Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8758
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8758, 201 aa
1>>>pF1KB8758 201 - 201 aa - 201 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5677+/-0.00091; mu= 11.5331+/- 0.055
mean_var=76.4960+/-15.824, 0's: 0 Z-trim(107.2): 205 B-trim: 283 in 1/50
Lambda= 0.146641
statistics sampled from 9198 (9432) to 9198 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 1.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 1353 295.5 1.5e-80
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 1072 236.0 1.2e-62
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 688 154.8 3.4e-38
CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 ( 199) 508 116.7 9.6e-27
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 472 109.1 2e-24
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 436 101.5 4e-22
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 433 100.8 5.8e-22
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 432 100.6 6.8e-22
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 431 100.4 8e-22
CCDS1459.1 RAB29 gene_id:8934|Hs108|chr1 ( 203) 429 100.0 1.1e-21
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 425 99.1 1.9e-21
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 424 98.9 2.2e-21
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 420 98.1 3.9e-21
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 420 98.1 4e-21
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 420 98.1 4.1e-21
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 416 97.3 7.4e-21
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 412 96.4 1.3e-20
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 408 95.6 2.3e-20
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 407 95.4 2.8e-20
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 408 95.6 2.8e-20
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 404 94.7 4.1e-20
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 404 94.7 4.5e-20
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 403 94.5 4.6e-20
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 403 94.5 5.1e-20
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 403 94.5 5.2e-20
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 401 94.1 6.1e-20
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 399 93.7 9e-20
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 396 93.0 1.4e-19
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 390 91.8 3.4e-19
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 389 91.5 3.5e-19
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 386 90.9 6e-19
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 386 90.9 6.1e-19
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 385 90.7 6.9e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 381 89.8 9.6e-19
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 382 90.1 1.1e-18
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 381 89.9 1.3e-18
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 381 89.9 1.3e-18
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 381 89.9 1.4e-18
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 387 91.5 1.4e-18
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 380 89.6 1.4e-18
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 378 89.2 2e-18
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 377 89.0 2.1e-18
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 372 87.9 4.6e-18
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 368 87.1 8.4e-18
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 366 86.7 1.2e-17
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 365 86.5 1.3e-17
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 363 86.0 1.7e-17
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 363 86.1 1.9e-17
CCDS9485.1 RAP2A gene_id:5911|Hs108|chr13 ( 183) 361 85.6 2.1e-17
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 361 85.6 2.4e-17
>>CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 1353 init1: 1353 opt: 1353 Z-score: 1559.7 bits: 295.5 E(32554): 1.5e-80
Smith-Waterman score: 1353; 100.0% identity (100.0% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 WDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 WDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRSD
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 HLIQTDTVNLHRKPKPSSSCC
:::::::::::::::::::::
CCDS14 HLIQTDTVNLHRKPKPSSSCC
190 200
>>CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX (201 aa)
initn: 1072 init1: 1072 opt: 1072 Z-score: 1238.4 bits: 236.0 E(32554): 1.2e-62
Smith-Waterman score: 1072; 76.1% identity (91.5% similar) in 201 aa overlap (1-201:1-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQI
:.::: :.:::::::::::::::::::::::::.: ::::::::::.::::::.:::.::
CCDS14 MSGKSLLLKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDSQAFHTIGVEFLNRDLEVDGRFVTLQI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 WDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPFV
:::::::::.:::::::::.::::::::::: :::.::.::.::::::::::.:: ::::
CCDS14 WDTAGQERFKSLRTPFYRGADCCLLTFSVDDRQSFENLGNWQKEFIYYADVKDPEHFPFV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRSD
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CCDS14 VLGNKVDKEDRQVTTEEAQTWCMENGDYPYLETSAKDDTNVTVAFEEAVRQVLAVEEQLE
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB8 HLIQTDTVNLHRKPKPSSSCC
: . :..:. : .::::
CCDS14 HCMLGHTIDLNSGSKAGSSCC
190 200
>>CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 (207 aa)
initn: 675 init1: 675 opt: 688 Z-score: 799.2 bits: 154.8 E(32554): 3.4e-38
Smith-Waterman score: 688; 50.7% identity (79.6% similar) in 201 aa overlap (4-201:5-205)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQ
:. :.:::.:::.::::.::::.::..::..: :::..::.:.. :: ..::::
CCDS30 MTSRKKVLLKVIILGDSGVGKTSLMNQYVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPF
::::::::::.:: . ::::.:::.:.:.: ..:..:..:. ::. :. ..::.:::
CCDS30 IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVFDVTAPNTFKTLDSWRDEFLIQASPRDPENFPF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDRS
:.::::::. .:::.:..::::: .... ::::::::.: :: ::. .: .: : .
CCDS30 VVLGNKIDLENRQVATKRAQAWCYSKNNIPYFETSAKEAINVEQAFQTIARNALKQETEV
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB8 DHLIQ-TDTVNLHR--KPKPSSSCC
. . . ..: . . : :. :
CCDS30 ELYNEFPEPIKLDKNDRAKASAESCSC
190 200
>>CCDS73011.1 RAB7B gene_id:338382|Hs108|chr1 (199 aa)
initn: 451 init1: 271 opt: 508 Z-score: 593.6 bits: 116.7 E(32554): 9.6e-27
Smith-Waterman score: 508; 42.6% identity (70.6% similar) in 197 aa overlap (8-201:9-199)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQ
.:.:..: ::::.::...:: . : . :.:. .:.: . . . .:
CCDS73 MNPRKKVDLKLIIVGAIGVGKTSLLHQYVHKTFYEEYQTTLGASILSKIIILGDTTLKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFPF
::::.:::::::. . ::.::: :.:.:.: : .::. :. :. . . : .:.:.
CCDS73 IWDTGGQERFRSMVSTFYKGSDGCILAFDVTDLESFEALDIWRGD-VLAKIVPMEQSYPM
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VILGNKIDISERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATEDR-
:.::::::...:.: : ::.:::.. : ::::.:::. ::. ::: . :.:. .
CCDS73 VLLGNKIDLADRKVPQEVAQGWCREK-DIPYFEVSAKNDINVVQAFEMLASRALSRYQSI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 -SDHLIQTDTVNLHRKPKPSSS-CC
.:: :....: .: : : ::
CCDS73 LENHL--TESIKL--SPDQSRSRCC
180 190
>>CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 (216 aa)
initn: 469 init1: 343 opt: 472 Z-score: 551.9 bits: 109.1 E(32554): 2e-24
Smith-Waterman score: 472; 38.9% identity (69.2% similar) in 208 aa overlap (7-201:11-213)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFV
::::.:.::.:::::.:..:.. :.:. . :::::: .....:::. .
CCDS10 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TMQIWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPES
::::::::::.:.. . .:::. ::.... ...:. : ::. .:: .
CCDS10 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHAD----SN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FPFVILGNKIDISE-RQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEA---VRRV
. ....::: :. . : : :.::.:. . :: ..:::: :.::: :::. . :.
CCDS10 IVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNG-LSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEIYRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 LATE---DR--SDHLIQTDTVNLHRKP----KPSSSCC
.. . :: .: ....: .: : ::. .::
CCDS10 VSQKQMSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI
180 190 200 210
>>CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 (218 aa)
initn: 406 init1: 343 opt: 436 Z-score: 510.7 bits: 101.5 E(32554): 4e-22
Smith-Waterman score: 441; 37.1% identity (69.0% similar) in 210 aa overlap (7-201:11-215)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFV
::::.:.::.:::::.:..:.. :.:. . :::::: .....:::. .
CCDS12 MGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 TMQIWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPES
::::::::::.:.. . .:::. ::.... ...:. : ::. .:: .
CCDS12 KAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHAD----SN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FPFVILGNKIDISE-RQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEA---VRRV
. ....::: :. . : : :.::.:. . : . ..:::: :.::: ::.. . :.
CCDS12 IVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKN-NLSFIETSALDSTNVEEAFKNILTEIYRI
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 LATE---DRSDHLIQ--TDTVNLHRKP-----KPSS-SCC
.. . ::. : . ...:.. : ::.. .::
CCDS12 VSQKQIADRAAHDESPGNNVVDISVPPTTDGQKPNKLQCCQNL
180 190 200 210
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 399 init1: 325 opt: 433 Z-score: 507.7 bits: 100.8 E(32554): 5.8e-22
Smith-Waterman score: 433; 35.5% identity (68.0% similar) in 200 aa overlap (7-201:8-200)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTMQ
:::..:.::.::::. :. :.. ..:.. . :::..: . ....:. . .:
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 IWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPES--F
.:::::::::... : .:::. .:.... : .::.:..:: : ..:: :
CCDS10 VWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMK------SIKENASAGV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PFVILGNKIDI-SERQVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATE
..:::: :. ..:.:. :.:. :..: .::::::.. :: :: .: .:
CCDS10 ERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHG-IRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKS
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 D--RSDHLIQTDTVNLHRKPKPSSSCC
:: . . ...:. : ... :
CCDS10 GGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 403 init1: 317 opt: 432 Z-score: 506.6 bits: 100.6 E(32554): 6.8e-22
Smith-Waterman score: 432; 38.9% identity (67.7% similar) in 198 aa overlap (7-201:9-200)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAGKSSLFKVILLGDGGVGKSSLMNRYVTNKFDTQLFHTIGVEFLNKDLEVDGHFVTM
:::..:.:..::::. :. :.. . : ::::.:. : .:..:. : .
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 QIWDTAGQERFRSLRTPFYRGSDCCLLTFSVDDSQSFQNLSNWKKEFIYYADVKEPESFP
:::::::::::::. .::... .::... .::. : .: .:. ::. :
CCDS82 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNK----VI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 FVILGNKIDISER-QVSTEEAQAWCRDNGDYPYFETSAKDATNVAAAFEEAVRRVLATED
:..:::::..:: .:: ..:. . . :. :.:::::.. :: : . . : : .:
CCDS82 TVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFS-EAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACR-LISEA
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB8 RSDHLIQTDTVNLHRKPKPSS--SCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]