Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8676
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8676, 422 aa
1>>>pF1KB8676 422 - 422 aa - 422 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6436+/-0.00103; mu= 6.4582+/- 0.059
mean_var=293.2523+/-69.782, 0's: 0 Z-trim(111.4): 343 B-trim: 750 in 1/51
Lambda= 0.074895
statistics sampled from 11877 (12359) to 11877 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8629.1 STYK1 gene_id:55359|Hs108|chr12 ( 422) 2811 317.7 1.3e-86
CCDS3354.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 694) 565 75.3 2e-13
CCDS3353.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 806) 565 75.4 2.2e-13
CCDS54706.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 ( 808) 565 75.4 2.2e-13
CCDS43731.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 731) 544 73.1 9.9e-13
CCDS43730.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 733) 544 73.1 9.9e-13
CCDS55221.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 812) 544 73.2 1.1e-12
CCDS55222.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 544 73.2 1.1e-12
CCDS43732.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 820) 544 73.2 1.1e-12
CCDS6107.2 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 822) 544 73.2 1.1e-12
CCDS55223.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 ( 853) 544 73.2 1.1e-12
CCDS78096.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 734) 531 71.7 2.6e-12
CCDS81514.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 593) 526 71.0 3.4e-12
CCDS4411.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 762) 527 71.3 3.6e-12
CCDS4410.1 FGFR4 gene_id:2264|Hs108|chr5 ( 802) 527 71.3 3.7e-12
CCDS44485.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 704) 526 71.1 3.7e-12
CCDS44487.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 705) 526 71.1 3.7e-12
CCDS44486.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 709) 526 71.1 3.8e-12
CCDS73210.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 732) 526 71.2 3.8e-12
CCDS81515.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 819) 526 71.2 4.1e-12
CCDS31298.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 821) 526 71.2 4.1e-12
CCDS7620.2 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 822) 526 71.2 4.1e-12
CCDS44488.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 680) 521 70.6 5.3e-12
CCDS53584.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 707) 521 70.6 5.4e-12
CCDS44489.1 FGFR2 gene_id:2263|Hs108|chr10 ( 769) 521 70.6 5.7e-12
CCDS44283.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 ( 542) 497 67.8 2.8e-11
CCDS35166.1 ABL1 gene_id:25|Hs108|chr9 (1130) 499 68.5 3.7e-11
CCDS35165.1 ABL1 gene_id:25|Hs108|chr9 (1149) 499 68.5 3.7e-11
CCDS482.1 TIE1 gene_id:7075|Hs108|chr1 (1138) 497 68.3 4.3e-11
CCDS58399.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15 ( 817) 493 67.7 4.8e-11
CCDS10340.1 NTRK3 gene_id:4916|Hs108|chr15 ( 825) 493 67.7 4.8e-11
CCDS53435.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1043) 494 67.9 5.1e-11
CCDS53437.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1058) 494 67.9 5.2e-11
CCDS44282.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1064) 494 67.9 5.2e-11
CCDS53438.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1079) 494 67.9 5.2e-11
CCDS53436.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1161) 494 68.0 5.5e-11
CCDS41441.2 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1167) 494 68.0 5.5e-11
CCDS30947.1 ABL2 gene_id:27|Hs108|chr1 (1182) 494 68.0 5.5e-11
>>CCDS8629.1 STYK1 gene_id:55359|Hs108|chr12 (422 aa)
initn: 2811 init1: 2811 opt: 2811 Z-score: 1668.3 bits: 317.7 E(32554): 1.3e-86
Smith-Waterman score: 2811; 99.8% identity (100.0% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGMTRMLLECSLSDKLCVIQEKQYEVIIVPTLLVTIFLILLGVILWLFIREQRTQQQRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 MGMTRMLLECSLSDKLCVIQEKQYEVIIVPTLLVTIFLILLGVILWLFIREQRTQQQRSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PQGIAPVPPPRDLSWEAGHGGNVALPLKETSVENFLGATTPALAKLQVPREQLSEVLEQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 PQGIAPVPPPRDLSWEAGHGGNVALPLKETSVENFLGATTPALAKLQVPREQLSEVLEQI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 CSGSCGPIFRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQYLGKHKNLVQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 CSGSCGPIFRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQYLGKHKNLVQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EGCCTEKLPLYMVLEDVAQGDLLGFLWTCRRDVMTMDGLLYDLTEKQVYHIGKQVLLALE
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 EGCCTEKLPLYMVLEDVAQGDLLSFLWTCRRDVMTMDGLLYDLTEKQVYHIGKQVLLALE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTRGAISSTQTIPLKWLAPERLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 FLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTRGAISSTQTIPLKWLAPERLLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 RPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILEHLQRRKIMKRPSSCTHTMYSIMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 RPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILEHLQRRKIMKRPSSCTHTMYSIMK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIKTADDEAVLQVPELVVPELYAAVAGIRVESLFYNYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 SCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIKTADDEAVLQVPELVVPELYAAVAGIRVESLFYNYS
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 ML
::
CCDS86 ML
>>CCDS3354.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 (694 aa)
initn: 572 init1: 304 opt: 565 Z-score: 354.5 bits: 75.3 E(32554): 2e-13
Smith-Waterman score: 582; 30.7% identity (61.4% similar) in 378 aa overlap (44-396:285-654)
20 30 40 50 60 70
pF1KB8 DKLCVIQEKQYEVIIVPTLLVTIFLILLGVILWLFIREQRTQQQRSGPQGIAPVPPPRDL
: :: .. ... .. ::.: .: .
CCDS33 LQAGLPANQTAVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWL--KHVEVNGSKVGPDG-TPYVTVLKV
260 270 280 290 300 310
80 90 100 110 120
pF1KB8 SWEAGHGGNVALPL-KETSVENFLGATTPALAKLQVP----------REQLSEVLEQICS
: :.. . . :: . . . . : : ...:..: : :.. : . :
CCDS33 SLESNASMSSNTPLVRIARLSSGEGPTLANVSELELPADPKWELSRARLTLGKPLGEGCF
320 330 340 350 360 370
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GSCGPIFRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQYLGKHKNLVQLEG
:. ... .:: .: .: ::. : ....:....... ...:::::...: :
CCDS33 GQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLG
380 390 400 410 420 430
190 200 210 220 230
pF1KB8 CCTEKLPLYMVLEDVAQGDLLGFLWTCRRDVMTMDGLLYD----------LTEKQVYHIG
::. :::...: .:.:.: :: :: :: :. :: :.. .
CCDS33 ACTQGGPLYVLVEYAAKGNLREFL-RARRP----PGLDYSFDTCKPPEEQLTFKDLVSCA
440 450 460 470 480
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KQVLLALEFLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTRGAISSTQT--IPL
:: ..:.: .. .: :.::::.:. : . :. .::: .:.. ..: . .:.
CCDS33 YQVARGMEYLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNLDYYKKTTNGRLPV
490 500 510 520 530 540
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 KWLAPERLLLRPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILEHLQRRKIMKRPSS
::.::: :. : . ..::::::.::.:. :::. ::: .: ... :.. . : .:..
CCDS33 KWMAPEALFDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPAN
550 560 570 580 590 600
360 370 380 390 400
pF1KB8 CTHTMYSIMKSCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIK-TADDEAV-LQVPELVVPELYAAVA
::: .: ::. ::. ..::. ..: :. .. :. :: . :..:
CCDS33 CTHDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTDEYLDLSAPFEQYSPGGQDTP
610 620 630 640 650 660
410 420
pF1KB8 GIRVESLFYNYSML
CCDS33 SSSSSGDDSVFAHDLLPPAPPSSGGSRT
670 680 690
>>CCDS3353.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 (806 aa)
initn: 572 init1: 304 opt: 565 Z-score: 353.8 bits: 75.4 E(32554): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 583; 30.2% identity (60.1% similar) in 391 aa overlap (34-396:381-766)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 TRMLLECSLSDKLCVIQEKQYEVIIVPTLLVTIFLILLGVILWLFIREQRTQQQRSGPQG
: .::..: : . : . .. :
CCDS33 SAWLVVLPAEEELVEADEAGSVYAGILSYGVGFFLFILVVAAVTLCRLRSPPKKGLGSPT
360 370 380 390 400 410
70 80 90 100
pF1KB8 IAPV---PPPRDLSWEAGHGGNVALPL-KETSVENFLGATTPALAKLQVP----------
. . : :..: :.. . . :: . . . . : : ...:..:
CCDS33 VHKISRFPLKRQVSLESNASMSSNTPLVRIARLSSGEGPTLANVSELELPADPKWELSRA
420 430 440 450 460 470
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 REQLSEVLEQICSGSCGPIFRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQ
: :.. : . : :. ... .:: .: .: ::. : ....:....... .
CCDS33 RLTLGKPLGEGCFGQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMK
480 490 500 510 520 530
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 YLGKHKNLVQLEGCCTEKLPLYMVLEDVAQGDLLGFLWTCRRDVMTMDGLLYD-------
..:::::...: : ::. :::...: .:.:.: :: :: :: :.
CCDS33 MIGKHKNIINLLGACTQGGPLYVLVEYAAKGNLREFL-RARRP----PGLDYSFDTCKPP
540 550 560 570 580
230 240 250 260 270
pF1KB8 ---LTEKQVYHIGKQVLLALEFLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTR
:: :.. . :: ..:.: .. .: :.::::.:. : . :. .::: .:..
CCDS33 EEQLTFKDLVSCAYQVARGMEYLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNL
590 600 610 620 630 640
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 GAISSTQT--IPLKWLAPERLLLRPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILE
..: . .:.::.::: :. : . ..::::::.::.:. :::. ::: .: ...
CCDS33 DYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFK
650 660 670 680 690 700
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 HLQRRKIMKRPSSCTHTMYSIMKSCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIK-TADDEAV-LQV
:.. . : .:..::: .: ::. ::. ..::. ..: :. .. :. :: . :..
CCDS33 LLKEGHRMDKPANCTHDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTDEYLDLSA
710 720 730 740 750 760
400 410 420
pF1KB8 PELVVPELYAAVAGIRVESLFYNYSML
:
CCDS33 PFEQYSPGGQDTPSSSSSGDDSVFAHDLLPPAPPSSGGSRT
770 780 790 800
>>CCDS54706.1 FGFR3 gene_id:2261|Hs108|chr4 (808 aa)
initn: 572 init1: 304 opt: 565 Z-score: 353.8 bits: 75.4 E(32554): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 583; 30.2% identity (60.1% similar) in 391 aa overlap (34-396:383-768)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 TRMLLECSLSDKLCVIQEKQYEVIIVPTLLVTIFLILLGVILWLFIREQRTQQQRSGPQG
: .::..: : . : . .. :
CCDS54 LSVHGPRAAEEELVEADEAGSVYAGILSYGVGFFLFILVVAAVTLCRLRSPPKKGLGSPT
360 370 380 390 400 410
70 80 90 100
pF1KB8 IAPV---PPPRDLSWEAGHGGNVALPL-KETSVENFLGATTPALAKLQVP----------
. . : :..: :.. . . :: . . . . : : ...:..:
CCDS54 VHKISRFPLKRQVSLESNASMSSNTPLVRIARLSSGEGPTLANVSELELPADPKWELSRA
420 430 440 450 460 470
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 REQLSEVLEQICSGSCGPIFRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQ
: :.. : . : :. ... .:: .: .: ::. : ....:....... .
CCDS54 RLTLGKPLGEGCFGQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMK
480 490 500 510 520 530
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 YLGKHKNLVQLEGCCTEKLPLYMVLEDVAQGDLLGFLWTCRRDVMTMDGLLYD-------
..:::::...: : ::. :::...: .:.:.: :: :: :: :.
CCDS54 MIGKHKNIINLLGACTQGGPLYVLVEYAAKGNLREFL-RARRP----PGLDYSFDTCKPP
540 550 560 570 580
230 240 250 260 270
pF1KB8 ---LTEKQVYHIGKQVLLALEFLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTR
:: :.. . :: ..:.: .. .: :.::::.:. : . :. .::: .:..
CCDS54 EEQLTFKDLVSCAYQVARGMEYLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNL
590 600 610 620 630 640
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 GAISSTQT--IPLKWLAPERLLLRPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILE
..: . .:.::.::: :. : . ..::::::.::.:. :::. ::: .: ...
CCDS54 DYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFK
650 660 670 680 690 700
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 HLQRRKIMKRPSSCTHTMYSIMKSCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIK-TADDEAV-LQV
:.. . : .:..::: .: ::. ::. ..::. ..: :. .. :. :: . :..
CCDS54 LLKEGHRMDKPANCTHDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTDEYLDLSA
710 720 730 740 750 760
400 410 420
pF1KB8 PELVVPELYAAVAGIRVESLFYNYSML
:
CCDS54 PFEQYSPGGQDTPSSSSSGDDSVFAHDLLPPAPPSSGGSRT
770 780 790 800
>>CCDS43731.1 FGFR1 gene_id:2260|Hs108|chr8 (731 aa)
initn: 526 init1: 297 opt: 544 Z-score: 342.0 bits: 73.1 E(32554): 9.9e-13
Smith-Waterman score: 559; 30.7% identity (64.1% similar) in 309 aa overlap (101-395:375-678)
80 90 100 110 120
pF1KB8 RDLSWEAGHGGNVALPLKETSVENFLGATTPALAKLQVPREQL--SEVLEQICSGSCGPI
: . ..::..: .. : . : :.
CCDS43 SMNSGVLLVRPSRLSSSGTPMLAGVSEYELPEDPRWELPRDRLVLGKPLGEGCFGQVVLA
350 360 370 380 390 400
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FRANMNTGDPSKPKSVILKALKEPAGLHEVQDFLGRIQFHQYLGKHKNLVQLEGCCTEKL
... :.. .: .: :: : ....:....... ...:::::...: : ::.
CCDS43 EAIGLDKDKPNRVTKVAVKMLKSDATEKDLSDLISEMEMMKMIGKHKNIINLLGACTQDG
410 420 430 440 450 460
190 200 210 220 230
pF1KB8 PLYMVLEDVAQGDLLGFLWTCRRDVMTMDGLLY----------DLTEKQVYHIGKQVLLA
:::...: ...:.: .: . :: :: : .:. :.. . :: .
CCDS43 PLYVIVEYASKGNLREYLQA-RRP----PGLEYCYNPSHNPEEQLSSKDLVSCAYQVARG
470 480 490 500 510
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LEFLQEKHLFHGDVAARNILMQSDLTAKLCGLGLAYEVYTRGAISSTQT--IPLKWLAPE
.:.: :. .: :.::::.:. : . :. .::: ... ..: . .:.::.:::
CCDS43 MEYLASKKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDIHHIDYYKKTTNGRLPVKWMAPE
520 530 540 550 560 570
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 RLLLRPASIRADVWSFGILLYEMVTLGAPPYPEVPPTSILEHLQRRKIMKRPSSCTHTMY
:. : . ..::::::.::.:. :::. ::: :: ... :.. . : .::.::. .:
CCDS43 ALFDRIYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGVPVEELFKLLKEGHRMDKPSNCTNELY
580 590 600 610 620 630
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 SIMKSCWRWREADRPSPRELRLRLEAAIKTADDEAVLQVPELVVPELYAAVAGIRVESLF
.:..::. ..::. ..: :. . .... :..
CCDS43 MMMRDCWHAVPSQRPTFKQLVEDLDRIVALTSNQEYLDLSMPLDQYSPSFPDTRSSTCSS
640 650 660 670 680 690
420
pF1KB8 YNYSML
CCDS43 GEDSVFSHEPLPEEPCLPRHPAQLANGGLKRR
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