Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8598
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8598, 776 aa
1>>>pF1KB8598 776 - 776 aa - 776 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0567+/-0.0012; mu= 16.5049+/- 0.072
mean_var=76.8325+/-14.710, 0's: 0 Z-trim(102.1): 37 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.146319
statistics sampled from 6785 (6807) to 6785 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 3.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7 ( 776) 5030 1072.1 0
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CCDS83487.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 900) 874 194.8 5.1e-49
CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX ( 913) 874 194.8 5.2e-49
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CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13 ( 759) 830 185.5 2.8e-46
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CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2 ( 768) 615 140.1 1.3e-32
CCDS31668.1 CUL5 gene_id:8065|Hs108|chr11 ( 780) 521 120.3 1.2e-26
>>CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7 (776 aa)
initn: 5030 init1: 5030 opt: 5030 Z-score: 5735.9 bits: 1072.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5030; 99.9% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
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CCDS34 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVT
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHL
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310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAAL
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA
430 440 450 460 470 480
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pF1KB8 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB8 MRKVLRHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
730 740 750 760 770
>>CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (745 aa)
initn: 1549 init1: 680 opt: 1613 Z-score: 1837.9 bits: 350.8 E(32554): 4.8e-96
Smith-Waterman score: 1730; 37.1% identity (68.2% similar) in 779 aa overlap (15-776:8-745)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSN
. .:. :. : . :. : . . .. . . .. .: :.. .
CCDS71 MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPE--
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYT
: .: .:: . : ::.:.. .: : . .:.:: .:
CCDS71 -------P---------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLE-SEEQVLVMYH
60 70 80
130 140 150 160
pF1KB8 QQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRR----ECD--EGRKGI------YEIYSLALVTWR
. ::.: .. .. . ::: ..... : : : :. .:: ::: ::
CCDS71 RYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWR
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 DCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVY
. .::. . .:. :...:.:: : ..: ::..:.:.. . . : : :
CCDS71 KLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHV-----EQYKKKFPLKFY
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELA
.: ::: ::..: ..: .:....::.. ..::.:. .:: .:. : . ::: :. ..
CCDS71 QEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVI
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 RKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQG
..:.: .. ::...:.: .:.. .:..:.. :: :. .. :: .. . :..:::..:
CCDS71 HECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEG
270 280 290 300 310 320
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pF1KB8 LAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAV
: : . . : : ..:..::.:: :. :. ...:.: :..::::: .:
CCDS71 LRATSNLTQE--NMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNY---
330 340 350 360 370
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 TKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAK
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CCDS71 -REPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYAR
380 390 400 410 420 430
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 MLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNS
::::::.: : : :.: .::.:::::::.:.::::.::. :..:: :::..:.. . :.
CCDS71 MLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQ
440 450 460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 EP---LDLDFSIQVLSSGSWPFQQ--SCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLY
. : ..:.: ::..:.::. : : :::.:.:::.: : : ::... ::::::::.
CCDS71 DTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLH
500 510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KB8 QLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQIL
: ::. : . . :. ...:.:::.:: .:. .. . ..: ::::.. :..... :
CCDS71 YLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSL
560 570 580 590 600 610
650 660 670 680 690 700
pF1KB8 LKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNI
: :.. ..:. ..: .. ..: .....:. . .:.. :. . ::.: :.. .
CCDS71 LDVKMINHDSEKEDIDA-----ESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAV
620 630 640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KB8 EEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLRHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLE
.::::. .::::::::: ::::::. :. ::..: .::.: . .:::::..::.:.:.:
CCDS71 DEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIE
680 690 700 710 720 730
770
pF1KB8 RVDGEKDTYSYLA
: .. : :::.:
CCDS71 RSQASADEYSYVA
740
>>CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (758 aa)
initn: 1549 init1: 680 opt: 1613 Z-score: 1837.7 bits: 350.8 E(32554): 4.8e-96
Smith-Waterman score: 1731; 36.9% identity (67.8% similar) in 792 aa overlap (2-776:11-758)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYN
. : : .: . . .:. :. : . :. : . . .. . . .. .:
CCDS73 MVPGKEFQHYTCTMSLKP---RVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYA
10 20 30 40 50
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pF1KB8 YCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLM
:.. . : .: .:: . : ::.:.. .: : .
CCDS73 LCVAYPE----------P--------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLE-S
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pF1KB8 DESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRR----ECD--EGRKGI------YEI
.:.:: .: . ::.: .. .. . ::: ..... : : : :. .::
CCDS73 EEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEI
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pF1KB8 YSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAF
::: :: . .::. . .:. :...:.:: : ..: ::..:.:.. . .
CCDS73 GELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHV-----EQY
160 170 180 190 200
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pF1KB8 AKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYL
: : :.: ::: ::..: ..: .:....::.. ..::.:. .:: .:. : . ::
CCDS73 KKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYL
210 220 230 240 250 260
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pF1KB8 HESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKL
: :. .. ..:.: .. ::...:.: .:.. .:..:.. :: :. .. :: .. .
CCDS73 HPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQE
270 280 290 300 310 320
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pF1KB8 LETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKAC
:..:::..:: : . . : : ..:..::.:: :. :. ...:.: :..:::::
CCDS73 LQNHIHDEGLRATSNLTQE--NMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKAL
330 340 350 360 370 380
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pF1KB8 GRFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDK
.: . .: :.:::::.:::.:::::.:. : :.:: :.. ..:::::.::
CCDS73 TSVVNY----REPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDK
390 400 410 420 430 440
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pF1KB8 DVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNE
::::::::.::::::.: : : :.: .::.:::::::.:.::::.::. :..:: :::.
CCDS73 DVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNN
450 460 470 480 490 500
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pF1KB8 QFKKHLTNSEP---LDLDFSIQVLSSGSWPFQQ--SCTFALPSELERSYQRFTAFYASRH
.:.. . :.. : ..:.: ::..:.::. : : :::.:.:::.: : : ::...
CCDS73 KFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHF
510 520 530 540 550 560
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pF1KB8 SGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMD
::::::::. : ::. : . . :. ...:.:::.:: .:. .. . ..: ::::..
CCDS73 SGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEK
570 580 590 600 610 620
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pF1KB8 ILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQ
:..... :: :.. ..:. ..: .. ..: .....:. . .:.. :. . :
CCDS73 ELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDA-----ESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQ
630 640 650 660 670
700 710 720 730 740 750
pF1KB8 EQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLRHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCID
:.: :.. ..::::. .::::::::: ::::::. :. ::..: .::.: . .:::::.
CCDS73 EMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIE
680 690 700 710 720 730
760 770
pF1KB8 ILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA
.::.:.:.:: .. : :::.:
CCDS73 VLIDKQYIERSQASADEYSYVA
740 750
>>CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10 (764 aa)
initn: 1549 init1: 680 opt: 1613 Z-score: 1837.7 bits: 350.8 E(32554): 4.9e-96
Smith-Waterman score: 1731; 36.9% identity (67.8% similar) in 792 aa overlap (2-776:17-764)
10 20 30 40
pF1KB8 MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMEL
. : : .: . . .:. :. : . :. : . . .. . .
CCDS55 MYRVTWSTFWLRFQHYTCTMSLKP---RVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDR
10 20 30 40 50
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pF1KB8 YTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLK
.. .: :.. . : .: .:: . : ::.:.. .: :
CCDS55 FSDIYALCVAYPE----------P--------------LGERLYTETKIFLENHVRHLHK
60 70 80 90
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pF1KB8 DGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRR----ECD--EGRKGI---
. .:.:: .: . ::.: .. .. . ::: ..... : : : :.
CCDS55 RVLE-SEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMN
100 110 120 130 140 150
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pF1KB8 ---YEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGL
.:: ::: :: . .::. . .:. :...:.:: : ..: ::..:.:..
CCDS55 EPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHV--
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 NEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQR
. . : : :.: ::: ::..: ..: .:....::.. ..::.:. .:: .:.
CCDS55 ---EQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEI
220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 RVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGL
: . ::: :. .. ..:.: .. ::...:.: .:.. .:..:.. :: :. .. ::
CCDS55 RCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGL
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