Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8629
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8629, 531 aa
1>>>pF1KB8629 531 - 531 aa - 531 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7501+/-0.00116; mu= 15.1510+/- 0.069
mean_var=68.6862+/-13.841, 0's: 0 Z-trim(102.5): 113 B-trim: 33 in 1/48
Lambda= 0.154753
statistics sampled from 6853 (6973) to 6853 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.574), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16
Scan time: 3.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 ( 531) 3617 817.3 0
CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 527) 2619 594.4 1e-169
CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 551) 2619 594.5 1.1e-169
CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 556) 2619 594.5 1.1e-169
CCDS73570.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 ( 277) 1276 294.5 1.1e-79
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 525 126.9 4.1e-29
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 526 127.3 8.9e-29
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 521 126.1 1.8e-28
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 521 126.2 1.9e-28
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 521 126.2 1.9e-28
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 495 120.6 4.2e-26
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 475 116.1 9.2e-25
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 451 110.5 9.2e-24
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 451 110.5 9.5e-24
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 416 102.7 2.1e-21
CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 ( 458) 311 79.1 1.2e-14
CCDS64683.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 454) 299 76.5 7.6e-14
CCDS5577.1 RCC1L gene_id:81554|Hs108|chr7 ( 464) 299 76.5 7.7e-14
CCDS14246.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX ( 815) 291 74.8 4.4e-13
CCDS35229.1 RPGR gene_id:6103|Hs108|chrX (1152) 291 74.8 6e-13
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17 ( 692) 286 73.6 8.3e-13
CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1 ( 522) 266 69.1 1.4e-11
CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 ( 979) 265 69.0 2.9e-11
>>CCDS9418.1 RCBTB1 gene_id:55213|Hs108|chr13 (531 aa)
initn: 3617 init1: 3617 opt: 3617 Z-score: 4364.5 bits: 817.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3617; 100.0% identity (100.0% similar) in 531 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALYVTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALYVTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 STLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLSTEDGVVYAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 STLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLSTEDGVVYAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNNCGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 VCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNNCGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLGNNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLGNNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKNNLLSPAHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 GYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKNNLLSPAHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIRCEHFRSMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 KKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIRCEHFRSMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 YRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYCENRLKKLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 YRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYCENRLKKLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB8 RYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQMDGPLLKEFIAKASKCGAFKN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 RYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQMDGPLLKEFIAKASKCGAFKN
490 500 510 520 530
>>CCDS73571.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (527 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2619 Z-score: 3160.4 bits: 594.4 E(32554): 1e-169
Smith-Waterman score: 2619; 70.4% identity (89.3% similar) in 531 aa overlap (1-531:1-527)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALYVTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQ
:.::::::::.: : .:. ::.:::::....:.::.: :::.::.: : .::: :: :
CCDS73 MLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLYTTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 STLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLSTEDGVVYAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQ
::. :..:..: :::: ::::::::..:.: .: :..::::.::::::::::.:..: .
CCDS73 STIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEVFTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 VCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNNCGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHI
. ::: :::.::::::.::..:..::::::::::: ::::::::.::: ::.::.::.
CCDS73 ISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLGNNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVC
: :: ::::: :::.:.:::: :::::::::::::.::: :: :::::... :....:
CCDS73 KVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVAC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKNNLLSPAHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAA
::::::.::::: .::::::.:::::::::.: :. . :::.:..:::::::.:::::
CCDS73 GYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::: .: :::::::
CCDS73 KTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 KKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIRCEHFRSMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPV
:.:::.:.:::::: .:::::..::..:::::::::: ... ::: ...:...:::::
CCDS73 KREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLED--NED--DIVEMSEFSYPV
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 YRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYCENRLKKLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAV
:::::.:::::...: ::.:.::::::: : :::::::::. ::.:: :::..:.::::
CCDS73 YRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAV
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KB8 RYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQMDGPLLKEFIAKASKCGAFKN
.:::.:::::::.::::::: ::::..: .:: :::.::.:::. :::::
CCDS73 KYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLLKNFISKASRVGAFKN
480 490 500 510 520
>>CCDS9411.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (551 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2619 Z-score: 3160.0 bits: 594.5 E(32554): 1.1e-169
Smith-Waterman score: 2619; 70.4% identity (89.3% similar) in 531 aa overlap (1-531:25-551)
10 20 30
pF1KB8 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALY
:.::::::::.: : .:. ::.:::::....:.::
CCDS94 MEEELPLFSGDSGKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAGNEVLY
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 VTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQSTLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLSTEDGVV
.: :::.::.: : .::: :: :::. :..:..: :::: ::::::::..:.: .: :
CCDS94 TTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLATTEGEV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQVCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFAWGYNN
..::::.::::::::::.:..: .. ::: :::.::::::.::..:..:::::::::::
CCDS94 FTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFAWGYNN
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 CGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHIKRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNGQLGLG
::::::::.::: ::.::.::. : :: ::::: :::.:.:::: ::::::::::::
CCDS94 SGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNGQLGLG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 NNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVCGYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKNNLLSP
:.::: :: :::::... :....:::::::.::::: .::::::.:::::::::.: :
CCDS94 NSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKSNQSYP
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 AHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
. . :::.:..:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 TPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDDVFACF
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 ATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESLKKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIRCEHFR
:::::.::::::: .: ::::::::.:::.:.:::::: .:::::..::..:::::::::
CCDS94 ATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIRCEHFR
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 SMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPVYRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYCENRLK
: ... ::: ...:...::::::::::.:::::...: ::.:.::::::: : :::::
CCDS94 SSLED--NED--DIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYRENRLK
430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 KLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAVRYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQMDGPLL
::::. ::.:: :::..:.::::.:::.:::::::.::::::: ::::..: .:: ::
CCDS94 KLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEMDHDLL
480 490 500 510 520 530
520 530
pF1KB8 KEFIAKASKCGAFKN
:.::.:::. :::::
CCDS94 KNFISKASRVGAFKN
540 550
>>CCDS73572.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (556 aa)
initn: 2037 init1: 2037 opt: 2619 Z-score: 3160.0 bits: 594.5 E(32554): 1.1e-169
Smith-Waterman score: 2619; 70.4% identity (89.3% similar) in 531 aa overlap (1-531:30-556)
10 20 30
pF1KB8 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSA
:.::::::::.: : .:. ::.:::::...
CCDS73 MSALPRDLELSNPREKLTKPVQATLSSLKMLDVGKWPIFSLCSEEELQLIRQACVFGSAG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 SEALYVTDNDEVFVFGLNYSNCLGTGDNQSTLVPKKLEGLCGKKIKSLSYGSGPHVLLST
.:.::.: :::.::.: : .::: :: :::. :..:..: :::: ::::::::..:.:
CCDS73 NEVLYTTVNDEIFVLGTNCCGCLGLGDVQSTIEPRRLDSLNGKKIACLSYGSGPHIVLAT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 EDGVVYAWGHNGYSQLGNGTTNQGIAPVQVCTNLLIKQVVEVACGSHHSMALAADGEVFA
.: :..::::.::::::::::.:..: .. ::: :::.::::::.::..:..::::::
CCDS73 TEGEVFTWGHNAYSQLGNGTTNHGLVPCHISTNLSNKQVIEVACGSYHSLVLTSDGEVFA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 WGYNNCGQVGSGSTANQPTPRKVTNCLHIKRVVGIACGQTSSMAVLDNGEVYGWGYNGNG
::::: ::::::::.::: ::.::.::. : :: ::::: :::.:.:::: :::::::
CCDS73 WGYNNSGQVGSGSTVNQPIPRRVTGCLQNKVVVTIACGQMCCMAVVDTGEVYVWGYNGNG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 QLGLGNNGNQLTPVRVAALHSVCVNQIVCGYAHTLALTDEGLLYAWGANTYGQLGTGNKN
::::::.::: :: :::::... :....:::::::.::::: .::::::.:::::::::.
CCDS73 QLGLGNSGNQPTPCRVAALQGIRVQRVACGYAHTLVLTDEGQVYAWGANSYGQLGTGNKS
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 NLLSPAHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDD
: :. . :::.:..:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NQSYPTPVTVEKDRIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRGQSVILPHLTHFSCTDD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 VFACFATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESLKKEFDSPETADLKFRIDGKYIHVHKAVLKIR
::::::::::.::::::: .: ::::::::.:::.:.:::::: .:::::..::..::::
CCDS73 VFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFLVDGKYIYAHKVLLKIR
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 CEHFRSMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPVYRAFLQYLYTDTVDLPPEDAIGLLDLATSYC
:::::: ... ::: ...:...::::::::::.:::::...: ::.:.::::::: :
CCDS73 CEHFRSSLED--NED--DIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISLSPEEAVGLLDLATFYR
430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 ENRLKKLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAVRYDAEDLEEFCFKFCINHLTEVTQTAAFWQM
:::::::::. ::.:: :::..:.::::.:::.:::::::.::::::: ::::..: .:
CCDS73 ENRLKKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFCINHLTVVTQTSGFAEM
480 490 500 510 520 530
520 530
pF1KB8 DGPLLKEFIAKASKCGAFKN
: :::.::.:::. :::::
CCDS73 DHDLLKNFISKASRVGAFKN
540 550
>>CCDS73570.1 RCBTB2 gene_id:1102|Hs108|chr13 (277 aa)
initn: 694 init1: 694 opt: 1276 Z-score: 1544.3 bits: 294.5 E(32554): 1.1e-79
Smith-Waterman score: 1276; 75.2% identity (92.3% similar) in 246 aa overlap (286-531:36-277)
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 AWGANTYGQLGTGNKNNLLSPAHIMVEKERVVEIAACHSAHTSAAKTQGGHVYMWGQCRG
..:::::::.::::::::::::::::::::
CCDS73 TETGSLDSATVATSQPLAEWQLCKASVSRGIIEIAACHSTHTSAAKTQGGHVYMWGQCRG
10 20 30 40 50 60
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 QSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVSWRLLSVEHEDFLTVAESLKKEFDSPETADLKFR
::::::::::::::::::::::::::.::::::: .: ::::::::.:::.:.::::::
CCDS73 QSVILPHLTHFSCTDDVFACFATPAVTWRLLSVEPDDHLTVAESLKREFDNPDTADLKFL
70 80 90 100 110 120
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 IDGKYIHVHKAVLKIRCEHFRSMFQSYWNEDMKEVIEIDQFSYPVYRAFLQYLYTDTVDL
.:::::..::..:::::::::: ... ::: ...:...::::::::::.:::::...:
CCDS73 VDGKYIYAHKVLLKIRCEHFRSSLED--NED--DIVEMSEFSYPVYRAFLEYLYTDSISL
130 140 150 160 170 180
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 PPEDAIGLLDLATSYCENRLKKLCQHIIKRGITVENAFSLFSAAVRYDAEDLEEFCFKFC
::.:.::::::: : :::::::::. ::.:: :::..:.::::.:::.:::::::.::
CCDS73 SPEEAVGLLDLATFYRENRLKKLCQQTIKQGICEENAIALLSAAVKYDAQDLEEFCFRFC
190 200 210 220 230 240
500 510 520 530
pF1KB8 INHLTEVTQTAAFWQMDGPLLKEFIAKASKCGAFKN
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360
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CCDS34 LSARADRFKY--HIVKQIFSG---GDQTFVLCSKYENYSPAV------DFRTMNQAHYTS
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CCDS34 LINDETIAVWRQKLSEHNNANTINGVVQILSSAACWNGSFLEKKIDEHFKTSPKIPGIDL
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CCDS72 GQLGLGGIDEEIVLEPRKSDFFINKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLG--
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pF1KB8 MVDVGKWPIFTLLSPQEIASIRKACVFGTSASEALYVTDNDEVFVFGLNYSNCLGTG
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CCDS41 VPRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTSPQLLKS
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CCDS41 LLGIP-FMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLRSQKIV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]