRYFPSTAEHTLQWARHEFEELFR
570 580 590 600 610 620
660 670 680 690 700 710
pF1KB8 HKPSLFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKY
. .:. :...: : .. ..: :. .: ::.::..:: : ...
CCDS28 LSAETINHHQQAHTS----LADMDEPQTLTLLKPVLGVLRVRPQNWQDCVAWALGHWKLC
630 640 650 660 670 680
720 730 740 750 760 770
pF1KB8 FNHKALQLLHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYC
:.. :::. :: . :.::. ::..::. :.:..:: :. :: .. ::.::: ..
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CCDS12 GETEANNHKKLSEFGIRNGSRLQADDFLQDYTLLINILHSEDLGKDVEFEVVGDAPEKVG
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CCDS12 DGMKGNGIVECLGPK
340
1052 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Fri Nov 4 12:44:48 2016 done: Fri Nov 4 12:44:48 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]