Result of FASTA (omim) for
pF1KB8591
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8591, 770 aa
1>>>pF1KB8591 770 - 770 aa - 770 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4113+/-0.000321; mu= 15.6276+/- 0.020
mean_var=98.9981+/-19.368, 0's: 0 Z-trim(118.6): 181 B-trim: 54 in 1/53
Lambda= 0.128902
statistics sampled from 31463 (31649) to 31463 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.711), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 10.410
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004254 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform 1 p ( 770) 5281 992.7 0
XP_016858661 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 668) 4589 864.0 0
XP_016858662 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 635) 4237 798.5 0
XP_011530777 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 624) 4236 798.3 0
NP_001258591 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform ( 737) 4237 798.5 0
XP_011530779 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 597) 3896 735.1 2.1e-211
XP_011530778 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 600) 3896 735.1 2.1e-211
XP_016858663 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin- ( 513) 3418 646.1 1e-184
NP_001258590 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform ( 615) 3418 646.2 1.2e-184
NP_060259 (OMIM: 604462) semaphorin-4C precursor [ ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509685 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509684 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509681 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509683 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509682 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_011509680 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 833) 1392 269.5 4.1e-71
XP_016859882 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 875) 1392 269.5 4.3e-71
XP_011516431 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869684 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516425 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516430 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516429 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_005251711 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869685 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516435 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869687 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869686 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516433 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
NP_006369 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform 1 p ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869683 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516436 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516426 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516427 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_016869682 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
XP_011516432 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 862) 1372 265.8 5.5e-70
NP_945119 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform 1 p ( 837) 1370 265.4 7e-70
NP_064595 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform 1 p ( 837) 1370 265.4 7e-70
NP_001310960 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 890) 1370 265.4 7.4e-70
NP_001135759 (OMIM: 601866) semaphorin-4D isoform ( 738) 1354 262.4 5e-69
NP_001310961 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 602) 1346 260.9 1.2e-68
NP_001310963 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 847) 1219 237.3 2e-61
XP_016869688 (OMIM: 601866) PREDICTED: semaphorin- ( 534) 1184 230.7 1.2e-59
XP_006712669 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 495) 1141 222.7 3e-57
XP_016859883 (OMIM: 604462) PREDICTED: semaphorin- ( 692) 1139 222.4 5.1e-57
NP_001310962 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 681) 1088 212.9 3.6e-54
NP_001310959 (OMIM: 617029) semaphorin-4B isoform ( 681) 1088 212.9 3.6e-54
NP_004627 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform 1 p ( 749) 1086 212.6 5.1e-54
NP_001276989 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 749) 1086 212.6 5.1e-54
NP_001005914 (OMIM: 601281) semaphorin-3B isoform ( 748) 1084 212.2 6.5e-54
XP_005265439 (OMIM: 601124) PREDICTED: semaphorin- ( 754) 967 190.4 2.3e-47
>>NP_004254 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform 1 precu (770 aa)
initn: 5281 init1: 5281 opt: 5281 Z-score: 5306.9 bits: 992.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5281; 99.9% identity (100.0% similar) in 770 aa overlap (1-770:1-770)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
NP_004 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AHAGEHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PSGVTALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB8 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PEDERLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
730 740 750 760 770
>>XP_016858661 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin-4F i (668 aa)
initn: 4589 init1: 4589 opt: 4589 Z-score: 4612.3 bits: 864.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4589; 99.9% identity (100.0% similar) in 668 aa overlap (103-770:1-668)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 ASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKEDECHNFVQILAIA
::::::::::::::.:::::::::::::::
XP_016 MVPEAHRQNCRKKGKKEDECHNFVQILAIA
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 NASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAAVMAGGVLYAATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAAVMAGGVLYAATV
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 KNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDEIYFFFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDEIYFFFT
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 ETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRASSVLQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRASSVLQDV
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 AVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCNRGLPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCNRGLPVV
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 DNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHPLLVTTDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHPLLVTTDT
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 AYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQPVENMKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQPVENMKL
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 YHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAGEHRGLVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAGEHRGLVQD
400 410 420 430 440 450
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 IESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGVTALTPRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGVTALTPRRD
460 470 480 490 500 510
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 GLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILA
520 530 540 550 560 570
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 ASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPSPEDERLPLALAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPSPEDERLPLALAK
580 590 600 610 620 630
740 750 760 770
pF1KB8 RGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
640 650 660
>>XP_016858662 (OMIM: 603706) PREDICTED: semaphorin-4F i (635 aa)
initn: 4237 init1: 4237 opt: 4237 Z-score: 4258.8 bits: 798.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4280; 94.9% identity (95.1% similar) in 668 aa overlap (103-770:1-635)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 ASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGRKEDECHNFVQILAIA
::::::::::::::.:::
XP_016 MVPEAHRQNCRKKGKKED------------
10
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 NASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAAVMAGGVLYAATV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ---------------------VSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAAVMAGGVLYAATV
20 30 40 50
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 KNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDEIYFFFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDEIYFFFT
60 70 80 90 100 110
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 ETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRASSVLQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRASSVLQDV
120 130 140 150 160 170
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 AVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCNRGLPVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCNRGLPVV
180 190 200 210 220 230
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 DNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHPLLVTTDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHPLLVTTDT
240 250 260 270 280 290
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 AYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQPVENMKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQPVENMKL
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 YHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAGEHRGLVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAGEHRGLVQD
360 370 380 390 400 410
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 IESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGVTALTPRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGVTALTPRRD
420 430 440 450 460 470
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 GLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILA
480 490 500 510 520 530
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XP_016 RGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
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XP_011 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
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XP_011 ECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSAA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRE
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XP_011 ADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLAL
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pF1KB8 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FPEPQPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECV
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pF1KB8 DEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGR
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XP_016 MVPEAHRQNCRKKGKKEGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGR
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pF1KB8 ASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHD
50 60 70 80 90 100
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pF1KB8 CNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGH
110 120 130 140 150 160
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pF1KB8 PLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEP
170 180 190 200 210 220
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pF1KB8 QPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QPVENMKLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHAG
230 240 250 260 270 280
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pF1KB8 EHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EHRGLVQDIESADVSSLCPKEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVWHQPSGV
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pF1KB8 TALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLA
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XP_016 TALTPRRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAAYSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLA
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pF1KB8 GFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPSPEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLDLGAPPSGTTSYSQDPPSPSPEDE
410 420 430 440 450 460
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pF1KB8 RLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLPLALAKRGSGFGGFSPPFLLDPCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI
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>>NP_001258590 (OMIM: 603706) semaphorin-4F isoform 2 pr (615 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_001 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKE-
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::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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>>NP_060259 (OMIM: 604462) semaphorin-4C precursor [Homo (833 aa)
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::: .. .: . . ::. .. .:
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. . ::::::...::.:. . : :.: .: .. .: .::.. . :: ::...
NP_060 LTEPTGLLYVGAREALFAFSME-ALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRF
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: ::::: .:::.::.::: ... : . ..:.:.::::..::. :.... : :
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:.::..:.::::::: : .: .. ..:. : ::: : ::.. : : :. :::.
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.:::: : . : : . : :::::: ::.:: .:::..::::::: : : .:.
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. :: . .:. . . . :.:.:..:: .::.: .. ..:. :..::..: :.
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. . ::.:::: :: :: . :: . ::: ::: .:.:.. ::::.. : : ..:
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::: : . ..:: :::.:.: : ::..:: :: : .:: .: . ..:.: :: . .
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. .:: . ::. . . :.: ..:. . ::: :: : . :. . :
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]