FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8550, 906 aa 1>>>pF1KB8550 906 - 906 aa - 906 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4555+/-0.00111; mu= 19.9822+/- 0.067 mean_var=64.2411+/-12.639, 0's: 0 Z-trim(102.2): 46 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.160018 statistics sampled from 6796 (6842) to 6796 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.21), width: 16 Scan time: 3.020 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 6035 1402.8 0 CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 5976 1389.1 0 CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 5841 1358.0 0 CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 5782 1344.4 0 CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 837) 5567 1294.7 0 CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 826) 4982 1159.7 0 CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4179 974.3 0 CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4133 963.7 0 CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 884) 4082 951.9 0 CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 902) 4030 939.9 0 CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 4028 939.4 0 CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 3917 913.8 0 CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 3872 903.4 0 CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 934) 2060 485.1 2.6e-136 CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 905) 2059 484.9 2.9e-136 CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 ( 919) 2051 483.0 1.1e-135 CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 892) 1991 469.2 1.5e-131 CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 869) 1983 467.3 5.4e-131 CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 908) 1983 467.3 5.6e-131 CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 980) 1646 389.5 1.6e-107 CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 981) 1640 388.2 4.1e-107 CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 918) 1629 385.6 2.3e-106 CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 ( 956) 1629 385.6 2.3e-106 CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 949) 1613 381.9 3e-105 CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 920) 1612 381.7 3.4e-105 CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 433) 1528 362.2 1.2e-99 CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 647 158.9 4.3e-38 CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 645 158.4 5.2e-38 CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 645 158.5 7e-38 CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12 (1484) 630 155.1 9.1e-37 CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 629 154.8 9.8e-37 CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1281) 624 153.7 2.1e-36 CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1464) 624 153.7 2.4e-36 CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 604 149.0 3.8e-35 CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 604 149.0 4.2e-35 CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 885) 542 134.7 7.6e-31 CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 901) 542 134.7 7.7e-31 CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 906) 542 134.7 7.7e-31 CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 938) 542 134.7 8e-31 CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 943) 542 134.7 8e-31 CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 321 83.7 2.1e-15 CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 305 80.0 2.6e-14 >>CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 (906 aa) initn: 6035 init1: 6035 opt: 6035 Z-score: 7520.5 bits: 1402.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6035; 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72.1% identity (90.4% similar) in 845 aa overlap (1-840:4-847) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPP-KLL ..:: ... . : . :.. :.:::::::: .::..::: .. :.. .: CCDS43 MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVS-SNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 PQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVD :.:: .....:: .: ::::::.:::::::::....:: .:::::.::: :::::::.: CCDS43 PHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 TSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVN .. ::.:.::.:. ::.:.:..:.:.::.:.::.:::::.:: :::.::::.:::::.: CCDS43 GTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAIN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 ILTTT----EEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILAN . . . .: :: :::::: :::: :..::: ...: :. :.: . :. :::::.:: CCDS43 VGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIAN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 LGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSAL ::: : :: :.. .::::.:::.:.: :.. .:....:.. . ... . :::::: CCDS43 LGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTTTIKYTSAL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 TYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGN :::.:.::.:::..::.:::.:::::::::::::::::::::..:.:::.::. :::.:: CCDS43 TYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 VQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVT ..:...:.: :::....:.: .: ::::::.: ::.: . :. .:.:.:...:.: .:: CCDS43 IKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVT 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 TILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTK ::::.::::.::: ...:::.:::::::.:::::::: :..:.: ::.:::::::: ::: CCDS43 TILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTK 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 AWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL :::::::::::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 IWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLW ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::. .:...:::::::::: CCDS43 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLW 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS43 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KB8 LAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKG :.::::::::::..:::::::::::::::.::::::.::::::::::: ::. ::::::: CCDS43 LSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKG 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KB8 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::::::::::::: CCDS43 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRNAVNLAVLKLNEQGL 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KB8 LDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKS :::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS43 LDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKS 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KB8 RSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPC :.:.:::: CCDS43 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI 840 850 860 870 880 >>CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 (883 aa) initn: 3551 init1: 3467 opt: 4133 Z-score: 5147.6 bits: 963.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4133; 71.2% identity (90.2% similar) in 845 aa overlap (1-840:4-847) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPP-KLL ..:: ... . : . :.. :.:::::::: .::..::: .. :.. .: CCDS37 MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVS-SNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 PQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVD :.:: .....:: .: ::::::.:::::::::....:: .:::::.::: :::::::.: CCDS37 PHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 TSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKNWQVTAVN .. ::.:.::.:. ::.:.:..:.:.::.:.::.:::::.:: :::.::::.:::::.: CCDS37 GTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAIN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 ILTTT----EEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYILAN . . . .: :: :::::: :::: :..::: ...: :. :.: . :. :::::.:: CCDS37 VGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIAN 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 LGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYTSAL ::: : :: :.. .::::.:::.:.: :.. .:....:.. . ... . :::::: CCDS37 LGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTTTIKYTSAL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 TYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGN :::.:.::.:::..::.:::.:::::::::::::::::::::..:.:::.::. :::.:: CCDS37 TYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 VQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTYIVT ..:...:.: :::....:.: .: ::::::.: ::.: . :. .:.:.:...:.: .:: CCDS37 IKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVT 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 TILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTK ::::.::::.::: ...:::.:::::::.:::::::: :..:.: ::.:::::::: ::: CCDS37 TILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTK 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 AWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL :::::::::::.::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS37 IWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KB8 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLW ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::. .:...:::::::::: CCDS37 DPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLW 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KB8 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS37 FSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAED 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KB8 LAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKG :.::::::::::..:::::::::::::::.::::::.::::::::::: ::. ::::::: CCDS37 LSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKG 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KB8 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNEQGL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::.:::. CCDS37 KYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEQGV 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KB8 LDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKS ::::::::::::::::. . ::.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::: CCDS37 LDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKS 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KB8 RSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQSIPC :.:.:::: CCDS37 RAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI 840 850 860 870 880 >>CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 (884 aa) initn: 4075 init1: 3160 opt: 4082 Z-score: 5084.0 bits: 951.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4082; 70.6% identity (89.2% similar) in 846 aa overlap (2-840:6-848) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFAL------SQLT ..: .: .:: : ..:: ::...:::::: . .::..:::.:. . . CCDS41 MRIISRQIVLLF-SGFWGLAMGA-FPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNAS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KB8 EPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFI : : .:.:..: .. ..:: .: ::::.:.::.::::.:..:.:. :::::.:::. .: CCDS41 EAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB8 TPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKN :::::.. .:::::::: :. ::.:..:::.:. ::..::.::: :.:: ... :.... CCDS41 TPSFPTEGESQFVLQLRPSLRGALLSLLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEKAGQNG 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB8 WQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYI :.:.:. . . .. .::.:...:....:. :.::: :::. :: ::... :. ::::: CCDS41 WHVSAICVENFNDVSYRQLLEELDRRQEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHVKGYHYI 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB8 LANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYT .::::: ::.:..: ..::::::::::... . :.:..::. : :.. . :::: CCDS41 IANLGFKDISLERFIHGGANVTGFQLVDFNTPMVIKLMDRWKKLDQREYPGSETP-PKYT 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 SALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGL :::::::: ::::.:.:::::.:::::::::::::::::.:::::::..:.:.:::..:: CCDS41 SALTYDGVLVMAETFRSLRRQKIDISRRGNAGDCLANPAAPWGQGIDMERTLKQVRIQGL 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 TGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTY ::::::.. :::.:::. :.:.: : ::.::::. ::.: :.:.....::: CCDS41 TGNVQFDHYGRRVNYTMDVFELKSTGPRKVGYWNDMDKLVLIQDVPTLGNDTAAIENRTV 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 IVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDP .::::.:.:::: ::: ..:::::.::::::.::.:::::.: .:.. :: :::::::: CCDS41 VVTTIMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIVPDGKYGARDA 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 DTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVF ::: :::::::::::.:..:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 DTKIWNGMVGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVF 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 SFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :.:.. ... ::::::: CCDS41 SFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEPEDGKEGPSDQPPNEFGIFN 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 AEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRK :::::::::::::::..::::::::::::::.:::::::.:::::::.::: ::. :::: CCDS41 AEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRK 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KB8 SKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNE ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::: :::::::::: CCDS41 SKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRNAVNLAVLKLNE 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KB8 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFC ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::: CCDS41 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFC 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KB8 YKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQS ::::.:.:::: CCDS41 YKSRAEAKRMKVAKSAQTFNPTSSQNTQNLATYREGYNVYGTESIKI 840 850 860 870 880 >>CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 (902 aa) initn: 4112 init1: 3104 opt: 4030 Z-score: 5019.0 bits: 939.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4104; 66.8% identity (86.6% similar) in 912 aa overlap (2-906:6-901) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFAL------SQLT ..: .: .:: : ..:: ::...:::::: . .::..:::.:. . . CCDS83 MRIISRQIVLLF-SGFWGLAMGA-FPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNTSPNAS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KB8 EPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFI : : .:.:..: .. ..:: .: ::::.:.::.::::.:..:.:. :::::.:::. .: CCDS83 EAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSALHISLI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB8 TPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKN :::::.. .:::::::: :. ::.:..:::.:. ::..::.::: :.:: ... :.... CCDS83 TPSFPTEGESQFVLQLRPSLRGALLSLLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEKAGQNG 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB8 WQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHYI :.:.:. . . .. .::.:...:....:. :.::: :::. :: ::... :. ::::: CCDS83 WHVSAICVENFNDVSYRQLLEELDRRQEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHVKGYHYI 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB8 LANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKYT .::::: ::.:..: ..::::::::::... . :.:..::. : :.. . :::: CCDS83 IANLGFKDISLERFIHGGANVTGFQLVDFNTPMVIKLMDRWKKLDQREYPGSE-TPPKYT 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 SALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGL :::::::: ::::.:.:::::.:::::::::::::::::.:::::::..:.:.:::..:: CCDS83 SALTYDGVLVMAETFRSLRRQKIDISRRGNAGDCLANPAAPWGQGIDMERTLKQVRIQGL 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 TGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDNSSVQNRTY ::::::.. :::.:::. :.:.: : ::.::::. ::.: :.:.....::: CCDS83 TGNVQFDHYGRRVNYTMDVFELKSTGPRKVGYWNDMDKLVLIQDVPTLGNDTAAIENRTV 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 IVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDP .::::.:.:::: ::: ..:::::.::::::.::.:::::.: .:.. :: :::::::: CCDS83 VVTTIMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIVPDGKYGARDA 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 DTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVF ::: :::::::::::.:..:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS83 DTKIWNGMVGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVF 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 SFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :.:.. ... ::::::: CCDS83 SFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEPEDGKEGPSDQPPNEFGIFN 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KB8 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS83 SLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIES 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KB8 AEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRK :::::::::::::::..::::::::::::::.:::::::.:::::::.::: ::. :::: CCDS83 AEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRK 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KB8 SKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRNPVNLAVLKLNE ::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.::.:::::::::.: CCDS83 SKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRTPVNLAVLKLSE 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KB8 QGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFC :.:::::::::::::::: . ::::::::::::::::::::.::::::::::::::: CCDS83 AGVLDKLKNKWWYDKGECGPKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFC 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KB8 YKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKSMQS ::::.:.:::: ...:::: :.. . .:. ::::::.. : ::.... CCDS83 YKSRAEAKRMK-------LTFSEAIR------NKARLSITGSVGENGRVLTPDCPKAVHT 840 850 860 870 880 890 900 pF1KB8 IPCMSHSSGMPLGATGL . .:::. . :. : CCDS83 GTAIRQSSGLAVIASDLP 890 900 906 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 16:41:25 2016 done: Sat Nov 5 16:41:26 2016 Total Scan time: 3.020 Total Display time: 0.310 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]