Result of FASTA (ccds) for pF1KB8580
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8580, 482 aa
  1>>>pF1KB8580 482 - 482 aa - 482 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0885+/-0.000844; mu= 7.3947+/- 0.052
 mean_var=167.9761+/-34.036, 0's: 0 Z-trim(113.6): 82  B-trim: 11 in 1/49
 Lambda= 0.098958
 statistics sampled from 14133 (14216) to 14133 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.437), width:  16
 Scan time:  3.230

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10322.1 BTBD1 gene_id:53339|Hs108|chr15        ( 482) 3215 470.7 1.6e-132
CCDS12078.1 BTBD2 gene_id:55643|Hs108|chr19        ( 525) 2496 368.0 1.3e-101
CCDS32313.1 BTBD1 gene_id:53339|Hs108|chr15        ( 385) 2345 346.4 3.2e-95
CCDS10002.2 BTBD6 gene_id:90135|Hs108|chr14        ( 485) 1305 198.0 1.9e-50
CCDS13114.1 BTBD3 gene_id:22903|Hs108|chr20        ( 461) 1244 189.3 7.7e-48
CCDS13113.1 BTBD3 gene_id:22903|Hs108|chr20        ( 522) 1244 189.3 8.5e-48


>>CCDS10322.1 BTBD1 gene_id:53339|Hs108|chr15             (482 aa)
 initn: 3215 init1: 3215 opt: 3215  Z-score: 2492.8  bits: 470.7 E(32554): 1.6e-132
Smith-Waterman score: 3215; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-482)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MASLGPAAAGEQASGAEAEPGPAGPPPPPSPSSLGPLLPLQREPLYNWQATKASLKERFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MASLGPAAAGEQASGAEAEPGPAGPPPPPSPSSLGPLLPLQREPLYNWQATKASLKERFA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 FLFNSELLSDVRFVLGKGRGAAAAGGPQRIPAHRFVLAAGSAVFDAMFNGGMATTSAEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLFNSELLSDVRFVLGKGRGAAAAGGPQRIPAHRFVLAAGSAVFDAMFNGGMATTSAEIE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQIGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLTKHLRADNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQIGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLTKHLRADNA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 FMLLTQARLFDEPQLASLCLDTIDKSTMDAISAEGFTDIDIDTLCAVLERDTLSIRESRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FMLLTQARLFDEPQLASLCLDTIDKSTMDAISAEGFTDIDIDTLCAVLERDTLSIRESRL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 FGAVVRWAEAECQRQQLPVTFGNKQKVLGKALSLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILSDREV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FGAVVRWAEAECQRQQLPVTFGNKQKVLGKALSLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILSDREV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 VNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPRCCLRGKECCINRFQQVESRWGYSGTSDRIRFTVNRRIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPRCCLRGKECCINRFQQVESRWGYSGTSDRIRFTVNRRIS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 IVGFGLYGSIHGPTDYQVNIQIIEYEKKQTLGQNDTGFSCDGTANTFRVMFKEPIEILPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IVGFGLYGSIHGPTDYQVNIQIIEYEKKQTLGQNDTGFSCDGTANTFRVMFKEPIEILPN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 VCYTACATLKGPDSHYGTKGLKKVVHETPAASKTVFFFFSSPGNNNGTSIEDGQIPEIIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCYTACATLKGPDSHYGTKGLKKVVHETPAASKTVFFFFSSPGNNNGTSIEDGQIPEIIF
              430       440       450       460       470       480

         
pF1KB8 YT
       ::
CCDS10 YT
         

>>CCDS12078.1 BTBD2 gene_id:55643|Hs108|chr19             (525 aa)
 initn: 2397 init1: 2156 opt: 2496  Z-score: 1937.5  bits: 368.0 E(32554): 1.3e-101
Smith-Waterman score: 2496; 77.6% identity (89.0% similar) in 491 aa overlap (7-482:42-525)

                                       10        20        30      
pF1KB8                         MASLGPAAAGEQASGAEAEPGPAGPPPPPSPSS---
                                     :::.  :..: : :::. :: ::.:..   
CCDS12 CPPGVGVGPGTGGSPGPSANAAATPAPGNAAAAAAAAAAAAAAPGPT-PPAPPGPGTDAQ
              20        30        40        50         60        70

                       40        50        60        70        80  
pF1KB8 ----------LGP-LLPLQREPLYNWQATKASLKERFAFLFNSELLSDVRFVLGKGRGAA
                  ::    ::::  :::::.: ...::::::::.:.: ::.:..::: .. 
CCDS12 AAGAERAEEAAGPGAAALQREAAYNWQASKPTVQERFAFLFNNEVLCDVHFLVGKGLSS-
               80        90       100       110       120          

             90       100       110       120       130       140  
pF1KB8 AAGGPQRIPAHRFVLAAGSAVFDAMFNGGMATTSAEIELPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQ
            :::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::::
CCDS12 -----QRIPAHRFVLAVGSAVFDAMFNGGMATTSTEIELPDVEPAAFLALLKFLYSDEVQ
          130       140       150       160       170       180    

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB8 IGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLTKHLRADNAFMLLTQARLFDEPQLASLCLDT
       ::::::::::::::::::::::::::::: :.::::::::::::::::::::::::::..
CCDS12 IGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLKKNLRADNAFMLLTQARLFDEPQLASLCLEN
          190       200       210       220       230       240    

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB8 IDKSTMDAISAEGFTDIDIDTLCAVLERDTLSIRESRLFGAVVRWAEAECQRQQLPVTFG
       :::.: :::.::::::::.::: ::::::::.::: :::.:::::.::::::::: ::  
CCDS12 IDKNTADAITAEGFTDIDLDTLVAVLERDTLGIREVRLFNAVVRWSEAECQRQQLQVTPE
          250       260       270       280       290       300    

            270       280       290       300       310       320  
pF1KB8 NKQKVLGKALSLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILSDREVVNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPR
       :..:::::::.:::::::::::::::::::::: :::::.::::::::::::::.:::::
CCDS12 NRRKVLGKALGLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILVDREVVSLFLHFTVNPKPRVEFIDRPR
          310       320       330       340       350       360    

            330       340       350       360       370       380  
pF1KB8 CCLRGKECCINRFQQVESRWGYSGTSDRIRFTVNRRISIVGFGLYGSIHGPTDYQVNIQI
       :::::::: ::::::::::::::::::::::.::.:: .:::::::::::::::::::::
CCDS12 CCLRGKECSINRFQQVESRWGYSGTSDRIRFSVNKRIFVVGFGLYGSIHGPTDYQVNIQI
          370       380       390       400       410       420    

            390       400       410       420       430       440  
pF1KB8 IEYEKKQTLGQNDTGFSCDGTANTFRVMFKEPIEILPNVCYTACATLKGPDSHYGTKGLK
       :. ... .::::::::::::.:.:::::::::.:.:::: :::::::::::::::::::.
CCDS12 IHTDSNTVLGQNDTGFSCDGSASTFRVMFKEPVEVLPNVNYTACATLKGPDSHYGTKGLR
          430       440       450       460       470       480    

            450        460       470       480  
pF1KB8 KVVHETPAA-SKTVFFFFSSPGNNNGTSIEDGQIPEIIFYT
       ::.::.:.. .:: : :  . :::::::.:::::::.::::
CCDS12 KVTHESPTTGAKTCFTFCYAAGNNNGTSVEDGQIPEVIFYT
          490       500       510       520     

>>CCDS32313.1 BTBD1 gene_id:53339|Hs108|chr15             (385 aa)
 initn: 2340 init1: 2340 opt: 2345  Z-score: 1822.9  bits: 346.4 E(32554): 3.2e-95
Smith-Waterman score: 2345; 98.6% identity (99.2% similar) in 360 aa overlap (1-360:1-359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MASLGPAAAGEQASGAEAEPGPAGPPPPPSPSSLGPLLPLQREPLYNWQATKASLKERFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MASLGPAAAGEQASGAEAEPGPAGPPPPPSPSSLGPLLPLQREPLYNWQATKASLKERFA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 FLFNSELLSDVRFVLGKGRGAAAAGGPQRIPAHRFVLAAGSAVFDAMFNGGMATTSAEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FLFNSELLSDVRFVLGKGRGAAAAGGPQRIPAHRFVLAAGSAVFDAMFNGGMATTSAEIE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 LPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQIGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLTKHLRADNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQIGPETVMTTLYTAKKYAVPALEAHCVEFLTKHLRADNA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 FMLLTQARLFDEPQLASLCLDTIDKSTMDAISAEGFTDIDIDTLCAVLERDTLSIRESRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FMLLTQARLFDEPQLASLCLDTIDKSTMDAISAEGFTDIDIDTLCAVLERDTLSIRESRL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 FGAVVRWAEAECQRQQLPVTFGNKQKVLGKALSLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILSDREV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FGAVVRWAEAECQRQQLPVTFGNKQKVLGKALSLIRFPLMTIEEFAAGPAQSGILSDREV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 VNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPRCCLRGKECCINRFQQVESRWGYSGTSDRIRFTVNRRIS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ..: : :
CCDS32 VNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPRCCLRGKECCINRFQQVESRWGYSGTSDRIR-SLNMRKS
              310       320       330       340       350          

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 IVGFGLYGSIHGPTDYQVNIQIIEYEKKQTLGQNDTGFSCDGTANTFRVMFKEPIEILPN
                                                                   
CCDS32 KPWDRMIPALVVMGQLTHSGSCSRNP                                  
     360       370       380                                       

>>CCDS10002.2 BTBD6 gene_id:90135|Hs108|chr14             (485 aa)
 initn: 1274 init1: 790 opt: 1305  Z-score: 1019.1  bits: 198.0 E(32554): 1.9e-50
Smith-Waterman score: 1312; 44.7% identity (72.6% similar) in 481 aa overlap (7-481:23-484)

                               10          20        30        40  
pF1KB8                 MASLGPAAAGEQAS--GAEAEPGPAGPPPPPSPSSLGPLLPLQR
                             ::.:..:.  .  . :.:: ::: :.: .::     :.
CCDS10 MAAELYAPASAAAADLANSNAGAAVGRKAGPRSPPSAPAPAPPPPAPAPPTLGN--NHQE
               10        20        30        40        50          

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB8 EPLYNWQATKASLKERFAFLFNSELLSDVRFVLGKGRGAAAAGGPQRIPAHRFVLAAGSA
        :  .:.  . .:.:: :..::.::..::.::.:        :. . .:::..:::.::.
CCDS10 SP--GWRCCRPTLRERNALMFNNELMADVHFVVGP------PGATRTVPAHKYVLAVGSS
       60          70        80        90             100       110

            110       120       130       140       150       160  
pF1KB8 VFDAMFNGGMATTSAEIELPDVEPAAFLALLRFLYSDEVQIGPETVMTTLYTAKKYAVPA
       :: ::: : .: ...::..::::::::: ::...::::...  .::..:::.:::: :::
CCDS10 VFYAMFYGDLAEVKSEIHIPDVEPAAFLILLKYMYSDEIDLEADTVLATLYAAKKYIVPA
              120       130       140       150       160       170

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB8 LEAHCVEFLTKHLRADNAFMLLTQARLFDEPQLASLCLDTIDKSTMDAISAEGFTDIDID
       :   ::.::   :.: :: .::.:.:::.::.:.. : ..:: ..  :. .::: .:: .
CCDS10 LAKACVNFLETSLEAKNACVLLSQSRLFEEPELTQRCWEVIDAQAEMALRSEGFCEIDRQ
              180       190       200       210       220       230

            230       240       250       260       270       280  
pF1KB8 TLCAVLERDTLSIRESRLFGAVVRWAEAECQRQQLPVTFGNKQKVLGKALSLIRFPLMTI
       ::  .. :..:. .:. .: ::. ::::::.:: ::.:  ::..:::.:: :.:.: ::.
CCDS10 TLEIIVTREALNTKEAVVFEAVLNWAEAECKRQGLPITPRNKRHVLGRALYLVRIPTMTL
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pF1KB8 EEFAAGPAQSGILSDREVVNLFLHFTVNPKPRVEYIDRPRCCLRGKECCINRFQQVESR-
       :::: : ::: ::. .:. ..:: .:.. :::...    :  :  ..:  .:::.   : 
CCDS10 EEFANGAAQSDILTLEETHSIFLWYTATNKPRLDFPLTKRKGLAPQRC--HRFQSSAYRS
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         : : :  : :.:.:.::. :.:.:::::  : ..:.:.:.. .     .:.:: : : 
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        ::..::: : :..:...  .. ::: :.: : . :..: .:. .:       .:..: :
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         :  ..:::... :::::.::: 
CCDS10 QCSSDSTNGTGVQGGQIPELIFYA
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       :.:        :: ::.:.:..:::.::.:: ::: : .:  . ::..::::::::::.:
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       ...: ::.... .::..:::.:::: :: :   ::.::   : : :: .::.:. ::.::
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       .:.. : ..:: ..  :...::: :::..:: ..:.:.::. .:  .: :.. :::.:::
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       ::.: ... ::.::::::: :::.: :....:: : ::::.:.  :. ..:: .:.  ::
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       ....... :  :  ..:  .:::.   :   : : :  : :.:.:..:. :.::::::: 
CCDS13 ELQFVSKARKGLVPQRC--HRFQSCAYRSNQWRYRGRCDSIQFAVDKRVFIAGFGLYGSS
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>>CCDS13113.1 BTBD3 gene_id:22903|Hs108|chr20             (522 aa)
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CCDS13 DIFPRKKPANSSSTSVQQYHQQNLSNNNLIPAPNWQGLYPTIRERNAMMFNNDLMADVHF
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CCDS13 VVGP------PGGTQRLPGHKYVLAVGSSVFHAMFYGELAEDKDEIRIPDVEPAAFLAML
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CCDS13 KYIYCDEIDLAADTVLATLYAAKKYIVPHLARACVNFLETSLSAKNACVLLSQSCLFEEP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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