FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8630, 836 aa
1>>>pF1KB8630 836 - 836 aa - 836 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6633+/-0.00121; mu= 18.6758+/- 0.072
mean_var=71.4622+/-14.775, 0's: 0 Z-trim(101.7): 80 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.151718
statistics sampled from 6539 (6612) to 6539 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.551), E-opt: 0.2 (0.203), width: 16
Scan time: 3.620
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS9497.2 TMTC4 gene_id:84899|Hs108|chr13 ( 760) 307 77.3 1.1e-13
>>CCDS9025.1 TMTC2 gene_id:160335|Hs108|chr12 (836 aa)
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Smith-Waterman score: 5519; 100.0% identity (100.0% similar) in 836 aa overlap (1-836:1-836)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 ALMNLGAILHLNGRLQKAEANYLRALQLKPDDVITQSNLRKLWNIMEKQGLKTSKT
790 800 810 820 830
>>CCDS81717.1 TMTC2 gene_id:160335|Hs108|chr12 (637 aa)
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Smith-Waterman score: 4146; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS81 LMFASHPIHTEAVAGIVGRADVGASLFFLLSLLCYIKHCSTRGYSARTWGWFLGSGLCAG
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CCDS81 CSMLWKEQGVTVLAVSAVYDVFVFHRLKIKQILPTIYKRKNLSLFLSISLLIFWGSSLLG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LLKTVCDWRNLHTVAFYTGLLLLAYYGLKSPSVDRECNGKTVTNGKQNANGHSCLSDVEY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QNSETKSSFASKVENGIKNDVSQRTQLPSTENIVVLSLSLLIIPFVPATNLFFYVGFVIA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ERVLYIPSMGFCLLITVGARALYVKVQKRFLKSLIFYATATLIVFYGLKTAIRNGDWQNE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::
CCDS81 HKSSVTSCLYNLGKLYHEQGHYEVWPMPLCPFPSPLF
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Smith-Waterman score: 1131; 30.2% identity (58.6% similar) in 850 aa overlap (13-835:18-792)
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: : :.: : .:: :: :.:: : :: .: ::::::
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 LTHSGSHKSYRPLCTLSFRLNHAIGGLNPWSYHLVNVLLHAAVTGLFTSFSKILLGDGYW
... :::::::: .:.::::. .. :.: ::::.:...::.:. .: . :..: :.
CCDS90 MSEERSHKSYRPLTVLTFRLNYLLSELKPMSYHLLNMIFHAVVSVIFLKVCKLFL-DNKS
70 80 90 100 110
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pF1KB8 TFMAGLMFASHPIHTEAVAGIVGRADVGASLFFLLSLLCYIKHCSTRGYSART-WGWFLG
. .:.:.:: ::::::::.:.::::.. .:.::: ..: : . ..: . : .
CCDS90 SVIASLLFAVHPIHTEAVTGVVGRAELLSSIFFLAAFLSYTR---SKGPDNSIIWTPIAL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB8 SGLCAGCSMLWKEQGVTVLAVSAVYDVFVFHRLKIKQILPTI--YKRKNLSLFLS-----
. . .. . : ::::.::... ::.::. . . . : . : . :. .:
CCDS90 TVFLVAVATLCKEQGITVVGICCVYEVFIAQGYTLPLLCTTAGQFLRGKGSIPFSMLQTL
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230 240 250 260 270 280
pF1KB8 ISLLIFWGSSLLGA--RLYWMGNKPPSFSNSDNPAADSDSLLTRTLTFFYLPTKNLWLLL
..:... :.:: . :. . .. : :. ::::: : . :: ::: :: : ::::
CCDS90 VKLIVLMFSTLLLVVIRVQVIQSQLPVFTRFDNPAAVSPTP-TRQLTFNYLLPVNAWLLL
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:. : ::.: ..::.... : ::: : .:. : .:. ....
CCDS90 NPSELCCDWTMGTIPLIESLLDIRNLATFTFFCFLGMLGVFSIR----------------
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:... .:. :...: :. .::
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.::.:::: ::::.::::::.::::::.:.. : . . .: .:.: . . .:.
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360 370 380 390 400 410
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..::: :: ::..: :. :..::: :: :.:.:..:...... .: . . .: . .
CCDS90 HSLKTFHRNWDWESEYTLFMSALKVNKNNAKLWNNVGHALENEKNFERALKYFLQATHVQ
420 430 440 450 460 470
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pF1KB8 SNMADMLYNLGLLLQENSRFAEALHYYKLAIGSRPTL----------ASAYLNTGIILMN
. .:.: .. .: :: . : .: . : . : .::. : : :
CCDS90 PDDIGAHMNVGRTYKNLNRTKEAEESYMMAKSLMPQIIPGKKYAARIAPNHLNVYINLAN
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pF1KB8 QGRTEEARRTFLKCSEIPDENLKDPHAHKSSVTSCLYNLGKLYHEQGHYEEALSVYKEAI
:..:.: : :. .. . . . . . :.: .... .: .: .:.
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pF1KB8 QKMPRQFAPQSLYNMMGEAYMRLSKLPEAEHWYMESLRSKTDHIPAHLTYGKLLALTGR-
. . :. : .:. .. ....:.. :: . . ..:. . : : .. . .. .:.
CCDS90 E-LDRNNA--DLWYNLAIVHIELKEPNEALKNFNRALELNPKHKLALFNSAIVMQESGEV
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pF1KB8 --KSEAEKLFLKAIELDPTKGNCYMHYGQFLLEEARLIEAAEMAKKAAELDSTEFDVVFN
. ::.: .:. :. .: .: :.. :.. ... . :: ::: .:.. ...::
CCDS90 KLRPEARKRLLSYINEEPLDANGYFNLGMLAMDDKKDNEAEIWMKKAIKLQADFRSALFN
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pF1KB8 AAHMLRQASLNEAAEKYYDLAARLRPNYPAALMNLGAILHLNGR--LQKAEANYLRALQL
: . :.. . : . : :.. .:. : :: .: . . :. . : :..
CCDS90 LALLYSQTAKELKALPILEELLRYYPDHIKGLILKGDIL-MNQKKDILGAKKCFERILEM
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:..: . :: .. . ::. ::. .
CCDS90 DPSNVQGKHNLCVVY-FEEKDLLKAERCLLETLALAPHEEYIQRHLNIVRDKISSSSFIE
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>>CCDS53772.1 TMTC1 gene_id:83857|Hs108|chr12 (882 aa)
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Smith-Waterman score: 1147; 32.2% identity (55.8% similar) in 911 aa overlap (3-829:30-872)
10 20 30
pF1KB8 MIAELVSSALGLALYLNTLSADFCYDDSRAIKT
: :...: : : .:...: .:: :: .
CCDS53 MVVTTSARGGGGDRTPSRRRGCGLAPAGAAALLAGASCLC-YGRSLQGEFVHDDVWAIVN
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 NQDLLPETP--WTHIFYNDFWGTLLTHSGSHKSYRPLCTLSFRLNHAIGGLNPWSYHLVN
: :. : .: : :: ::::: .... :::::::::.:.:.:: . :.::. .: ::
CCDS53 NPDVRPGAPLRWG-IFTNDFWGKGMAENTSHKSYRPLCVLTFKLNIFLTGMNPFYFHAVN
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 VLLHAAVTG-LFTSFSKILLGDGYWTFMAGLMFASHPIHTEAVAGIVGRADVGASLFFLL
..:: :: :. . .: .. . .:...:.:: ::::::::::::::::: : :.:::
CCDS53 IILHCLVTLVLMYTCDKTVFKNRGLAFVTALLFAVHPIHTEAVAGIVGRADVLACLLFLL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB8 SLLCYIKH----CSTRGYSARTWGWFLGSGLCAG-CSMLWKEQGVTVLAVSAVYDVFVFH
..: : . : .. . . .:: .: : :.:: :: :.::..: :::.: .
CCDS53 AFLSYNRSLDQGCVGGSFPSTVSPFFLLLSLFLGTCAMLVKETGITVFGVCLVYDLFSLS
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250
pF1KB8 RLKIKQ----ILPTIYKRKNLSLFLSISLLIFW--GSSL-LGARLYWMGNK---PPSFSN
. :. . : .. . :. :.. . . : : . :: ..
CCDS53 NKQDKSSNGALCPRSPQQPGSPQPSSLPGHPHRENGKQQRFPHKGAWGGCHSPLPPEPKS
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 SDNPAADSDSL-LTRTLTFFYLPTKNLWLLLCPDTLSFDWSMDAVPLLKTVCDWRNLHTV
: :.. . : ::. :: . :.:::: : :: .::.. ..::..:. : ::: :.
CCDS53 SGFPVSPRAVWSMMRFLTYSYLLAFNVWLLLAPVTLCYDWQVGSIPLVETIWDMRNLATI
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 AFYTGLLLLAYYGLKSPSVDRECNGKTVTNGKQNANGHSCLSDVEYQNSETKSSFASKVE
. . . ::. . ::. .. : :
CCDS53 FLAVVMALLSLH---------------------------CLA--AFKRLEHKE-------
360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB8 NGIKNDVSQRTQLPSTENIVVLSLSLLIIPFVPATNLFFYVGFVIAERVLYIPSMGFCLL
:...: .:..::.::.:::: ::::.::::::.::::.:.:
CCDS53 -------------------VLVGLLFLVFPFIPASNLFFRVGFVVAERVLYMPSMGYCIL
390 400 410 420
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 ITVGARALYVKVQKRFLKSLIFYATATLIVFYGLKTAIRNGDWQNEEMLYRSGIKVNP--
.. : : . ... .:: .:. :..... ::. .: : ..: :.:::... :
CCDS53 FVHGLSKLCTWLNRCGATTLIV-STVLLLLLFSWKTVKQNEIWLSRESLFRSGVQTLPHN
430 440 450 460 470 480
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 AKAWGNLGNVLKSQSKISEAESAYRNALYYRSNMADMLYNLGLLLQENSRFAEALHYYKL
::. : .: ::.:.. .:: ::.:: :. : ::: : ... ::: ::.
CCDS53 AKVHYNYANFLKDQGRNKEAIYHYRTALKLYPRHASALNNLGTLTRDT---AEAKMYYQR
490 500 510 520 530
560 570 580 590
pF1KB8 AIGSRPTLASAYLNTGIILMNQGRTEEARRTFLKCS-----EIPD------------ENL
:. .: : .: : .: .: . ::: :.:: : :. : : .
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790 800 810 820 830
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CCDS87 PDSKLLKENLAKLDRLEKRLQEVREKDQT
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.... .:. . .: :.: .:.. ..:: :...: .: ::. ::.:.
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. :..:.:..:.:::.::.:::: ::::.::::::.::.:.:.:
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.: : :: ...: :.:: .. .. . :. ..:.:.:..::.:.::...: :
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CCDS41 GRLYADLNRHVDALNAWRNATVLKPEHSLAWNNMIILLDNT----GNLAQAEAVGREALE
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CCDS41 LIPNDHSLMFSLANVLGKSQKYKESEALFLKAIKANP---NAASYHGNLAVLYHRWGHL-
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CCDS94 GSHQPAVFRMAVLDTDLDHILPSSVLPPFWAKLVVGSVAIVCFARSYDGDFVFDDSEAIV
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CCDS94 NNKDLQAETPLGDLWHHDFWGSRLSSNTSHKSYRPLTVLTFRINYYLSGGFHPVGFHVVN
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pF1KB8 VLLHAAVTGLFTSFSKILLGDGYWT-------------FMAGLMFASHPIHTEAVAGIVG
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CCDS94 ILLHSGISVLMVDVFSVLFGGLQYTSKGRRLHLAPRASLLAALLFAVHPVHTECVAGVVG
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pF1KB8 RADVGASLFFLLSLLCYIK---HCSTRGYSARTWGWFLGSGLCAGCSMLWKEQGVTVLAV
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CCDS94 RADLLCALFFLLSFLGYCKAFRESNKEGAHSSTF-WVLLSIFLGAVAMLCKEQGITVLGL
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pF1KB8 SAVYDVFVFHRLKIKQILPTI-YKRKNL---------SLFLSISLLIFWGSSLLGARLYW
.::.:..:. .... .:. . .: :.: .:.. ..:: :...: .:
CCDS94 NAVFDILVIGKFNVLEIVQKVLHKDKSLENLGMLRNGGLLFRMTLLTSGGAGMLYVRWRI
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pF1KB8 MGNKPPSFSNSDNPAADSDSLLTRTLTFFYLPTKNLWLLLCPDTLSFDWSMDAVPLLKTV
::. ::.:.. ::::. .::.:.:.... : . : :::::: : ::::: .::.:..
CCDS94 MGTGPPAFTEVDNPASFADSMLVRAVNYNYYYSLNAWLLLCPWWLCFDWSMGCIPLIKSI
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pF1KB8 CDWRNLHTVAFYTGLLLLAYYGLKSPSVDRECNGKTVTNGKQNANGHSCLSDVEYQNSET
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CCDS94 SDWRVIALAALWFCLIGLICQAL--------CS----------EDGHK------------
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. :..:.:..:.:::.::.:::: ::::.::::::
CCDS94 -------------------------RRILTLGLGFLVIPFLPASNLFFRVGFVVAERVLY
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pF1KB8 IPSMGFCLLITVGARALYVKVQKRFLKSLIFYATATLIVFYGLKTAIRNGDWQNEEMLYR
.::.:.:.:.: : :: ...: :.:: .. .. . :. ..:.:.:..::.:.:
CCDS94 LPSVGYCVLLTFGFGALSKHTKK---KKLIAAVVLGILFINTLRCVLRSGEWRSEEQLFR
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