Result of FASTA (omim) for
pF1KB8781
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8781, 262 aa
1>>>pF1KB8781 262 - 262 aa - 262 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2039+/-0.000725; mu= 7.5868+/- 0.044
mean_var=309.8206+/-64.009, 0's: 0 Z-trim(112.7): 2056 B-trim: 111 in 1/49
Lambda= 0.072865
statistics sampled from 19332 (21669) to 19332 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 5.870
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1297 150.8 5.6e-36
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1297 150.8 5.6e-36
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1297 150.8 5.6e-36
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1297 150.8 5.8e-36
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1297 150.8 5.8e-36
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1297 150.8 5.8e-36
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1297 150.8 5.8e-36
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1297 150.8 5.8e-36
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1297 150.8 5.8e-36
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1297 150.9 5.9e-36
NP_001273627 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 364) 1251 145.6 1.2e-34
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1251 145.8 1.4e-34
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1251 145.8 1.4e-34
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1251 145.8 1.4e-34
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1251 145.8 1.4e-34
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1251 145.8 1.4e-34
XP_016869365 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1238 144.4 3.7e-34
XP_011515622 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1238 144.4 3.7e-34
NP_001273699 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 520) 1238 144.5 3.8e-34
NP_001273698 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 539) 1238 144.5 3.8e-34
XP_011515617 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1238 144.5 3.8e-34
XP_011515618 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1238 144.5 3.8e-34
XP_011515620 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1238 144.5 3.8e-34
XP_016869364 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1238 144.5 3.8e-34
XP_016869361 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1238 144.5 3.9e-34
XP_016869363 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1238 144.5 3.9e-34
XP_011515616 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1238 144.5 3.9e-34
XP_016869362 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1238 144.5 3.9e-34
NP_085057 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 is ( 560) 1238 144.5 3.9e-34
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1210 141.6 3e-33
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1210 141.7 3.3e-33
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1210 141.7 3.3e-33
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1210 141.7 3.3e-33
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1210 141.7 3.3e-33
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1193 139.5 8.1e-33
XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 489) 1194 139.8 9e-33
NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger p ( 489) 1194 139.8 9e-33
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1194 139.8 9.2e-33
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 1194 139.8 9.2e-33
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1194 139.8 9.2e-33
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1194 139.8 9.2e-33
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
initn: 2429 init1: 1297 opt: 1297 Z-score: 766.9 bits: 150.8 E(85289): 5.6e-36
Smith-Waterman score: 1297; 64.4% identity (85.4% similar) in 261 aa overlap (2-262:217-477)
10 20 30
pF1KB8 MKHGRVNVQKKPSKCSECGKFFTQRSSLTQH
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NP_001 LIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQH
190 200 210 220 230 240
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 QRIHRGEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIH
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NP_001 QRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIH
250 260 270 280 290 300
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 TGEKPYKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDK
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NP_001 TGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEK
310 320 330 340 350 360
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PFKCNECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKC
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NP_001 PYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYEC
370 380 390 400 410 420
220 230 240 250 260
pF1KB8 SECEKTFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
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NP_001 SQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCG
430 440 450 460 470 480
NP_001 RAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFS
490 500 510 520 530 540
>--
initn: 1321 init1: 710 opt: 710 Z-score: 433.5 bits: 89.1 E(85289): 2.1e-17
Smith-Waterman score: 710; 64.7% identity (88.5% similar) in 139 aa overlap (67-205:478-616)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 GEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIHTGEKP
:::.::.: .::. : :.:: ::::::::
NP_001 GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKP
450 460 470 480 490 500
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDKPFKCN
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NP_001 YECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECH
510 520 530 540 550 560
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKCSECEK
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NP_001 DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
570 580 590 600 610
220 230 240 250 260
pF1KB8 TFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
initn: 2429 init1: 1297 opt: 1297 Z-score: 766.9 bits: 150.8 E(85289): 5.6e-36
Smith-Waterman score: 1297; 64.4% identity (85.4% similar) in 261 aa overlap (2-262:222-482)
10 20 30
pF1KB8 MKHGRVNVQKKPSKCSECGKFFTQRSSLTQH
:: :... .:: ::..::. :.: . : ::
XP_016 LIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQH
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 QRIHRGEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIH
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XP_016 QRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIH
260 270 280 290 300 310
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 TGEKPYKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDK
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XP_016 TGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEK
320 330 340 350 360 370
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PFKCNECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKC
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XP_016 PYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYEC
380 390 400 410 420 430
220 230 240 250 260
pF1KB8 SECEKTFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
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XP_016 SQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCG
440 450 460 470 480 490
XP_016 RAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFS
500 510 520 530 540 550
>--
initn: 1321 init1: 710 opt: 710 Z-score: 433.4 bits: 89.1 E(85289): 2.1e-17
Smith-Waterman score: 710; 64.7% identity (88.5% similar) in 139 aa overlap (67-205:483-621)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 GEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIHTGEKP
:::.::.: .::. : :.:: ::::::::
XP_016 GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKP
460 470 480 490 500 510
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDKPFKCN
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XP_016 YECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECH
520 530 540 550 560 570
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKCSECEK
.:::.: ::. : ::.:::.:::::.: .::::::..:::..:.:::::
XP_016 DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
220 230 240 250 260
pF1KB8 TFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
initn: 2429 init1: 1297 opt: 1297 Z-score: 766.9 bits: 150.8 E(85289): 5.6e-36
Smith-Waterman score: 1297; 64.4% identity (85.4% similar) in 261 aa overlap (2-262:229-489)
10 20 30
pF1KB8 MKHGRVNVQKKPSKCSECGKFFTQRSSLTQH
:: :... .:: ::..::. :.: . : ::
XP_016 LIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQH
200 210 220 230 240 250
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 QRIHRGEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIH
:: : ::::: :::::. : .:...:: : :::::::.:.:: :::. . :.::::::
XP_016 QRTHTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIH
260 270 280 290 300 310
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 TGEKPYKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDK
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XP_016 TGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEK
320 330 340 350 360 370
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 PFKCNECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKC
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XP_016 PYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYEC
380 390 400 410 420 430
220 230 240 250 260
pF1KB8 SECEKTFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
:.: :.::...::..: ::::::::::: :::.: :::.: .:::.:.::
XP_016 SQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCG
440 450 460 470 480 490
XP_016 RAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFS
500 510 520 530 540 550
>--
initn: 1321 init1: 710 opt: 710 Z-score: 433.4 bits: 89.1 E(85289): 2.1e-17
Smith-Waterman score: 710; 64.7% identity (88.5% similar) in 139 aa overlap (67-205:490-628)
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 GEKPYVCSECGSCFRKQSNLTQHLRIHTGEKPYKCNECEKAFQTKAILVQHLRIHTGEKP
:::.::.: .::. : :.:: ::::::::
XP_016 GEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKP
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100 110 120 130 140 150
pF1KB8 YKCNECGKAFCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCTECGKAFSQSICLTRHQRSHSGDKPFKCN
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XP_016 YECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECH
520 530 540 550 560 570
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ECGKAFNQSACLMQHQRIHSGEKPYTCTECGKAFTQNSSLVEHERTHTGEKLYKCSECEK
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XP_016 DCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQRTHTG
580 590 600 610 620
220 230 240 250 260
pF1KB8 TFRKQAHLSEHYRIHTGEKPYECVGCGKSFRHSSALLRHQRLHAGE
>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
initn: 2429 init1: 1297 opt: 1297 Z-score: 766.7 bits: 150.8 E(85289): 5.8e-36
Smith-Waterman score: 1297; 64.4% identity (85.4% similar) in 261 aa overlap (2-262:259-519)
10 20 30
pF1KB8 MKHGRVNVQKKPSKCSECGKFFTQRSSLTQH
:: :... .:: ::..::. :.: . : ::
XP_016 LIEHHRTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQH
230 240 250 260 270 280
40 50 60 70 80 90
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Smith-Waterman score: 710; 64.7% identity (88.5% similar) in 139 aa overlap (67-205:544-682)
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]