Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8602
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8602, 212 aa
1>>>pF1KB8602 212 - 212 aa - 212 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6712+/-0.000757; mu= 11.7579+/- 0.046
mean_var=73.1181+/-14.737, 0's: 0 Z-trim(109.6): 213 B-trim: 355 in 1/49
Lambda= 0.149990
statistics sampled from 10764 (11001) to 10764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 1.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 1376 306.5 8e-84
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 578 133.8 7.8e-32
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 578 133.8 8.8e-32
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 554 128.6 2.8e-30
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 550 127.8 5.2e-30
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 475 111.5 3.7e-25
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 474 111.3 4.6e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 471 110.7 7.5e-25
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 467 109.8 1.3e-24
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 464 109.1 2e-24
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 464 109.2 2.4e-24
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 460 108.3 3.7e-24
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 459 108.0 4.1e-24
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 449 105.9 1.8e-23
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 449 105.9 2e-23
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 449 105.9 2e-23
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 445 105.0 3.5e-23
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 443 104.6 4.6e-23
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 443 104.6 5e-23
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 442 104.4 5.7e-23
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 440 104.0 7.6e-23
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 438 103.5 9.7e-23
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 433 102.4 2e-22
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 430 101.8 3.1e-22
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 430 101.8 3.6e-22
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 427 101.1 5.2e-22
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 426 100.9 5.9e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 425 100.7 7.3e-22
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 425 100.7 7.3e-22
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 423 100.3 9.4e-22
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 422 100.0 1.1e-21
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 422 100.1 1.1e-21
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 421 99.8 1.2e-21
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 420 99.6 1.5e-21
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 420 99.6 1.5e-21
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 418 99.2 2e-21
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 417 99.0 2.3e-21
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 416 98.7 2.6e-21
CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 416 98.7 2.6e-21
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 415 98.5 3.2e-21
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 416 99.0 7.8e-21
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 404 96.1 1.5e-20
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 405 96.4 1.6e-20
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 401 95.5 2.6e-20
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 394 94.0 7.9e-20
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 389 92.9 1.6e-19
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 397 95.0 1.8e-19
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 386 92.3 2.4e-19
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 386 92.3 2.9e-19
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 384 91.9 3.9e-19
>>CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 (212 aa)
initn: 1376 init1: 1376 opt: 1376 Z-score: 1618.4 bits: 306.5 E(32554): 8e-84
Smith-Waterman score: 1376; 99.5% identity (99.5% similar) in 212 aa overlap (1-212:1-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSILPTVGCAFFTKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSILPTVGCAFFTKVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS25 HPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLLFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KB8 LQRSDEEGQALRGDAAVALNKGPARQAKCCAH
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LQRSDEEGQALRGDAAVALNKGPARQAKCCAH
190 200 210
>>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 506 init1: 273 opt: 578 Z-score: 685.0 bits: 133.8 E(32554): 7.8e-32
Smith-Waterman score: 578; 44.2% identity (78.4% similar) in 208 aa overlap (8-212:10-216)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSILP-TVGCAFFT
:. :: .. ::::::: ..::::::.::.::..:. :.: ::.:
CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KVVDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLE
..: . :..:.:::::::::.:::. .:.:::.::..::::: :.: .:..:.:.:.
CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EELHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVA
.. :. ... :.:::.::...: : :::.. .::...: ::::::: .:.:.: ..:
CCDS11 RQASPN-IVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIA
130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB8 QELLQRSDEEGQALRG-DAAVALNKG-PARQAKCCAH
..: . ... . : . .: :... :: ...::..
CCDS11 KKLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
180 190 200 210
>>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa)
initn: 506 init1: 273 opt: 578 Z-score: 684.1 bits: 133.8 E(32554): 8.8e-32
Smith-Waterman score: 578; 44.2% identity (78.4% similar) in 208 aa overlap (8-212:43-249)
10 20 30
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLAL
:. :: .. ::::::: ..::::::.:
CCDS58 ASLHSTSPHPHALWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVL
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 RYVKNDFKSILP-TVGCAFFTKVVDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALL
:.::..:. :.: ::.:..: . :..:.:::::::::.:::. .:.:::.::..
CCDS58 RFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIV
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 VYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEELHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKL
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CCDS58 VYDITNTDTFARAKNWVKELQRQASPN-IVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSL
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQELLQRSDEEGQALRG-DAAVALNKG-PARQAKCCAH
::::::: .:.:.: ..:..: . ... . : . .: :... :: ...::..
CCDS58 LFMETSAKTAMNVNEIFMAIAKKLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
200 210 220 230 240
>>CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 (215 aa)
initn: 490 init1: 272 opt: 554 Z-score: 657.0 bits: 128.6 E(32554): 2.8e-30
Smith-Waterman score: 554; 44.4% identity (77.6% similar) in 196 aa overlap (20-212:21-215)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSILP-TVGCAFFTK
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CCDS26 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VVDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEE
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CCDS26 TVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 ELHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQ
. :. ... : :::.::...: : :::.. .::...: ::::::: . .:.:.: ..:.
CCDS26 QASPN-IVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAK
130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB8 ELLQRSDEEGQA--LRGDAAVALNKGPARQAKCCAH
.: . .. : :: .. . . .::..
CCDS26 KLPKNEPQNPGANSARGRGVDLTEPTQPTRNQCCSN
180 190 200 210
>>CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 446 init1: 267 opt: 550 Z-score: 652.3 bits: 127.8 E(32554): 5.2e-30
Smith-Waterman score: 550; 40.8% identity (76.3% similar) in 211 aa overlap (7-212:6-215)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRV--FKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSILP-TVGCAFFT
: .: . :. .. ::::::: ..::::::.::.::..:. :.: ::.:
CCDS89 MTSRSTARPNGQPQASKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KVVDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLE
. : . :..:.:::::::::.:::. .:.:::.::..::::: ...: .:. :.:.:.
CCDS89 QSVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNQETFARAKTWVKELQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EELHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVA
.. :. ... :.:::.::...: : ..:.. .::...: ::::::: .:...: ..:
CCDS89 RQASPS-IVIALAGNKADLANKRMVEYEEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNDLFLAIA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB8 QELLQRSDEE--GQALRGDAAVALNKGPARQAKCCAH
..: . .. : : :. .. ... ...::..
CCDS89 KKLPKSEPQNLGGAAGRSRGVDLHEQSQQNKSQCCSN
180 190 200 210
>>CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 (195 aa)
initn: 283 init1: 268 opt: 475 Z-score: 565.2 bits: 111.5 E(32554): 3.7e-25
Smith-Waterman score: 475; 39.8% identity (72.4% similar) in 196 aa overlap (18-210:5-195)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDF-KSILPTVGCAFFTKV
: .:. :::. .:::::.. :.:.. : ..: ::.: .:.::.
CCDS45 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKT
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEE
: : :. ::::::::..::. .:.::. ::..:::::..::: ..:.:.:.:.
CCDS45 VPCGNELHKFLIWDTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEH
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQE
: .... ..::: :::. ::: ....::.:.: .::::: .. :.:. ....
CCDS45 -GPENIVMAIAGNKCDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KB8 LLQRSDEEGQALRGDAAVALNKGPARQA--KCCAH
. . .:. :. .. . :. :: .::
CCDS45 IPPLDPHEN----GNNGTIKVEKPTMQASRRCC
170 180 190
>>CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 (213 aa)
initn: 413 init1: 170 opt: 474 Z-score: 563.5 bits: 111.3 E(32554): 4.6e-25
Smith-Waterman score: 474; 39.0% identity (75.0% similar) in 200 aa overlap (19-210:12-210)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFK-SILPTVGCAFFTKV
:::.::.: ..:::..: :...:.:. . :.: : :..
CCDS41 MGNGTEEDYNFVFKVVLIGESGVGKTNLLSRFTRNEFSHDSRTTIGVEFSTRT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEE
: .:....: .:::::: :.:... :.::: .::::.:.:..... ...:::.: ..
CCDS41 VMLGTAAVKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVFDLTKHQTYAVVERWLKELYDH
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LHPGEVLVMLVGNKTDLSQEREVTFQEGKEFADSQKLPFMETSAKLNHQVSEVFNTVAQE
. . ..:::::::.:::: ::: .:.. ::... : :.:::: . .: .:.:: .:
CCDS41 AE-ATIVVMLVGNKSDLSQAREVPTEEARMFAENNGLLFLETSALDSTNVELAFETVLKE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KB8 LLQRSDEEGQ-ALR------GDAAVALNKGPARQAKCCAH
.. . ... : ..: :.: .. . ::... ::
CCDS41 IFAKVSKQRQNSIRTNAITLGSAQAGQEPGPGEKRACCISL
180 190 200 210
>>CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 (225 aa)
initn: 395 init1: 229 opt: 471 Z-score: 559.6 bits: 110.7 E(32554): 7.5e-25
Smith-Waterman score: 471; 39.1% identity (72.0% similar) in 207 aa overlap (1-206:1-203)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAQAHRTPQPRAAPSQPRVFKLVLLGSGSVGKSSLALRYVKNDFKSI-LPTVGCAFFTKV
:: : :: .. ::.:::: : :::.::.::: .: :.. . :. .:.::
CCDS90 MAAAGGGGGGAAAAGRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLQASFLTKK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VDVGATSLKLEIWDTAGQEKYHSVCHLYFRGANAALLVYDITRKDSFLKAQQWLKDLEEE
...:. ..: ::::::::..:.. .:.: .:.:.:::::: .::: :...:.:.:..
CCDS90 LNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKM
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CCDS61 SN-SNMVIMLIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKE
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CCDS61 IYEKI-QEGVFDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC
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CCDS46 IELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRY
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CCDS46 ASEN-VNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]