Result of FASTA (omim) for
pF1KB8776
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8776, 541 aa
1>>>pF1KB8776 541 - 541 aa - 541 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8122+/-0.000653; mu= 13.0244+/- 0.040
mean_var=278.0877+/-57.209, 0's: 0 Z-trim(113.4): 2060 B-trim: 91 in 1/51
Lambda= 0.076910
statistics sampled from 20418 (22719) to 20418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.595), E-opt: 0.2 (0.266), width: 16
Scan time: 9.810
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1744 208.3 5.6e-53
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1744 208.3 5.6e-53
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1744 208.3 5.7e-53
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1744 208.3 5.8e-53
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1744 208.3 5.8e-53
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1744 208.4 5.9e-53
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1744 208.4 5.9e-53
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1744 208.4 5.9e-53
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1744 208.4 5.9e-53
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1744 208.4 5.9e-53
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1693 202.6 2.8e-51
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1693 202.6 2.8e-51
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1697 203.5 2.8e-51
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1697 203.5 2.8e-51
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1697 203.5 2.8e-51
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1697 203.5 2.8e-51
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1697 203.5 2.8e-51
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1693 202.7 2.9e-51
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1693 202.7 2.9e-51
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1675 200.7 1.2e-50
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1675 200.7 1.2e-50
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1675 200.7 1.2e-50
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1675 200.7 1.2e-50
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1675 200.7 1.2e-50
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1675 200.8 1.2e-50
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1672 200.4 1.5e-50
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1672 200.4 1.5e-50
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1672 200.4 1.6e-50
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1672 200.4 1.6e-50
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1672 200.4 1.6e-50
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1663 199.2 2.7e-50
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1663 199.4 3e-50
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1663 199.4 3e-50
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1663 199.4 3e-50
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1663 199.4 3e-50
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1654 198.2 5.3e-50
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1654 198.2 5.3e-50
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1654 198.2 5.3e-50
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1654 198.2 5.3e-50
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1654 198.3 5.9e-50
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1654 198.4 6e-50
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1654 198.4 6e-50
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1654 198.4 6e-50
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1654 198.4 6e-50
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1654 198.4 6.1e-50
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1654 198.4 6.1e-50
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1654 198.4 6.1e-50
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1654 198.4 6.1e-50
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1641 197.0 1.8e-49
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1641 197.0 1.8e-49
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 8030 init1: 1699 opt: 1744 Z-score: 1072.1 bits: 208.3 E(85289): 5.6e-53
Smith-Waterman score: 1851; 50.0% identity (72.2% similar) in 546 aa overlap (1-538:51-591)
10 20
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
..:.. ... :. . :::: .
NP_001 ISLLEQEAELWAVESRLPQGVYPDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLW
30 40 50 60 70 80
30 40 50 60 70 80
pF1KB8 PCLSSLGDG---WDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQEAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRV
: . .: :.::. :. :.: : . : . ::::.. . ::: .
NP_001 YCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQW-QRNGFGENISLNPDLPHQP--
90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LATNGFHAPDS-NVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTGDSDACGKGFNHSMEVI-HGRNPVR
: ..: . .. : : : :. . .. . :::.:.:: .: : :. .
NP_001 -MTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTG
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EKPYKYPESVKSFNHFTSLG-HQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQ
:.::. : .:.: . ..: ::.: . :.: :. . :. . : ..::. :::
NP_001 ERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRI-HTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKP
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 YRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECS
:.:.:::: :. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:.
NP_001 YECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCG
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 KCGKAFSDGSALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNSSLILHQRTHTGEKPYRCNECGK
.:::::: .:.::.::::::::::::: ::::.:.. . :: :::::::::::.:.::::
NP_001 ECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGK
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 PFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNR
:.. . :: : ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: .
NP_001 AFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQ
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 NSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGL
..:: ::.::.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: :
NP_001 STHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPL
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 IRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKETPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQ
:.::: :::::::::::::.:: .:: : .:::::::: :: : ::::::...: :. :.
NP_001 IQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHE
500 510 520 530 540 550
510 520 530 540
pF1KB8 RLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPMET
: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
NP_001 RTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHT
560 570 580 590 600 610
NP_001 G
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 50.2% identity (72.6% similar) in 536 aa overlap (17-538:64-596)
10 20 30 40
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTREVPCLSSLGDG-WDC--ENQ
: .. .. . : . : :: : : :.
XP_016 PCWSKRQSCGRWSLDFPKACTQRLRDISSFCFFQTWKLDPKSNC-QFLWDGLWYCRGEDT
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90
pF1KB8 EGHLRQSALTLEKPGTQEAIC--EYP--------GFGEHLIASSDLPPSQRVLATNGFHA
::: . : .::. .. :. . : ::::.. . ::: . . .. :.
XP_016 EGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQWQRNGFGENISLNPDLPHQPMTPERQSPHT
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 PDSNVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTGDSDACGKGFNHSMEVI-HGRNPVREKPYKYPES
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XP_016 WGTR--GKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTGERPYECHEC
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 VKSFNHFTSLGHQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQYRCTECGKCF
.:.: . ..: ... .. :.: :. . :. . : ..::. ::: :.:.:::: :
XP_016 LKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKPYECSECGKSF
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 KRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECSKCGKAFSDGS
. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:..:::::: .:
XP_016 SFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSS
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 ALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNSSLILHQRTHTGEKPYRCNECGKPFTDISHLTV
.::.::::::::::::: ::::.:.. . :: :::::::::::.:.:::: :.. . ::
XP_016 SLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGKAFSQSTLLTE
340 350 360 370 380 390
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 HLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNRNSHLIVHQKI
: ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: ...:: ::.:
XP_016 HRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRI
400 410 420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 HSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGLIRHQRTHTGE
:.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: ::.::: ::::
XP_016 HTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGE
460 470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 KPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKETPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQRLHSREGPSR
:::::::::.:: .:: : .:::::::: :: : ::::::...: :. :.: :. : : .
XP_016 KPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYE
520 530 540 550 560 570
520 530 540
pF1KB8 CPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPMET
: .::: :..:. :..:.: : ::.:
XP_016 CHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 50.0% identity (72.2% similar) in 546 aa overlap (1-538:63-603)
10 20
pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
..:.. ... :. . :::: .
XP_016 VESRLPQGVYPEIKGHFQFLLLSDLETRPKVKLSVLKQGISEEISNSVILVERFLWDGLW
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30 40 50 60 70 80
pF1KB8 PCLSSLGDG---WDCENQEGHLRQSALTLEKPGTQEAICEYPGFGEHLIASSDLPPSQRV
: . .: :.::. :. :.: : . : . ::::.. . ::: .
XP_016 YCRGEDTEGHWEWSCESLESLAVPVAFTPVKTPVLEQW-QRNGFGENISLNPDLPHQP--
100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 LATNGFHAPDS-NVSGLDCDPALPSYPKSYADKRTGDSDACGKGFNHSMEVI-HGRNPVR
: ..: . .. : : : :. . .. . :::.:.:: .: : :. .
XP_016 -MTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHSSALIEHHRTHTG
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EKPYKYPESVKSFNHFTSLG-HQKIMKRGKKSYEGKNFENIFTLSSSLNENQRNLPGEKQ
:.::. : .:.: . ..: ::.: . :.: :. . :. . : ..::. :::
XP_016 ERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRI-HTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGEKP
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 YRCTECGKCFKRNSSLVLHHRTHTGEKPYTCNECGKSFSKNYNLIVHQRIHTGEKPYECS
:.:.:::: :. ::. :.::::::::: :.::::.: .. .: : :::::::::.:.
XP_016 YECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPYQCG
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 KCGKAFSDGSALTQHQRIHTGEKPYECLECGKTFNRNSSLILHQRTHTGEKPYRCNECGK
.:::::: .:.::.::::::::::::: ::::.:.. . :: :::::::::::.:.::::
XP_016 ECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGECGK
330 340 350 360 370 380
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 PFTDISHLTVHLRIHTGEKPYECSKCGKAFRDGSYLTQHERTHTGEKPFECAECGKSFNR
:.. . :: : ::::::::: :..:::.: .: :.:::::::::::.::..:::.: .
XP_016 AFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKAFRQ
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390 400 410 420 430 440
pF1KB8 NSHLIVHQKIHSGEKPYECKECGKTFIESAYLIRHQRIHTGEKPYGCNQCQKLFRNIAGL
..:: ::.::.:::::::..:::.: .:. : .::::::::::: :::: . : ..: :
XP_016 STHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPL
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450 460 470 480 490 500
pF1KB8 IRHQRTHTGEKPYECNQCGKAFRDSSCLTKHQRIHTKETPYQCPECGKSFKQNSHLAVHQ
:.::: :::::::::::::.:: .:: : .:::::::: :: : ::::::...: :. :.
XP_016 IQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHE
510 520 530 540 550 560
510 520 530 540
pF1KB8 RLHSREGPSRCPQCGKMFQKSSSLVRHQRAHLGEQPMET
: :. : : .: .::: :..:. :..:.: : ::.:
XP_016 RTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHT
570 580 590 600 610 620
XP_016 G
>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
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Smith-Waterman score: 1851; 50.0% identity (72.2% similar) in 546 aa overlap (1-538:93-633)
10 20
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pF1KB8 MRLKMTTRNFPEREVPCDVEVERFTRE--V
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]