Result of FASTA (ccds) for pF1KB8433
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8433, 283 aa
  1>>>pF1KB8433 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2148+/-0.00127; mu= -10.7994+/- 0.071
 mean_var=332.6817+/-79.050, 0's: 0 Z-trim(108.3): 491  B-trim: 340 in 2/49
 Lambda= 0.070317
 statistics sampled from 9478 (10145) to 9478 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.312), width:  16
 Scan time:  2.480

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 360) 1893 206.2 2.8e-53
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 272) 1653 181.7   5e-46
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 748)  984 114.3 2.8e-25
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 782)  984 114.3 2.8e-25
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 795)  984 114.3 2.9e-25
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 770)  982 114.1 3.2e-25
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 779)  982 114.1 3.3e-25
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 780)  982 114.1 3.3e-25
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 783)  982 114.1 3.3e-25
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17          ( 305)  677 82.8 3.4e-16
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12           ( 298)  672 82.2 4.8e-16
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5            ( 346)  659 81.0 1.3e-15
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7           ( 292)  632 78.2 7.9e-15
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12          ( 523)  633 78.5 1.1e-14
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12         ( 523)  633 78.5 1.1e-14
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10           ( 297)  617 76.7 2.3e-14
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1          ( 474)  619 77.1 2.8e-14
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1           ( 504)  619 77.1 2.9e-14
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 496)  617 76.9 3.3e-14
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 502)  617 76.9 3.3e-14
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 570)  617 76.9 3.7e-14
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9            ( 372)  604 75.4 6.7e-14
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 340)  595 74.5 1.2e-13
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 423)  595 74.6 1.4e-13
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7           ( 451)  595 74.6 1.5e-13
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 469)  595 74.6 1.5e-13
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12           ( 303)  584 73.3 2.4e-13
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9         ( 346)  585 73.5 2.4e-13
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2          ( 384)  583 73.3   3e-13
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 400)  583 73.3 3.1e-13
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 429)  583 73.4 3.3e-13
CCDS83002.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5           ( 253)  559 70.7 1.2e-12
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7            ( 326)  551 70.0 2.5e-12
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17        (1481)  562 71.7 3.5e-12
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17        (1490)  562 71.7 3.5e-12
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7           (1452)  551 70.6 7.4e-12
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7           (1512)  551 70.6 7.6e-12
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6            ( 632)  532 68.3 1.6e-11
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 583)  515 66.6 4.8e-11
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6             ( 623)  515 66.6 5.1e-11
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 648)  515 66.6 5.2e-11


>>CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16              (360 aa)
 initn: 1901 init1: 1561 opt: 1893  Z-score: 1069.9  bits: 206.2 E(32554): 2.8e-53
Smith-Waterman score: 1893; 97.9% identity (97.9% similar) in 289 aa overlap (1-283:72-360)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LNRIGEGTYGIVYRARDTQTDEIVALKKVRMDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
              50        60        70        80        90       100 

               40        50        60        70        80        90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
             110       120       130       140       150       160 

              100       110       120       130       140       150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
             170       180       190       200       210       220 

              160       170       180       190       200       210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
             230       240       250       260       270       280 

              220       230             240       250       260    
pF1KB8 YNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFM------ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHH
       ::::::::::::::::::::::::      ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHH
             290       300       310       320       330       340 

          270       280   
pF1KB8 RNKRAAPATSEGQSKRCKP
       :::::::::::::::::::
CCDS10 RNKRAAPATSEGQSKRCKP
             350       360

>>CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16              (272 aa)
 initn: 1661 init1: 1561 opt: 1653  Z-score: 939.9  bits: 181.7 E(32554): 5e-46
Smith-Waterman score: 1653; 97.7% identity (97.7% similar) in 257 aa overlap (1-251:1-257)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVELKEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVELKEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 PTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 VKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230          
pF1KB8 VQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFM------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
CCDS32 VQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQPYNNLKHKFPWLSEAGLRLLHFLFMYDPKKR
              190       200       210       220       230       240

          240       250       260       270       280   
pF1KB8 ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHHRNKRAAPATSEGQSKRCKP
       :::::::::::::::::                                
CCDS32 ATAGDCLESSYFKEKPLRLPISGVCEGCREPG                 
              250       260       270                   

>>CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1               (748 aa)
 initn: 956 init1: 883 opt: 984  Z-score: 567.4  bits: 114.3 E(32554): 2.8e-25
Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:424-711)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
                                     :.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS72 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
           400       410       420       430       440       450   

               40        50        60        70        80        90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
       .:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.:  ::  ..:: ...:.:::...:: :.:.:
CCDS72 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
           460       470       480       490       500       510   

              100       110       120       130       140       150
pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
       ::::.::::..  : .:..:::::: :: :.: .:: ::::::::::::::.   .:..:
CCDS72 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAVD
           520       530       540       550       560       570   

              160       170       180       190       200       210
pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
       ::.::::..:::...::.:: ::: ::. . . ::::::.::::.:.:: : .... ..:
CCDS72 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGKSEIDQINKVFKDLGTPSEKIWPGYSELPAVKKMTFSEHP
           580       590       600       610       620       630   

               220       230             240       250       260   
pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
       ::::...:   ::. :. :.. :: .      .: : :.  ::.: ::: .: ..::.: 
CCDS72 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
           640       650       660       670       680       690   

                270       280                                 
pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP                              
          ..: ::. .:   ::                                     
CCDS72 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
           700       710       720       730       740        

>>CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1               (782 aa)
 initn: 956 init1: 883 opt: 984  Z-score: 567.2  bits: 114.3 E(32554): 2.8e-25
Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:458-745)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
                                     :.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS72 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
       430       440       450       460       470       480       

               40        50        60        70        80        90
pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
       .:.:::.....:..::.: :.:: ::.:.:  ::  ..:: ...:.:::...:: :.:.:
CCDS72 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
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>>CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1               (795 aa)
 initn: 956 init1: 883 opt: 984  Z-score: 567.1  bits: 114.3 E(32554): 2.9e-25
Smith-Waterman score: 992; 51.0% identity (79.9% similar) in 288 aa overlap (1-276:471-758)

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>>CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1            (770 aa)
 initn: 981 init1: 881 opt: 982  Z-score: 566.2  bits: 114.1 E(32554): 3.2e-25
Smith-Waterman score: 990; 50.7% identity (80.2% similar) in 288 aa overlap (1-276:446-733)

                                             10        20        30
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>>CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1            (779 aa)
 initn: 981 init1: 881 opt: 982  Z-score: 566.1  bits: 114.1 E(32554): 3.3e-25
Smith-Waterman score: 990; 50.7% identity (80.2% similar) in 288 aa overlap (1-276:455-742)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
                                     :.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS81 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
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CCDS81 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
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pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
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CCDS81 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
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>>CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1            (780 aa)
 initn: 954 init1: 881 opt: 982  Z-score: 566.1  bits: 114.1 E(32554): 3.3e-25
Smith-Waterman score: 990; 50.7% identity (80.2% similar) in 288 aa overlap (1-276:456-743)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MDKEKDGIPISSLREITLLLRLRHPNIVEL
                                     :.:::.:.::.:::::. .:. .::::: .
CCDS44 LNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALKRLKMEKEKEGFPITSLREINTILKAQHPNIVTV
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pF1KB8 KEVVVGNHLESIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIH
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CCDS44 REIVVGSNMDKIYIVMNYVEHDLKSLMETMKQPFLPGEVKTLMIQLLRGVKHLHDNWILH
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pF1KB8 RDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSID
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CCDS44 RDLKTSNLLLSHAGILKVGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTQWYRAPELLLGAKEYSTAVD
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pF1KB8 MWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQP
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CCDS44 MWSVGCIFGELLTQKPLFPGNSEIDQINKVFKELGTPSEKIWPGYSELPVVKKMTFSEHP
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pF1KB8 YNNLKHKF-PWLSEAGLRLLH-FLFM-----ATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFP-
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CCDS44 YNNLRKRFGALLSDQGFDLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPA
         670       680       690       700       710       720     

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pF1KB8 ---HHRNKRA-APATSEGQSKRCKP                              
          ..: ::. .:   ::                                     
CCDS44 KSEQQRVKRGTSPRPPEGGLGYSQLGDDDLKETGFHLTTTNQGASAAGPGFSLKF
         730       740       750       760       770       780

>>CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1            (783 aa)
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                                     .: : .:.: ...:::.:: .:.:::::.:
CCDS11 VEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEMEGVPSTAIREISLLKELKHPNIVRL
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CCDS11 LDVV--HNERKLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSYLFQLLQGVSFCHSHRVI
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CCDS11 HRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLWYRAPEILLGSKFYTTAV
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CCDS11 DIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTWPGVTQLPDY-KGSFPKW
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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