FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8706, 490 aa
  1>>>pF1KB8706 490 - 490 aa - 490 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4340+/-0.00107; mu= 17.6190+/- 0.064
 mean_var=65.6914+/-13.356, 0's: 0 Z-trim(103.2): 26  B-trim: 47 in 1/48
 Lambda= 0.158241
 statistics sampled from 7268 (7276) to 7268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.224), width:  16
 Scan time:  3.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5945.1 LMBR1 gene_id:64327|Hs108|chr7          ( 490) 3114 720.1 1.4e-207
CCDS8780.2 LMBR1L gene_id:55716|Hs108|chr12        ( 489) 1902 443.4 2.6e-124
CCDS73466.1 LMBR1L gene_id:55716|Hs108|chr12       ( 469) 1300 305.9   6e-83


>>CCDS5945.1 LMBR1 gene_id:64327|Hs108|chr7               (490 aa)
 initn: 3114 init1: 3114 opt: 3114  Z-score: 3840.5  bits: 720.1 E(32554): 1.4e-207
Smith-Waterman score: 3114; 99.6% identity (100.0% similar) in 490 aa overlap (1-490:1-490)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEGQDEVSAREQHFHSQVRESTICFLLFAILYVVSYFIITRYKRKSDEQEDEDAIVNRIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MEGQDEVSAREQHFHSQVRESTICFLLFAILYVVSYFIITRYKRKSDEQEDEDAIVNRIS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 LFLSTFTLAVSAGAVLLLPFSIISNEILLSFPQNYYIQWLNGSLIHGLWNLASLFSNLCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LFLSTFTLAVSAGAVLLLPFSIISNEILLSFPQNYYIQWLNGSLIHGLWNLASLFSNLCL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FVLMPFAFFFLESEGFAGLKKGIRARILETLVMLLLLALLILGIVWVASALIDNDAASME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 FVLMPFAFFFLESEGFAGLKKGIRARILETLVMLLLLALLILGIVWVASALIDNDAASME
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 SLYDLWEFYLPYLYSCISLMGCLLLLLCTPVGLSRMFTVMGQLLVKPTILEDLDEQIYII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SLYDLWEFYLPYLYSCISLMGCLLLLLCTPVGLSRMFTVMGQLLVKPTILEDLDEQIYII
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 TLEEEALQRRLNGLSSSVEYNIMELEQELENVKTLKTKLERRKKASAWERNLVYPAVMVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 TLEEEALQRRLNGLSSSVEYNIMELEQELENVKTLKTKLERRKKASAWERNLVYPAVMVL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 LLIETSISALLVACNILCLLVDETAMPKGTRGPGIGNASLSTFGFVGAALEIILIFYLMV
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LLIETSISVLLVACNILCLLVDETAMPKGTRGPGIGNASLSTFGFVGAALEIILIFYLMV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 SSVVGFYSLRFFGNFTPKKDDTTMTKIIGNCVSILVLSSALPVMSRTLGITRFDLLGDFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SSVVGFYSLRFFGNFTPKKDDTTMTKIIGNCVSILVLSSALPVMSRTLGITRFDLLGDFG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 RFNWLGNFYIVLSYNLLFAIVTTLCLVRKFASAVREELFKALGLHKLHLPNTSRDSETAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RFNWLGNFYIVLSYNLLFAIVTTLCLVRKFTSAVREELFKALGLHKLHLPNTSRDSETAK
              430       440       450       460       470       480

              490
pF1KB8 PSVNGHQKAL
       ::::::::::
CCDS59 PSVNGHQKAL
              490

>>CCDS8780.2 LMBR1L gene_id:55716|Hs108|chr12             (489 aa)
 initn: 1783 init1: 978 opt: 1902  Z-score: 2345.1  bits: 443.4 E(32554): 2.6e-124
Smith-Waterman score: 1902; 61.3% identity (84.2% similar) in 475 aa overlap (1-470:1-475)

                 10        20        30        40          50      
pF1KB8 MEGQD-EV-SAREQHFHSQVRESTICFLLFAILYVVSYFIITRYKRKSDEQ--EDEDAIV
       ::. : :: :.::: :: ..::  :  :::: ::.. ....::.:. ..    .:::: :
CCDS87 MEAPDYEVLSVREQLFHERIRECIISTLLFATLYILCHIFLTRFKKPAEFTTVDDEDATV
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB8 NRISLFLSTFTLAVSAGAVLLLPFSIISNEILLSFPQNYYIQWLNGSLIHGLWNLASLFS
       :.:.: : :::::.. ::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::. :::
CCDS87 NKIALELCTFTLAIALGAVLLLPFSIISNEVLLSLPRNYYIQWLNGSLIHGLWNLVFLFS
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB8 NLCLFVLMPFAFFFLESEGFAGLKKGIRARILETLVMLLLLALLILGIVWVASALIDNDA
       :: :. :::::.:: ::::::: .::. .:. ::.:::.::.::.::.::::::..:.. 
CCDS87 NLSLIFLMPFAYFFTESEGFAGSRKGVLGRVYETVVMLMLLTLLVLGMVWVASAIVDKNK
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB8 ASMESLYDLWEFYLPYLYSCISLMGCLLLLLCTPVGLSRMFTVMGQLLVKPTILEDLDEQ
       :. :::::.::.::::::::::..: ::::.:::.::.:::.: :.::::: .::::.::
CCDS87 ANRESLYDFWEYYLPYLYSCISFLGVLLLLVCTPLGLARMFSVTGKLLVKPRLLEDLEEQ
              190       200       210       220       230       240

        240       250        260       270       280       290     
pF1KB8 IYIITLEEEALQRRL-NGLSSSVEYNIMELEQELENVKTLKTKLERRKKASAWERNLVYP
       .:  ..:: :: ::. :  :  .  ..  :....  ..: .. ::.:.:::::.::: ::
CCDS87 LYCSAFEEAALTRRICNPTSCWLPLDMELLHRQVLALQTQRVLLEKRRKASAWQRNLGYP
              250       260       270       280       290       300

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB8 AVMVLLLIETSISALLVACNILCLLVDETAMPKGTRGPGIGNASLSTFGFVGAALEIILI
        .:. ::. :..:.:.:: .:: ::.::.:::.: .: ..:..:.: .:  ::.....::
CCDS87 LAMLCLLVLTGLSVLIVAIHILELLIDEAAMPRGMQGTSLGQVSFSKLGSFGAVIQVVLI
              310       320       330       340       350       360

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB8 FYLMVSSVVGFYSLRFFGNFTPKKDDTTMTKIIGNCVSILVLSSALPVMSRTLGITRFDL
       :::::::::::::  .: .. :.  ::.::.:::::: .:::::::::.:::::.:::::
CCDS87 FYLMVSSVVGFYSSPLFRSLRPRWHDTAMTQIIGNCVCLLVLSSALPVFSRTLGLTRFDL
              370       380       390       400       410       420

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB8 LGDFGRFNWLGNFYIVLSYNLLFAIVTTLCLVRKFASAVREELFKALGLHKLHLPNTSRD
       ::::::::::::::::. ::  :: .::::::. :..::: ::..:.:: .: ::     
CCDS87 LGDFGRFNWLGNFYIVFLYNAAFAGLTTLCLVKTFTAAVRAELIRAFGLDRLPLPVSGFP
              430       440       450       460       470       480

         480       490
pF1KB8 SETAKPSVNGHQKAL
                      
CCDS87 QASRKTQHQ      
                      

>>CCDS73466.1 LMBR1L gene_id:55716|Hs108|chr12            (469 aa)
 initn: 1714 init1: 978 opt: 1300  Z-score: 1602.7  bits: 305.9 E(32554): 6e-83
Smith-Waterman score: 1808; 59.8% identity (81.1% similar) in 475 aa overlap (1-470:1-455)

                 10        20        30        40          50      
pF1KB8 MEGQD-EV-SAREQHFHSQVRESTICFLLFAILYVVSYFIITRYKRKSDEQ--EDEDAIV
       ::. : :: :.::: :: ..::  :  :::: ::.. ....::.:. ..    .:::: :
CCDS73 MEAPDYEVLSVREQLFHERIRECIISTLLFATLYILCHIFLTRFKKPAEFTTVDDEDATV
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB8 NRISLFLSTFTLAVSAGAVLLLPFSIISNEILLSFPQNYYIQWLNGSLIHGLWNLASLFS
       :.:.: : :::::.. ::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::. :::
CCDS73 NKIALELCTFTLAIALGAVLLLPFSIISNEVLLSLPRNYYIQWLNGSLIHGLWNLVFLFS
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB8 NLCLFVLMPFAFFFLESEGFAGLKKGIRARILETLVMLLLLALLILGIVWVASALIDNDA
       :: :. :::::.:: ::::::: .::. .:. ::.:::.::.::.::.::::::..:.. 
CCDS73 NLSLIFLMPFAYFFTESEGFAGSRKGVLGRVYETVVMLMLLTLLVLGMVWVASAIVDKNK
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB8 ASMESLYDLWEFYLPYLYSCISLMGCLLLLLCTPVGLSRMFTVMGQLLVKPTILEDLDEQ
       :. :::::.::.::::::::::..: ::::.:::.::.:::.: :.::::: .::::.::
CCDS73 ANRESLYDFWEYYLPYLYSCISFLGVLLLLVCTPLGLARMFSVTGKLLVKPRLLEDLEEQ
              190       200       210       220       230       240

        240       250        260       270       280       290     
pF1KB8 IYIITLEEEALQRRL-NGLSSSVEYNIMELEQELENVKTLKTKLERRKKASAWERNLVYP
       .:  ..:: :: ::. :  :  .  ..  :....  ..: .. ::.:.:::::.::: ::
CCDS73 LYCSAFEEAALTRRICNPTSCWLPLDMELLHRQVLALQTQRVLLEKRRKASAWQRNLGYP
              250       260       270       280       290       300

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB8 AVMVLLLIETSISALLVACNILCLLVDETAMPKGTRGPGIGNASLSTFGFVGAALEIILI
        .:. ::. :..:.:.:: .:: ::.::.:::.:                    ....::
CCDS73 LAMLCLLVLTGLSVLIVAIHILELLIDEAAMPRG--------------------MQVVLI
              310       320       330                           340

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB8 FYLMVSSVVGFYSLRFFGNFTPKKDDTTMTKIIGNCVSILVLSSALPVMSRTLGITRFDL
       :::::::::::::  .: .. :.  ::.::.:::::: .:::::::::.:::::.:::::
CCDS73 FYLMVSSVVGFYSSPLFRSLRPRWHDTAMTQIIGNCVCLLVLSSALPVFSRTLGLTRFDL
              350       360       370       380       390       400

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB8 LGDFGRFNWLGNFYIVLSYNLLFAIVTTLCLVRKFASAVREELFKALGLHKLHLPNTSRD
       ::::::::::::::::. ::  :: .::::::. :..::: ::..:.:: .: ::     
CCDS73 LGDFGRFNWLGNFYIVFLYNAAFAGLTTLCLVKTFTAAVRAELIRAFGLDRLPLPVSGFP
              410       420       430       440       450       460

         480       490
pF1KB8 SETAKPSVNGHQKAL
                      
CCDS73 QASRKTQHQ      
                      




490 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 14:46:57 2016 done: Fri Nov  4 14:46:58 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]