Result of FASTA (omim) for
pF1KB8636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8636, 335 aa
1>>>pF1KB8636 335 - 335 aa - 335 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6619+/-0.000411; mu= 9.4091+/- 0.025
mean_var=126.9445+/-27.863, 0's: 0 Z-trim(114.2): 306 B-trim: 1003 in 1/53
Lambda= 0.113833
statistics sampled from 23464 (23865) to 23464 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 5.070
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_078788 (OMIM: 607180) leucine-rich repeat-conta ( 371) 631 115.2 2.2e-25
XP_011532412 (OMIM: 607180) PREDICTED: leucine-ric ( 371) 631 115.2 2.2e-25
XP_016862666 (OMIM: 607180) PREDICTED: leucine-ric ( 258) 460 87.0 4.8e-17
XP_016857384 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1255) 421 81.1 1.3e-14
XP_016857383 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1438) 421 81.2 1.5e-14
XP_016857382 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1472) 421 81.2 1.5e-14
XP_016857381 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1490) 421 81.2 1.5e-14
NP_001317564 (OMIM: 614453) leucine-rich repeat-co (1495) 421 81.2 1.5e-14
XP_016857379 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1528) 421 81.2 1.6e-14
NP_065845 (OMIM: 614453) leucine-rich repeat-conta (1537) 421 81.2 1.6e-14
XP_016857378 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1537) 421 81.2 1.6e-14
XP_016857377 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1541) 421 81.2 1.6e-14
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XP_016857375 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1594) 421 81.2 1.6e-14
XP_016857374 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-ric (1594) 421 81.2 1.6e-14
XP_016866486 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-ric ( 331) 372 72.6 1.3e-12
NP_060684 (OMIM: 608195) leucine-rich repeat-conta ( 524) 372 72.8 1.8e-12
XP_011513028 (OMIM: 608195) PREDICTED: leucine-ric ( 524) 372 72.8 1.8e-12
XP_006714723 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1246) 377 73.9 2e-12
XP_016865126 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1298) 377 73.9 2.1e-12
NP_001006600 (OMIM: 606944) erbin isoform 7 [Homo (1302) 377 73.9 2.1e-12
NP_001240627 (OMIM: 606944) erbin isoform 4 [Homo (1346) 377 73.9 2.1e-12
NP_001240630 (OMIM: 606944) erbin isoform 9 [Homo (1367) 377 73.9 2.2e-12
NP_061165 (OMIM: 606944) erbin isoform 2 [Homo sap (1371) 377 73.9 2.2e-12
NP_001240626 (OMIM: 606944) erbin isoform 1 [Homo (1412) 377 74.0 2.2e-12
XP_016865125 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1415) 377 74.0 2.2e-12
NP_001240628 (OMIM: 606944) erbin isoform 8 [Homo (1419) 377 74.0 2.2e-12
XP_005248612 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1456) 377 74.0 2.3e-12
XP_016865124 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1460) 377 74.0 2.3e-12
XP_005248611 (OMIM: 606944) PREDICTED: protein LAP (1460) 377 74.0 2.3e-12
XP_011542154 (OMIM: 605352) PREDICTED: malignant f (1003) 359 70.9 1.3e-11
NP_004216 (OMIM: 605352) malignant fibrous histioc (1052) 359 70.9 1.4e-11
NP_036557 (OMIM: 179555) ras suppressor protein 1 ( 277) 325 64.8 2.4e-10
XP_005252609 (OMIM: 179555) PREDICTED: ras suppres ( 277) 322 64.4 3.4e-10
NP_001255968 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich re ( 536) 318 63.9 8.7e-10
NP_001243193 (OMIM: 600362) protein flightless-1 h (1258) 322 64.9 1.1e-09
XP_005256615 (OMIM: 600362) PREDICTED: protein fli (1268) 322 64.9 1.1e-09
NP_002009 (OMIM: 600362) protein flightless-1 homo (1269) 322 64.9 1.1e-09
XP_005256613 (OMIM: 600362) PREDICTED: protein fli (1295) 322 64.9 1.1e-09
XP_005256612 (OMIM: 600362) PREDICTED: protein fli (1296) 322 64.9 1.1e-09
XP_016857088 (OMIM: 612890) PREDICTED: volume-regu ( 858) 314 63.4 2e-09
XP_016857090 (OMIM: 612890) PREDICTED: volume-regu ( 858) 314 63.4 2e-09
XP_016857089 (OMIM: 612890) PREDICTED: volume-regu ( 858) 314 63.4 2e-09
NP_001127951 (OMIM: 612890) volume-regulated anion ( 858) 314 63.4 2e-09
XP_016857091 (OMIM: 612890) PREDICTED: volume-regu ( 858) 314 63.4 2e-09
XP_011539991 (OMIM: 612890) PREDICTED: volume-regu ( 858) 314 63.4 2e-09
NP_060573 (OMIM: 612890) volume-regulated anion ch ( 858) 314 63.4 2e-09
NP_001311266 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich re ( 582) 309 62.5 2.6e-09
NP_031399 (OMIM: 602775,607721) leucine-rich repea ( 582) 309 62.5 2.6e-09
XP_016872191 (OMIM: 602775,607721) PREDICTED: leuc ( 582) 309 62.5 2.6e-09
>>NP_078788 (OMIM: 607180) leucine-rich repeat-containin (371 aa)
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>>XP_016857384 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-rich re (1255 aa)
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>>XP_016857382 (OMIM: 614453) PREDICTED: leucine-rich re (1472 aa)
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320 330 340 350 360 370
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]