FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8698, 585 aa
1>>>pF1KB8698 585 - 585 aa - 585 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8111+/-0.00113; mu= -15.1912+/- 0.068
mean_var=407.4791+/-83.252, 0's: 0 Z-trim(114.0): 44 B-trim: 170 in 1/52
Lambda= 0.063536
statistics sampled from 14563 (14601) to 14563 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.449), width: 16
Scan time: 4.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 585) 4014 382.2 9.7e-106
CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 588) 3903 372.0 1.1e-102
CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 ( 534) 3671 350.8 2.6e-96
CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 579) 2680 259.9 6.2e-69
CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 ( 529) 2453 239.1 1.1e-62
CCDS13511.1 YTHDF1 gene_id:54915|Hs108|chr20 ( 559) 1472 149.2 1.3e-35
>>CCDS75747.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (585 aa)
initn: 4014 init1: 4014 opt: 4014 Z-score: 2011.8 bits: 382.2 E(32554): 9.7e-106
Smith-Waterman score: 4014; 99.7% identity (99.7% similar) in 585 aa overlap (1-585:1-585)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSATSVDQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MSATSVDQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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:::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QHGFNFFPGNADFSTWGTSGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VPGISSIEQGMTGLKIGGDLTAAVTKTVGTALSSSGMTSIATNSVPPVSSAAPKPTSWAA
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQTI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQQPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAPRNR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GAGFNQNNGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 SVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB8 EKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
550 560 570 580
>>CCDS75748.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (588 aa)
initn: 3903 init1: 3903 opt: 3903 Z-score: 1956.8 bits: 372.0 E(32554): 1.1e-102
Smith-Waterman score: 3903; 99.6% identity (99.6% similar) in 568 aa overlap (18-585:21-588)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSATSVDQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MFYLDLTLFHRAEETGEESFSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FLGQHGFNFFPGNADFSTWGTRGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDT
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FLGQHGFNFFPGNADFSTWGTSGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 LSKVPGISSIEQGMTGLKIGGDLTAAVTKTVGTALSSSGMTSIATNSVPPVSSAAPKPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LSKVPGISSIEQGMTGLKIGGDLTAAVTKTVGTALSSSGMTSIATNSVPPVSSAAPKPTS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 WAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 WAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 QTIIQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQQPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QTIIQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQQPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAP
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 RNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGR
::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVPVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB8 VFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB8 EMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQE
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580
pF1KB8 VPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
550 560 570 580
>>CCDS75749.1 YTHDF3 gene_id:253943|Hs108|chr8 (534 aa)
initn: 3671 init1: 3671 opt: 3671 Z-score: 1842.5 bits: 350.8 E(32554): 2.6e-96
Smith-Waterman score: 3671; 99.6% identity (99.6% similar) in 534 aa overlap (52-585:1-534)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 GSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTRGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS75 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTSGS
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGGDLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGGDLT
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 AAVTKTVGTALSSSGMTSIATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AAVTKTVGTALSSSGMTSIATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIG
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 GSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQTIIQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQTIIQQPQPLIQPPPLVQSQLPQQ
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQNRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVP
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 VSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCST
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 EHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKF
400 410 420 430 440 450
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 EVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFD
460 470 480 490 500 510
570 580
pF1KB8 DFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DFAHYEKRQEEEEAMRRERNRNKQ
520 530
>>CCDS41296.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (579 aa)
initn: 1976 init1: 1198 opt: 2680 Z-score: 1351.1 bits: 259.9 E(32554): 6.2e-69
Smith-Waterman score: 2699; 67.6% identity (86.8% similar) in 599 aa overlap (1-584:1-579)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MSATSV-DQRPKGQGNKVSVQNGSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPS
:::.:. .::::::::: :::::.::::..:::::::::: :. .:.: ::: :.::
CCDS41 MSASSLLEQRPKGQGNK--VQNGSVHQKDGLNDDDFEPYLSPQARPNNAYTAMSDSYLPS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 YYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGDQPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFL
::.::::: ::::::::::.:: :::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: ::
CCDS41 YYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGDTAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GQHGFNFFPGNADFSTWGTRGSQGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLS
:::::::::.. :::.::. .:::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.
CCDS41 GQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSSQGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KVPGISSIEQGMTGLKIGG-DLTAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPT
:.::...:.:::..::.:. .... : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.
CCDS41 KAPGMNTIDQGMAALKLGSTEVASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SWAAIARKPAKPQPKLKPKGNVGIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLP
::: :: :::: ::::: :. ::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: ..
CCDS41 SWADIASKPAKQQPKLKTKN--GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV-
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB8 PQTIIQ----QPQPLIQP----PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQ
:.: : .:::. : ::..:... :: :: :: : ::: :.. ::
CCDS41 -QNIGQPTQGSPQPVGQQANNSPPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQ
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 QQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNNGAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNP
: : .:::::::::.::..: : .. :.: ..... . : :::::::..::::::
CCDS41 QAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN---GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNP
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 KDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFS
::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::.:::::
CCDS41 KDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDDIHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFS
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 VNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAYAGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDN
:::::::::::::::.::::. :::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:
CCDS41 VNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTCAGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNEN
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIATFKHTTSIFDDFAHYEKRQEEEEAMRRERN-RNKQ
:::::::::::::::::::::::::..::::::::::.::::::::::....::. :.:
CCDS41 KPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLKIIASYKHTTSIFDDFSHYEKRQEEEESVKKERQGRGK
530 540 550 560 570
>>CCDS53287.1 YTHDF2 gene_id:51441|Hs108|chr1 (529 aa)
initn: 1198 init1: 1198 opt: 2453 Z-score: 1239.2 bits: 239.1 E(32554): 1.1e-62
Smith-Waterman score: 2472; 67.6% identity (87.0% similar) in 547 aa overlap (52-584:1-529)
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 GSIHQKDAVNDDDFEPYLSSQTNQSNSYPPMSDPYMPSYYAPSIGFPYSLGEAAWSTAGD
::: :.::::.::::: ::::::::::.::
CCDS53 MSDSYLPSYYSPSIGFSYSLGEAAWSTGGD
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 QPMPYLTTYGQMSNGEHHYIPDGVFSQPGALGNTPPFLGQHGFNFFPGNADFSTWGTRGS
:::::.:::.:::: :..::..:.::::::.:: :::::::::::.. :::.::. .:
CCDS53 TAMPYLTSYGQLSNGEPHFLPDAMFGQPGALGSTP-FLGQHGFNFFPSGIDFSAWGNNSS
40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 QGQSTQSSAYSSSYGYPPSSLGRAITDGQAGFGNDTLSKVPGISSIEQGMTGLKIGG-DL
::::::::.:::.:.: ::::: :. :::..:.:.::.:.::...:.:::..::.:. ..
CCDS53 QGQSTQSSGYSSNYAYAPSSLGGAMIDGQSAFANETLNKAPGMNTIDQGMAALKLGSTEV
90 100 110 120 130 140
210 220 230 240 250
pF1KB8 TAAVTKTVGTALSSSGMTS--IATNSVPPVSSAAPKPTSWAAIARKPAKPQPKLKPKGNV
.. : :.::.:..:...:: .:.::.::.. : :::.::: :: :::: ::::: :.
CCDS53 ASNVPKVVGSAVGSGSITSNIVASNSLPPATIAPPKPASWADIASKPAKQQPKLKTKN--
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GIGGSAVPPPPIKHNMNIGTWDEKGSVVKAPPTQPVLPPQTIIQ----QPQPLIQP----
::.::..:::::::::.:::::.:: :.::: .: .. :.: : .:::. :
CCDS53 GIAGSSLPPPPIKHNMDIGTWDNKGPVAKAP-SQALV--QNIGQPTQGSPQPVGQQANNS
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360
pF1KB8 PPLVQSQLPQQ-QPQPPQPQQQQGPQPQAQPHQVQPQQQQLQ-NRWVAPRNRGAGFNQNN
::..:... :: :: :: : ::: :.. ::: : .:::::::::.::..:
CCDS53 PPVAQASVGQQTQPLPPPP-----PQPA----QLSVQQQAAQPTRWVAPRNRGSGFGHN-
270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GAGSENFGLGVVSVSASPSSVEVHPVLEKLKAINNYNPKDFDWNLKNGRVFIIKSYSEDD
: .. :.: ..... . : :::::::..::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS53 --GVDGNGVGQSQAGSGSTPSEPHPVLEKLRSINNYNPKDFDWNLKHGRVFIIKSYSEDD
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IHRSIKYSIWCSTEHGNKRLDAAYRSLNGKGPLYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSVVDYNAY
:::::::.::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::::::::::.::::.
CCDS53 IHRSIKYNIWCSTEHGNKRLDAAYRSMNGKGPVYLLFSVNGSGHFCGVAEMKSAVDYNTC
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 AGVWSQDKWKGKFEVKWIFVKDVPNNQLRHIRLENNDNKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLK
:::::::::::.:.:.:::::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS53 AGVWSQDKWKGRFDVRWIFVKDVPNSQLRHIRLENNENKPVTNSRDTQEVPLEKAKQVLK
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580
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