FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8733, 488 aa
1>>>pF1KB8733 488 - 488 aa - 488 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8387+/-0.000544; mu= -2.5416+/- 0.033
mean_var=310.8356+/-64.144, 0's: 0 Z-trim(117.4): 275 B-trim: 1401 in 1/54
Lambda= 0.072746
statistics sampled from 28996 (29292) to 28996 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 10.690
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 3292 359.6 1.1e-98
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 1786 201.6 4.5e-51
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 1225 142.7 2.2e-33
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 1156 135.4 3.4e-31
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 1149 134.7 5.6e-31
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 1133 133.0 1.8e-30
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1086 128.1 5.5e-29
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1086 128.1 5.5e-29
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 1086 128.1 5.5e-29
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 1086 128.1 5.5e-29
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 1086 128.1 5.5e-29
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 997 118.7 3.4e-26
NP_892030 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 500) 934 112.1 3.6e-24
NP_291027 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 630) 869 105.4 4.8e-22
NP_060677 (OMIM: 616755) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 862 104.6 6.6e-22
XP_016857118 (OMIM: 616755) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 555) 861 104.5 7.9e-22
NP_001268380 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 487) 812 99.3 2.5e-20
NP_835226 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein liga ( 487) 812 99.3 2.5e-20
XP_011514091 (OMIM: 612548) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 486) 808 98.9 3.4e-20
NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 808 98.9 3.4e-20
XP_006714995 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 520) 807 98.8 3.8e-20
XP_006714992 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 543) 807 98.8 4e-20
NP_963921 (OMIM: 610530) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 788 96.8 1.5e-19
XP_006714993 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 541) 788 96.9 1.6e-19
XP_006714994 (OMIM: 610530) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 525) 784 96.4 2.1e-19
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 769 94.8 6.1e-19
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 760 93.9 1.1e-18
NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 704 87.9 5.7e-17
NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 704 88.0 6.5e-17
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 690 86.5 1.8e-16
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 689 86.4 1.9e-16
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 684 85.9 2.8e-16
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 684 85.9 2.8e-16
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 671 84.5 7.3e-16
NP_741983 (OMIM: 617007) tripartite motif-containi ( 493) 670 84.4 7.9e-16
NP_542783 (OMIM: 616017) E3 ubiquitin-protein liga ( 341) 663 83.5 1e-15
XP_016878725 (OMIM: 134610,249100,608107) PREDICTE ( 780) 669 84.5 1.2e-15
XP_011512527 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 413) 660 83.3 1.4e-15
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 658 83.0 1.5e-15
NP_000234 (OMIM: 134610,249100,608107) pyrin isofo ( 781) 666 84.2 1.5e-15
NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 661 83.5 1.5e-15
XP_011512525 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 660 83.4 1.6e-15
XP_011512523 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 660 83.4 1.6e-15
XP_011512524 (OMIM: 605701) PREDICTED: tripartite ( 499) 660 83.4 1.6e-15
NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein l ( 262) 650 82.1 2.1e-15
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 656 83.0 2.2e-15
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 656 83.0 2.2e-15
XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 648 81.9 2.5e-15
XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 648 81.9 2.5e-15
XP_011538873 (OMIM: 111620,111750,609017) PREDICTE ( 468) 651 82.4 3e-15
>>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa)
initn: 3292 init1: 3292 opt: 3292 Z-score: 1892.4 bits: 359.6 E(85289): 1.1e-98
Smith-Waterman score: 3292; 100.0% identity (100.0% similar) in 488 aa overlap (1-488:1-488)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 ILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 GRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_742 IKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLT
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IRPPTDWE
::::::::
NP_742 IRPPTDWE
>>NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (518 aa)
initn: 1786 init1: 1786 opt: 1786 Z-score: 1037.9 bits: 201.6 E(85289): 4.5e-51
Smith-Waterman score: 3222; 94.2% identity (94.2% similar) in 518 aa overlap (1-488:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEK------------------------------CE
:::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_067 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKNIPRKFGGSLSTICPRDHKALLGLVKEINRCE
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 KVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 KVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVK
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 FVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 FVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGEL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 TPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 TPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHI
430 440 450 460 470 480
460 470 480
pF1KB8 YTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLTIRPPTDWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 YTFTDTFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLTIRPPTDWE
490 500 510
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 1218 init1: 470 opt: 1225 Z-score: 720.2 bits: 142.7 E(85289): 2.2e-33
Smith-Waterman score: 1225; 41.8% identity (69.9% similar) in 471 aa overlap (15-483:2-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
..:: : . :..: .::. . ::: :::::.::. ::.. .
NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKG-
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
:::::. ..:::::::..::. :... :. . : : : : ::: .
NP_003 -GGSVCPVCRQRFLLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
: .:.: .:: :. :: :..:::..:.:::.:::: : :..: . . . : .
NP_003 DGKALCWVCAQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQELAEKLEVEIAIKRA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
. :. ::.....: :: . . : ::.: :..::..:.. :. : :. :.:... . :
NP_003 DWKKTVETQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQAL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRK
.: .:.. .: .:..:.:..: .::. :. . .. .: :: .. . : .:.:
NP_003 QELISELDRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPEL-RSVCHVP----GLKK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTS
.:. . .::::.::.: :.:::::..:.. .:. ...: . .:: :: ::... : :
NP_003 MLRTCAVHITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQ-QSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHS
290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTPLH
:.:::::.: : : .::::::: :::.. ..:.: . ::: .:: : : : ::::
NP_003 GKHYWEVDVTGKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLH
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KB8 IKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDR-SHIYTFTD-TFTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAP
..: : .:::::::::: .::::.::. : ::.:.. .:: : :.: ::. : ::.::
NP_003 LQVPPCQVGIFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAP
400 410 420 430 440 450
480
pF1KB8 LTIRPPTDWE
::. :
NP_003 LTLCPLNIGSQGSTDY
460 470
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 1242 init1: 484 opt: 1156 Z-score: 681.1 bits: 135.4 E(85289): 3.4e-31
Smith-Waterman score: 1308; 45.1% identity (71.2% similar) in 466 aa overlap (22-483:9-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
::: ::.:..::.:. .::. .::::::. :: : : .
NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESLCPQHHEALSLFCYE
: . :: ::. : :.::::: :..:.:.:..:. . ...:: :.: :. :: .
NP_660 EGPYACPECRELSPQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSP--VPQGVCPAHREPLAAFCGD
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
. . .: : : : :: : ::.::... : ::.: :: :....:. ... ..
NP_660 ELRLLCAACERSGEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLGDKRRDL
...:::.::..: :::.:.: : ::.: ::.:::::: ..: ::::.:::::.. :
NP_660 LWQKMVESQRQNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 AHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQYFALRK
:.: ::.::.: .. .:.:.:..:.. . :: . : .:: .. : .: .
NP_660 AELIAELEGRCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMEL-RTVCRVP----GLVE
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLATEGFTS
:... .::::::.::.:.:.:::::.::. . : . :::.:.:: ::::. : :::
NP_660 TLRRFRGDVTLDPDTANPELILSEDRRSVQRGDLR-QALPDSPERFDPGPCVLGQERFTS
290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KB8 GRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRK--GELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAATTTPFTP
:::::::::::.: ::.::::..:.:: :::. .:.: . .. :. : .. ..:
NP_660 GRHYWEVEVGDRTSWALGVCRENVNRKEKGELSA--GNGFW-ILVFLGSYYNSSERALAP
340 350 360 370 380 390
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480
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460
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pF1KB8 PLTI-RPPTDWE
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XP_016 PMTICRPKGGSGDTLAPQ
450 460
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pF1KB8 HLGDKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNF
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pF1KB8 VLATEGFTSGRHYWEVEV---GDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDK
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NP_001 YLSTFSALTPVMLMEPPSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCL
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pF1KB8 GI-RAGRKNAAPLTIRPPTDWE
: ..:. . .:.
NP_001 GAPKSGQMVISTVTMWVKG
460 470
>>NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein ligase T (477 aa)
initn: 1113 init1: 417 opt: 1086 Z-score: 641.3 bits: 128.1 E(85289): 5.5e-29
Smith-Waterman score: 1086; 37.8% identity (66.6% similar) in 473 aa overlap (23-481:10-473)
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pF1KB8 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
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NP_057 EPLKLFCQKDQSPICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNL
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pF1KB8 KSSEEKKPGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAA
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NP_057 PGQIEVLRGFLEDVVPDAT----SAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPC
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