Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8595
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8595, 2202 aa
1>>>pF1KB8595 2202 - 2202 aa - 2202 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9218+/-0.00149; mu= 15.9986+/- 0.090
mean_var=75.5812+/-14.715, 0's: 0 Z-trim(97.8): 46 B-trim: 10 in 1/49
Lambda= 0.147526
statistics sampled from 5133 (5163) to 5133 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.48), E-opt: 0.2 (0.159), width: 16
Scan time: 5.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5046.1 ASCC3 gene_id:10973|Hs108|chr6 (2202) 14512 3099.6 0
CCDS2020.1 SNRNP200 gene_id:23020|Hs108|chr2 (2136) 5023 1080.0 0
CCDS75497.1 ASCC3 gene_id:10973|Hs108|chr6 ( 731) 4671 1005.1 0
CCDS30769.2 HFM1 gene_id:164045|Hs108|chr1 (1435) 1103 245.7 1.1e-63
CCDS5047.1 ASCC3 gene_id:10973|Hs108|chr6 ( 111) 501 117.7 3e-26
>>CCDS5046.1 ASCC3 gene_id:10973|Hs108|chr6 (2202 aa)
initn: 14512 init1: 14512 opt: 14512 Z-score: 16677.1 bits: 3099.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 14512; 99.9% identity (99.9% similar) in 2202 aa overlap (1-2202:1-2202)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MALPRLTGALRSFSNVTKQDNYNEEVADLKIKRSKLHEQVLDLGLTWKKIIKFLNEKLEK
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CCDS50 MALPRLTGALRSFSNVTKQDNYNEEVADLKIKRSKLHEQVLDLGLTWKKIIKFLNEKLEK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SKMQSINEDLKDILHAAKQIVGTDNGREAIESGAAFLFMTFHLKDSVGHKETKAIKQMFG
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CCDS50 SKMQSINEDLKDILHAAKQIVGTDNGREAIESGAAFLFMTFHLKDSVGHKETKAIKQMFG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PFPSSSATAACNATNRIISHFSQDDFTALVQMTEKEHGDRVFFGKNLAFSFDMHDLDHFD
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 PFPSSSATAACNATNRIISHFSQDDLTALVQMTEKEHGDRVFFGKNLAFSFDMHDLDHFD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ELPINGETQKTISLDYKKFLNEHLQEACTPELKPVEKTNGSFLWCEVEKYLNSTLKEMTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ELPINGETQKTISLDYKKFLNEHLQEACTPELKPVEKTNGSFLWCEVEKYLNSTLKEMTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 VPRVEDLCCTLYDMLASIKSGDELQDELFELLGPEGLELIEKLLQNRITIVDRFLNSSND
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CCDS50 VPRVEDLCCTLYDMLASIKSGDELQDELFELLGPEGLELIEKLLQNRITIVDRFLNSSND
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 HRFQALQDNCKKILGENAKPNYGCQVTIQSEQEKQLMKQYRREEKRIARREKKAGEDLEV
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CCDS50 HRFQALQDNCKKILGENAKPNYGCQVTIQSEQEKQLMKQYRREEKRIARREKKAGEDLEV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SEGLMCFDPKELRIQREQALLNARSVPILSRQRDADVEKIHYPHVYDSQAEAMKTSAFIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SEGLMCFDPKELRIQREQALLNARSVPILSRQRDADVEKIHYPHVYDSQAEAMKTSAFIA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 GAKMILPEGIQRENNKLYEEVRISYSEPMPLSFEEKPVYIQDLDEIGQLAFKGMKRLNRI
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CCDS50 GAKMILPEGIQRENNKLYEEVRIPYSEPMPLSFEEKPVYIQDLDEIGQLAFKGMKRLNRI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 QSIVFETAYNTNENMLICAPTGAGKTNIAMLTVLHEIRQHFQQGVIKKNEFKIVYVAPMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QSIVFETAYNTNENMLICAPTGAGKTNIAMLTVLHEIRQHFQQGVIKKNEFKIVYVAPMK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 ALAAEMTDYFSRRLEPLGIIVKELTGDMQLSKSEILRTQMLVTTPEKWDVVTRKSVGDVA
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CCDS50 ALAAEMTDYFSRRLEPLGIIVKELTGDMQLSKSEILRTQMLVTTPEKWDVVTRKSVGDVA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LSQIVRLLILDEVHLLHEDRGPVLESIVARTLRQVESTQSMIRILGLSATLPNYLDVATF
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CCDS50 LSQIVRLLILDEVHLLHEDRGPVLESIVARTLRQVESTQSMIRILGLSATLPNYLDVATF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 LHVNPYIGLFFFDGRFRPVPLGQTFLGIKCANKMQQLNNMDEVCYENVLKQVKAGHQVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LHVNPYIGLFFFDGRFRPVPLGQTFLGIKCANKMQQLNNMDEVCYENVLKQVKAGHQVMV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 FVHARNATVRTAMSLIERAKNCGHIPFFFSTQGHDYVLAEKQVQRSRNKQVRELFPDGFS
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CCDS50 FVHARNATVRTAMSLIERAKNCGHIPFFFPTQGHDYVLAEKQVQRSRNKQVRELFPDGFS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 IHHAGMLRQDRNLVENLFSNGHIKVLVCTATLAWGVNLPAHAVIIKGTQIYAAKRGSFVD
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CCDS50 IHHAGMLRQDRNLVENLFSNGHIKVLVCTATLAWGVNLPAHAVIIKGTQIYAAKRGSFVD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 LGILDVMQIFGRAGRPQFDKFGEGIIITTHDKLSHYLTLLTQRNPIESQFLESLADNLNA
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CCDS50 LGILDVMQIFGRAGRPQFDKFGEGIIITTHDKLSHYLTLLTQRNPIESQFLESLADNLNA
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 EIALGTVTNVEEAVKWISYTYLYVRMRANPLAYGISHKAYQIDPTLRKHREQLVIEVGRK
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CCDS50 EIALGTVTNVEEAVKWISYTYLYVRMRANPLAYGISHKAYQIDPTLRKHREQLVIEVGRK
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB8 LDKAQMIRFEERTGYFSSTDLGRTASHYYIKYNTIETFNELFDAHKTEGDIFAIVSKAEE
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CCDS50 LDKAQMIRFEERTGYFSSTDLGRTASHYYIKYNTIETFNELFDAHKTEGDIFAIVSKAEE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB8 FDQIKVREEEIEELDTLLSNFCELSTPGGVENSYGKINILLQTYISRGEMDSFSLISDSA
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CCDS50 FDQIKVREEEIEELDTLLSNFCELSTPGGVENSYGKINILLQTYISRGEMDSFSLISDSA
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB8 YVAQNAARIVRALFEIALRKRWPTMTYRLLNLSKVIDKRLWGWASPLRQFSILPPHILTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YVAQNAARIVRALFEIALRKRWPTMTYRLLNLSKVIDKRLWGWASPLRQFSILPPHILTR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB8 LEEKKLTVDKLKDMRKDEIGHILHHVNIGLKVKQCVHQIPSVMMEASIQPITRTVLRVTL
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CCDS50 LEEKKLTVDKLKDMRKDEIGHILHHVNIGLKVKQCVHQIPSVMMEASIQPITRTVLRVTL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB8 SIYADFTWNDQVHGTVGEPWWIWVEDPTNDHIYHSEYFLALKKQVISKEAQLLVFTIPIF
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CCDS50 SIYADFTWNDQVHGTVGEPWWIWVEDPTNDHIYHSEYFLALKKQVISKEAQLLVFTIPIF
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB8 EPLPSQYYIRAVSDRWLGAEAVCIINFQHLILPERHPPHTELLDLQPLPITALGCKAYEA
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CCDS50 EPLPSQYYIRAVSDRWLGAEAVCIINFQHLILPERHPPHTELLDLQPLPITALGCKAYEA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB8 LYNFSHFNPVQTQIFHTLYHTDCNVLLGAPTGSGKTVAAELAIFRVFNKYPTSKAVYIAP
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CCDS50 LYNFSHFNPVQTQIFHTLYHTDCNVLLGAPTGSGKTVAAELAIFRVFNKYPTSKAVYIAP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB8 LKALVRERMDDWKVRIEEKLGKKVIELTGDVTPDMKSIAKADLIVTTPEKWDGVSRSWQN
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CCDS50 LKALVRERMDDWKVRIEEKLGKKVIELTGDVTPDMKSIAKADLIVTTPEKWDGVSRSWQN
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB8 RNYVQQVTILIIDEIHLLGEERGPVLEVIVSRTNFISSHTEKPVRIVGLSTALANARDLA
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CCDS50 RNYVQQVTILIIDEIHLLGEERGPVLEVIVSRTNFISSHTEKPVRIVGLSTALANARDLA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB8 DWLNIKQMGLFNFRPSVRPVPLEVHIQGFPGQHYCPRMASMNKPAFQAIRSHSPAKPVLI
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CCDS50 DWLNIKQMGLFNFRPSVRPVPLEVHIQGFPGQHYCPRMASMNKPAFQAIRSHSPAKPVLI
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB8 FVSSRRQTRLTALELIAFLATEEDPKQWLNMDEREMENIIATVRDSNLKLTLAFGIGMHH
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CCDS50 FVSSRRQTRLTALELIAFLATEEDPKQWLNMDEREMENIIATVRDSNLKLTLAFGIGMHH
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB8 AGLHERDRKTVEELFVNCKVQVLIATSTLAWGVNFPAHLVIIKGTEYYDGKTRRYVDFPI
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CCDS50 AGLHERDRKTVEELFVNCKVQVLIATSTLAWGVNFPAHLVIIKGTEYYDGKTRRYVDFPI
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB8 TDVLQMMGRAGRPQFDDQGKAVILVHDIKKDFYKKFLYEPFPVESSLLGVLSDHLNAEIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 TDVLQMMGRAGRPQFDDQGKAVILVHDIKKDFYKKFLYEPFPVESSLLGVLSDHLNAEIA
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB8 GGTITSKQDALDYITWTYFFRRLIMNPSYYNLGDVSHDSVNKFLSHLIEKSLIELELSYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 GGTITSKQDALDYITWTYFFRRLIMNPSYYNLGDVSHDSVNKFLSHLIEKSLIELELSYC
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB8 IEIGEDNRSIEPLTYGRIASYYYLKHQTVKMFKDRLKPECSTEELLSILSDAEEYTDLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 IEIGEDNRSIEPLTYGRIASYYYLKHQTVKMFKDRLKPECSTEELLSILSDAEEYTDLPV
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB8 RHNEDHMNSELAKCLPIESNPHSFDSPHTKAHLLLQAHLSRAMLPCPDYDTDTKTVLDQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 RHNEDHMNSELAKCLPIESNPHSFDSPHTKAHLLLQAHLSRAMLPCPDYDTDTKTVLDQA
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB8 LRVCQAMLDVAANQGWLVTVLNITNLIQMVIQGRWLKDSSLLTLPNIENHHLHLFKKWKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LRVCQAMLDVAANQGWLVTVLNITNLIQMVIQGRWLKDSSLLTLPNIENHHLHLFKKWKP
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB8 IMKGPHARGRTSIESLPELIHACGGKDHVFSSMVESELHAAKTKQAWNFLSHLPVINVGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 IMKGPHARGRTSIESLPELIHACGGKDHVFSSMVESELHAAKTKQAWNFLSHLPVINVGI
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB8 SVKGSWDDLVEGHNELSVSTLTADKRDDNKWIKLHADQEYVLQVSLQRVHFGFHKGKPES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 SVKGSWDDLVEGHNELSVSTLTADKRDDNKWIKLHADQEYVLQVSLQRVHFGFHKGKPES
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB8 CAVTPRFPKSKDEGWFLILGEVDKRELIALKRVGYIRNHHVASLSFYTPEIPGRYIYTLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 CAVTPRFPKSKDEGWFLILGEVDKRELIALKRVGYIRNHHVASLSFYTPEIPGRYIYTLY
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200
pF1KB8 FMSDCYLGLDQQYDIYLNVTQASLSAQVNTKVSDSLTDLALK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FMSDCYLGLDQQYDIYLNVTQASLSAQVNTKVSDSLTDLALK
2170 2180 2190 2200
>>CCDS2020.1 SNRNP200 gene_id:23020|Hs108|chr2 (2136 aa)
initn: 4450 init1: 1694 opt: 5023 Z-score: 5762.6 bits: 1080.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5176; 40.2% identity (70.2% similar) in 2141 aa overlap (60-2182:103-2129)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 KIKRSKLHEQVLDLGLTWKKIIKFLNEKLEKSKMQSINEDLKDILHAAKQIVGTDNGREA
: : . : . .: . .: :. :.
CCDS20 KRDEDRHDINKMKGYTLLSEGIDEMVGIIYKPKTKETRETYEVLLSFIQAALG-DQPRD-
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 IESGAAFLFMTFHLKDSVGHKET-KAIKQMFGPFPSSSATAACNATNRIISHFSQDDFTA
: ::: .. .... :: : : ..: .. . : ..: .. .. ..
CCDS20 ILCGAADEVLAVLKNEKLRDKERRKEIDLLLGQTDDTRYHVLVNLGKKITDYGGDKEIQN
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 LVQMTEKEHGDRVFFGKNLAFSFDMHDLDHFDELPINGETQKTISLD--------YKKFL
. .. :... : :. : : .. :. . ::... : : . :
CCDS20 M-----DDNIDETY-GVNVQFESDEEEGDE----DVYGEVREEASDDDMEGDEAVVRCTL
200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KB8 NEHL---QEACTPELKPVEKTNGSFLWCEVEKYLNSTLKEMTEVPRVEDLCCTLYDMLAS
. .: : . . : .. . . .: ... :. . . : . ..: .
CCDS20 SANLVASGELMSSKKKDLHPRDIDAFW--LQRQLSRFYDDAIVSQKKAD---EVLEILKT
250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 IKSGDELQDELFELLGPEGLELIEKLLQNRITIVDRFLNSSNDHRFQALQDNCKKILGE-
.. : ...: ::: . ...:. : :.:. :. : .: . . . ..:.:.
CCDS20 ASDDRECENQLVLLLGFNTFDFIKVLRQHRMMILYCTLLASAQSEAEK-----ERIMGKM
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 NAKPNYGCQVTIQSEQEKQ-LMKQYRREEKRIARREKKAGEDLEVSEGLMCFDPKELRIQ
.: :. . . : ::. :... : ...:. :... :::. : .: :
CCDS20 EADPELSKFLYQLHETEKEDLIREERSRRERV--RQSRMDTDLET----MDLD------Q
360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 REQALLNARSVPILSRQRDADVEKIHYPHVYDSQAEAMKTSAFIAGAKMILPEGIQRENN
.:: .: :: :.: . . . : :.:. . ::.: :..
CCDS20 GGEAL-----AP---RQV-LDLEDLVFT----------QGSHFMANKRCQLPDGSFRRQR
400 410 420 430
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 KLYEEVRISYSEPMPLSFEEKPVYIQDLDEIGQLAFKGMKRLNRIQSIVFETAYNTNENM
: ::::.. .: :.. ::. . .. : . .: .:.:.: :::::: ....: .:.::.
CCDS20 KGYEEVHVPALKPKPFGSEEQLLPVEKLPKYAQAGFEGFKTLNRIQSKLYRAALETDENL
440 450 460 470 480 490
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 LICAPTGAGKTNIAMLTVLHEIRQHFQQ-GVIKKNEFKIVYVAPMKALAAEMTDYFSRRL
:.::::::::::.:.. .:.:: .:... :.:. ..:::.:.:::..:. ::. :..::
CCDS20 LLCAPTGAGKTNVALMCMLREIGKHINMDGTINVDDFKIIYIAPMRSLVQEMVGSFGKRL
500 510 520 530 540 550
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 EPLGIIVKELTGDMQLSKSEILRTQMLVTTPEKWDVVTRKSVGDVALSQIVRLLILDEVH
:: : ::::: :: : :: ::..: ::::::..:::. :. . .:.:::.::::.:
CCDS20 ATYGITVAELTGDHQLCKEEISATQIIVCTPEKWDIITRKG-GERTYTQLVRLIILDEIH
560 570 580 590 600 610
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 LLHEDRGPVLESIVARTLRQVESTQSMIRILGLSATLPNYLDVATFLHVNPYIGLFFFDG
:::.:::::::..:::..:..: :: .:..::::::::: ::::::.:.: :::.::.
CCDS20 LLHDDRGPVLEALVARAIRNIEMTQEDVRLIGLSATLPNYEDVATFLRVDPAKGLFYFDN
620 630 640 650 660 670
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 RFRPVPLGQTFLGIKCANKMQQLNNMDEVCYENVLKQVKAG-HQVMVFVHARNATVRTAM
:::::: ::..:: . ..... :.:. ::..... :: .::.::::.:. : .::
CCDS20 SFRPVPLEQTYVGITEKKAIKRFQIMNEIVYEKIMEH--AGKNQVLVFVHSRKETGKTAR
680 690 700 710 720 730
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 SLIERAKNCGHIPFFFSTQGHDYVLAEKQVQRSRNKQVRELFPDGFSIHHAGMLRQDRNL
.. . . . .:. . . . . .... .: ....:.: ::.:::::: : ::.:
CCDS20 AIRDMCLEKDTLGLFLREGSASTEVLRTEAEQCKNLELKDLLPYGFAIHHAGMTRVDRTL
740 750 760 770 780 790
800 810 820 830 840 850
pF1KB8 VENLFSNGHIKVLVCTATLAWGVNLPAHAVIIKGTQIYAAKRGSFVDLGILDVMQIFGRA
::.::.. ::.::: :::::::::::::.:::::::.:. ..: ...:: ::..:..:::
CCDS20 VEDLFADKHIQVLVSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQVYSPEKGRWTELGALDILQMLGRA
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860 870 880 890 900 910
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CCDS20 EYKFSVDVKEAETDSDSD
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CCDS75 FYLLLHLFICF
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CCDS30 QLRINEKKTLNTLNKDPNRITIRFPMEG---RIKTREMKVNCLIQAQLG--CIPIQDFAL
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CCDS30 TQDTAKIFRHGSRITRWLSDFVAAQEKKFAVLLNSLILAKCFRCKLWENSLHVSKQLEKI
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CCDS30 GITLSNAIVNAGLTSFKKIEETDARELELILNRHPPFGTQIKETVMYLPKYELKVEQITR
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2202 residues in 1 query sequences
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