Result of FASTA (omim) for pF1KB8564
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8564, 911 aa
  1>>>pF1KB8564 911 - 911 aa - 911 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7812+/-0.000448; mu= -13.9891+/- 0.028
 mean_var=422.0366+/-81.255, 0's: 0 Z-trim(122.2): 137  B-trim: 0 in 0/61
 Lambda= 0.062431
 statistics sampled from 39771 (39920) to 39771 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.468), width:  16
 Scan time: 15.740

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_068767 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 911) 6320 584.2 9.5e-166
XP_011508168 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 911) 6320 584.2 9.5e-166
XP_016857536 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican co ( 956) 6320 584.3 9.8e-166
NP_940819 (OMIM: 600347) brevican core protein iso ( 671) 4342 406.0 3.2e-112
NP_001126 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2431) 1257 128.5 3.9e-28
XP_011519616 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2492) 1257 128.5   4e-28
XP_016877476 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2515) 1257 128.5   4e-28
XP_011519615 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2530) 1257 128.5   4e-28
NP_037359 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggr (2530) 1257 128.5   4e-28
XP_016877474 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 1257 128.5 4.1e-28
XP_016877475 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2553) 1257 128.5 4.1e-28
XP_006720482 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) P (2568) 1257 128.5 4.1e-28
NP_004377 (OMIM: 600826) neurocan core protein pre (1321) 1144 118.2 2.8e-25
NP_001119808 (OMIM: 118661,143200) versican core p ( 655) 1092 113.3 4.1e-24
NP_001157570 (OMIM: 118661,143200) versican core p (1642) 1103 114.5 4.3e-24
NP_004376 (OMIM: 118661,143200) versican core prot (3396) 1103 114.7 7.6e-24
NP_001157569 (OMIM: 118661,143200) versican core p (2409) 1093 113.7 1.1e-23
XP_016864543 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan  ( 353)  807 87.4 1.3e-16
XP_016864542 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan  ( 353)  807 87.4 1.3e-16
NP_001875 (OMIM: 115435) hyaluronan and proteoglyc ( 354)  804 87.1 1.6e-16
XP_016864541 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan  ( 354)  804 87.1 1.6e-16
XP_016864540 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan  ( 354)  804 87.1 1.6e-16
XP_011541470 (OMIM: 115435) PREDICTED: hyaluronan  ( 354)  804 87.1 1.6e-16
XP_011523845 (OMIM: 612264) PREDICTED: C-type mann (1156)  382 49.5 0.00011
NP_006030 (OMIM: 612264) C-type mannose receptor 2 (1479)  382 49.6 0.00014
XP_011518934 (OMIM: 609964) PREDICTED: C-type lect ( 215)  338 45.0 0.00047
NP_525126 (OMIM: 609964) C-type lectin domain fami ( 215)  338 45.0 0.00047
NP_001193948 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 320)  339 45.2  0.0006
NP_001207429 (OMIM: 151445) low affinity immunoglo ( 321)  339 45.2  0.0006
XP_005272519 (OMIM: 151445) PREDICTED: low affinit ( 321)  339 45.2  0.0006
NP_001993 (OMIM: 151445) low affinity immunoglobul ( 321)  339 45.2  0.0006
NP_569057 (OMIM: 607621) collectin-12 [Homo sapien ( 742)  332 44.8  0.0018
NP_001138371 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 243)  317 43.2  0.0019
XP_005272529 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) P ( 266)  317 43.2   0.002
NP_001138365 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 268)  317 43.2  0.0021
NP_001138367 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 312)  317 43.2  0.0023
NP_001138366 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 360)  317 43.3  0.0026
NP_001138368 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 380)  317 43.3  0.0027
NP_066978 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) CD20 ( 404)  317 43.3  0.0029
NP_002429 (OMIM: 153618) macrophage mannose recept (1456)  333 45.1  0.0029
XP_011524043 (OMIM: 607621) PREDICTED: collectin-1 ( 725)  321 43.9  0.0035
NP_001316999 (OMIM: 605999) C-type lectin domain f ( 289)  309 42.5  0.0036
NP_006335 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 292)  309 42.5  0.0036
NP_878910 (OMIM: 605999) C-type lectin domain fami ( 316)  309 42.5  0.0039
XP_011521916 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319)  309 42.5  0.0039
XP_011521915 (OMIM: 605999) PREDICTED: C-type lect ( 319)  309 42.5  0.0039
NP_001191047 (OMIM: 616838) C-type lectin domain f ( 378)  309 42.6  0.0045
XP_016882280 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 243)  303 41.9  0.0046
NP_001138369 (OMIM: 604672,607948,609423,614371) C ( 398)  307 42.4  0.0053
XP_016882279 (OMIM: 616838) PREDICTED: C-type lect ( 293)  303 42.0  0.0053


>>NP_068767 (OMIM: 600347) brevican core protein isoform  (911 aa)
 initn: 6320 init1: 6320 opt: 6320  Z-score: 3096.7  bits: 584.2 E(85289): 9.5e-166
Smith-Waterman score: 6320; 99.9% identity (100.0% similar) in 911 aa overlap (1-911:1-911)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 DPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 DPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDH
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 CSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 CSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 AIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 AIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSST
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 PEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 PEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALW
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 AWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEKSLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPT
       :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 AWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEESLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 ETLPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATGGPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 ETLPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATGGPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 PEGTRELEAPSEDNSGRTAPAGTSVQAQPVLPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 PEGTRELEAPSEDNSGRTAPAGTSVQAQPVLPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 CLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFSTRRSWEEAETQCRMYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 CLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFSTRRSWEEAETQCRMYG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 AHLASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDRTIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 AHLASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDRTIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 GENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKMGLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 GENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKMGLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 RYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 RYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKAL
              850       860       870       880       890       900

              910 
pF1KB8 LIPPSSPMPGP
       :::::::::::
NP_068 LIPPSSPMPGP
              910 

>>XP_011508168 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican core p  (911 aa)
 initn: 6320 init1: 6320 opt: 6320  Z-score: 3096.7  bits: 584.2 E(85289): 9.5e-166
Smith-Waterman score: 6320; 99.9% identity (100.0% similar) in 911 aa overlap (1-911:1-911)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
              190       200       210       220       230       240

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDH
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSST
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALW
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       :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEESLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ETLPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATGGPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PEGTRELEAPSEDNSGRTAPAGTSVQAQPVLPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFSTRRSWEEAETQCRMYG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AHLASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDRTIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLS
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pF1KB8 GENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKMGLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKMGLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVL
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pF1KB8 RYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKAL
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              910 
pF1KB8 LIPPSSPMPGP
       :::::::::::
XP_011 LIPPSSPMPGP
              910 

>>XP_016857536 (OMIM: 600347) PREDICTED: brevican core p  (956 aa)
 initn: 6320 init1: 6320 opt: 6320  Z-score: 3096.4  bits: 584.3 E(85289): 9.8e-166
Smith-Waterman score: 6320; 99.9% identity (100.0% similar) in 911 aa overlap (1-911:46-956)

                                             10        20        30
pF1KB8                               MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEVEERVGSGEAVLTCVRSRRPSWKRPACSMAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSS
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               40        50        60        70        80        90
pF1KB8 EDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVHYLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVHYLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDVSLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAV
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pF1KB8 EVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACARIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACARIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSD
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pF1KB8 QTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVVDPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVVDPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDHCSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPSAIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEEL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTPEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEG
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
XP_016 KALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALWAWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEESLSQAP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPTETLPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATG
         560       570       580       590       600       610     

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pF1KB8 GPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRAPEGTRELEAPSEDNSGRTAPAGTSVQAQPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRAPEGTRELEAPSEDNSGRTAPAGTSVQAQPV
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pF1KB8 LPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGTCLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGTCLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GWDAFQGACYKHFSTRRSWEEAETQCRMYGAHLASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDR
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pF1KB8 TIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLSGENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLSGENCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKM
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              820       830       840       850       860       870
pF1KB8 GLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVLRYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVLRYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQIS
         860       870       880       890       900       910     

              880       890       900       910 
pF1KB8 CVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKALLIPPSSPMPGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CVPRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKALLIPPSSPMPGP
         920       930       940       950      

>>NP_940819 (OMIM: 600347) brevican core protein isoform  (671 aa)
 initn: 4641 init1: 4342 opt: 4342  Z-score: 2135.8  bits: 406.0 E(85289): 3.2e-112
Smith-Waterman score: 4342; 99.7% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 MAQLFLPLLAALVLAQAPAALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 YLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDV
               70        80        90       100       110       120

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pF1KB8 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 SLALSELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACA
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB8 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 RIGAHIATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVV
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB8 DPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 DPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDH
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pF1KB8 CSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 CSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPS
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB8 AIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 AIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSST
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 PEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALW
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       :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 AWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEESLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_940 ETLPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATGGPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.           
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NP_940 LLFFPLQLWVT                                                 
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>>NP_001126 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) aggrecan  (2431 aa)
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NP_001       MTTLLWVFVTLRVITAAVTVETSDHDNSLSVSIPQPSPLRVLLGTSLTIPCYFI
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pF1KB8 --VHYLRPPPSRRAVLGSPRVKWTFLSRGREAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPAS
         .: .   ::   .  .::.::. .:. .:. .:::   ::.:: ::. .:.:: ::: 
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        .:..: .. :: ::::.:::::.:::.::  ..:: :::.:: ::  :.::...:. ::
NP_001 PSDATLEVQSLRSNDSGVYRCEVMHGIEDSEATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQ
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       .:: . .: ::::::: :::  :..:::::::.::::::::.::::.:::: : :::::.
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pF1KB8 YGVVDPDDLYDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDG
       ::. : .. :::::.::...::.: .  :::.:..::   :.. ::..::::::: ::..
NP_001 YGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARLATTGQLYLAWQA
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pF1KB8 GLDHCSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDS
       :.: :: ::::: ::::::      :::.: ::.:...  ::::.:.  ::... :.  .
NP_001 GMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYVHANQTGYPDPSSRYDAICYT-G
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pF1KB8 AQPSAIPEASNPASNPASDGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGA-IYSI-PIMEDG
        .   :::  :  .  . . . .. :::    :: ::.. ::.:.::. : .. ::.:  
NP_001 EDFVDIPE--NFFGVGGEEDI-TVQTVTWPDMELPLPRNITEGEARGSVILTVKPIFEV-
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pF1KB8 GGGSSTPEDPAEAPRTLLEFETQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEV
          : .: .: : :     :     .  :.:.: :... :                    
NP_001 ---SPSPLEP-EEP-----FTFAPEIGATAFAEVENETGEATRPWGFPTPGLGPATAFTS
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pF1KB8 EDEALWAWPSELSSPGPEASLPTEPAAQEKSLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPR
                                                                   
NP_001 EDLVVQVTAVPGQPHLPGGVVFHYRPGPTRYSLTFEEAQQACLRTGAVIASPEQLQAAYE
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>--
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pF1KB8 ELRPNDSGIYRCEVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACARIGAH
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NP_001 TPGLGPATAFTSEDLVVQVTAVPGQPHLPGGVVFHYRPGPTRYSLTFEEAQQACLRTGAV
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pF1KB8 IATPEQLYAAYLGGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVVDPDDL
       ::.:::: ::: .:::::::::: :::::::: .::  : :: :. ::::.:::    . 
NP_001 IASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLRDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDSSPGVRTYGVRPSTET
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pF1KB8 YDVYCYAEDLNGELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDHCSPGW
       :::::... :.::.:..   :..:..::  .:. ..: .::::::::::. :::.:  ::
NP_001 YDVYCFVDRLEGEVFFATRLEQFTFQEALEFCESHNATLATTGQLYAAWSRGLDKCYAGW
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pF1KB8 LADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRD-SAQPSAIPE
       :::::.:::::::   :::  :::.:..:.:::::.:.  :: ...:::  :: ::   :
NP_001 LADGSLRYPIVTPRPACGGDKPGVRTVYLYPNQTGLPDPLSRHHAFCFRGISAVPSPGEE
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pF1KB8 ASNPASNPASDGLEA-IVT-VTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTPE
        ..  ..:.  :.:  ::: :.  .  . . .:.:   : :   .: .       ..:  
NP_001 EGGTPTSPS--GVEEWIVTQVVPGVAAVPVEEETTAVPS-GETTAI-LEFTTEPENQTEW
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pF1KB8 DPAEAPRTLLEFE-TQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALWA
       .:: .:     .       :::: . ::.    :  .  .     ::    ::       
NP_001 EPAYTPVGTSPLPGILPTWPPTGAATEEST---EGPSATEVPSASEEPSPSEVP------
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pF1KB8 WPSELSSPGPEASLPTEPAAQEKSLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPTE
       .:::  ::. :   :   .    :.   :..  . :.  : :. :  ::. : . .::. 
NP_001 FPSEEPSPSEE---PFPSVRPFPSVELFPSEEPF-PSKEPSPSEEPSASEEPYTPSPPVP
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pF1KB8 T---LPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATG---------GPELSGVPRGESEETGSSE
       .   ::.  :.   : .:..  .    :...:         : . ::.: :. . .: . 
NP_001 SWTELPSSGEE---SGAPDVSGDFTGSGDVSGHLDFSGQLSGDRASGLPSGDLDSSGLTS
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pF1KB8 GAPSLLPATRA-PEGTRE-LEAPSEDNSGRTAPAGTSV---QAQPVLPTDSASRGGVAVV
        . : ::.  . : : .: .: ::  . :.  :.:. .   .:. :   ..   : :  .
NP_001 TVGSGLPVESGLPSGDEERIEWPSTPTVGEL-PSGAEILEGSASGVGDLSGLPSGEVLET
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pF1KB8 PASGDCVPSPCHNGGTCLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFS
        :::                                                        
NP_001 SASGVGDLSGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAP
         970       980       990      1000      1010      1020     

>--
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pF1KB8 ARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDHCSPGWLADGSVRYPIVTPSQRCGGGLPGVKTL
                                     :.  :: : .  .:  : . .: . .    
NP_001 ITFVDTSLVEVAPTTFKEEEGLGSVELSGLPSGEADLSGKSGMVDVSGQFSGTVDSSGFT
     1830      1840      1850      1860      1870      1880        

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pF1KB8 FLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFR---DSAQPSAIPEASN-PASNPASDGLEAIVTVTETLE
          :. .:.:.  .. .    :    :. ::.   .:. :.: :. . ..   :..:.. 
NP_001 SQTPEFSGLPSGIAEVSGESSRAEIGSSLPSGAYYGSGTPSSFPTVSLVDR--TLVESVT
     1890      1900      1910      1920      1930        1940      

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pF1KB8 ELQLPQEATESES-----RGAIYSIPIM--EDGG--------GGSSTPE-DPAEAPRTLL
       .    ::: :. :      ::  . : :  : .:        .:   :  .:  .:    
NP_001 QAPTAQEAGEGPSGILELSGAHSGAPDMSGEHSGFLDLSGLQSGLIEPSGEPPGTPYFSG
       1950      1960      1970      1980      1990      2000      

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pF1KB8 EFETQSMVP------------PTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEV-EDEAL
       .: . . :              .:. :    . :  :   .   ..:  ..  : .   :
NP_001 DFASTTNVSGESSVAMGTSGEASGLPEVTLITSEFVEGVTEPTISQELGQRPPVTHTPQL
       2010      2020      2030      2040      2050      2060      

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pF1KB8 WAWPSELSSPGP-EASLPTEPAA--QEKSLSQAPARAVLQP----GASPLPDGESEASRP
       .   ...:. :   .. :. :..  . .:. .. ...   :    :::  :..  : :  
NP_001 FESSGKVSTAGDISGATPVLPGSGVEVSSVPESSSETSAYPEAGFGASAAPEASREDSGS
       2070      2080      2090      2100      2110      2120      

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pF1KB8 PRVHGPPTETLPTPRERNLASPSP---STLVEAREVGEATGGPELSGVPRGESEETGSSE
       : .    .::  . .: ::   :    :  . . . :::...::.::     :. .:.  
NP_001 PDL----SETTSAFHEANLERSSGLGVSGSTLTFQEGEASAAPEVSGESTTTSD-VGTE-
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        ::.:  :: .  : :     : : ::.:.  :. ....  .: .  ..     . .  .
NP_001 -APGLPSATPTASGDRT--EISGDLSGHTSQLGVVISTS--IPESEWTQQTQRPAETHLE
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          :    .:   :: . :.    :  ..           .   .  . :. ::. .:: 
NP_001 IESSSLLYSG---EETHTVETATSPTDASIPASPEWKRESESTAADQEVCEEGWNKYQGH
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pF1KB8 CYKHFSTRRSWEEAETQCRMYGAHLASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDRTIEGDFLW
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NP_001 CYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRW
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       ::: :. .::: :.:::..: .::.::::.::..:.:.:::::::: .::: : ..    
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pF1KB8 PELPLAQVFGRPRLRYEVDTVLRYRCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCVPRRPAR
                                                                   
NP_001 RLQKRSSRHPRRSRPSTAH                                         
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>>XP_011519616 (OMIM: 155760,165800,608361,612813) PREDI  (2492 aa)
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        ..  ..:.  :.:  ::: :.  .  . . .:.:   : :   .: .       ..:  
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pF1KB8 DPAEAPRTLLEFE-TQSMVPPTGFSEEEGKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALWA
       .:: .:     .       :::: . ::.    :  .  .     ::    ::       
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pF1KB8 WPSELSSPGPEASLPTEPAAQEKSLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPTE
       .:::  ::. :   :   .    :.   :..  . :.  : :. :  ::. : . .::. 
XP_011 FPSEEPSPSEE---PFPSVRPFPSVELFPSEEPF-PSKEPSPSEEPSASEEPYTPSPPVP
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pF1KB8 T---LPTPRERNLASPSPSTLVEAREVGEATG---------GPELSGVPRGESEETGSSE
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pF1KB8 GAPSLLPATRA-PEGTRE-LEAPSEDNSGRTAPAGTSV---QAQPVLPTDSASRGGVAVV
        . : ::.  . : : .: .: ::  . :.  :.:. .   .:. :   ..   : :  .
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>--
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XP_011 ITFVDTSLVEVAPTTFKEEEGLGSVELSGLPSGEADLSGKSGMVDVSGQFSGTVDSSGFT
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pF1KB8 ELQLPQEATESES-----RGAIYSIPIM--EDGG--------GGSSTPE-DPAEAPRTLL
       .    ::: :. :      ::  . : :  : .:        .:   :  .:  .:    
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XP_011 DFASTTNVSGESSVAMGTSGEASGLPEVTLITSEFVEGVTEPTISQELGQRPPVTHTPQL
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       .   ...:. :   .. :. :..  . .:. .. ...   :    :::  :..  : :  
XP_011 FESSGKVSTAGDISGATPVLPGSGVEVSSVPESSSETSAYPEAGFGASAAPEASREDSGS
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       : .    .::  . .: ::   :      :::.   . :::...::.::     :. .:.
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       : .    .::  . .: ::   :    :  . . . :::...::.::     :. .:.  
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        ::.:  :: .  : :     : : ::.:.  :. ....  .: .  ..     . .  .
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          :    .:   :: . :.    :  ..           .   .  . :. ::. .:: 
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XP_016 --HPGHLAEHRV-----RFCQHSLPPV-PSPGDPTPSTGLSKGREVGGLLSHK
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       . :  .: .:       :...:     :.  :     :     . :  :  :. .: .:.
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pF1KB8 SEDNSGR--------TAPAGTSVQAQPVLPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGTCL
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pF1KB8 RCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCV-PRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKALL
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        ..  ..:.  :.:  ::: :.  .  . . .:.:   : :   .: .       ..:  
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       .:: .:     .       :::: . ::.    :  .  .     ::    ::       
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        . : ::.  . : : .: .: ::  . :.  :.:. .   .:. :   ..   : :  .
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pF1KB8 PASGDCVPSPCHNGGTCLEEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFS
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XP_011 SASGVGDLSGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAP
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NP_037       MTTLLWVFVTLRVITAAVTVETSDHDNSLSVSIPQPSPLRVLLGTSLTIPCYFI
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NP_037 GMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYVHANQTGYPDPSSRYDAICYT-G
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>--
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NP_037 SQPFGITDLSGETSGVPDLSGQPSGLPGFSGATSGVPDLVSGTTSGSGESSGITFVDTSL
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pF1KB8 VRY-PIQTPREACYG--DMDGFPGVRNYGVVDPDDLYDVYC-YAEDLNGELFLGDPPEKL
       :.  :    .:   :  ...:.:.  .  .   . . ::   ..  ...  : .. ::  
NP_037 VEVAPTTFKEEEGLGSVELSGLPS-GEADLSGKSGMVDVSGQFSGTVDSSGFTSQTPEFS
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pF1KB8 TLEE--ARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDGGLDHCSPGW-LADGSVRYPIV-TPS-QRCG
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NP_037 GLPSGIAEVSGESSRAEIGSSLPSGAYYGSGTPSSFPTVSLVDRTLVESVTQAPTAQEAG
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pF1KB8 GGLPGVKTLFLFPNQTGFPNKHSRFNVYCFRDSAQPSAIPEASNPASNPASDGLEAIVTV
        :  :.  : :   ..: :.  .. . .   .. : . :  ...: ..:  .:   ....
NP_037 EGPSGI--LELSGAHSGAPDMSGEHSGFLDLSGLQSGLIEPSGEPPGTPYFSG--DFAST
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pF1KB8 TETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTP---EDPAEAP---RTLLEFETQ
       :..  : .. . .: .:. :      :  .   : . :   .. .. :   .:   ::..
NP_037 TNVSGESSVAM-GTSGEASGLPEVTLITSEFVEGVTEPTISQELGQRPPVTHTPQLFESS
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pF1KB8 SMVPPTG-FSEEE----GKALEEEEKYEDEEEKEEEEEEEEVEDEALWAWPSELSSPGPE
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NP_037 GKVSTAGDISGATPVLPGSGVEVSSVPESSSETSAYPEAGFGASAAPEA--SREDSGSPD
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pF1KB8 ASLPTEPAAQEKSLSQAPARAVLQPGASPLPDGESEASRPPRVHGPPTETLPTPRER-NL
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NP_037 LS-ETTSAFHEANLERSSGLGV---SGSTLTFQEGEASAAPEVSGESTTTSDVGTEAPGL
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pF1KB8 ASPSPSTLVEAREV-GEATGGPELSGVPRGESEETGSSEGAPSLLPATRAPEGTRELEAP
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NP_037 PSATPTASGDRTEISGDLSGHTSQLGVVISTS--IPESEWTQQ---TQRPAETHLEIESS
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pF1KB8 SEDNSGR--------TAPAGTSVQAQPVLPTDSASRGGVAVVPASGDCVPSPCHNGGTCL
       :   ::.        :.:. .:. :.:    .: :   .:..:: . :.  :: ..::: 
NP_037 SLLYSGEETHTVETATSPTDASIPASPEWKRESES---TAAAPARS-CAEEPC-GAGTCK
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pF1KB8 EEEEGVRCLCLPGYGGDLCDVGLRFCNPGWDAFQGACYKHFSTRRSWEEAETQCRMYGAH
       : :  : ::: ::: :. :..  . :. ::. .:: ::.::  :..: .:: .::   .:
NP_037 ETEGHVICLCPPGYTGEHCNIDQEVCEEGWNKYQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSH
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pF1KB8 LASISTPEEQDFINNRYREYQWIGLNDRTIEGDFLWSDGVPLLYENWNPGQPDSYFLSGE
       :.:: :::::.:.::  ..::::::::::::::: :::: :. .::: :.:::..: .::
NP_037 LSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHPMQFENWRPNQPDNFFAAGE
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pF1KB8 NCVVMVWHDQGQWSDVPCNYHLSYTCKMGLVSCGPPPELPLAQVFGRPRLRYEVDTVLRY
       .::::.::..:.:.:::::::: .::: : :.:: :: .  :..::. . :::.....::
NP_037 DCVVMIWHEKGEWNDVPCNYHLPFTCKKGTVACGEPPVVEHARTFGQKKDRYEINSLVRY
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pF1KB8 RCREGLAQRNLPLIRCQENGRWEAPQISCV-PRRPARALHPEEDPEGRQGRLLGRWKALL
       .: ::..::..: :::: .:.:: :::.:. :    : :. . . . :..:         
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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