Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8591
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8591, 770 aa
1>>>pF1KB8591 770 - 770 aa - 770 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3083+/-0.000733; mu= 16.1993+/- 0.045
mean_var=92.7647+/-18.442, 0's: 0 Z-trim(111.3): 52 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.133163
statistics sampled from 12218 (12270) to 12218 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 770) 5281 1024.8 0
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 737) 4237 824.2 0
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 615) 3418 666.8 2.8e-191
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 ( 833) 1392 277.7 5.3e-74
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 862) 1372 273.9 7.9e-73
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15 ( 837) 1370 273.5 1e-72
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 738) 1354 270.4 7.6e-72
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 702) 1175 236.0 1.6e-61
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 843) 1155 232.2 2.7e-60
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 749) 1086 218.9 2.4e-56
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 748) 1084 218.5 3.2e-56
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 754) 967 196.0 1.9e-49
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 686) 941 191.0 5.5e-48
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7 ( 777) 937 190.3 1e-47
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3 ( 782) 908 184.7 4.9e-46
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7 ( 771) 906 184.3 6.4e-46
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 754) 855 174.5 5.6e-43
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7 ( 751) 833 170.3 1e-41
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 775) 818 167.4 7.9e-41
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 715) 810 165.8 2.1e-40
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 785) 799 163.8 1e-39
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 761) 684 141.7 4.3e-33
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 629) 483 103.0 1.6e-21
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 922) 472 101.0 9.3e-21
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 385 84.3 1.1e-15
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1030) 366 80.6 1.4e-14
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19 ( 888) 362 79.8 2.1e-14
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 476) 356 78.5 2.7e-14
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 597) 356 78.6 3.3e-14
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 998) 356 78.7 5.1e-14
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1011) 356 78.7 5.1e-14
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1017) 356 78.7 5.2e-14
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1073) 356 78.7 5.4e-14
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1047) 354 78.3 6.9e-14
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 344 76.4 2.6e-13
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 344 76.4 2.8e-13
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 344 76.4 2.9e-13
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 930) 321 72.0 5.1e-12
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 962) 321 72.0 5.2e-12
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 501) 307 69.1 1.9e-11
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 652) 307 69.2 2.4e-11
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 666) 307 69.2 2.5e-11
>>CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 (770 aa)
initn: 5281 init1: 5281 opt: 5281 Z-score: 5480.3 bits: 1024.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5281; 99.9% identity (100.0% similar) in 770 aa overlap (1-770:1-770)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS19 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB8 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS19 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
730 740 750 760 770
>>CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 (737 aa)
initn: 4237 init1: 4237 opt: 4237 Z-score: 4396.7 bits: 824.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4972; 95.6% identity (95.7% similar) in 770 aa overlap (1-770:1-737)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS74 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ---------------------------------VSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770
pF1KB8 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
690 700 710 720 730
>>CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 (615 aa)
initn: 3418 init1: 3418 opt: 3418 Z-score: 3547.5 bits: 666.8 E(32554): 2.8e-191
Smith-Waterman score: 3909; 79.7% identity (79.9% similar) in 770 aa overlap (1-770:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS62 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKE-
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
CCDS62 ------------------------------------------------------------
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
CCDS62 ------------------------------------------------------------
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ----------------------------------GDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
120 130 140
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
150 160 170 180 190 200
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
210 220 230 240 250 260
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
270 280 290 300 310 320
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
330 340 350 360 370 380
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
390 400 410 420 430 440
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
450 460 470 480 490 500
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
510 520 530 540 550 560
730 740 750 760 770
pF1KB8 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
570 580 590 600 610
>>CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 (833 aa)
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CCDS47 SPPTATCVALHQTESPSRGLIQEM-SGD-ASVCPASSPKPLPPPGSSSLSCLGHVGDRRL
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CCDS55 MWGRLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]