Result of FASTA (omim) for
pF1KB8501
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8501, 936 aa
1>>>pF1KB8501 936 - 936 aa - 936 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2757+/-0.000508; mu= 7.5256+/- 0.032
mean_var=164.6114+/-33.777, 0's: 0 Z-trim(113.0): 39 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.099964
statistics sampled from 22089 (22119) to 22089 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16
Scan time: 12.280
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [H ( 936) 6010 880.0 0
NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) D ( 868) 751 121.6 1.8e-26
XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 924) 751 121.6 1.9e-26
NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA ( 934) 751 121.6 1.9e-26
XP_005264389 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) P ( 974) 751 121.6 1.9e-26
NP_002430 (OMIM: 600887,608089,617100) DNA mismatc (1137) 613 101.7 2.2e-20
NP_002432 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 501 85.5 1.2e-15
NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 834) 501 85.5 1.2e-15
NP_751897 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 835) 491 84.1 3.3e-15
NP_079535 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 is ( 822) 452 78.4 1.6e-13
NP_001268423 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 408 72.1 1.6e-11
NP_001268422 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1058) 408 72.1 1.6e-11
NP_001268421 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) D (1230) 408 72.2 1.8e-11
XP_011531101 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1261) 408 72.2 1.9e-11
XP_011531100 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) P (1299) 408 72.2 1.9e-11
NP_000170 (OMIM: 276300,600678,608089,614350) DNA (1360) 408 72.2 2e-11
>>NP_002431 (OMIM: 602105) mutS protein homolog 4 [Homo (936 aa)
initn: 6010 init1: 6010 opt: 6010 Z-score: 4694.8 bits: 880.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6010; 99.9% identity (100.0% similar) in 936 aa overlap (1-936:1-936)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MLRPEISSTSPSAPAVSPSSGETRSPQGPRYNFGLQETPQSRPSVQVVSASTCPGTSGAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GDRSSSSSSLPCPAPNSRPAQGSYFGNKRAYAENTVASNFTFGASSSSARDTNYPQTLKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PLSTGNPQRSGYKSWTPQVGYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PQIILSQFADNTTYAKVITKLKILSPLEIIMSNTACAVGNSTKLFTLITENFKNVNFTTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QRKYFNETKGLEYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ICFQGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 DIETVNMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DIETINMRLDCVQELLQDEELFFGLQSVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LIYLKHTLELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKRFGIILEKIKTVINDDARYMKGCL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NMRTQKCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MTTDCIALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SEIYEHIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSDYVRPEFTDTLAIKQGWHPILEKISAE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KPIANNTYVTEGSNFLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQIF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVCEY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLSLKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGLTEE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQTAR
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB8 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NSQLDPDSLRIYLSNLKKKYKEDFPRTEQVPEKTEE
910 920 930
>>NP_001245210 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA m (868 aa)
initn: 563 init1: 329 opt: 751 Z-score: 596.4 bits: 121.6 E(85289): 1.8e-26
Smith-Waterman score: 751; 27.0% identity (60.2% similar) in 716 aa overlap (170-863:94-780)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
..:.. .: . .. : .: :: .... .
NP_001 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
70 80 90 100 110 120
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
: ..: : .. ..:: .:. ... :::: :...:.: : . ::
NP_001 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
130 140 150 160 170 180
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
. ::. :.:: :.... .....:..:..:..... . :. : :
NP_001 KKGEQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVNMRLD
.: .... :.:. .. .: ....: ..:: ::: :.: . . : .::.: . .. ::.
NP_001 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420
pF1KB8 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
:. ...: :: :: ... :: : ..: . .. .: ::. . .: ...
NP_001 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
300 310 320 330 340
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
.... :. . . :: .. : : : :. . : :.:... : : .
NP_001 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
. :..:. .: .. . . . .:: . .. . :. :.....: :
NP_001 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
410 420 430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
. ..: .. ::. .::.. : ..::. .. : . :: ....
NP_001 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
470 480 490 500 510 520
610 620 630 640 650
pF1KB8 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSD--YVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
... . :.:....:: ..::::. . . :::: . . . .: . : .: .
NP_001 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
530 540 550 560 570 580
660 670 680 690 700 710
pF1KB8 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
: :..: . .. : :::::::.:::::..: .. .::::: .:: : . :.
NP_001 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
590 600 610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KB8 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
:..:... :. . :::: :: : : ::..:. :::.::::::::.: .:.:. .:.
NP_001 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
650 660 670 680 690 700
780 790 800 810 820 830
pF1KB8 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
::. . . :: .::::: :: . :.:.:.: .. ..:.. . :...::.
NP_001 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHV------TALTTEETLTMLYQVKKGV
710 720 730 740 750
840 850 860 870 880 890
pF1KB8 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
.. ..:...::....: .. ::.
NP_001 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLEREQG
760 770 780 790 800 810
>>XP_011531169 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) PREDI (924 aa)
initn: 563 init1: 329 opt: 751 Z-score: 596.0 bits: 121.6 E(85289): 1.9e-26
Smith-Waterman score: 751; 27.0% identity (60.2% similar) in 716 aa overlap (170-863:160-846)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
..:.. .: . .. : .: :: .... .
XP_011 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
: ..: : .. ..:: .:. ... :::: :...:.: : . ::
XP_011 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 EYIEQLCIAEFSTVLMEVQSKYYCLAAVAALLKYVEFIQNSVYAPKSLKICFQGSEQTAM
. ::. :.:: :.... .....:..:..:..... . :. : :
XP_011 KKGEQMN----SAVLPEMENQV-AVSSLSAVIKFLELLSDDSNFGQFELTTFDFS-QYMK
250 260 270 280 290 300
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 IDSSSAQNLELLINN-QDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIETVNMRLD
.: .... :.:. .. .: ....: ..:: ::: :.: . . : .::.: . .. ::.
XP_011 LDIAAVRALNLFQGSVEDTTGSQSLAALLNKCKTPQGQRLVNQWIKQPLMDKNRIEERLN
310 320 330 340 350 360
380 390 400 410 420
pF1KB8 CVQELLQDEELFFGLQ-SVISRFLDTEQLLSVLVQIPKQDTVNAAESKITNLIY--LKHT
:. ...: :: :: ... :: : ..: . .. .: ::. . .: ...
XP_011 LVEAFVEDAELRQTLQEDLLRRFPDLNRLAK---KFQRQ----AANLQDCYRLYQGINQL
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 LELVDPLKIAMKNCNTPLLRAYYGSLEDKR--FGIILEKIKTVINDDARYMKGCLNMRTQ
.... :. . . :: .. : : : :. . : :.:... : : .
XP_011 PNVIQALEKHEGKHQKLLLAVFVTPLTDLRSDFSKFQEMIETTLD-----MDQVENHEFL
420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KCYAVRSNINEFLDIARRTYTEIVDDIAGMISQLGEKYSLPLRTSFSSARGFFIQMTTDC
. :..:. .: .. . . . .:: . .. . :. :.....: :
XP_011 VKPSFDPNLSELREIMNDLEKKMQSTLISAARDLGLDPGKQIKLDSSAQFGYYFRVT--C
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 IALPSDQLPSEFIKISKVKNSYSFTSADLIKMNERCQESLREIYHMTYMIVCKLLSEIYE
. ..: .. ::. .::.. : ..::. .. : . :: ....
XP_011 KEEKVLRNNKNFSTVDIQKNGVKFTNSKLTSLNEEYTKNKTEYEEAQDAIVKEIVNISSG
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650
pF1KB8 HIHCLYKLSDTVSMLDMLLSFAHACTLSD--YVRPEFTDT----LAIKQGWHPILEKISA
... . :.:....:: ..::::. . . :::: . . . .: . : .: .
XP_011 YVEPMQTLNDVLAQLDAVVSFAHVSNGAPVPYVRPAILEKGQGRIILKASRHACVEVQDE
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KB8 EKPIANNTYVTEGSN-FLIITGPNMSGKSTYLKQIALCQIMAQIGSYVPAEYSSFRIAKQ
: :..: . .. : :::::::.:::::..: .. .::::: .:: : . :.
XP_011 IAFIPNDVYFEKDKQMFHIITGPNMGGKSTYIRQTGVIVLMAQIGCFVPCESAEVSIVDC
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KB8 IFTRISTDDDIETNSSTFMKEMKEIAYILHNANDKSLILIDELGRGTNTEEGIGICYAVC
:..:... :. . :::: :: : : ::..:. :::.::::::::.: .:.:. .:.
XP_011 ILARVGAGDSQLKGVSTFMAEMLETASILRSATKDSLIIIDELGRGTSTYDGFGLAWAIS
710 720 730 740 750 760
780 790 800 810 820 830
pF1KB8 EYLLS-LKAFTLFATHFLELCHIDALYPNVENMHFEVQHVKNTSRNKEAILYTYKLSKGL
::. . . :: .::::: :: . :.:.:.: .. ..:.. . :...::.
XP_011 EYIATKIGAFCMFATHFHELTALANQIPTVNNLHV------TALTTEETLTMLYQVKKGV
770 780 790 800 810 820
840 850 860 870 880 890
pF1KB8 TEEKNYGLKAAEVSSLPPSIVLDAKEITTQITRQILQNQRSTPEMERQRAVYHLATRLVQ
.. ..:...::....: .. ::.
XP_011 CDQ-SFGIHVAELANFPKHVIECAKQKALELEEFQYIGESQGYDIMEPAAKKCYLERENL
830 840 850 860 870 880
>>NP_000242 (OMIM: 120435,158320,276300,609309) DNA mism (934 aa)
initn: 563 init1: 329 opt: 751 Z-score: 595.9 bits: 121.6 E(85289): 1.9e-26
Smith-Waterman score: 751; 27.0% identity (60.2% similar) in 716 aa overlap (170-863:160-846)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 GYSASSSSAISAHSPSVIVAVVEGRGLARGEIGMASIDLKNPQIILSQFADNTTYAKVIT
..:.. .: . .. : .: :: .... .
NP_000 QFEDILFGNNDMSASIGVVGVKMSAVDGQRQVGVGYVDSIQRKLGLCEFPDNDQFSNLEA
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 KLKILSPLEIIM--SNTACAVGNSTKLFT----LITENFKNVNFTT--IQRKYFNETKGL
: ..: : .. ..:: .:. ... :::: :...:.: : . ::
NP_000 LLIQIGPKECVLPGGETAGDMGKLRQIIQRGGILITER-KKADFSTKDIYQDLNRLLKG-
190 200 210 220 230 240
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NP_002 EEAEIGAVDAIFTRIHSCESISLGLSTFMIDLNQVAKAVNNATAQSLVLIDEFGKGTNTV
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>>NP_751898 (OMIM: 603382) mutS protein homolog 5 isofor (834 aa)
initn: 528 init1: 315 opt: 501 Z-score: 401.8 bits: 85.5 E(85289): 1.2e-15
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pF1KB8 QGSEQTAMIDSSSAQNLELLINNQDYRNNHTLFGVLNYTKTPGGSRRLRSNILEPLVDIE
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NP_751 DQDTYSVLQIFKSESHPSVYKVASGLKEGLSLFGILNRCHCKWGEKLLRLWFTRPTHDLG
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NP_751 ELSSRLDVIQFFLLPQNL--DMAQMLHRLLGHIKNVPLILK-----RMKLSHTKVSDWQV
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...: .::: ... : . :. .: . :.. : .. . :: .
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: . . . ::::: . ..: . :::: .....: ..::. .::.::::.:.::::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]