Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8617
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8617, 619 aa
1>>>pF1KB8617 619 - 619 aa - 619 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0204+/-0.000923; mu= 16.1906+/- 0.056
mean_var=91.0974+/-18.074, 0's: 0 Z-trim(107.6): 69 B-trim: 52 in 1/52
Lambda= 0.134376
statistics sampled from 9611 (9680) to 9611 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.297), width: 16
Scan time: 3.010
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 932 191.3 5.3e-48
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 822 170.0 1.3e-41
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CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 810 167.5 4.6e-41
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 749 155.7 1.8e-37
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 734 152.7 9.1e-37
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CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 695 145.1 1.9e-34
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CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 636 133.7 4.9e-31
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 640 134.7 5.2e-31
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CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 597 126.2 1e-28
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CCDS47208.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 690) 592 125.3 2.7e-28
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CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 565 120.1 1.2e-26
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CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 505 108.3 2.4e-23
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 502 107.7 2.9e-23
CCDS8656.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 406) 496 106.5 7e-23
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 487 104.8 2.2e-22
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 466 100.7 4.3e-21
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 464 100.4 5.6e-21
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 464 100.4 5.6e-21
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 461 99.9 1.3e-20
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 460 99.7 1.4e-20
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 448 97.4 7.2e-20
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 425 92.9 1.3e-18
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CCDS9251.1 DDX55 gene_id:57696|Hs108|chr12 ( 600) 314 71.4 4e-12
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 304 69.4 1.3e-11
>>CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 (619 aa)
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Smith-Waterman score: 4049; 99.7% identity (99.7% similar) in 619 aa overlap (1-619:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MFVPRSLKIKRNANDDGKSCVAKIIKPDPEDLQLDKSRDVPVDAVATEAATIDRHISESC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MFVPRSLKIKRNANDDGKSCVAKIIKPDPEDLQLDKSRDVPVDAVATEAATIDRHISESC
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 PFPSPGGQLAEVHSVSPEQGAKDSHPSEEPVKSFSKTQRWAEPGEPICVVCGRYGEYICD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PFPSPGGQLAEVHSVSPEQGAKDSHPSEEPVKSFSKTQRWAEPGEPICVVCGRYGEYICD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTDEDVCSLECKAKHLLQVKEKEEKSKLSNPQKADSEPESPLNASYVYKEHPFILNLQED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KTDEDVCSLECKAKHLLQVKEKEEKSKLSNPQKADSEPESPLNASYVYKEHPFILNLQED
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QIENLKQQLGILVQGQEVTRPIIDFEHCSLPEVLNHNLKKSGYEVPTPIQMQMIPVGLLG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RDILASADTGSGKTAAFLLPVIMRALFESKTPSALILTPTRELAIQIERQAKELMSGLPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MKTVLLVGGLPLPPQLYRLQQHVKVIIATPGRLLDIIKQSSVELCGVKIVVVDEADTMLK
310 320 330 340 350 360
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pF1KB8 MGFQQQVLDILENIPNDCQTILVSATIPTSIEQLASQLLHNPVRIITGEKNLPCANVRQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MGFQQQVLDILENIPNDCQTILVSATIPTSIEQLASQLLHNPVRIITGEKNLPCANVRQI
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430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ILWVEDPAKKKKLFEILNDKKLFKPPVLVFVDCKLGADLLSEAVQKITGLKRISIHSEKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::
CCDS30 ILWVEDPAKKKKLFEILNDKKLFKPPVLVFVDCKLGADLLSEAVQKITGLKSISIHSEKS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QIERKNILKGLLEGDYEVVVSTGVLGRGLDLISVRLVVNFDMPSSMDEYVHQIGRVGRLG
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pF1KB8 QNGTAITFINNNSKRLFWDIAKRVKPTGSILPPQLLNSPYLHDQKRKEQQKDKQTQNDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QNGTAITFINNNSKRLFWDIAKRVKPTGSILPPQLLNSPYLHDQKRKEQQKDKQTQNDLV
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610
pF1KB8 TGANLMDIIRKHDKSNSQK
:::::::::::::::::::
CCDS30 TGANLMDIIRKHDKSNSQK
610
>>CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031 aa)
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pF1KB8 GRYGEYICDKTDEDVCSLECKAKHLLQVKEKEEKSKLSNPQKADSEPESPLNASYVYKEH
. .. :: .: . :. .. : :
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pF1KB8 PFILNLQEDQIENLKQQL-GILVQGQEVTRPIIDFEHCSLPEVLNHNLKKSGYEVPTPIQ
: . ........ .. .. :: :.:. .:: .. .:.. . ..::: ::: :::::
CCDS34 PELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYEKPTPIQ
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240 250 260 270 280
pF1KB8 MQMIPVGLLGRDILASADTGSGKTAAFLLPV---IM--RALFESKTPSALILTPTRELAI
: ::. . :::... : :::::: :::::. :: :.: :.. : :.:.:::::::.
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:: .. :.. . : ...: . :: . :. .:.. ...:. ::::..:.. .: .
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pF1KB8 ELCGVKIVVVDEADTMLKMGFQQQVLDILENIPNDCQTILVSATIPTSIEQLASQLLHNP
.: : ::.:::: :. :::. ::. :..:. : ::.. :::.: ..: :: ..: .:
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pF1KB8 VRIITGEKNLPCANVRQIILWVEDPAKKKKLFEILNDKKLFKPPVLVFVDCKLGADLLSE
... .: ... :..:.: .. .:. : ::.:.:. . . :..::: . :: : .
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... . .:.:. : .: .:.. . .: ...:.:.: .::::. . ::::..
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:. ...:::. ::.:: :..: : :::.... : :: : .. .:. .::.: : : .
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.::.. : . :..
CCDS34 -KDQQKAEGKIIKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAVDIDE
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>>CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032 aa)
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Smith-Waterman score: 932; 35.3% identity (68.6% similar) in 465 aa overlap (142-595:311-770)
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GRYGEYICDKTDEDVCSLECKAKHLLQVKEKEEKSKLSNPQKADSEPESPLNASYVYKEH
. .. :: .: . :. .. : :
CCDS75 KGELMENDQDAMEYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNF-YVEV
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pF1KB8 PFILNLQEDQIENLKQQL-GILVQGQEVTRPIIDFEHCSLPEVLNHNLKKSGYEVPTPIQ
: . ........ .. .. :: :.:. .:: .. .:.. . ..::: ::: :::::
CCDS75 PELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYEKPTPIQ
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pF1KB8 MQMIPVGLLGRDILASADTGSGKTAAFLLPV---IM--RALFESKTPSALILTPTRELAI
: ::. . :::... : :::::: :::::. :: :.: :.. : :.:.:::::::.
CCDS75 TQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRSLEEGEGPIAVIMTPTRELAL
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pF1KB8 QIERQAKELMSGLPRMKTVLLVGGLPLPPQLYRLQQHVKVIIATPGRLLDIIKQSS---V
:: .. :.. . : ...: . :: . :. .:.. ...:. ::::..:.. .: .
CCDS75 QITKECKKFSKTLG-LRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPGRMIDMLAANSGRVT
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pF1KB8 ELCGVKIVVVDEADTMLKMGFQQQVLDILENIPNDCQTILVSATIPTSIEQLASQLLHNP
.: : ::.:::: :. :::. ::. :..:. : ::.. :::.: ..: :: ..: .:
CCDS75 NLRRVTYVVLDEADRMFDMGFEPQVMRIVDNVRPDRQTVMFSATFPRAMEALARRILSKP
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pF1KB8 VRIITGEKNLPCANVRQIILWVEDPAKKKKLFEILNDKKLFKPPVLVFVDCKLGADLLSE
... .: ... :..:.: .. .:. : ::.:.:. . . :..::: . :: : .
CCDS75 IEVQVGGRSVVCSDVEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQE-SGSVIIFVDKQEHADGLLK
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pF1KB8 AVQKITGLKRISIHSEKPQIERKNILKGLLEGDYEVVVSTGVLGRGLDLISVRLVVNFDM
... . .:.:. : .: .:.. . .: ...:.:.: .::::. . ::::..
CCDS75 DLMRAS-YPCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILVVNYSC
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pF1KB8 PSSMDEYVHQIGRVGRLGQNGTAITFINNNSKRLFWDIAKRVKPTGSILPPQL--LNSPY
:. ...:::. ::.:: :..: : :::.... : :: : .. .:. .::.: : : .
CCDS75 PNHYEDYVHRAGRTGRAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEKLWSDF
700 710 720 730 740 750
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pF1KB8 LHDQKRKEQQKDKQTQNDLVTGANLMDIIRKHDKSNSQK
.::.. : . :..
CCDS75 -KDQQKAEGKIIKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAVDIDE
760 770 780 790 800 810
>>CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 (938 aa)
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Smith-Waterman score: 823; 32.9% identity (65.2% similar) in 465 aa overlap (151-605:201-658)
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KTDEDVCSLECKAKHLLQVKEKEEKSKLSNPQKADSEPESPLNASYVYKEHPFILNLQED
: :: . : . :.:: : :: .
CCDS32 GVVQEEEEDNLEYDSDGNPIAPTKKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEHEEITNLTPQ
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QIENLKQQLGILVQGQEVTRPIIDFEHCSLPEVLNHNLKKSGYEVPTPIQMQMIPVGLLG
:. .:...:.. :.: :: .: : .. : : :...:: : ::::: : .::.: :
CCDS32 QLIDLRHKLNLRVSGAAPPRPGSSFAHFGFDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALSG
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290
pF1KB8 RDILASADTGSGKTAAFLLPVIM-----RALFESKTPSALILTPTRELAIQIERQAKELM
::... : :::::::::. :... . : . : :.:. ::::: ::. . :..
CCDS32 RDMIGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQKELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKRFG
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CCDS11 PDLARRTAQEVETYRRSKEITVRGHNCPKPVLNFYEANFPANVMDVIARQNFTEPTAIQA
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CCDS11 IGALELSANHNILQIVDVCHDVEKDEKLIRLMEEIMSEKENKTIVFVETKRRCDELTRKM
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CCDS11 SSEDYIHRIGRTARSTKTGTAYTFFTPNNIKQVSDLISVLREANQAINPKLLQLVEDRGS
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CCDS11 GRSRGRGGMKDDRRDRYSAGKRGGFNTFRDRENYDRGYSSLLKRDFGAKTQNGVYSAANY
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CCDS49 TAFQPSVGKDGSTDNNVVAGDRPLIDWDQIREEGLKWQKTKWADL-P--PIKKNF-YKES
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CCDS49 TATSAMSKVEADSWRKENFNITWDDLKDGEKRPIPNPTCTFDDAFQC-YPEVME-NIKKA
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pF1KB8 GYEVPTPIQMQMIPVGLLGRDILASADTGSGKTAAFLLPVIMRALFESKT------PSAL
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CCDS49 GFQKPTPIQSQAWPIVLQGIDLIGVAQTGTGKTLCYLMPGFIHLVLQPSLKGQRNRPGML
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pF1KB8 ILTPTRELAIQIERQA-KELMSGLPRMKTVLLVGGLPLPPQLYRLQQHVKVIIATPGRLL
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CCDS49 VLTPTRELALQVEGECCKYSYKGL---RSVCVYGGGNRDEQIEELKKGVDIIIATPGRLN
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pF1KB8 DIIKQSSVELCGVKIVVVDEADTMLKMGFQQQVLDILENIPNDCQTILVSATIPTSIEQL
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CCDS49 DLQMSNFVNLKNITYLVLDEADKMLDMGFEPQIMKILLDVRPDRQTVMTSATWPHSVHRL
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pF1KB8 ASQLLHNPVRIITGEKNL-PCANVRQIILWVEDPAKKKKLFEILNDKKLFKPPVLVFVDC
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CCDS49 AQSYLKEPMIVYVGTLDLVAVSSVKQNIIVTTEEEKWSHMQTFLQSMSS-TDKVIVFVSR
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pF1KB8 KLGADLLSEAVQKITGLKRI-SIHSEKPQIERKNILKGLLEGDYEVVVSTGVLGRGLDLI
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CCDS49 KAVADHLSSDL--ILGNISVESLHGDREQRDREKALENFKTGKVRILIATDLASRGLDVH
500 510 520 530 540 550
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pF1KB8 SVRLVVNFDMPSSMDEYVHQIGRVGRLGQNGTAITFINNNSKRLFWDIAKRVKPTGSILP
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CCDS49 DVTHVYNFDFPRNIEEYVHRIGRTGRAGRTGVSITTLTRNDWRVASELINILERANQSIP
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pF1KB8 PQLLNSPY---LHDQKRKEQQKDKQTQNDLVTGANLMDIIRKHDKSNSQK
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CCDS49 EELVSMAERFKAHQQKREMERKMERPQGRPKKFH
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