FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8776, 541 aa
1>>>pF1KB8776 541 - 541 aa - 541 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1151+/-0.00148; mu= 10.9280+/- 0.087
mean_var=235.4209+/-47.931, 0's: 0 Z-trim(106.3): 948 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.083590
statistics sampled from 7873 (8894) to 7873 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS46169.1 ZNF665 gene_id:79788|Hs108|chr19 ( 678) 1679 216.8 6.7e-56
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CCDS62708.1 ZNF180 gene_id:7733|Hs108|chr19 ( 667) 1675 216.3 9.3e-56
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CCDS56092.1 ZNF568 gene_id:374900|Hs108|chr19 ( 580) 1660 214.4 3e-55
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CCDS46102.1 ZNF226 gene_id:7769|Hs108|chr19 ( 803) 1639 212.0 2.1e-54
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CCDS35235.1 ZNF182 gene_id:7569|Hs108|chrX ( 620) 1632 211.0 3.2e-54
CCDS35236.1 ZNF182 gene_id:7569|Hs108|chrX ( 639) 1632 211.1 3.3e-54
CCDS31940.1 ZNF84 gene_id:7637|Hs108|chr12 ( 738) 1630 210.9 4.2e-54
CCDS33093.2 ZNF28 gene_id:7576|Hs108|chr19 ( 718) 1626 210.4 5.8e-54
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CCDS33091.1 ZNF528 gene_id:84436|Hs108|chr19 ( 628) 1611 208.5 1.9e-53
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CCDS12505.1 ZNF571 gene_id:51276|Hs108|chr19 ( 609) 1602 207.4 3.9e-53
CCDS46172.1 ZNF813 gene_id:126017|Hs108|chr19 ( 617) 1602 207.4 4e-53
CCDS82388.1 ZNF841 gene_id:284371|Hs108|chr19 ( 808) 1603 207.7 4.3e-53
CCDS46161.1 ZNF841 gene_id:284371|Hs108|chr19 ( 924) 1603 207.8 4.6e-53
CCDS46170.1 ZNF845 gene_id:91664|Hs108|chr19 ( 970) 1603 207.8 4.8e-53
>>CCDS12972.1 ZNF329 gene_id:79673|Hs108|chr19 (541 aa)
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Smith-Waterman score: 3864; 100.0% identity (100.0% similar) in 541 aa overlap (1-541:1-541)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTREVPCLSSLGDGWDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTREVPCLSSLGDGWDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 EAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRVLATNGFHAPDSNVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRVLATNGFHAPDSNVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DSDACGKGFNHSMEVIHGRNPVREKPYKYPESVKSFNHFTSLGHQKIMKRGKKSYEGKNF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQYRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQYRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SKNYNLIVHQRIHTGEKPYECSKCGKAFSDGSALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SKNYNLIVHQRIHTGEKPYECSKCGKAFSDGSALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SLILHQRTHTGEKPYRCNECGKPFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SLILHQRTHTGEKPYRCNECGKPFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQ
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370 380 390 400 410 420
pF1KB8 HERTHTGEKPFECAECGKSFNRNSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HERTHTGEKPFECAECGKSFNRNSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 HTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGLIRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGLIRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKE
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pF1KB8 TPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQRLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQRLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPME
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 T
:
CCDS12 T
>>CCDS74472.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 (616 aa)
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10 20
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
..:.. ... :. . :::: .
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30 40 50 60 70 80
pF1KB8 PCLSSLGDG---WDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQEAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRV
: . .: :.::. :. :.: : . : . ::::.. . ::: .
CCDS74 YCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQW-QRNGFGENISLNPDLPHQP--
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90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LATNGFHAPDS-NVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTGDSDACGKGFNHSMEVI-HGRNPVR
: ..: . .. : : : :. . .. . :::.:.:: .: : :. .
CCDS74 -MTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTG
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EKPYKYPESVKSFNHFTSLG-HQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQ
:.::. : .:.: . ..: ::.: . :.: :. . :. . : ..::. :::
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pF1KB8 YRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECS
:.:.:::: :. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:.
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.:::::: .:.::.::::::::::::: ::::.:.. . :: :::::::::::.:.::::
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330 340 350 360 370 380
pF1KB8 PFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNR
:.. . :: : ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: .
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pF1KB8 NSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGL
..:: ::.::.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: :
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:.::: :::::::::::::.:: .:: : .:::::::: :: : ::::::...: :. :.
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510 520 530 540
pF1KB8 RLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPMET
: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
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560 570 580 590 600 610
CCDS74 G
>>CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 (658 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 50.0% identity (72.2% similar) in 546 aa overlap (1-538:93-633)
10 20
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
..:.. ... :. . :::: .
CCDS74 ISLLEQEAELWAVESRLPQGVYPDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLW
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pF1KB8 PCLSSLGDG---WDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQEAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRV
: . .: :.::. :. :.: : . : . ::::.. . ::: .
CCDS74 YCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQW-QRNGFGENISLNPDLPHQP--
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90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LATNGFHAPDS-NVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTGDSDACGKGFNHSMEVI-HGRNPVR
: ..: . .. : : : :. . .. . :::.:.:: .: : :. .
CCDS74 -MTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTG
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EKPYKYPESVKSFNHFTSLG-HQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQ
:.::. : .:.: . ..: ::.: . :.: :. . :. . : ..::. :::
CCDS74 ERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRI-HTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKP
240 250 260 270 280 290
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 YRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECS
:.:.:::: :. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:.
CCDS74 YECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCG
300 310 320 330 340 350
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pF1KB8 KCGKAFSDGSALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNSSLILHQRTHTGEKPYRCNECGK
.:::::: .:.::.::::::::::::: ::::.:.. . :: :::::::::::.:.::::
CCDS74 ECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGK
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pF1KB8 PFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNR
:.. . :: : ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: .
CCDS74 AFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQ
420 430 440 450 460 470
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 NSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGL
..:: ::.::.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: :
CCDS74 STHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPL
480 490 500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 IRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKETPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQ
:.::: :::::::::::::.:: .:: : .:::::::: :: : ::::::...: :. :.
CCDS74 IQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHE
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pF1KB8 RLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPMET
: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
CCDS74 RTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHT
600 610 620 630 640 650
CCDS74 G
>>CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 (670 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 50.0% identity (72.2% similar) in 546 aa overlap (1-538:105-645)
10 20
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
..:.. ... :. . :::: .
CCDS12 VESRLPQGVYPEIKGHFQFLLLSDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLW
80 90 100 110 120 130
30 40 50 60 70 80
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: . .: :.::. :. :.: : . : . ::::.. . ::: .
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: ..: . .. : : : :. . .. . :::.:.:: .: : :. .
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200 210 220 230 240 250
150 160 170 180 190 200
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:.:.:::: :. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:.
CCDS12 YECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCG
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330 340 350 360 370 380
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:.. . :: : ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: .
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..:: ::.::.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: :
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: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
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CCDS12 G
670
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10 20
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CCDS54 YECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCG
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: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
CCDS54 RTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHT
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CCDS54 G
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CCDS74 HQRIHTGEKPYRCHECGKAFVRFSGLTKHHSIHTGEKPYECKTCGKSFRQRTHLTLHQRI
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pF1KB8 HTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGLIRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKE
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CCDS74 HTGDRPYECKECGKSFTCGSELIRHQRTHTGEKPYDCKECGKAFRCPSQLSQHKRIHTGE
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pF1KB8 TPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQRLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPME
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CCDS74 KTYQCPECGKAFFYASGLSRHQSVHTGEKPYECKTCGKAFKQLTQLTRHQRIHDLT
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pF1KB8 T
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pF1KB8 PCLSSLGDGWDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQEAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRVLAT
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CCDS59 THTGEKLYKCKECGKAFHHFSYLVKHQRIHTGEKPCACKEYGKAFISGSHLIQHQKMYTD
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CCDS59 ERPHECQESVKAFRPSAHLIQHWRIHTGDKPYECKECGKSFTSGSTLNQHQQIHTGEKPY
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pF1KB8 KYPESVKSFNHFTSLGHQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQYRCTE
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CCDS59 HCKQCGKSFTVGSTLIRHQQIHTGEKPYDCKECGKSFASGSALIRHQRIHTGEKPYDCKE
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pF1KB8 CGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECSKCGKA
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CCDS59 CGKSFTFHSALIRHQRIHTGEKPYDCKECGKSFTFRSGLIGHQAIHTGEKPYDCKECGKS
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CCDS59 FTAGSTLIQHQRIHTGEKPYDCKECGKSFASGSALLQHQRIHTGEKPYCCKECGKSFTFR
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pF1KB8 SHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNRNSHLI
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CCDS59 STRNRHQRIHTGEKPYNCKECGKSFASGSALLQHQRIHTGEKPYHCKECGKSFTFRSGLI
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CCDS59 GHQAVHTGEKPYDCKECGKSFTSRSALIQHQRIHTGEKPYHCKECGKSFTVGSTLLQHQQ
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450 460 470 480 490 500
pF1KB8 THTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKETPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQRLHSR
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CCDS59 IHTGEKPYDCKECGKAFRLRLRLTQHQQIHTGEKPYQCQECGKAFVSVSGLTQHHRIHTG
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510 520 530 540
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CCDS59 EKPYECPDCGKAFRQRTYLNQHRRIHTGEKPYECKECGKSFTFCSGLIQHQQNHTDEKPY
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CCDS59 DGKECGKSFTSHSTLIQHQQIHTGEKPYDCKECGKSFTSHSTLIQHQQIHTGEKLYDCKE
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>--
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CCDS59 CPDCGKAFRQRTYLNQHRRIHTGEKPYECKECGKSFTFCSGLIQHQQNHTDEKPYDGKEC
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CCDS59 GKSFTSHSTLIQHQQIHTGEKPYDCKECGKSFTSHSTLIQHQQIHTGEKLYDCKECGKSF
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CCDS59 TLIEHQRIHTGEKPYHCKECGKSFAFRSAIIQHRRIHTGEKPYDCKECGKAFRRRSKLTQ
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CCDS59 HQRIHTGEKPYRCHECGKAFVRFSGLTKHHSIHTGEKPYECKTCGKSFRQRTHLTLHQRI
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CCDS59 HTGDRPYECKECGKSFTCGSELIRHQRTHTGEKPYDCKECGKAFRCPSQLSQHKRIHTGE
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CCDS59 KTYQCPECGKAFFYASGLSRHQSVHTGEKPYECKTCGKAFKQLTQLTRHQRIHDLT
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pF1KB8 T
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pF1KB8 YEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQYRCTECGKCFKRNSSLVLHHRT-HTGEKPYTC
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CCDS33 YECIECGKAFSDCSSLAHHRRIHTGKRPYECIDCGKAFRQNASLIRHRRYYHTGEKPFDC
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CCDS33 QNAHLAQHQKIHTGEKPYECKECGKAFSQIAHLVQHQRVHTGEKPYECIECGKAFSDGSY
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pF1KB8 LIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGLIRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKH
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CCDS33 LVQHQRLHSGKRPYECLECGKAFRQRASLICHQRCHTGEKPYECNVCGKAFSHRKSLTLH
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CCDS33 QRIHTGEKPYECKECSKAFSQVAHLTLHKRIHTGERPYECKECGKAFRQSVHLAHHQRIH
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540
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::
CCDS33 TGESSVILSSALPYHQVL
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CCDS76 EERPFKCEELVEPFRCDSQLIQHQENNTEEKPYQCSECGKAFSINEKLIWHQRLHSGEKP
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CCDS76 FKCVECGKSFSYSSHYITHQTIHSGEKPYQCKMCGKAFSVNGSLSRHQRIHTGEKPYQCK
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CCDS76 ECGNGFSCSSAYITHQRVHTGEKPYECNDCGKAFNVNAKLIQHQRIHTGEKPYECNECGK
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CCDS76 GFRCSSQLRQHQSIHTGEKPYQCKECGKGFNNNTKLIQHQRIHTGEKPYECTECGKAFSV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]