Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8673
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8673, 657 aa
1>>>pF1KB8673 657 - 657 aa - 657 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0456+/-0.000794; mu= 15.9001+/- 0.048
mean_var=78.7230+/-15.805, 0's: 0 Z-trim(109.0): 37 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.144552
statistics sampled from 10593 (10617) to 10593 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 3.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3177.1 TIPARP gene_id:25976|Hs108|chr3 ( 657) 4547 957.9 0
CCDS5857.1 PARP12 gene_id:64761|Hs108|chr7 ( 701) 734 162.8 1.5e-39
CCDS3016.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 ( 444) 486 111.0 3.8e-24
CCDS77804.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 ( 375) 484 110.5 4.3e-24
CCDS77803.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 ( 483) 484 110.6 5.4e-24
CCDS46893.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 ( 678) 486 111.0 5.5e-24
CCDS46894.1 PARP14 gene_id:54625|Hs108|chr3 (1801) 451 103.9 2e-21
CCDS34960.1 PARP10 gene_id:84875|Hs108|chr8 (1025) 383 89.6 2.3e-17
CCDS83331.1 PARP10 gene_id:84875|Hs108|chr8 (1037) 383 89.6 2.3e-17
CCDS66281.1 PARP11 gene_id:57097|Hs108|chr12 ( 257) 332 78.7 1.1e-14
CCDS8523.2 PARP11 gene_id:57097|Hs108|chr12 ( 338) 332 78.8 1.4e-14
>>CCDS3177.1 TIPARP gene_id:25976|Hs108|chr3 (657 aa)
initn: 4547 init1: 4547 opt: 4547 Z-score: 5121.4 bits: 957.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4547; 100.0% identity (100.0% similar) in 657 aa overlap (1-657:1-657)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEMETTEPEPDCVVQPPSPPDDFSCQMRLSEKITPLKTCFKKKDQKRLGTGTLRSLRPIL
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CCDS31 MEMETTEPEPDCVVQPPSPPDDFSCQMRLSEKITPLKTCFKKKDQKRLGTGTLRSLRPIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 NTLLESGSLDGVFRSRNQSTDENSLHEPMMKKAMEINSSCPPAENNMSVLIPDRTNVGDQ
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CCDS31 NTLLESGSLDGVFRSRNQSTDENSLHEPMMKKAMEINSSCPPAENNMSVLIPDRTNVGDQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 IPEAHPSTEAPERVVPIQDHSFPSETLSGTVADSTPAHFQTDLLHPVSSDVPTSPDCLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IPEAHPSTEAPERVVPIQDHSFPSETLSGTVADSTPAHFQTDLLHPVSSDVPTSPDCLDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VIDYVPGIFQENSFTIQYILDTSDKLSTELFQDKSEEASLDLVFELVNQLQYHTHQENGI
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CCDS31 VIDYVPGIFQENSFTIQYILDTSDKLSTELFQDKSEEASLDLVFELVNQLQYHTHQENGI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 EICMDFLQGTCIYGRDCLKHHTVLPYHWQIKRTTTQKWQSVFNDSQEHLERFYCNPENDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EICMDFLQGTCIYGRDCLKHHTVLPYHWQIKRTTTQKWQSVFNDSQEHLERFYCNPENDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 MRMKYGGQEFWADLNAMNVYETTEFDQLRRLSTPPSSNVNSIYHTVWKFFCRDHFGWREY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MRMKYGGQEFWADLNAMNVYETTEFDQLRRLSTPPSSNVNSIYHTVWKFFCRDHFGWREY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PESVIRLIEEANSRGLKEVRFMMWNNHYILHNSFFRREIKRRPLFRSCFILLPYLQTLGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PESVIRLIEEANSRGLKEVRFMMWNNHYILHNSFFRREIKRRPLFRSCFILLPYLQTLGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 VPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPSQDFIQVPVSAEDKSYRIIYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPSQDFIQVPVSAEDKSYRIIYNL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 FHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMFGRDRIINERHLFHGTSQDVVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMFGRDRIINERHLFHGTSQDVVD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 GICKHNFDPRVCGKHATMFGQGSYFAKKASYSHNFSKKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GICKHNFDPRVCGKHATMFGQGSYFAKKASYSHNFSKKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KB8 HGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFNDDQSYPYFVIQYEEVSNTVSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFNDDQSYPYFVIQYEEVSNTVSI
610 620 630 640 650
>>CCDS5857.1 PARP12 gene_id:64761|Hs108|chr7 (701 aa)
initn: 546 init1: 252 opt: 734 Z-score: 823.4 bits: 162.8 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 734; 33.4% identity (63.4% similar) in 434 aa overlap (236-652:269-681)
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 LSTELFQDKSEEASLDLVFELVNQLQYHTHQENGIEICMDFLQGTCIYGRDCLKHHTVLP
::.: .::. .. .: . : . : ::
CCDS58 APSRVPPLFVPQGTSERKDSSGSVSPNTLSQEEGDQICLYHIRKSCSFQDKCHRVHFHLP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 YHWQIKRTTTQKWQSVFNDSQEHLERFYCNPENDRMRMKYGGQEFWA---DLNAMNVYET
:.::. ::... :..: .:. ::::. .:. . ... : . ..:::. : .
CCDS58 YRWQF--LDRGKWEDL--DNMELIEEAYCNPKIERILCSESASTFHSHCLNFNAMT-YGA
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB8 TEFDQLRRLSTPPSSNVNSIYHTV----WKFFCRDHFG-WREYP-ESVIRLIEEANSRGL
: : ::::: .:.:.. : . : .. :.:: :.:: ..... . ..: .
CCDS58 T---QARRLST--ASSVTKPPHFILTTDWIWYWSDEFGSWQEYGRQGTVHPVTTVSSSDV
360 370 380 390 400
380 390 400 410 420
pF1KB8 KEVRFMMWNNHYILHNSFFRREIKRRPL---FRSCFIL--LPYLQT--LGGVPTQAPPPL
... . . . . . .. . .. :.. :. : : : . : . :
CCDS58 EKAYLAYCTPGSDGQAATLKFQAGKHNYELDFKA-FVQKNLVYGTTKKVCRRPKYVSP--
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 EATSSSQIICPDGVTSANFYPETW-VYMHPSQDFIQVPVSAEDKSYRIIYNLFHKTVPEF
. ... : : . . :. : :. : .. .:. .. :. ..:::..:.: :
CCDS58 QDVTTMQT-CNTKFPGPKSIPDYWDSSALPDPGFQKITLSSSSEEYQKVWNLFNRTLP-F
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMFGRDRIINERHLFHGTSQDVVDGICKHNFD
: . .: :::: ::: :. .: :... :. ..::.:::::: ::.::..:::
CCDS58 -YFVQKIERVQNLALWEVYQWQKGQMQKQNGGK--AVDERQLFHGTSAIFVDAICQQNFD
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 PRVCGKHATMFGQGSYFAKKASYSHNFSKKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGSHGMRRPPP
:::: :.: .:.:::::. :.:::..::.... .: ::::.::.:... :. .. :::
CCDS58 WRVCGVHGTSYGKGSYFARDAAYSHHYSKSDTQ-THTMFLARVLVGEFVRGNASFVRPP-
590 600 610 620 630
610 620 630 640 650
pF1KB8 VNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFNDDQSYPYFVIQYEEVSNTVSI
.. : .. .:::::.. .:.:::::. : :: .:::: :
CCDS58 AKEG-WSNAFYDSCVNSVSDPSIFVIFEKHQVYPEYVIQYTTSSKPSVTPSILLALGSLF
640 650 660 670 680 690
CCDS58 SSRQ
700
>>CCDS3016.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 (444 aa)
initn: 455 init1: 159 opt: 486 Z-score: 547.0 bits: 111.0 E(32554): 3.8e-24
Smith-Waterman score: 486; 41.1% identity (66.5% similar) in 209 aa overlap (443-648:243-442)
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 PYLQTLGGVPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPSQDFIQVPVSAEDK
.:. :. :: :. :. : : .: . ..
CCDS30 IFQPELLNIFYDSMKKRDLSASLNFQSTFSMTTCNL-PEHWTDMN-HQLFCMVQLEPGQS
220 230 240 250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 SYRIIYNLFHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMFGRDRIINERHLFH
: : . : .: .: : .: :.:: :::..:. ::. :. : :. ::: :::
CCDS30 EYNTIKDKFTRTCS--SYAIEKIERIQNAFLWQSYQVKKRQMDIK---NDHKNNERLLFH
280 290 300 310 320
540 550 560 570 580
pF1KB8 GTSQDVVDGICKHNFDPRVC-GKHATMFGQGSYFAKKASYS--HNFSKKSSKGVHFMFLA
::. : : . .:.:. : : ::.:. .:.:.::: :::: ..:: .:.: . :...
CCDS30 GTDADSVPYVNQHGFN-RSCAGKNAVSYGKGTYFAVDASYSAKDTYSKPDSNGRKHMYVV
330 340 350 360 370 380
590 600 610 620 630 640
pF1KB8 KVLTGRYTMGSHGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFNDDQSYPYFVIQYE
.:::: .: : :. ::: :: . : ::.:: ..: :..::.: :.:.:: ..: .
CCDS30 RVLTGVFTKGRAGLVTPPPKNPHNPT-DLFDSVTNNTRSPKLFVVFFDNQAYPEYLITFT
390 400 410 420 430 440
650
pF1KB8 EVSNTVSI
CCDS30 A
>>CCDS77804.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 (375 aa)
initn: 455 init1: 159 opt: 484 Z-score: 545.9 bits: 110.5 E(32554): 4.3e-24
Smith-Waterman score: 484; 39.2% identity (65.8% similar) in 222 aa overlap (430-648:162-373)
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 KRRPLFRSCFILLPYLQTLGGVPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPS
: . ... : .. ..:. :: :. :.
CCDS77 PGGCLKCKIIIHVPGGKDVRKTVTSVLEECEQRKYTSVSLP-AIGTGNL-PEHWTDMN-H
140 150 160 170 180
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 QDFIQVPVSAEDKSYRIIYNLFHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMF
: : .: . .. : : . : .: .: : .: :.:: :::..:. ::. :. :
CCDS77 QLFCMVQLEPGQSEYNTIKDKFTRTCS--SYAIEKIERIQNAFLWQSYQVKKRQMDIK--
190 200 210 220 230 240
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 GRDRIINERHLFHGTSQDVVDGICKHNFDPRVC-GKHATMFGQGSYFAKKASYS--HNFS
:. ::: :::::. : : . .:.:. : : ::.:. .:.:.::: :::: ..:
CCDS77 -NDHKNNERLLFHGTDADSVPYVNQHGFN-RSCAGKNAVSYGKGTYFAVDASYSAKDTYS
250 260 270 280 290 300
580 590 600 610 620 630
pF1KB8 KKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGSHGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFN
: .:.: . :....:::: .: : :. ::: :: . : ::.:: ..: :..::.:
CCDS77 KPDSNGRKHMYVVRVLTGVFTKGRAGLVTPPPKNPHNPT-DLFDSVTNNTRSPKLFVVFF
310 320 330 340 350 360
640 650
pF1KB8 DDQSYPYFVIQYEEVSNTVSI
:.:.:: ..: .
CCDS77 DNQAYPEYLITFTA
370
>>CCDS77803.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 (483 aa)
initn: 431 init1: 159 opt: 484 Z-score: 544.2 bits: 110.6 E(32554): 5.4e-24
Smith-Waterman score: 484; 39.2% identity (65.8% similar) in 222 aa overlap (430-648:270-481)
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 KRRPLFRSCFILLPYLQTLGGVPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPS
: . ... : .. ..:. :: :. :.
CCDS77 PGGCLKCKIIIHVPGGKDVRKTVTSVLEECEQRKYTSVSLP-AIGTGNL-PEHWTDMN-H
240 250 260 270 280 290
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 QDFIQVPVSAEDKSYRIIYNLFHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMF
: : .: . .. : : . : .: .: : .: :.:: :::..:. ::. :. :
CCDS77 QLFCMVQLEPGQSEYNTIKDKFTRTCS--SYAIEKIERIQNAFLWQSYQVKKRQMDIK--
300 310 320 330 340 350
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 GRDRIINERHLFHGTSQDVVDGICKHNFDPRVC-GKHATMFGQGSYFAKKASYS--HNFS
:. ::: :::::. : : . .:.:. : : ::.:. .:.:.::: :::: ..:
CCDS77 -NDHKNNERLLFHGTDADSVPYVNQHGFN-RSCAGKNAVSYGKGTYFAVDASYSAKDTYS
360 370 380 390 400 410
580 590 600 610 620 630
pF1KB8 KKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGSHGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFN
: .:.: . :....:::: .: : :. ::: :: . : ::.:: ..: :..::.:
CCDS77 KPDSNGRKHMYVVRVLTGVFTKGRAGLVTPPPKNPHNPT-DLFDSVTNNTRSPKLFVVFF
420 430 440 450 460
640 650
pF1KB8 DDQSYPYFVIQYEEVSNTVSI
:.:.:: ..: .
CCDS77 DNQAYPEYLITFTA
470 480
>>CCDS46893.1 PARP15 gene_id:165631|Hs108|chr3 (678 aa)
initn: 457 init1: 159 opt: 486 Z-score: 544.1 bits: 111.0 E(32554): 5.5e-24
Smith-Waterman score: 486; 41.1% identity (66.5% similar) in 209 aa overlap (443-648:477-676)
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 PYLQTLGGVPTQAPPPLEATSSSQIICPDGVTSANFYPETWVYMHPSQDFIQVPVSAEDK
.:. :. :: :. :. : : .: . ..
CCDS46 IFQPELLNIFYDSMKKRDLSASLNFQSTFSMTTCNL-PEHWTDMN-HQLFCMVQLEPGQS
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 SYRIIYNLFHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMNRKMFGRDRIINERHLFH
: : . : .: .: : .: :.:: :::..:. ::. :. : :. ::: :::
CCDS46 EYNTIKDKFTRTCS--SYAIEKIERIQNAFLWQSYQVKKRQMDIK---NDHKNNERLLFH
510 520 530 540 550
540 550 560 570 580
pF1KB8 GTSQDVVDGICKHNFDPRVC-GKHATMFGQGSYFAKKASYS--HNFSKKSSKGVHFMFLA
::. : : . .:.:. : : ::.:. .:.:.::: :::: ..:: .:.: . :...
CCDS46 GTDADSVPYVNQHGFN-RSCAGKNAVSYGKGTYFAVDASYSAKDTYSKPDSNGRKHMYVV
560 570 580 590 600 610
590 600 610 620 630 640
pF1KB8 KVLTGRYTMGSHGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFVIFNDDQSYPYFVIQYE
.:::: .: : :. ::: :: . : ::.:: ..: :..::.: :.:.:: ..: .
CCDS46 RVLTGVFTKGRAGLVTPPPKNPHNPT-DLFDSVTNNTRSPKLFVVFFDNQAYPEYLITFT
620 630 640 650 660 670
650
pF1KB8 EVSNTVSI
CCDS46 A
>>CCDS46894.1 PARP14 gene_id:54625|Hs108|chr3 (1801 aa)
initn: 434 init1: 146 opt: 451 Z-score: 498.0 bits: 103.9 E(32554): 2e-21
Smith-Waterman score: 463; 30.3% identity (58.2% similar) in 347 aa overlap (320-650:1467-1801)
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 ERFYCNPENDRMRMKYGGQEFWADLNAMNVYETTEFDQLRRLSTPPSSNVNSIYHT--VW
.. :...: .:. . :. :. : .
CCDS46 TCVEYAISWLQDLIEKEQCPYTSEDECIKDFDEKEYQELNELQKKLNINI-SLDHKRPLI
1440 1450 1460 1470 1480 1490
350 360 370 380 390
pF1KB8 KFF--CRDHFGWREYPESVI---RLIEEANSRGLKEVRFMMW----NN--HYILHNSFFR
: . :: . :. :..: :: .: .::. .:. : :: : . . . ..
CCDS46 KVLGISRDVMQARDEIEAMIKRVRLAKEQESRADCISEFIEWQYNDNNTSHCFNKMTNLK
1500 1510 1520 1530 1540 1550
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 REIKRRPLFRSCFILLPYLQTLGGVPTQAPPPLEATS-SSQIICPDGVTSANFYPETWVY
: :: .. . . . . .. : . .. : : : . . : : :
CCDS46 LEDARREKKKTVDVKINHRHYTVNLNTYTATDTKGHSLSVQRLTKSKVD----IPAHWSD
1560 1570 1580 1590 1600 1610
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 MHPSQDFIQVPVSAEDKSYRIIYNLFHKTVPEFKYRILQILRVQNQFLWEKYKRKKEYMN
:. .:.: : . : : . . :..: .: :: .: :.:: ::..:. ::. :.
CCDS46 MK-QQNFCVVELLPSDPEYNTVASKFNQTCSHF--RIEKIERIQNPDLWNSYQAKKKTMD
1620 1630 1640 1650 1660
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 RKMFGRDRIINERHLFHGTSQDVVDGICKHNFDPRVCGKHATMFGQGSYFAKKASYSHN-
: . .::..:::::. : . ...:. ::.:. .:.:.::: .:.:: :
CCDS46 AK---NGQTMNEKQLFHGTDAGSVPHVNRNGFNRSYAGKNAVAYGKGTYFAVNANYSAND
1670 1680 1690 1700 1710 1720
580 590 600 610 620 630
pF1KB8 -FSKKSSKGVHFMFLAKVLTGRYTMGSHGMRRPPPVNPGSVTSDLYDSCVDNFFEPQIFV
.:. ...: . .. ..:::: :: :.:.. :: :: . : ::::. .:: .:..::
CCDS46 TYSRPDANGRKHVYYVRVLTGIYTHGNHSLIVPPSKNPQNPT-DLYDTVTDNVHHPSLFV
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640 650
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657 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]