Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8453
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8453, 321 aa
1>>>pF1KB8453 321 - 321 aa - 321 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9973+/-0.000642; mu= 17.8291+/- 0.039
mean_var=65.0349+/-12.843, 0's: 0 Z-trim(111.0): 19 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.159038
statistics sampled from 12038 (12050) to 12038 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13947.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22 ( 321) 2237 521.5 3.5e-148
CCDS54525.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22 ( 307) 1541 361.8 4e-100
CCDS34587.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 ( 379) 1241 293.0 2.5e-79
CCDS32773.1 RFNG gene_id:5986|Hs108|chr17 ( 331) 1129 267.3 1.2e-71
CCDS34586.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 ( 361) 1115 264.1 1.2e-70
CCDS55081.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 ( 308) 1079 255.8 3.3e-68
CCDS55082.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 ( 250) 1072 254.1 8.4e-68
>>CCDS13947.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22 (321 aa)
initn: 2237 init1: 2237 opt: 2237 Z-score: 2773.8 bits: 521.5 E(32554): 3.5e-148
Smith-Waterman score: 2237; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB8 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
:::::::::::::::::::::
CCDS13 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
310 320
>>CCDS54525.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22 (307 aa)
initn: 2109 init1: 1541 opt: 1541 Z-score: 1911.0 bits: 361.8 E(32554): 4e-100
Smith-Waterman score: 2081; 95.0% identity (95.3% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
:::::::::::::::::::::::::. : ::::::::::::::::::
CCDS54 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQV------------TR--SHLVVTNCSAEHSHPALS
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
230 240 250 260 270 280
310 320
pF1KB8 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
:::::::::::::::::::::
CCDS54 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
290 300
>>CCDS34587.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 (379 aa)
initn: 1240 init1: 1014 opt: 1241 Z-score: 1537.7 bits: 293.0 E(32554): 2.5e-79
Smith-Waterman score: 1241; 62.6% identity (82.2% similar) in 286 aa overlap (32-317:91-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 QCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAVK
: . : ..: : : .:::::::
CCDS34 AAAPGALVRDVHSLSEYFSLLTRARRDAGPPPGAAPRPADGHPRPLAEPLAPRDVFIAVK
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALSC
::. ::: ::.:::.::.:: .:.::.:::. :..: .. :. .:.::::: ::. ::::
CCDS34 TTKKFHRARLDLLLETWISRHKEMTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAHSRQALSC
130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASEP
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CCDS34 KMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDRPIQAMER
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIEC
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CCDS34 VSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCTIGYIVEA
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSRF
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CCDS34 LLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSVEADPSRF
300 310 320 330 340 350
310 320
pF1KB8 RSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
::.:: :::::::::.
CCDS34 RSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
360 370
>>CCDS32773.1 RFNG gene_id:5986|Hs108|chr17 (331 aa)
initn: 1102 init1: 568 opt: 1129 Z-score: 1399.7 bits: 267.3 E(32554): 1.2e-71
Smith-Waterman score: 1129; 55.2% identity (76.0% similar) in 317 aa overlap (3-317:9-322)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPN-PGPPKLQL
:: .::.:: .:: :: : .: :. . . :. :. :.:.
CCDS32 MSRARGALCRACLALAAALAALL---LLPLPLPRAPAPARTPAPAPRAPPSRPAAPSLRP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 HDVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAE
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CCDS32 DDVFIAVKTTRKNHGPRLRLLLRTWISRARQQTFIFTDGDDPELELQGGDRVINTNCSAV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 HSHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLN
... :: :::..:.: :. :: .:::::::::::: :.::.:: .: ..:::.:::::.
CCDS32 RTRQALCCKMSVEYDKFIESGRKWFCHVDDDNYVNARSLLHLLSSFSPSQDVYLGRPSLD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 RPIHASEPQPHNRT-RLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDD
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CCDS32 HPIEATERVQGGRTVTTVKFWFATGGAGFCLSRGLALKMSPWASLGSFMSTAEQVRLPDD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 CTMGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPF
::.:::.: ::.:: :::::::::.:: : : .:::::.: :. ::... : :
CCDS32 CTVGYIVEGLLGARLLHSPLFHSHLENLQRLPPDTLLQQVTLSHGGPENPHNVVNVAGGF
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB8 SPEEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
: ..::.::.:.:::::::: :::.
CCDS32 SLHQDPTRFKSIHCLLYPDTDWCPRQKQGAPTSR
300 310 320 330
>>CCDS34586.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 (361 aa)
initn: 1114 init1: 888 opt: 1115 Z-score: 1381.8 bits: 264.1 E(32554): 1.2e-70
Smith-Waterman score: 1115; 61.1% identity (81.5% similar) in 270 aa overlap (32-301:91-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 QCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAVK
: . : ..: : : .:::::::
CCDS34 AAAPGALVRDVHSLSEYFSLLTRARRDAGPPPGAAPRPADGHPRPLAEPLAPRDVFIAVK
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALSC
::. ::: ::.:::.::.:: .:.::.:::. :..: .. :. .:.::::: ::. ::::
CCDS34 TTKKFHRARLDLLLETWISRHKEMTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAHSRQALSC
130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASEP
:::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.:::.: :
CCDS34 KMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDRPIQAMER
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIEC
.:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:. ::::::::.:::.:
CCDS34 VSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCTIGYIVEA
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSRF
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CCDS34 LLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSVEADPSRW
300 310 320 330 340 350
310 320
pF1KB8 RSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
CCDS34 GN
360
>>CCDS55081.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 (308 aa)
initn: 1071 init1: 1014 opt: 1079 Z-score: 1338.1 bits: 255.8 E(32554): 3.3e-68
Smith-Waterman score: 1079; 65.4% identity (85.5% similar) in 234 aa overlap (84-317:72-304)
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 HDVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAE
.:::.:::. :..: .. :. .:.:::::
CCDS55 TDRWTDGWMDGWMDEWSPTPALRSYGGGLSQQTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAA
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 HSHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLN
::. :::::::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.
CCDS55 HSRQALSCKMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLD
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 RPIHASEPQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDC
:::.: : .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:. :::::::
CCDS55 RPIQAMERVSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDC
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TMGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFS
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CCDS55 TIGYIVEALLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFS
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB8 PEEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
: :::::::.:: :::::::::.
CCDS55 VEADPSRFRSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
290 300
>>CCDS55082.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7 (250 aa)
initn: 1064 init1: 1014 opt: 1072 Z-score: 1330.7 bits: 254.1 E(32554): 8.4e-68
Smith-Waterman score: 1072; 65.2% identity (85.4% similar) in 233 aa overlap (85-317:15-246)
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 DVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEH
.::.:::. :..: .. :. .:.::::: :
CCDS55 MTPGRCCLAADIQVETFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAH
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 SHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNR
:. :::::::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.:
CCDS55 SRQALSCKMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDR
50 60 70 80 90 100
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 PIHASEPQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCT
::.: : .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:. ::::::::
CCDS55 PIQAMERVSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCT
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 MGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSP
.:::.: :: : : :::::::.:: . :..: ::::::::.::.: :.....::::
CCDS55 IGYIVEALLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSV
170 180 190 200 210 220
300 310 320
pF1KB8 EEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
: :::::::.:: :::::::::.
CCDS55 EADPSRFRSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
230 240 250
321 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 13:01:38 2016 done: Fri Nov 4 13:01:38 2016
Total Scan time: 2.260 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]