FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8628, 841 aa
1>>>pF1KB8628 841 - 841 aa - 841 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2193+/-0.00114; mu= 17.4070+/- 0.069
mean_var=133.9749+/-28.027, 0's: 0 Z-trim(107.7): 177 B-trim: 340 in 1/51
Lambda= 0.110806
statistics sampled from 9541 (9755) to 9541 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 4.510
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 457 85.8 6e-16
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 369 71.3 5.3e-12
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CCDS34969.1 LRRC24 gene_id:441381|Hs108|chr8 ( 513) 359 69.7 1.5e-11
CCDS2876.1 LRTM1 gene_id:57408|Hs108|chr3 ( 345) 351 68.2 2.7e-11
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 ( 649) 349 68.2 5.2e-11
>>CCDS41903.1 SLITRK6 gene_id:84189|Hs108|chr13 (841 aa)
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Smith-Waterman score: 5585; 100.0% identity (100.0% similar) in 841 aa overlap (1-841:1-841)
10 20 30 40 50 60
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CCDS41 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQS
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPTPPVYEEHEDPSGSLHLAATSSINDSRMSTKT
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TSILKLPTKAPGLIPYITKPSTQLPGPYCPIPCNCKVLSPSGLLIHCQERNIESLSDLRP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLHLGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLHLGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNG
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430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPGTFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPGTFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 GVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQIDLEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQIDLEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTV
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pF1KB8 TDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNPSMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNPSMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRS
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610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LTDAVPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLVLHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTDAVPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLVLHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSM
610 620 630 640 650 660
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pF1KB8 YGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRSPSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRSPSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRS
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pF1KB8 LLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIA
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pF1KB8 QLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVLVEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVLVEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQ
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 T
:
CCDS41 T
>>CCDS14679.1 SLITRK4 gene_id:139065|Hs108|chrX (837 aa)
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Smith-Waterman score: 2092; 41.3% identity (68.1% similar) in 869 aa overlap (1-841:1-832)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
: ::. :. :.:.. . :. : :. .:.: .... .::: .. ....
CCDS14 MFLWLFLILSALISSTNADSDISVEI----CN-VCSCVSVENVLYVNCEKVSVYRPNQLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
: : ..:.. :: :..:. : : ....:.:.::: :.. .:: ::: ::. :::::.:
CCDS14 PPWSNFYHLNFQNNFLNILYPNTFLNFSHAVSLHLGNNKLQNIEGGAFLGLSALKQLHLN
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130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
.: :.::. ::: :.::::.:::: :.: :: .::.::..::::::::: : :: :::
CCDS14 NNELKILRADTFLGIENLEYLQADYNLIKYIERGAFNKLHKLKVLILNDNLISFLPDNIF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 RFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQS
::. :::::.:::..: :::.: ::::::...:::::: : :.:::: ::.:::::: .
CCDS14 RFASLTHLDIRGNRIQKLPYIGVLEHIGRVVELQLEDNPWNCSCDLLPLKAWLENMPYNI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB8 IIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPT-----------PPVYEE--HEDPSGSLHLAA
::...:..: . : .:.. .:. .:: :: : . :.: : .
CCDS14 YIGEAICETPSDLYGRLLKETNKQELCPMGTGSDFDVRILPPSQLENGYTTPNG--HTTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB8 TSSINDSRMSTKTTSILKLPTKAPGLIP----------YITKPSTQLPGPY--CPIPCNC
:: :. :: . . :.: :.. :.. .:..: : :: :: :
CCDS14 TSL---HRLVTKPPKTTN-PSKISGIVAGKALSNRNLSQIVSYQTRVP-PLTPCPAPCFC
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 KVLSPS--GLLIHCQERNIESLSDLRPPPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLH
:. :: :: ..:::.::.:.:.: : : : .:: . :: :... ::.... :..::
CCDS14 KT-HPSDLGLSVNCQEKNIQSMSELIPKPLNAKKLHVNGNSIKDVDVSDFTDFEGLDLLH
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 LGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNGNHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPG
::.:.: :.. : ::: :..::::::.. .: .: :::::.::::::: :::: :
CCDS14 LGSNQITVIKGDVFHNLTNLRRLYLNGNQIERLYPEIFSGLHNLQYLYLEYNLIKEISAG
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 TFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFSGVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQID
::. ::.:..::::::::. :: .::::.::...::..:.: .::::..::.:. :::::
CCDS14 TFDSMPNLQLLYLNNNLLKSLPVYIFSGAPLARLNLRNNKFMYLPVSGVLDQLQSLTQID
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 LEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTVTDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNP
:: :::::.::::.:. :..::: . :. .. : .: .. . :::.:..::::: :.:.:
CCDS14 LEGNPWDCTCDLVALKLWVEKLSDGIVVKELKCETPVQFANIELKSLKNEILCPKLLNKP
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KB8 SMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRSLTDA-VPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLV
: : . .:: : .: .:: . ::::.:::..:...: :: : ..:.:
CCDS14 SAPFTSP-----APAITFTTPLGPIRSPPGGPVPLSILILSILVVLILTVFVAFCLLVFV
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB8 LHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSMYGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRS
:.: .. :. : . ..:: . ::: ... . : : . . . .. .:
CCDS14 LRRNKKPTVKHEGLGNPDCGSMQLQLRKHDHKT----NKKDGLST-EAFIPQTIEQMSKS
650 660 670 680 690
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pF1KB8 PSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRSLLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDA
. : :. : .. :. : ..:.. ..:. . . . .: .. :.. .:.
CCDS14 HTCGLKESETGFMFSDPPGQ--KVVMRNVADKEKDLLHVDTRKRLSTIDELDELFPSRDS
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pF1KB8 SSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIAQLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVL
. . .:.::...: ...:.. . : .:: . . : ..:. . :..
CCDS14 NVFIQNFLESKKEYNSIGVSGF------------EIRYPEKQPDKKSKKSLIGGNHSKIV
760 770 780 790 800
820 830 840
pF1KB8 VEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQT
::: :.:::::::.:.. ::::.:::.::
CCDS14 VEQRKSEYFELKAKLQSSPDYLQVLEEQTALNKI
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>>CCDS9465.1 SLITRK5 gene_id:26050|Hs108|chr13 (958 aa)
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Smith-Waterman score: 1980; 40.1% identity (69.3% similar) in 825 aa overlap (31-764:48-863)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
::. : :::::: . ..:: .:: .::::
CCDS94 MHSWMLQTLAFAVTSLVLSCAETIDYYGEICDNACPCEEKDGILTVSCENRGIISLSEIS
20 30 40 50 60 70
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pF1KB8 VPPSRP-FQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHI
:: : ..: : .: :. :. :.: . :.: .::: : : ::: :::.:: :..::.
CCDS94 -PPRFPIYHLLLSGNLLNRLYPNEFVNYTGASILHLGSNVIQDIETGAFHGLRGLRRLHL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 NHNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNI
:.:.::.:..::: ::::::.::.: :.:.::::.::.::. :.::::::: . ::: :.
CCDS94 NNNKLELLRDDTFLGLENLEYLQVDYNYISVIEPNAFGKLHLLQVLILNDNLLSSLPNNL
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180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FRFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQ
::::::::::::::.:. :::::.:.:. ....::::.: : :.:.:..:: ::... .
CCDS94 FRFVPLTHLDLRGNRLKLLPYVGLLQHMDKVVELQLEENPWNCSCELISLKDWLDSISYS
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SIIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPTPPVYEEHEDP------SGSLHLAATSSIND
...:::::..: ..: :....:. .:: . . . : .: :: .. .:.:.
CCDS94 ALVGDVVCETPFRLHGRDLDEVSKQELCPRRLISDYEMRPQTPLSTTGYLH-TTPASVNS
260 270 280 290 300 310
300 310 320
pF1KB8 SRMSTKTTSILKLPTKAP-GL----IPYITKPSTQLP---------GPY-----------
..:..... : : : : : : . .:... : ::
CCDS94 --VATSSSAVYKPPLKPPKGTRQPNKPRV-RPTSRQPSKDLGYSNYGPSIAYQTKSPVPL
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 -CPIPCNCKV-LSPSGLLIHCQERNIESLSDLRPPPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEY
:: :.:.. .: :: ..::::.:::...:.: : ::.:. :. : : . ..:..:
CCDS94 ECPTACSCNLQISDLGLNVNCQERKIESIAELQPKPYNPKKMYLTENYIAVVRRTDFLEA
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 FTLEMLHLGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNGNHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNA
:..:::::::: .... .: .:: :..::::::.. .:: .: ::..:.::.:.::
CCDS94 TGLDLLHLGNNRISMIQDRAFGDLTNLRRLYLNGNRIERLSPELFYGLQSLQYLFLQYNL
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 IKEILPGTFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFSGVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDL
:.:: :::.:.:.:..:.:::::::..: .:::. : ..::..:.:: ::::..::.:
CCDS94 IREIQSGTFDPVPNLQLLFLNNNLLQAMPSGVFSGLTLLRLNLRSNHFTSLPVSGVLDQL
500 510 520 530 540 550
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 DLLTQIDLEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTVTDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILC
: ::::.::::::.::.::.. :...:. ....:...: .: .. . ......::.::
CCDS94 KSLIQIDLHDNPWDCTCDIVGMKLWVEQLKVGVLVDEVICKAPKKFAETDMRSIKSELLC
560 570 580 590 600 610
570 580 590 600 610
pF1KB8 PG----LVNNPS-----MPTQTSYLMVTTPATTTNT--ADTILRSLTDA--VPLSVLILG
: .:..:. .:..:: ..:::. :. : . : . : ::::::::.
CCDS94 PDYSDVVVSTPTPSSIQVPARTS---AVTPAVRLNSTGAPASLGAGGGASSVPLSVLILS
620 630 640 650 660
620 630 640 650 660
pF1KB8 LLIMFITIVFCAAGIVVLVLHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSMYG---------HK
::..:: :: :::. :::..::.. .. ... . : : ..:::.:: :
CCDS94 LLLVFIMSVFVAAGLFVLVMKRRKKNQSDHTSTNNSDVSSFNMQYSVYGGGGGTGGHPHA
670 680 690 700 710 720
670 680 690 700 710
pF1KB8 TTHHT------TERPSASLYEQHMVSPMVHVYRSPSFGPKH---LEEEEERNEKE--GSD
.:: .. :.. .:: .. :. :. ..: . .. .:. .. .: . :.
CCDS94 HVHHRGPALPKVKTPAGHVYE-YIPHPLGHMCKNPIYRSREGNSVEDYKDLHELKVTYSS
730 740 750 760 770 780
720 730 740
pF1KB8 AKHLQRSLL-----EQENHSP------------------LTGSNMKYKTTNQSTEFLS-F
.:::.. .: ...: : . .. .: . ..::
CCDS94 NHHLQQQQQPPPPPQQPQQQPPPQLQLQPGEEERRESHHLRSPAYSVSTIEPREDLLSPV
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750 760 770 780 790 800
pF1KB8 QDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIAQLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPR
:::. .::.::: ..
CCDS94 QDADRFYRGILEPDKHCSTTPAGNSLPEYPKFPCSPAAYTFSPNYDLRRPHQYLHPGAGD
850 860 870 880 890 900
>>CCDS3197.1 SLITRK3 gene_id:22865|Hs108|chr3 (977 aa)
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Smith-Waterman score: 1827; 37.4% identity (67.5% similar) in 851 aa overlap (3-791:15-841)
10 20 30 40
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGS------CDSLCNCEEKDG
::: ::. :.: ::. . : : . : :: :..
CCDS31 MKPSIAEMLHRGRMLWI-----ILLSTIALGWTTPIPLIEDSEEIDEPCFDPCYCEVKES
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50 60 70 80 90 100
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CCDS14 QSKPNHPLLQAKPQSEPDYLEVLEKQTAISQL
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CCDS43 LERLRLNKNKLQVLPELLFQSTPKLTRLDLSENQIQGIPRKAFRGITDVKNLQLDNNHIS
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CCDS43 CIEDGAFRALRDLEILTLNNNNISRILVTSF-NHMPKIRTLRLHSNHLYCDCHLAWLSDW
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pF1KB8 LENMPPQSIIGD-VVCNSPPFFKG-SILSRLKKESICPTPPVYEEHEDPSGSLHLAATSS
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CCDS43 LRQ---RRTVGQFTLCMAPVHLRGFNVADVQKKEYVCPAP-----HSEP-----------
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CCDS43 DYLQD---NPIETSGARCSSPRRLANKRISQIKSKKFRCSGSEDYRSRFSSECFMDLVCP
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CCDS43 NNKIKEVREGAFDGAASVQELMLTGNQLETVHGRVFRGLSGLKTLMLRSNLIGCVSNDTF
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CCDS64 AGLSSVRLLSLYDNRITTITPGAFTTLVSLSTINLLSNPFNCNCHLAWLGKWLRKRRIVS
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CCDS74 NRNQLHMLPELLFQNNQALSRLDLSENAIQAIPRKAFRGATDLKNLQLDKNQISCIEEGA
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CCDS75 RNHLQLFPELLFLGTAKLYRLDLSENQIQAIPRKAFRGAVDIKNLQLDYNQISCIEDGAF
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CCDS75 RALRDLEVLTLNNNNITRLSVASF-NHMPKLRTFRLHSNNLYCDCHLAWLSDWLRQRPRV
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CCDS75 GLYTQ--CMGPSHLRGHNVAEVQKREFVCS-----DEEE---GHQSFMAPSC--------
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CCDS75 ---SVL-----------------------HCPAACTC-----SNNIVDCRGKGLTEIPTN
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CCDS75 TFS--PLRAI-----QTMHLA-----------------QNPFICDCHL----KWLADYLH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]