Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8607
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8607, 686 aa
1>>>pF1KB8607 686 - 686 aa - 686 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1559+/-0.000821; mu= 20.1630+/- 0.050
mean_var=62.2292+/-12.380, 0's: 0 Z-trim(106.4): 35 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.162584
statistics sampled from 8935 (8969) to 8935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 3.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6631.1 MAMDC2 gene_id:256691|Hs108|chr9 ( 686) 4703 1112.0 0
CCDS7010.1 MAMDC4 gene_id:158056|Hs108|chr9 (1137) 389 100.3 1.7e-20
CCDS47663.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7 (2721) 367 95.3 1.2e-18
CCDS47664.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7 (2812) 367 95.3 1.3e-18
CCDS73071.1 MALRD1 gene_id:340895|Hs108|chr10 (2156) 354 92.2 8.4e-18
CCDS47417.1 MDGA1 gene_id:266727|Hs108|chr6 ( 955) 333 87.1 1.3e-16
CCDS13571.1 TMPRSS15 gene_id:5651|Hs108|chr21 (1019) 293 77.7 9.1e-14
CCDS81448.1 NRP1 gene_id:8829|Hs108|chr10 ( 906) 258 69.5 2.4e-11
CCDS41948.1 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 ( 727) 251 67.8 6.3e-11
CCDS45098.3 MDGA2 gene_id:161357|Hs108|chr14 ( 956) 251 67.9 8e-11
>>CCDS6631.1 MAMDC2 gene_id:256691|Hs108|chr9 (686 aa)
initn: 4703 init1: 4703 opt: 4703 Z-score: 5953.6 bits: 1112.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4703; 99.9% identity (100.0% similar) in 686 aa overlap (1-686:1-686)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MLLRGVLLALQALQLAGALDLPAGSCAFEESTCGFDSVLASLPWILNEEGHYIYVDTSFG
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CCDS66 MLLRGVLLALQALQLAGALDLPAGSCAFEESTCGFDSVLASLPWILNEEGHYIYVDTSFG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KQGEKAVLLSPDLQAEEWSCLRLVYQITTSSESLSDPSQLNLYMRFEDESFDRLLWSAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KQGEKAVLLSPDLQAEEWSCLRLVYQITTSSESLSDPSQLNLYMRFEDESFDRLLWSAKE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 PSDSWLIASLDLQNSSKKFKILIEGVLGQGNTASIALFEIKMTTGYCIECDFEENHLCGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PSDSWLIASLDLQNSSKKFKILIEGVLGQGNTASIALFEIKMTTGYCIECDFEENHLCGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VNRWNPNVNWFVGGGSIRNVHSILPQDHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLISPLTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VNRWNPNVNWFVGGGSIRNVHSILPQDHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLISPLTT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 APMAGCLSFYYQIQQGNDNVFSLYTRDVAGLYEEIWKADRPGNAAWNLAEVEFNAPYPME
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS66 APMAGCLSFYYQIQQGNDNVFSLYTRDVAGLYEEIWKADRPGNAAWNLAEVEFSAPYPME
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 VIFEVAFNGPKGGYVALDDISFSPVHCQNQTELLFSAVEASCNFEQDLCNFYQDKEGPGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VIFEVAFNGPKGGYVALDDISFSPVHCQNQTELLFSAVEASCNFEQDLCNFYQDKEGPGW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 TRVKVKPNMYRAGDHTTGLGYYLLANTKFTSQPGYIGRLYGPSLPGNLQYCLRFHYAIYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TRVKVKPNMYRAGDHTTGLGYYLLANTKFTSQPGYIGRLYGPSLPGNLQYCLRFHYAIYG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 FLKMSDTLAVYIFEENHVVQEKIWSVLESPRGVWMQAEITFKKPMPTKVVFMSLCKSFWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FLKMSDTLAVYIFEENHVVQEKIWSVLESPRGVWMQAEITFKKPMPTKVVFMSLCKSFWD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 CGLVALDDITIQLGSCSSSEKLPPPPGECTFEQDECTFTQEKRNRSSWHRRRGETPTSYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 CGLVALDDITIQLGSCSSSEKLPPPPGECTFEQDECTFTQEKRNRSSWHRRRGETPTSYT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 GPKGDHTTGVGYYMYIEASHMVYGQKARLLSRPLRGVSGKHCLTFFYHMYGGGTGLLSVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 GPKGDHTTGVGYYMYIEASHMVYGQKARLLSRPLRGVSGKHCLTFFYHMYGGGTGLLSVY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LKKEEDSEESLLWRRRGEQSISWLRALIEYSCERQHQIIFEAIRGVSIRSDIAIDDVKFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LKKEEDSEESLLWRRRGEQSISWLRALIEYSCERQHQIIFEAIRGVSIRSDIAIDDVKFQ
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KB8 AGPCGEMEDTTQQSSGYSEDLNEIEY
::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AGPCGEMEDTTQQSSGYSEDLNEIEY
670 680
>>CCDS7010.1 MAMDC4 gene_id:158056|Hs108|chr9 (1137 aa)
initn: 401 init1: 128 opt: 389 Z-score: 481.6 bits: 100.3 E(32554): 1.7e-20
Smith-Waterman score: 520; 27.7% identity (51.2% similar) in 516 aa overlap (168-662:575-1054)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 KFKILIEGVLGQGNTASIALFEIKMTTGYCIECDFEENHLCGFVNRWNPNVNWFVGGGSI
. :.::.. :. : :. ..
CCDS70 EARVLTPLLGPSGPSCELHLAYYLQSQPREVSCNFERD-TCS----WYPG---HLSDTHW
550 560 570 580 590
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 RNVHSILPQDHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLIS-PLTTAPMAGCLSFYYQIQQG
: :.: : :: . ::.. .: . . . :.:.: : . : . ::::.:...
CCDS70 RWVESRGP-DHDHTTGQGHFVLLDPTDPLAWGHSAHLLSRPQVPAAPTECLSFWYHLHGP
600 610 620 630 640 650
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 NDNVFSLYTRDVAGLYEEIW-KADRPGNAAWNLAEVEFNAPYPMEVIFEVAFNGPKGGY-
. ... : : : ..: .. :: :. : . .. .. ... :.: . ::
CCDS70 QIGTLRLAMRR-EGEETHLWSRSGTQGNR-WHEAWATLSHQPGSHAQYQLLFEGLRDGYH
660 670 680 690 700 710
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 --VALDDISFSPVHCQNQTELLFSAVEASCNFEQDLCNFYQDKEGPGWTRVKVKPNMYRA
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CCDS70 GTMALDDVAVRPGPCWAPNY---------CSFEDSDCGFSPGGQGL-WRRQANASGHAAW
720 730 740 750 760
380 390 400 410 420
pF1KB8 G---DHTT--GLGYYLLANTKFTSQP-GYIGRLYGPSL-PGNLQYCLRFHYAIYGFLKMS
: :::: . :.:....:. . : : . : . : :: : : .: :.
CCDS70 GPPTDHTTETAQGHYMVVDTSPDALPRGQTASLTSKEHRPLAQPACLTFWY--HGSLRSP
770 780 790 800 810 820
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 DTLAVYIFEENHVVQEKIWSVLESPRGVWMQAEITFKKPMPTKVVFMSLCKSFWDCGLVA
:: ::. :.. .... :. .: . . . .::: .. . . ::
CCDS70 GTLRVYLEERG---RHQVLSLSAHGGLAWRLGSMDVQAERAWRVVFEAVAAGVAH-SYVA
830 840 850 860 870
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 LDDITIQLGSCSSSEKLPPPPGECTFEQDECTFTQ---EKRNRSSWHRRRGETPTSYTGP
:::. .: : : : :: : ::. : ... . :: : ::. : :
CCDS70 LDDLLLQDGPC-------PQPGSCDFESGLCGWSHLAWPGLGGYSWDWGGGATPSRYPQP
880 890 900 910 920 930
550 560 570 580 590
pF1KB8 KGDHTTGV--GYYMYIEASHMVYGQKARLL-SRPLRGVSGKHCLTFFYHMYGGGTGLLSV
::: :. :.. ..:.. . : .: : :.:: .. :: :.::: : . .
CCDS70 PVDHTLGTEAGHFAFFETGVLGPGGRAAWLRSEPL-PATPASCLRFWYHM-GFPEHFYKG
940 950 960 970 980
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 YLKKEEDSEESLL--WRRRGEQSISWLRALIEYSCERQHQIIFEA-IRGVSIRSDIAIDD
:: : .. : : :.. .::.: .: . .. ::.::: . : . ::.::
CCDS70 ELKVLLHSAQGQLAVWGAGGHRRHQWLEAQVEVASAKEFQIVFEATLGGQPALGPIALDD
990 1000 1010 1020 1030 1040
660 670 680
pF1KB8 VKFQAGPCGEMEDTTQQSSGYSEDLNEIEY
:.. ::
CCDS70 VEYLAGQHCQQPAPSPGNTAAPGSVPAVVGSALLLLMLLVLLGLGGRRWLQKKGSCPFQS
1050 1060 1070 1080 1090 1100
>>CCDS47663.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7 (2721 aa)
initn: 254 init1: 114 opt: 367 Z-score: 448.0 bits: 95.3 E(32554): 1.2e-18
Smith-Waterman score: 448; 24.9% identity (51.7% similar) in 522 aa overlap (169-664:40-534)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 FKILIEGVLGQGNTASIALFEIKMTTGYCIECDFEENH--LCGFVNRWNPNVNWFVGGGS
.::::.. :: . . . .: ..:
CCDS47 LLVGAALFRKEKPPDQKLVVRSSRDNYVLTQCDFEDDAKPLCDWSQVSADDEDWVRASGP
10 20 30 40 50 60
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 IRNVHSILPQDHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLISPLTTAPMAGCLSF---YYQI
. . : . . : :....: : ::.:.:: :. : .. .
CCDS47 SPTGSTGAPGG--YPNGEGSYLHMESNSF-HRGGVARLLSPDLWEQGPLCVHFAHHMFGL
70 80 90 100 110 120
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 QQGNDNVFSLYTRDVAGLYEEIWKADRPGNAAWNLAEVEFNAPYPMEVIFEVAFNGPKGG
. : . . : . . . . .:: .: :. : : . . . .. :.: .:.
CCDS47 SWGAQLRLLLLSGEEGRRPDVLWKHWNTQRPSWMLTTVTVPAGFTLPT--RLMFEGTRGS
130 140 150 160 170 180
320 330 340 350 360
pF1KB8 Y----VALDDISFSPVHCQNQTELLFSAVEASCNFE--QDLCNF--YQDKEGPGWTRVKV
.::: .:. : :.. .. .:.:. .:::.. : ::. :
CCDS47 TAYLDIALDALSIRRGSC-NRVCMM-----QTCSFDIPNDLCDWTWIPTASGAKWTQKKG
190 200 210 220 230
370 380 390 400 410
pF1KB8 ---KPNMYRAGDHTT-GLGYYLLANTKFTSQPGYIGRLYGP-SLP-GNLQYCLRFHYAIY
::.. :: .. : : :.: . : ...:: . : .: :: : :.. ::: .
CCDS47 SSGKPGVGPDGDFSSPGSGCYMLLDPK-NARPGQKAVLLSPVSLSSGCLSF--SFHYILR
240 250 260 270 280 290
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 GFLKMSDTLAVYIFEENHVVQEKIWSVLESPRGVWMQAEITFKKPMPTKVVFMSLCKSFW
: . . .: .: . . .. ..: .: :. . ... . . ... .
CCDS47 G-QSPGAALHIYASVLGSIRKHTLFSGQPGPN--WQAVSVNYTAVGRIQFAVVGVFGKTP
300 310 320 330 340 350
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 DCGLVALDDITIQLGSCSSSEKLPPPPGECTFEQDE---CTFTQEKRNRSSWHRRRGETP
. ::.: .: . :. : .: .: ::.. : ..: . . . : . . :
CCDS47 E-PAVAVDATSI--APCG--EGFP----QCDFEDNAHPFCDWVQTSGDGGHWALGHKNGP
360 370 380 390 400
540 550 560 570 580 590
pF1KB8 TSYTGPKGDHTTGVGYYMYIEASHMVY-GQKARLLSRPLRGVSGKHCLTFFYHMYGGGTG
. :: : .. :.:.:.::... ::..::.:::. . : :. : ::::: : :
CCDS47 VHGMGPAGGFPNAGGHYIYLEADEFSQAGQSVRLVSRPF-CAPGDICVEFAYHMYGLGEG
410 420 430 440 450 460
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 -LLSVYLKKEEDSEESLLWRRRGEQSISWLRALIEYSCERQH--QIIFEAIRGVSIRSDI
.: . : . : ::.: : : : . . .:. :.::..:.: . : .
CCDS47 TMLELLLGSPAGSPPIPLWKRVGSQRPYWQNTSVTVPSGHQQPMQLIFKGIQGSNTASVV
470 480 490 500 510 520
660 670 680
pF1KB8 AIDDVKFQAGPCGEMEDTTQQSSGYSEDLNEIEY
:. . .. : :
CCDS47 AMGFILINPGTCPVKVLPELPPVSPVSSTGPSETTGLTENPTISTKKPTVSIEKPSVTTE
530 540 550 560 570 580
>>CCDS47664.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7 (2812 aa)
initn: 254 init1: 114 opt: 367 Z-score: 447.8 bits: 95.3 E(32554): 1.3e-18
Smith-Waterman score: 448; 24.9% identity (51.7% similar) in 522 aa overlap (169-664:40-534)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 FKILIEGVLGQGNTASIALFEIKMTTGYCIECDFEENH--LCGFVNRWNPNVNWFVGGGS
.::::.. :: . . . .: ..:
CCDS47 LLVGAALFRKEKPPDQKLVVRSSRDNYVLTQCDFEDDAKPLCDWSQVSADDEDWVRASGP
10 20 30 40 50 60
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 IRNVHSILPQDHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLISPLTTAPMAGCLSF---YYQI
. . : . . : :....: : ::.:.:: :. : .. .
CCDS47 SPTGSTGAPGG--YPNGEGSYLHMESNSF-HRGGVARLLSPDLWEQGPLCVHFAHHMFGL
70 80 90 100 110 120
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pF1KB8 QQGNDNVFSLYTRDVAGLYEEIWKADRPGNAAWNLAEVEFNAPYPMEVIFEVAFNGPKGG
. : . . : . . . . .:: .: :. : : . . . .. :.: .:.
CCDS47 SWGAQLRLLLLSGEEGRRPDVLWKHWNTQRPSWMLTTVTVPAGFTLPT--RLMFEGTRGS
130 140 150 160 170 180
320 330 340 350 360
pF1KB8 Y----VALDDISFSPVHCQNQTELLFSAVEASCNFE--QDLCNF--YQDKEGPGWTRVKV
.::: .:. : :.. .. .:.:. .:::.. : ::. :
CCDS47 TAYLDIALDALSIRRGSC-NRVCMM-----QTCSFDIPNDLCDWTWIPTASGAKWTQKKG
190 200 210 220 230
370 380 390 400 410
pF1KB8 ---KPNMYRAGDHTT-GLGYYLLANTKFTSQPGYIGRLYGP-SLP-GNLQYCLRFHYAIY
::.. :: .. : : :.: . : ...:: . : .: :: : :.. ::: .
CCDS47 SSGKPGVGPDGDFSSPGSGCYMLLDPK-NARPGQKAVLLSPVSLSSGCLSF--SFHYILR
240 250 260 270 280 290
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 GFLKMSDTLAVYIFEENHVVQEKIWSVLESPRGVWMQAEITFKKPMPTKVVFMSLCKSFW
: . . .: .: . . .. ..: .: :. . ... . . ... .
CCDS47 G-QSPGAALHIYASVLGSIRKHTLFSGQPGPN--WQAVSVNYTAVGRIQFAVVGVFGKTP
300 310 320 330 340 350
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pF1KB8 DCGLVALDDITIQLGSCSSSEKLPPPPGECTFEQDE---CTFTQEKRNRSSWHRRRGETP
. ::.: .: . :. : .: .: ::.. : ..: . . . : . . :
CCDS47 E-PAVAVDATSI--APCG--EGFP----QCDFEDNAHPFCDWVQTSGDGGHWALGHKNGP
360 370 380 390 400
540 550 560 570 580 590
pF1KB8 TSYTGPKGDHTTGVGYYMYIEASHMVY-GQKARLLSRPLRGVSGKHCLTFFYHMYGGGTG
. :: : .. :.:.:.::... ::..::.:::. . : :. : ::::: : :
CCDS47 VHGMGPAGGFPNAGGHYIYLEADEFSQAGQSVRLVSRPF-CAPGDICVEFAYHMYGLGEG
410 420 430 440 450 460
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 -LLSVYLKKEEDSEESLLWRRRGEQSISWLRALIEYSCERQH--QIIFEAIRGVSIRSDI
.: . : . : ::.: : : : . . .:. :.::..:.: . : .
CCDS47 TMLELLLGSPAGSPPIPLWKRVGSQRPYWQNTSVTVPSGHQQPMQLIFKGIQGSNTASVV
470 480 490 500 510 520
660 670 680
pF1KB8 AIDDVKFQAGPCGEMEDTTQQSSGYSEDLNEIEY
:. . .. : :
CCDS47 AMGFILINPGTCPVKVLPELPPVSPVSSTGPSETTGLTENPTISTKKPTVSIEKPSVTTE
530 540 550 560 570 580
>>CCDS73071.1 MALRD1 gene_id:340895|Hs108|chr10 (2156 aa)
initn: 238 init1: 170 opt: 354 Z-score: 433.1 bits: 92.2 E(32554): 8.4e-18
Smith-Waterman score: 556; 26.2% identity (53.2% similar) in 669 aa overlap (102-659:362-1019)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 DLQAEEWSCLRLVYQITTSSESLSDPSQLNLYMRFEDESFDRLLWSAKEPSDS-WLIASL
: .:. ... ....:. . . : :. :..
CCDS73 DSRAYLNSSVCHCLGKSCHLQFYYAMESSVLRVRLYNNKEEEIFWTYNISTHSQWVKADV
340 350 360 370 380 390
140 150 160
pF1KB8 DLQNSSKKFKILIEG-VLGQ--------------GNTASIALF---EIKMTTGYCIE---
. .. : :::..:: .:.: :.: : : :. :.: ::
CCDS73 LIPEDLKTFKIIFEGTLLSQRSFIALDHLWVYACGQTQSRKLCSADEFPCTSGQCIAKES
400 410 420 430 440 450
170 180 190 200
pF1KB8 -CDFEEN--------------HL-CGFVNR---WNP----NVNWFVGGGSIRNVHSILPQ
:: ... :: : : . :.: . .: . : . : .
CCDS73 VCDSRQDCSDESDEDPATCSKHLTCDFESGFCGWEPFLTEDSHWKLMKGLNNGEHHFPAA
460 470 480 490 500 510
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 DHTFKSELGHYMYVDSVYVKHFQEVAQLISPLTTAPMAG---C-LSFYYQIQQGNDNVFS
::: . . : ..:... .. ::.: ::. : ... : ..:.:...: .. .:
CCDS73 DHTANINHGSFIYLEA---QRSPGVAKLGSPVLTKLLTASTPCQVQFWYHLSQHSN--LS
520 530 540 550 560
270 280 290 300 310
pF1KB8 LYTR-DVAGLYEEIWKADRPGNAAWNLAEVEFNAP-----YPMEVIFEVAFNGPKGGYVA
..:: .. : .. : : ... :. :.... : :...:.: : ... ::
CCDS73 VFTRTSLDGNLQKQGKIIRFSESQWSHAKIDLIAEAGESTLPFQLILE-ATVLSSNATVA
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