FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8698, 585 aa 1>>>pF1KB8698 585 - 585 aa - 585 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8111+/-0.00113; mu= -15.1912+/- 0.068 mean_var=407.4791+/-83.252, 0's: 0 Z-trim(114.0): 44 B-trim: 170 in 1/52 Lambda= 0.063536 statistics sampled from 14563 (14601) to 14563 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.449), width: 16 Scan time: 4.090 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 585) 4014 382.2 9.7e-106 CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 588) 3903 372.0 1.1e-102 CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 534) 3671 350.8 2.6e-96 CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 579) 2680 259.9 6.2e-69 CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 529) 2453 239.1 1.1e-62 CCDS13511.1 YTHDF1 gene_id:54915|Hs108|chr20 ( 559) 1472 149.2 1.3e-35 >>CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (585 aa) initn: 4014 init1: 4014 opt: 4014 Z-score: 2011.8 bits: 382.2 E(32554): 9.7e-106 Smith-Waterman score: 4014; 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CCDS41 SWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV- 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ :.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. :: CCDS41 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNP : : .:::::::::.::..: : .. :.: ..... . : :::::::..:::::: CCDS41 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN---GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNP 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB8 KDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFS ::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::.::::: CCDS41 KDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFS 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KB8 VNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDN :::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.: CCDS41 VNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNEN 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KB8 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ :::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::. :.: CCDS41 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK 530 540 550 560 570 >>CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (529 aa) initn: 1198 init1: 1198 opt: 2453 Z-score: 1239.2 bits: 239.1 E(32554): 1.1e-62 Smith-Waterman score: 2472; 67.6% identity (87.0% similar) in 547 aa overlap (52-584:1-529) 30 40 50 60 70 80 pF1KB8 GSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD ::: :.::::.::::: ::::::::::.:: CCDS53 MSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KB8 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTRGS :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: :::::::::::.. :::.::. .: CCDS53 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSS 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DL ::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.:.::...:.:::..::.:. .. CCDS53 QGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEV 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 pF1KB8 TAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNV .. : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.::: :: :::: ::::: :. 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