Result of FASTA (omim) for
pF1KB8628
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8628, 841 aa
1>>>pF1KB8628 841 - 841 aa - 841 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3556+/-0.000468; mu= 17.0370+/- 0.029
mean_var=156.1984+/-32.811, 0's: 0 Z-trim(115.2): 361 B-trim: 1061 in 1/52
Lambda= 0.102621
statistics sampled from 25050 (25547) to 25050 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 11.120
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115605 (OMIM: 221200,609681) SLIT and NTRK-like ( 841) 5585 840.0 0
NP_775101 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like protei ( 837) 1137 181.5 1.4e-44
XP_005262422 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1137 181.5 1.4e-44
NP_001171679 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1137 181.5 1.4e-44
NP_001171678 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1137 181.5 1.4e-44
XP_011529567 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1137 181.5 1.4e-44
XP_005254096 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 1085 173.8 3.2e-42
NP_056382 (OMIM: 609680) SLIT and NTRK-like protei ( 958) 1085 173.8 3.2e-42
XP_005254095 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 1085 173.8 3.2e-42
NP_001305739 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 1078 172.8 6.6e-42
NP_001305740 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 1078 172.8 6.6e-42
NP_055741 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protei ( 977) 1078 172.8 6.6e-42
NP_001137476 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137481 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_115928 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like protei ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
XP_005262402 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137482 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137475 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137478 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
XP_005262399 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137480 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001137477 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
XP_005262400 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
XP_005262401 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1015 163.4 3.9e-39
NP_001268432 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and ( 696) 931 150.9 1.9e-35
NP_443142 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NT ( 696) 931 150.9 1.9e-35
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 471 83.2 1e-14
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 471 83.2 1e-14
NP_003052 (OMIM: 603742) slit homolog 1 protein pr (1534) 465 82.3 1.9e-14
NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 463 82.0 2.3e-14
XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 459 81.4 3.4e-14
XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 459 81.4 3.4e-14
NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 457 81.1 4.2e-14
NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 457 81.1 4.2e-14
XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 437 78.1 3.2e-13
XP_016864334 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1495) 435 77.8 4e-13
XP_016865268 (OMIM: 603745) PREDICTED: slit homolo (1460) 433 77.5 4.8e-13
XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 349 64.7 1.6e-09
NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 349 64.7 1.6e-09
XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 349 64.7 1.6e-09
XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 349 64.7 1.6e-09
NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 349 64.7 1.6e-09
XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 340 63.3 3.5e-09
NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 340 63.3 3.5e-09
NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 340 63.3 3.5e-09
NP_056234 (OMIM: 300938) matrix-remodeling-associa (2828) 324 61.7 5.3e-08
XP_005274542 (OMIM: 300938) PREDICTED: matrix-remo (2853) 324 61.7 5.4e-08
NP_848663 (OMIM: 610461) reticulon-4 receptor-like ( 441) 310 58.7 6.7e-08
NP_037412 (OMIM: 604806) leucine-rich repeat trans ( 674) 312 59.2 7.2e-08
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 312 59.2 7.2e-08
>>NP_115605 (OMIM: 221200,609681) SLIT and NTRK-like pro (841 aa)
initn: 5585 init1: 5585 opt: 5585 Z-score: 4480.3 bits: 840.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5585; 100.0% identity (100.0% similar) in 841 aa overlap (1-841:1-841)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 RFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 RFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPTPPVYEEHEDPSGSLHLAATSSINDSRMSTKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 IIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPTPPVYEEHEDPSGSLHLAATSSINDSRMSTKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 TSILKLPTKAPGLIPYITKPSTQLPGPYCPIPCNCKVLSPSGLLIHCQERNIESLSDLRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TSILKLPTKAPGLIPYITKPSTQLPGPYCPIPCNCKVLSPSGLLIHCQERNIESLSDLRP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLHLGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLHLGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPGTFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 NHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPGTFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 GVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQIDLEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQIDLEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 TDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNPSMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNPSMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LTDAVPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLVLHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LTDAVPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLVLHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSM
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 YGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRSPSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 YGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRSPSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 LLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 QLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVLVEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 QLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVLVEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQ
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 T
:
NP_115 T
>>NP_775101 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like protein 4 (837 aa)
initn: 2022 init1: 887 opt: 1137 Z-score: 921.3 bits: 181.5 E(85289): 1.4e-44
Smith-Waterman score: 2092; 41.3% identity (68.1% similar) in 869 aa overlap (1-841:1-832)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
: ::. :. :.:.. . :. : :. .:.: .... .::: .. ....
NP_775 MFLWLFLILSALISSTNADSDISVEI----CN-VCSCVSVENVLYVNCEKVSVYRPNQLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
: : ..:.. :: :..:. : : ....:.:.::: :.. .:: ::: ::. :::::.:
NP_775 PPWSNFYHLNFQNNFLNILYPNTFLNFSHAVSLHLGNNKLQNIEGGAFLGLSALKQLHLN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
.: :.::. ::: :.::::.:::: :.: :: .::.::..::::::::: : :: :::
NP_775 NNELKILRADTFLGIENLEYLQADYNLIKYIERGAFNKLHKLKVLILNDNLISFLPDNIF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 RFVPLTHLDLRGNQLQTLPYVGFLEHIGRILDLQLEDNKWACNCDLLQLKTWLENMPPQS
::. :::::.:::..: :::.: ::::::...:::::: : :.:::: ::.:::::: .
NP_775 RFASLTHLDIRGNRIQKLPYIGVLEHIGRVVELQLEDNPWNCSCDLLPLKAWLENMPYNI
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB8 IIGDVVCNSPPFFKGSILSRLKKESICPT-----------PPVYEE--HEDPSGSLHLAA
::...:..: . : .:.. .:. .:: :: : . :.: : .
NP_775 YIGEAICETPSDLYGRLLKETNKQELCPMGTGSDFDVRILPPSQLENGYTTPNG--HTTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB8 TSSINDSRMSTKTTSILKLPTKAPGLIP----------YITKPSTQLPGPY--CPIPCNC
:: :. :: . . :.: :.. :.. .:..: : :: :: :
NP_775 TSL---HRLVTKPPKTTN-PSKISGIVAGKALSNRNLSQIVSYQTRVP-PLTPCPAPCFC
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 KVLSPS--GLLIHCQERNIESLSDLRPPPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEYFTLEMLH
:. :: :: ..:::.::.:.:.: : : : .:: . :: :... ::.... :..::
NP_775 KT-HPSDLGLSVNCQEKNIQSMSELIPKPLNAKKLHVNGNSIKDVDVSDFTDFEGLDLLH
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 LGNNRIEVLEEGSFMNLTRLQKLYLNGNHLTKLSKGMFLGLHNLEYLYLEYNAIKEILPG
::.:.: :.. : ::: :..::::::.. .: .: :::::.::::::: :::: :
NP_775 LGSNQITVIKGDVFHNLTNLRRLYLNGNQIERLYPEIFSGLHNLQYLYLEYNLIKEISAG
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 TFNPMPKLKVLYLNNNLLQVLPPHIFSGVPLTKVNLKTNQFTHLPVSNILDDLDLLTQID
::. ::.:..::::::::. :: .::::.::...::..:.: .::::..::.:. :::::
NP_775 TFDSMPNLQLLYLNNNLLKSLPVYIFSGAPLARLNLRNNKFMYLPVSGVLDQLQSLTQID
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 LEDNPWDCSCDLVGLQQWIQKLSKNTVTDDILCTSPGHLDKKELKALNSEILCPGLVNNP
:: :::::.::::.:. :..::: . :. .. : .: .. . :::.:..::::: :.:.:
NP_775 LEGNPWDCTCDLVALKLWVEKLSDGIVVKELKCETPVQFANIELKSLKNEILCPKLLNKP
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KB8 SMPTQTSYLMVTTPATTTNTADTILRSLTDA-VPLSVLILGLLIMFITIVFCAAGIVVLV
: : . .:: : .: .:: . ::::.:::..:...: :: : ..:.:
NP_775 SAPFTSP-----APAITFTTPLGPIRSPPGGPVPLSILILSILVVLILTVFVAFCLLVFV
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB8 LHRRRRYKKKQVDEQMRDNSPVHLQYSMYGHKTTHHTTERPSASLYEQHMVSPMVHVYRS
:.: .. :. : . ..:: . ::: ... . : : . . . .. .:
NP_775 LRRNKKPTVKHEGLGNPDCGSMQLQLRKHDHKT----NKKDGLST-EAFIPQTIEQMSKS
650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KB8 PSFGPKHLEEEEERNEKEGSDAKHLQRSLLEQENHSPLTGSNMKYKTTNQSTEFLSFQDA
. : :. : .. :. : ..:.. ..:. . . . .: .. :.. .:.
NP_775 HTCGLKESETGFMFSDPPGQ--KVVMRNVADKEKDLLHVDTRKRLSTIDELDELFPSRDS
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KB8 SSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIAQLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPRKVL
. . .:.::...: ...:.. . : .:: . . : ..:. . :..
NP_775 NVFIQNFLESKKEYNSIGVSGF------------EIRYPEKQPDKKSKKSLIGGNHSKIV
760 770 780 790 800
820 830 840
pF1KB8 VEQTKNEYFELKANLHAEPDYLEVLEQQT
::: :.:::::::.:.. ::::.:::.::
NP_775 VEQRKSEYFELKAKLQSSPDYLQVLEEQTALNKI
810 820 830
>>XP_005262422 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NTRK-l (837 aa)
initn: 2022 init1: 887 opt: 1137 Z-score: 921.3 bits: 181.5 E(85289): 1.4e-44
Smith-Waterman score: 2092; 41.3% identity (68.1% similar) in 869 aa overlap (1-841:1-832)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MKLWIHLFYSSLLACISLHSQTPVLSSRGSCDSLCNCEEKDGTMLINCEAKGIKMVSEIS
: ::. :. :.:.. . :. : :. .:.: .... .::: .. ....
XP_005 MFLWLFLILSALISSTNADSDISVEI----CN-VCSCVSVENVLYVNCEKVSVYRPNQLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VPPSRPFQLSLLNNGLTMLHTNDFSGLTNAISIHLGFNNIADIEIGAFNGLGLLKQLHIN
: : ..:.. :: :..:. : : ....:.:.::: :.. .:: ::: ::. :::::.:
XP_005 PPWSNFYHLNFQNNFLNILYPNTFLNFSHAVSLHLGNNKLQNIEGGAFLGLSALKQLHLN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HNSLEILKEDTFHGLENLEFLQADNNFITVIEPSAFSKLNRLKVLILNDNAIESLPPNIF
.: :.::. ::: :.::::.:::: :.: :: .::.::..::::::::: : :: :::
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pF1KB8 -CPIPCNCKV-LSPSGLLIHCQERNIESLSDLRPPPQNPRKLILAGNIIHSLMKSDLVEY
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XP_005 ECPTACSCNLQISDLGLNVNCQERKIESIAELQPKPYNPKKMYLTENYIAVVRRTDFLEA
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pF1KB8 AKHLQRSLL-----EQENHSP------------------LTGSNMKYKTTNQSTEFLS-F
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XP_005 NHHLQQQQQPPPPPQQPQQQPPPQLQLQPGEEERRESHHLRSPAYSVSTIEPREDLLSPV
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pF1KB8 QDASSLYRNILEKERELQQLGITEYLRKNIAQLQPDMEAHYPGAHEELKLMETLMYSRPR
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XP_005 QDADRFYRGILEPDKHCSTTPAGNSLPEYPKFPCSPAAYTFSPNYDLRRPHQYLHPGAGD
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