FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8500, 862 aa 1>>>pF1KB8500 862 - 862 aa - 862 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1147+/-0.00113; mu= 6.7275+/- 0.068 mean_var=124.5003+/-24.590, 0's: 0 Z-trim(105.7): 22 B-trim: 44 in 1/50 Lambda= 0.114945 statistics sampled from 8563 (8576) to 8563 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16 Scan time: 3.840 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7 ( 862) 5683 954.5 0 CCDS83155.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7 ( 756) 4945 832.1 0 CCDS46473.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2 ( 770) 468 89.6 2.2e-17 CCDS46474.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2 ( 893) 468 89.7 2.6e-17 CCDS2302.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2 ( 932) 468 89.7 2.7e-17 CCDS2663.1 MLH1 gene_id:4292|Hs108|chr3 ( 756) 449 86.5 1.9e-16 CCDS82544.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2 ( 181) 386 75.9 7.2e-14 CCDS82543.1 PMS1 gene_id:5378|Hs108|chr2 ( 165) 385 75.7 7.4e-14 >>CCDS5343.1 PMS2 gene_id:5395|Hs108|chr7 (862 aa) initn: 5683 init1: 5683 opt: 5683 Z-score: 5098.4 bits: 954.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5683; 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CCDS46 MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV :: : ::: ::: :.. . ...:..::::. :: .. :.:::::::.:.: ...: CCDS46 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE :.: :. . .:. ..: .:.:... : .::::.. .::..:::: :.: . :: CCDS46 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVR-KQFYSTAKK- 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI : ... :..:.:. 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CCDS23 MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV :: : ::: ::: :.. . ...:..::::. :: .. :.:::::::.:.: ...: CCDS23 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKK- :.: :. . .:. ..: .:.:... : .::::.. .::..:::: :.: . :: CCDS23 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGTTVTALRLFKNLPVR-KQFYSTAKKC 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 --EYAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQ : :. ..: .. :.. .:. ... . .. : : . ::.: .. 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CCDS82 MKQLPAATVRLLSSSQIITSVVSVVKELIENSLDAGATSVDVKLEN 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 YGVDLIEVSDNGCGVEEENFEGLTLKHHTSKIQEFADLTQVETFGFRGEALSSLCALSDV :: : ::: ::: :.. . ...:..::::. :: .. :.:::::::.:.: ...: CCDS82 YGFDKIEVRDNGEGIKAVDAPVMAMKYYTSKINSHEDLENLTTYGFRGEALGSICCIAEV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 TISTCHASAKVGTRLMFDHNGKIIQKTPYPRPRGTTVSVQQLFSTLPVRHKEFQRNIKKE :.: :. . .:. ..: .:.:... : .:. :: : CCDS82 LITTRTAADNFSTQYVLDGSGHILSQKPSHLGQGSH-SVTQAGLQWHHLGSLQPLPPRLK 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 YAKMVQVLHAYCIISAGIRVSCTNQLGQGKRQPVVCTGGSPSIKENIGSVFGQKQLQSLI 862 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 20:40:35 2016 done: Sat Nov 5 20:40:35 2016 Total Scan time: 3.840 Total Display time: 0.170 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]