Result of FASTA (omim) for
pF1KB8416
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8416, 1052 aa
1>>>pF1KB8416 1052 - 1052 aa - 1052 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3783+/-0.000427; mu= 21.2635+/- 0.027
mean_var=66.9444+/-13.165, 0's: 0 Z-trim(109.2): 47 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.156753
statistics sampled from 17334 (17379) to 17334 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.204), width: 16
Scan time: 13.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060697 (OMIM: 611361) ubiquitin-like modifier-a (1052) 6979 1588.2 0
XP_016863848 (OMIM: 611361) PREDICTED: ubiquitin-l (1009) 6672 1518.8 0
NP_695012 (OMIM: 301830,314370) ubiquitin-like mod (1058) 2603 598.6 6.1e-170
NP_003325 (OMIM: 301830,314370) ubiquitin-like mod (1058) 2603 598.6 6.1e-170
XP_016885269 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1058) 2603 598.6 6.1e-170
XP_016885270 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1058) 2603 598.6 6.1e-170
XP_005272706 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1064) 2603 598.6 6.1e-170
XP_016885268 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1064) 2603 598.6 6.1e-170
XP_011542256 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1072) 2603 598.6 6.1e-170
XP_016885267 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1086) 2603 598.6 6.2e-170
XP_016885266 (OMIM: 301830,314370) PREDICTED: ubiq (1109) 2603 598.6 6.3e-170
NP_003326 (OMIM: 191325) ubiquitin-like modifier-a (1012) 1691 392.3 7.1e-108
XP_005265487 (OMIM: 191325) PREDICTED: ubiquitin-l ( 987) 1526 355.0 1.2e-96
XP_011532374 (OMIM: 191325) PREDICTED: ubiquitin-l ( 796) 1186 278.1 1.4e-73
XP_011532372 (OMIM: 191325) PREDICTED: ubiquitin-l ( 960) 644 155.6 1.3e-36
XP_011532373 (OMIM: 191325) PREDICTED: ubiquitin-l ( 910) 374 94.5 3e-18
XP_006713384 (OMIM: 191325) PREDICTED: ubiquitin-l (1005) 374 94.5 3.2e-18
NP_005490 (OMIM: 613295) SUMO-activating enzyme su ( 640) 334 85.4 1.2e-15
XP_016881623 (OMIM: 613295) PREDICTED: SUMO-activa ( 608) 331 84.7 1.8e-15
XP_011524606 (OMIM: 613295) PREDICTED: SUMO-activa ( 700) 331 84.7 2e-15
XP_005258461 (OMIM: 613295) PREDICTED: SUMO-activa ( 752) 331 84.7 2.1e-15
NP_937838 (OMIM: 603172) NEDD8-activating enzyme E ( 449) 315 81.0 1.7e-14
NP_003959 (OMIM: 603172) NEDD8-activating enzyme E ( 463) 315 81.0 1.7e-14
NP_001139186 (OMIM: 613294) SUMO-activating enzyme ( 266) 303 78.1 7.1e-14
XP_006723028 (OMIM: 613294) PREDICTED: SUMO-activa ( 281) 303 78.2 7.5e-14
NP_001139185 (OMIM: 613294) SUMO-activating enzyme ( 299) 303 78.2 7.9e-14
NP_005491 (OMIM: 613294) SUMO-activating enzyme su ( 346) 303 78.2 8.9e-14
XP_016881624 (OMIM: 613294) PREDICTED: SUMO-activa ( 349) 303 78.2 9e-14
XP_006723026 (OMIM: 613294) PREDICTED: SUMO-activa ( 378) 303 78.2 9.6e-14
XP_011532513 (OMIM: 603172) PREDICTED: NEDD8-activ ( 422) 247 65.6 6.8e-10
XP_011532512 (OMIM: 603172) PREDICTED: NEDD8-activ ( 436) 247 65.6 7e-10
XP_006723025 (OMIM: 613295) PREDICTED: SUMO-activa ( 612) 236 63.2 5.2e-09
NP_003896 (OMIM: 603385) NEDD8-activating enzyme E ( 534) 219 59.3 6.7e-08
NP_001273429 (OMIM: 603385) NEDD8-activating enzym ( 537) 204 55.9 7.1e-07
NP_001018169 (OMIM: 603385) NEDD8-activating enzym ( 528) 202 55.5 9.6e-07
NP_055299 (OMIM: 609277) adenylyltransferase and s ( 460) 160 45.9 0.00062
XP_016881625 (OMIM: 613294) PREDICTED: SUMO-activa ( 282) 156 44.9 0.00076
XP_011521724 (OMIM: 603385) PREDICTED: NEDD8-activ ( 445) 155 44.8 0.0013
NP_001018170 (OMIM: 603385) NEDD8-activating enzym ( 445) 155 44.8 0.0013
XP_005256272 (OMIM: 603385) PREDICTED: NEDD8-activ ( 445) 155 44.8 0.0013
>>NP_060697 (OMIM: 611361) ubiquitin-like modifier-activ (1052 aa)
initn: 6979 init1: 6979 opt: 6979 Z-score: 8520.4 bits: 1588.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6979; 99.7% identity (99.8% similar) in 1052 aa overlap (1-1052:1-1052)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLEDHPHKLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
NP_060 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDGRNAIFQLEKAILSNEATKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
NP_060 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 VSGLVALEKIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 VSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB8 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB8 YVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 YVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
1030 1040 1050
>>XP_016863848 (OMIM: 611361) PREDICTED: ubiquitin-like (1009 aa)
initn: 6672 init1: 6672 opt: 6672 Z-score: 8145.5 bits: 1518.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6672; 99.7% identity (99.8% similar) in 1008 aa overlap (1-1008:1-1008)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMA
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pF1KB8 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLEDHPHKLE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
XP_016 IKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATS
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370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLE
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430 440 450 460 470 480
pF1KB8 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFA
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDA
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550 560 570 580 590 600
pF1KB8 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFCTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDGRNAIFQLEKAILSNEATKS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
XP_016 DALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTAT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 VSGLVALEKIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB8 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTH
970 980 990 1000
1030 1040 1050
pF1KB8 YVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD
>>NP_695012 (OMIM: 301830,314370) ubiquitin-like modifie (1058 aa)
initn: 2185 init1: 950 opt: 2603 Z-score: 3172.0 bits: 598.6 E(85289): 6.1e-170
Smith-Waterman score: 2603; 42.7% identity (71.2% similar) in 1030 aa overlap (38-1045:49-1055)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 AAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLS
.::..::::: :::: ::... : :..:
NP_695 PGSNCSPAQSVLSEVPSVPTNGMAKNGSEADIDEGLYSRQLYVLGHEAMKRLQTSSVLVS
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 GMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIA
:. :::.:::::..:.:.::::.:: : ::...:.: :.:. .::::. ..:
NP_695 GLRGLGVEIAKNIILGGVKAVTLHDQGTAQWADLSSQFYLREEDI--GKNRAEVSQPRLA
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISAD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]