FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8556, 910 aa 1>>>pF1KB8556 910 - 910 aa - 910 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1066+/-0.00116; mu= -7.1676+/- 0.070 mean_var=434.4099+/-89.696, 0's: 0 Z-trim(114.7): 39 B-trim: 128 in 1/53 Lambda= 0.061535 statistics sampled from 15205 (15242) to 15205 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.757), E-opt: 0.2 (0.468), width: 16 Scan time: 5.560 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS58654.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 910) 6062 553.1 8.7e-157 CCDS32944.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 864) 5759 526.1 1.1e-148 CCDS58653.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 754) 4953 454.5 3.3e-127 CCDS59363.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 ( 601) 3886 359.7 9.1e-99 CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 ( 896) 1223 123.5 1.8e-27 >>CCDS58654.1 EPS15L1 gene_id:58513|Hs108|chr19 (910 aa) initn: 6062 init1: 6062 opt: 6062 Z-score: 2928.3 bits: 553.1 E(32554): 8.7e-157 Smith-Waterman score: 6062; 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100.0% identity (100.0% similar) in 597 aa overlap (1-597:1-597) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB8 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB8 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB8 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB8 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB8 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB8 VQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 VQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISSL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB8 KTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 KTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDEI 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KB8 NQARSKLSQLHESRQEAHRSLEQYDQVLDGAHGASLTDLANLSEGVSLAERGSFGAMDDP ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 NQARSKLSQLHESRQEAHRSLEQYDQVLDGAHGASLTDLANLSEGVSLAERGSFGAMVKV 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KB8 FKNKALLFSNNTQELHPDPFQTEDPFKSDPFKGADPFKGDPFQNDPFAEQQTTSTDPFGG CCDS59 E >>CCDS557.1 EPS15 gene_id:2060|Hs108|chr1 (896 aa) initn: 2090 init1: 1049 opt: 1223 Z-score: 606.7 bits: 123.5 E(32554): 1.8e-27 Smith-Waterman score: 2594; 46.7% identity (70.9% similar) in 971 aa overlap (2-905:3-891) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDL :: . :.: . .:: .::.::.::: . :::: ::.:: ::::::: :.:::::::: CCDS55 MAAAAQLSLTQ-LSSGNPVYEKYYRQVDTGNTGRVLASDAAAFLKKSGLPDLILGKIWDL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 ADPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSA-E :: .:::.:.:: :.::::::::::.: ::.::.:::..:::.::::::::... :: : CCDS55 ADTDGKGILNKQEFFVALRLVACAQNGLEVSLSSLNLAVPPPRFHDTSSPLLISGTSAAE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 AHWAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGH :::. :.:::.:.::.:: :.::.::::::::::.:::::.:.:::::.:::::.:: CCDS55 LPWAVKPEDKAKYDAIFDSLSPVNGFLSGDKVKPVLLNSKLPVDILGRVWELSDIDHDGM 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB8 LDRDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRS :::::::::: ::: :::::::: .:::.:.:::::: CCDS55 LDRDEFAVAMFLVYCALEKEPVPMSLPPALVPPSKRK----------------------- 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB8 TPSHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQE .::: :.: ..:::::::: :.::.::: : CCDS55 -----------------------------TWVVSPAEKAKYDEIFLKTDKDMDGFVSGLE 220 230 240 300 310 320 330 340 350 pF1KB8 VKEIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDM :.:::...:: ..::::::.: ::.. :::::::::::...:.::. ::::::.::.:.: CCDS55 VREIFLKTGLPSTLLAHIWSLCDTKDCGKLSKDQFALAFHLISQKLIKGIDPPHVLTPEM 250 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 pF1KB8 VPPSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKT .:::.:.. . :: ..:...:::: ...::..::::: ..:::..:::..:.:.: CCDS55 IPPSDRASLQKNIIGSSPVADFSAIKELDTLNNEIVDLQREKNNVEQDLKEKEDTIKQRT 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 470 pF1KB8 SEVQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMIS ::::.::....::...::.:.::::..:. :::.:.:::.:...:..::.:: .:.:.:: CCDS55 SEVQDLQDEVQRENTNLQKLQAQKQQVQELLDELDEQKAQLEEQLKEVRKKCAEEAQLIS 370 380 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 pF1KB8 SLKTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQD :::... ::::.... :..: .:. ::.::::: ..::.:...:..::: . . :...:. CCDS55 SLKAELTSQESQISTYEEELAKAREELSRLQQETAELEESVESGKAQLEPLQQHLQDSQQ 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 pF1KB8 EINQARSKLSQLHESRQEAHRSL-----EQYDQVLDGAH-----GASLTDLANLSE---G ::.. . :: .... : : : .. ...:: ..: .. :::.: : CCDS55 EISSMQMKLMEMKD--LENHNSQLNWCSSPHSILVNGATDYCSLSTSSSETANLNEHVEG 490 500 510 520 530 540 590 600 610 620 pF1KB8 VSLAE----------RGS-----FGAMDDPFKNKALL------FSNNTQELHPDPFQTE- : : :.: :. :. . :. ..:: . . :::... 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