Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8639
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8639, 328 aa
1>>>pF1KB8639 328 - 328 aa - 328 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8563+/-0.00105; mu= 7.4378+/- 0.062
mean_var=95.6499+/-19.585, 0's: 0 Z-trim(104.2): 79 B-trim: 2 in 1/48
Lambda= 0.131139
statistics sampled from 7685 (7759) to 7685 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 2.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2058.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 ( 328) 2216 429.9 1.3e-120
CCDS2057.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 ( 556) 2178 422.8 3.1e-118
CCDS74548.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 ( 211) 1428 280.8 6.7e-76
CCDS2054.1 IL1R2 gene_id:7850|Hs108|chr2 ( 398) 354 77.7 1.7e-14
CCDS74547.1 IL1R1 gene_id:3554|Hs108|chr2 ( 538) 346 76.2 6.5e-14
CCDS2055.1 IL1R1 gene_id:3554|Hs108|chr2 ( 569) 346 76.2 6.8e-14
CCDS2056.1 IL1RL2 gene_id:8808|Hs108|chr2 ( 575) 319 71.1 2.4e-12
CCDS58719.1 IL1R2 gene_id:7850|Hs108|chr2 ( 296) 306 68.6 7.2e-12
CCDS3298.1 IL1RAP gene_id:3556|Hs108|chr3 ( 570) 300 67.5 2.8e-11
CCDS54696.1 IL1RAP gene_id:3556|Hs108|chr3 ( 687) 300 67.6 3.4e-11
CCDS46982.1 IL1RAP gene_id:3556|Hs108|chr3 ( 356) 292 66.0 5.3e-11
>>CCDS2058.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 (328 aa)
initn: 2216 init1: 2216 opt: 2216 Z-score: 2278.8 bits: 429.9 E(32554): 1.3e-120
Smith-Waterman score: 2216; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (1-328:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPRQGKPSYTVDWYYSQTNKSIPTQ
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CCDS20 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPRQGKPSYTVDWYYSQTNKSIPTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTIYKKQSDCNVPDYLMYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 ERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTIYKKQSDCNVPDYLMYS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEWFKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 TVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEWFKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 CKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFG
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CCDS20 CKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 KGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQ
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB8 YDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 YDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
310 320
>>CCDS2057.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 (556 aa)
initn: 2178 init1: 2178 opt: 2178 Z-score: 2236.2 bits: 422.8 E(32554): 3.1e-118
Smith-Waterman score: 2178; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPRQGKPSYTVDWYYSQTNKSIPTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPRQGKPSYTVDWYYSQTNKSIPTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTIYKKQSDCNVPDYLMYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 ERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTIYKKQSDCNVPDYLMYS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEWFKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 TVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEWFKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 CKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 CKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 KGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQ
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB8 YDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
:::::::::::::::::::::::
CCDS20 YDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPIDHHSIYCIIAVCSVFLMLINVLVIILKMFWIEATLL
310 320 330 340 350 360
>>CCDS74548.1 IL1RL1 gene_id:9173|Hs108|chr2 (211 aa)
initn: 1428 init1: 1428 opt: 1428 Z-score: 1476.2 bits: 280.8 E(32554): 6.7e-76
Smith-Waterman score: 1428; 100.0% identity (100.0% similar) in 211 aa overlap (118-328:1-211)
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 IVRSPTFNRTGYANVTIYKKQSDCNVPDYLMYSTVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEW
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MYSTVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWTAPLEW
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 FKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQG
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 FSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFGKGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FSLFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFGKGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQ
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 QEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQYDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QEEGQNQSFSNGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQYDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKEC
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 F
:
CCDS74 F
>>CCDS2054.1 IL1R2 gene_id:7850|Hs108|chr2 (398 aa)
initn: 131 init1: 67 opt: 354 Z-score: 373.6 bits: 77.7 E(32554): 1.7e-14
Smith-Waterman score: 354; 24.1% identity (57.5% similar) in 320 aa overlap (22-324:36-345)
10 20 30 40
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPR-------QGKPSY
:. . ::.: . .:::. . .:
CCDS20 VLVMGVSAFTLQPAAHTGAARSCRFRGRHYKREFRLEGEPVALRCPQVPYWLWASVSPRI
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 TVDWYYSQTNKSIPTQERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTI
.. :. ... ...: .:..:..:. : .::: ::: :.: .:. .. .. .
CCDS20 NLTWHKNDSARTVPGEEETRMWAQDGALWLLPALQEDSGTYVCTTRNASYCDKMSIELRV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KB8 YKKQSDCNVPDYLMYSTVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWT-----APLEWFKNCQALQ--GS
... .: .: .. : . .. . :: :: ..: . ..:.:. :. .
CCDS20 FEN-TDAFLP-FISYPQILTLSTSGVLVCP--DLSEFTRDKTDVKIQWYKDSLLLDKDNE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 RYRAHK--SFLVIDNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIG
.. . . . :.. .: :::: : : . ..: .:..: . . .: .. .. :::
CCDS20 KFLSVRGTTHLLVHDVALEDAGYYRCVLTFAHEGQQYNITRSIELRIKKKKEETI-PVII
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 APAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFGKGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQS
.: .. . .:. .. :.. .: :: . . . : : :.: . . : . :: :
CCDS20 SPLKT--ISASLGSRLTIPCKVFLGTGTPLTTMLWWTANDTHI-ESAYPGGRVTEGPRQE
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320
pF1KB8 FS-NGLACLDMVLRIADVKEEDLLLQYDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
.: :. ... : . : .::: ... :.. : : .:.: . :. :
CCDS20 YSENNENYIEVPLIFDPVTREDLHMDFKCVVHNT--LSFQTLRTTVKEASSTFSWGIVLA
300 310 320 330 340 350
CCDS20 PLSLAFLVLGGIWMHRRCKHRTGKADGLTVLWPHHQDFQSYPK
360 370 380 390
>>CCDS74547.1 IL1R1 gene_id:3554|Hs108|chr2 (538 aa)
initn: 202 init1: 132 opt: 346 Z-score: 363.3 bits: 76.2 E(32554): 6.5e-14
Smith-Waterman score: 346; 25.2% identity (55.8% similar) in 301 aa overlap (29-318:37-327)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCP-RQGKPSYTVDWYYSQTNKSI
:: . :: .. . :. :: .... .
CCDS74 LICFIALLISSLEADKCKEREEKIILVSSANEIDVRPCPLNPNEHKGTITWYKDDSKTPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PTQERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFN-RTGYANVTIYKKQSDCNVPDY
:.. .:. . : :.:: : ::: : :.::. .. : . . .. . : .
CCDS74 STEQASRIHQHKEKLWFVPAKVEDSGHYYCVVRNSSYCLRIKISAKFVENEPNLCYNAQA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB8 LMYST--VSGSEKNSKIYCPTIDLY----NWTAPLEWFKNCQAL--QGSRYRAHKSFLVI
.. . :.: .. . :: .... : :.:.:.:. : .. .. . :. :..
CCDS74 IFKQKLPVAG---DGGLVCPYMEFFKNENNELPKLQWYKDCKPLLLDNIHFSGVKDRLIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 DNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIG
:: . :.:::. .. : .: .: . : . :.. ::: .:: :: ::..:
CCDS74 MNVAEKHRGNYTCHASYTYLGKQYPITRVIEF-ITLEENKPTRPVIVSPA-NETMEVDLG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KNANLTCSACFGKGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGL-ACLDMVL
.. .: :.. : :. . :. ::. . : .: . .. . .. .: . : ::
CCDS74 SQIQLICNVT-G---QLSDIAYWKWNGS-VIDEDDPVLGEDYYSVENPANKRRSTLITVL
250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB8 RIADVKEEDLLLQYDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
:.... . . :.: : ::. ..:
CCDS74 NISEIESRFYKHPFTCFAKNTHGIDAAYIQLIYPVTNFQKHMIGICVTLTVIIVCSVFIY
300 310 320 330 340 350
CCDS74 KIFKIDIVLWYRDSCYDFLPIKVLPEVLEKQCGYKLFIYGRDDYVGEDIVEVINENVKKS
360 370 380 390 400 410
>>CCDS2055.1 IL1R1 gene_id:3554|Hs108|chr2 (569 aa)
initn: 202 init1: 132 opt: 346 Z-score: 362.9 bits: 76.2 E(32554): 6.8e-14
Smith-Waterman score: 346; 25.2% identity (55.8% similar) in 301 aa overlap (29-318:37-327)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCP-RQGKPSYTVDWYYSQTNKSI
:: . :: .. . :. :: .... .
CCDS20 LICFIALLISSLEADKCKEREEKIILVSSANEIDVRPCPLNPNEHKGTITWYKDDSKTPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PTQERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFN-RTGYANVTIYKKQSDCNVPDY
:.. .:. . : :.:: : ::: : :.::. .. : . . .. . : .
CCDS20 STEQASRIHQHKEKLWFVPAKVEDSGHYYCVVRNSSYCLRIKISAKFVENEPNLCYNAQA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB8 LMYST--VSGSEKNSKIYCPTIDLY----NWTAPLEWFKNCQAL--QGSRYRAHKSFLVI
.. . :.: .. . :: .... : :.:.:.:. : .. .. . :. :..
CCDS20 IFKQKLPVAG---DGGLVCPYMEFFKNENNELPKLQWYKDCKPLLLDNIHFSGVKDRLIV
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 DNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIGAPAQNEIKEVEIG
:: . :.:::. .. : .: .: . : . :.. ::: .:: :: ::..:
CCDS20 MNVAEKHRGNYTCHASYTYLGKQYPITRVIEF-ITLEENKPTRPVIVSPA-NETMEVDLG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 KNANLTCSACFGKGTQFLAAVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGL-ACLDMVL
.. .: :.. : :. . :. ::. . : .: . .. . .. .: . : ::
CCDS20 SQIQLICNVT-G---QLSDIAYWKWNGS-VIDEDDPVLGEDYYSVENPANKRRSTLITVL
250 260 270 280 290
290 300 310 320
pF1KB8 RIADVKEEDLLLQYDCLALNLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
:.... . . :.: : ::. ..:
CCDS20 NISEIESRFYKHPFTCFAKNTHGIDAAYIQLIYPVTNFQKHMIGICVTLTVIIVCSVFIY
300 310 320 330 340 350
CCDS20 KIFKIDIVLWYRDSCYDFLPIKASDGKTYDAYILYPKTVGEGSTSDCDIFVFKVLPEVLE
360 370 380 390 400 410
>>CCDS2056.1 IL1RL2 gene_id:8808|Hs108|chr2 (575 aa)
initn: 153 init1: 93 opt: 319 Z-score: 335.2 bits: 71.1 E(32554): 2.4e-12
Smith-Waterman score: 319; 24.2% identity (56.5% similar) in 269 aa overlap (45-305:53-318)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 STAAKFSKQSWGLENEALIVRCPRQGKPSYTVDWYYSQTNKSIPTQERNRVFASGQLLKF
.: :: .... . ..:. . . :
CCDS20 KDIFMKNEILSASQPFAFNCTFPPITSGEVSVTWYKNSSKIPVSKIIQSRIHQDETWILF
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120
pF1KB8 LPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTIYKKQ-SDCNV---PDYL-MYSTVSGSEKNS
:: .:::.: :.... . ..:.:...:. : .. :. :. . :..
CCDS20 LPMEWGDSGVYQCVIKGRDSCHRIHVNLTVFEKHWCDTSIGGLPNLSDEYKQILHLGKDD
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KIYCPT-IDLYNWTAPLEWFKNCQALQGSRYRAHKSFLVIDNVMTEDAGDYTCKFIHNEN
.. : . .:..:.:.:. ..: :. . .. :...:: .:: :.:.:. : ...
CCDS20 SLTCHLHFPKSCVLGPIKWYKDCNEIKGERFTVLETRLLVSNVSAEDRGNYACQAILTHS
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GANYSVTATRSFTVKDEQGFS-LFPVIGAPAQNEIKEVEIGKNANLTCSACFGKGTQFLA
: .: : . .. .. :.. : : : .. : ::..: . . :.. : . :
CCDS20 GKQYEVLNGITVSITERAGYGGSVPKIIYPKNHSI-EVQLGTTLIVDCNVTDTKDNTNLR
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 AVLWQLNGTKITDFGEPRIQQEEGQNQSFSNGLACLDMV-LRIADVKEEDLLLQYDCLAL
:..:.: . :. . . .:: . : : : . . .:: :: : . : :
CCDS20 C--WRVNNTLVDDYYDESKRIREGVETHVSFREHNLYTVNITFLEVKMEDYGLPFMCHAG
270 280 290 300 310
310 320
pF1KB8 NLHGLRRHTVRLSRKNPSKECF
CCDS20 VSTAYIILQLPAPDFRAYLIGGLIALVAVAVSVVYIYNIFKIDIVLWYRSAFHSTETIVD
320 330 340 350 360 370
>>CCDS58719.1 IL1R2 gene_id:7850|Hs108|chr2 (296 aa)
initn: 131 init1: 67 opt: 306 Z-score: 326.6 bits: 68.6 E(32554): 7.2e-12
Smith-Waterman score: 306; 23.4% identity (57.2% similar) in 269 aa overlap (22-274:36-296)
10 20 30 40
pF1KB8 MGFWILAILTILMYSTAAKFSKQSWGLENEALIVRCPR-------QGKPSY
:. . ::.: . .:::. . .:
CCDS58 VLVMGVSAFTLQPAAHTGAARSCRFRGRHYKREFRLEGEPVALRCPQVPYWLWASVSPRI
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 TVDWYYSQTNKSIPTQERNRVFASGQLLKFLPAAVADSGIYTCIVRSPTFNRTGYANVTI
.. :. ... ...: .:..:..:. : .::: ::: :.: .:. .. .. .
CCDS58 NLTWHKNDSARTVPGEEETRMWAQDGALWLLPALQEDSGTYVCTTRNASYCDKMSIELRV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KB8 YKKQSDCNVPDYLMYSTVSGSEKNSKIYCPTIDLYNWT-----APLEWFKNCQALQ--GS
... .: .: .. : . .. . :: :: ..: . ..:.:. :. .
CCDS58 FEN-TDAFLP-FISYPQILTLSTSGVLVCP--DLSEFTRDKTDVKIQWYKDSLLLDKDNE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 RYRAHK--SFLVIDNVMTEDAGDYTCKFIHNENGANYSVTATRSFTVKDEQGFSLFPVIG
.. . . . :.. .: :::: : : . ..: .:..: . . .: .. .. :::
CCDS58 KFLSVRGTTHLLVHDVALEDAGYYRCVLTFAHEGQQYNITRSIELRIKKKKEETI-PVII
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