FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8450, 638 aa 1>>>pF1KB8450 638 - 638 aa - 638 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4643+/-0.00139; mu= -10.7780+/- 0.080 mean_var=468.8443+/-108.091, 0's: 0 Z-trim(109.7): 419 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.059232 statistics sampled from 10609 (11080) to 10609 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.34), width: 16 Scan time: 3.080 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 638) 4372 389.2 9e-108 CCDS13892.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 617) 4080 364.3 2.9e-100 CCDS33637.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 ( 686) 3772 338.0 2.6e-92 CCDS56491.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 613) 1503 144.0 5.6e-34 CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 ( 647) 1503 144.1 5.8e-34 >>CCDS13891.1 LIMK2 gene_id:3985|Hs108|chr22 (638 aa) initn: 4372 init1: 4372 opt: 4372 Z-score: 2048.3 bits: 389.2 E(32554): 9e-108 Smith-Waterman score: 4372; 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CCDS56 MLLASAPRRRRFLQRAKCCDCSASLSHQYYEKDGQLFCKKDYWARY 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 GEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIEDGDAYALVQHATLYCGKCHNE :: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..: :::.:.::.:. ::::.:. . CCDS56 GESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIGDGDTYTLVEHSKLYCGHCYYQ 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 VVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFSVSVES-----AC-SNYATTVQ .:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.:::.. .: .... ::. CCDS56 TVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLSVSIDPPHGPPGCGTEHSHTVR 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 VKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEVEDAISQTSQTLQLLIEHDPVS :. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:.. :..::. ::: .:::: CCDS56 VQGVDPGCMSPDVKNSIHVGDRILEINGTPIRNVPLDEIDLLIQETSRLLQLTLEHDP-- 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 QRLDQLRLEARLAPHMQNAGHPHALSTLDTKENLEGTLRRRSLRRSNSISKSPGPSSPKE . : :.:. . . : . .. .. :.. . :: ::..::: .: CCDS56 ----HDTLGHGLGPETSPLSSPAYTPSGEAG----SSARQKPVLRSCSIDRSPGAGSLGS 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KB8 PLLFSRDISRSESLRCSSSYSQQIFRPCDLIHGEVLGKGFFGQAIKVTHKATGKVMVMKE : .:..:::::: ..:::: ::::::::::: :::::::::. ::.:::::: CCDS56 PASQRKDLGRSESLRVVCR-PHRIFRPSDLIHGEVLGKGCFGQAIKVTHRETGEVMVMKE 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KB8 LIRCDEETQKTFLTEVKVMRSLDHPNVLKFIGVLYKDKKLNLLTEYIEGGTLKDFLRSMD ::: :::::.::: :::::: :.:::::::::::::::.::..::::.::::. ...::: CCDS56 LIRFDEETQRTFLKEVKVMRCLEHPNVLKFIGVLYKDKRLNFITEYIKGGTLRGIIKSMD 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KB8 P-FPWQQKVRFAKGIASGMAYLHSMCIIHRDLNSHNCLIKLDKTVVVADFGLSRLIVEER .::.:.: ::: ::::::::::: ::::::::::::.. .:.::::::::.::.:.: CCDS56 SQYPWSQRVSFAKDIASGMAYLHSMNIIHRDLNSHNCLVRENKNVVVADFGLARLMVDE- 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 pF1KB8 KRAPMEKATTKKRTLRKNDRKKRYTVVGNPYWMAPEMLNGKSYDETVDIFSFGIVLCEII : : :.:.: :::::::::::::::::::.::.:::: ::.::::::::::: CCDS56 KTQP-----EGLRSLKKPDRKKRYTVVGNPYWMAPEMINGRSYDEKVDVFSFGIVLCEII 460 470 480 490 500 550 560 570 580 590 600 pF1KB8 GQVYADPDCLPRTLDFGLNVKLFWEKFVPTDCPPAFFPLAAICCRLEPESRPAFSKLEDS :.: :::: ::::.::::::. : ... : .:::.:::... :: :.::.::.: ::: CCDS56 GRVNADPDYLPRTMDFGLNVRGFLDRYCPPNCPPSFFPITVRCCDLDPEKRPSFVKLEHW 510 520 530 540 550 560 610 620 630 pF1KB8 FEALSLYL-GELGIPLPAELEELDHTVSMQYGLTRDSPP .:.: ..: :.: :: .::.:: CCDS56 LETLRMHLAGHL--PLGPQLEQLDRGFWETYRRGESGLPAHPEVPD 570 580 590 600 610 >>CCDS5563.1 LIMK1 gene_id:3984|Hs108|chr7 (647 aa) initn: 2186 init1: 578 opt: 1503 Z-score: 723.2 bits: 144.1 E(32554): 5.8e-34 Smith-Waterman score: 2308; 55.2% identity (78.5% similar) in 627 aa overlap (6-623:19-625) 10 20 30 40 pF1KB8 MSALAGEDVWRCPGCGDHIAPSQIWYRTVNETWHGSCFRCSECQDSL : .. : .::..: .: . ...: ::..:::: .:. :: CCDS55 MRLTLLCCTWREERMGEEGSELPVCASCGQRIYDGQ-YLQALNADWHADCFRCCDCSASL 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KB8 TNWYYEKDGKLYCPKDYWGKFGEFCHGCSLLMT-GPFMVAGEFKYHPECFACMSCKVIIE .. ::::::.:.: ::::...:: ::::: .: : :::::.::::::: :..: ..: CCDS55 SHQYYEKDGQLFCKKDYWARYGESCHGCSEQITKGLVMVAGELKYHPECFICLTCGTFIG 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB8 DGDAYALVQHATLYCGKCHNEVVLAPMFERLSTESVQEQLPYSVTLISMPATTEGRRGFS :::.:.::.:. ::::.:. ..:..:..:.. .: .::..:::.:.::...:.::.: CCDS55 DGDTYTLVEHSKLYCGHCYYQTVVTPVIEQILPDSPGSHLPHTVTLVSIPASSHGKRGLS 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB8 VSVES-----AC-SNYATTVQVKEVNRMHISPNNRNAIHPGDRILEINGTPVRTLRVEEV ::.. .: .... ::.:. :. .::. .:.:: :::::::::::.:.. ..:. 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