Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8782
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8782, 273 aa
1>>>pF1KB8782 273 - 273 aa - 273 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5919+/-0.00113; mu= -8.4501+/- 0.064
mean_var=271.0484+/-62.841, 0's: 0 Z-trim(107.9): 643 B-trim: 93 in 1/52
Lambda= 0.077902
statistics sampled from 9069 (9859) to 9069 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12403.1 TSSK6 gene_id:83983|Hs108|chr19 ( 273) 1840 220.4 1.1e-57
CCDS362.1 TSSK3 gene_id:81629|Hs108|chr1 ( 268) 820 105.8 3.4e-23
CCDS13755.1 TSSK2 gene_id:23617|Hs108|chr22 ( 358) 818 105.7 4.9e-23
CCDS4112.1 TSSK1B gene_id:83942|Hs108|chr5 ( 367) 817 105.6 5.4e-23
CCDS12658.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 ( 688) 613 82.9 6.9e-16
CCDS56097.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 ( 752) 613 82.9 7.4e-16
CCDS82645.1 LOC102724428 gene_id:102724428|Hs108|c ( 783) 610 82.6 9.6e-16
CCDS33575.1 SIK1 gene_id:150094|Hs108|chr21 ( 783) 610 82.6 9.6e-16
CCDS73034.1 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 780) 599 81.3 2.3e-15
CCDS31029.2 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 795) 599 81.4 2.3e-15
CCDS73033.1 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 796) 599 81.4 2.3e-15
CCDS55947.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 713) 594 80.8 3.1e-15
CCDS41993.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 729) 594 80.8 3.2e-15
CCDS45166.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 744) 594 80.8 3.2e-15
CCDS45165.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 753) 594 80.8 3.2e-15
CCDS53651.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 709) 591 80.4 3.9e-15
CCDS53650.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 719) 591 80.4 4e-15
CCDS8051.2 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 724) 591 80.4 4e-15
CCDS41665.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 745) 591 80.4 4.1e-15
CCDS53649.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 788) 591 80.5 4.2e-15
CCDS60974.1 SIK3 gene_id:23387|Hs108|chr11 (1261) 569 78.2 3.3e-14
CCDS8379.2 SIK3 gene_id:23387|Hs108|chr11 (1321) 569 78.2 3.5e-14
CCDS8347.1 SIK2 gene_id:23235|Hs108|chr11 ( 926) 549 75.8 1.3e-13
CCDS605.1 PRKAA2 gene_id:5563|Hs108|chr1 ( 552) 543 74.9 1.4e-13
CCDS13610.1 HUNK gene_id:30811|Hs108|chr21 ( 714) 535 74.1 3.1e-13
CCDS3932.2 PRKAA1 gene_id:5562|Hs108|chr5 ( 559) 525 72.9 5.6e-13
CCDS1453.2 NUAK2 gene_id:81788|Hs108|chr1 ( 672) 525 73.0 6.4e-13
CCDS31892.1 NUAK1 gene_id:9891|Hs108|chr12 ( 661) 522 72.6 8e-13
CCDS12921.1 BRSK1 gene_id:84446|Hs108|chr19 ( 778) 523 72.8 8.4e-13
CCDS41590.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 668) 519 72.3 1e-12
CCDS58106.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 674) 519 72.3 1e-12
CCDS58107.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 736) 519 72.3 1.1e-12
CCDS3943.1 NIM1K gene_id:167359|Hs108|chr5 ( 436) 509 71.0 1.6e-12
CCDS43075.1 SNRK gene_id:54861|Hs108|chr3 ( 765) 514 71.8 1.7e-12
CCDS59123.1 MELK gene_id:9833|Hs108|chr9 ( 610) 508 71.0 2.2e-12
CCDS6606.1 MELK gene_id:9833|Hs108|chr9 ( 651) 508 71.1 2.4e-12
CCDS58108.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 766) 487 68.8 1.4e-11
>>CCDS12403.1 TSSK6 gene_id:83983|Hs108|chr19 (273 aa)
initn: 1840 init1: 1840 opt: 1840 Z-score: 1149.4 bits: 220.4 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1840; 100.0% identity (100.0% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRE
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CCDS12 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAATDLLQAVQRNGRIPGVQARDLFAQIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAATDLLQAVQRNGRIPGVQARDLFAQIA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQAHGYPDLSTTYCGSAAYASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQAHGYPDLSTTYCGSAAYASP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRGVLYPEGLELSERC
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CCDS12 EVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRGVLYPEGLELSERC
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 KALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
250 260 270
>>CCDS362.1 TSSK3 gene_id:81629|Hs108|chr1 (268 aa)
initn: 551 init1: 551 opt: 820 Z-score: 529.9 bits: 105.8 E(32554): 3.4e-23
Smith-Waterman score: 820; 49.2% identity (75.2% similar) in 266 aa overlap (4-267:3-265)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRE
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CCDS36 MEDFLLSN-GYQLGKTIGEGTYSKVKEAFSKKHQRKVAIKVIDKMGGPEEFIQRFLPRE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 LSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVME-AAATDLLQAVQRNGRIPGVQARDLFAQI
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CCDS36 LQIVRTLDHKNIIQVYEMLESADGKICLVMELAEGGDVFDCVLNGGPLPESRAKALFRQM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 AGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGR-QAHGYPDLSTTYCGSAAYA
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CCDS36 VEAIRYCHGCGVAHRDLKCENALLQG--FNLKLTDFGFAKVLPKSHRELSQTFCGSTAYA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 SPEVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRGVLYPEGLELSE
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CCDS36 APEVLQGIPHDSKKGDVWSMGVVLYVMLCASLPFDDTDIPKMLWQQQKGVSFPTHLSISA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB8 RCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
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CCDS36 DCQDLLKRLLEPDMILRPSIEEVSWHPWLAST
240 250 260
>>CCDS13755.1 TSSK2 gene_id:23617|Hs108|chr22 (358 aa)
initn: 765 init1: 292 opt: 818 Z-score: 527.0 bits: 105.7 E(32554): 4.9e-23
Smith-Waterman score: 818; 46.4% identity (74.5% similar) in 274 aa overlap (1-268:1-273)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRE
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CCDS13 MDDATVLRKKGYIVGINLGKGSYAKVKSAYSERLKFNVAVKIIDRKKTPTDFVERFLPRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 LSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAAT-DLLQAVQRNGRIPGVQARDLFAQI
..:: : : :....:..:. .:..::.:: .. :::. .. .: . :: .: :.
CCDS13 MDILATVNHGSIIKTYEIFETSDGRIYIIMELGVQGDLLEFIKCQGALHEDVARKMFRQL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 AGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFG----RQAHGYPDLSTTYCGSA
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CCDS13 SSAVKYCHDLDIVHRDLKCENLLLDKDFN-IKLSDFGFSKRCLRDSNGRIILSKTFCGSA
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 AYASPEVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRG-VLYPEGL
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CCDS13 AYAAPEVLQSIPYQPKVYDIWSLGVILYIMVCGSMPYDDSDIRKMLRIQKEHRVDFPRSK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB8 ELSERCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
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CCDS13 NLTCECKDLIYRMLQPDVSQRLHIDEILSHSWLQPPKPKATSSASFKREGEGKYRAECKL
240 250 260 270 280 290
CCDS13 DTKTGLRPDHRPDHKLGAKTQHRLLVVPENENRMEDRLAETSRAKDHHISGAEVGKAST
300 310 320 330 340 350
>>CCDS4112.1 TSSK1B gene_id:83942|Hs108|chr5 (367 aa)
initn: 771 init1: 302 opt: 817 Z-score: 526.3 bits: 105.6 E(32554): 5.4e-23
Smith-Waterman score: 817; 46.2% identity (72.0% similar) in 279 aa overlap (1-273:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRE
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CCDS41 MDDAAVLKRRGYLLGINLGEGSYAKVKSAYSERLKFNVAIKIIDRKKAPADFLEKFLPRE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB8 LSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAAT-DLLQAVQRNGRIPGVQARDLFAQI
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CCDS41 IEILAMLNHCSIIKTYEIFETSHGKVYIVMELAVQGDLLELIKTRGALHEDEARKKFHQL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 AGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFG----RQAHGYPDLSTTYCGSA
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CCDS41 SLAIKYCHDLDVVHRDLKCDNLLLDKDFN-IKLSDFSFSKRCLRDDSGRMALSKTFCGSP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 AYASPEVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRG-VLYPEGL
:::.:::: ::::.:: ::.::.::.::.:: : ::.:::.: . : ::. : .:..
CCDS41 AYAAPEVLQGIPYQPKVYDIWSLGVILYIMVCGSMPYDDSNIKKMLRIQKEHRVNFPRSK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270
pF1KB8 ELSERCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
.:. .:: :: ..:: . . : .. .::.. :
CCDS41 HLTGECKDLIYHMLQPDVNRRLHIDEILSHCWMQPKARGSPSVAINKEGESSRGTEPLWT
240 250 260 270 280 290
CCDS41 PEPGSDKKSATKLEPEGEAQPQAQPETKPEGTAMQMSRQSEILGFPSKPSTMETEEGPPQ
300 310 320 330 340 350
>>CCDS12658.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 (688 aa)
initn: 535 init1: 219 opt: 613 Z-score: 398.7 bits: 82.9 E(32554): 6.9e-16
Smith-Waterman score: 613; 38.8% identity (69.2% similar) in 263 aa overlap (12-273:59-316)
10 20 30 40
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIK
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CCDS12 KGPSWSSRSLGARCRNSIASCPEEQPHVGNYRLLRTIGKGNFAKVKLARHILTGREVAIK
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50 60 70 80 90 100
pF1KB8 VVDRRRAPPDFVNKFLPRELSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVME-AAATDLLQA
..:. . :. ..:.. ::. :..:. ::.::..:: ::. . ::.::: :.: ....
CCDS12 IIDKTQLNPSSLQKLF-REVRIMKGLNHPNIVKLFEVIET-EKTLYLVMEYASAGEVFDY
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110 120 130 140 150 160
pF1KB8 VQRNGRIPGVQARDLFAQIAGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQ
. .::. .:: : ::..::.: :....:::::: ::.::. : .:..::::. .
CCDS12 LVSHGRMKEKEARAKFRQIVSAVHYCHQKNIVHRDLKAENLLLDA-EANIKIADFGFSNE
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 AHGYPDLSTTYCGSAAYASPEVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGL
:.: .::: ::.::.. : :: . :.::.::.::..:.: .::: .. :
CCDS12 FTLGSKLDT-FCGSPPYAAPELFQGKKYDGPEVDIWSLGVILYTLVSGSLPFDGHNLKEL
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270
pF1KB8 PRRQKRGVLYPEGLELSERCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
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CCDS12 RERVLRGK-YRVPFYMSTDCESILRRFLVLNPAKRCTLEQIMKDKWINIGYEGEELKPYT
270 280 290 300 310 320
CCDS12 EPEEDFGDTKRIEVMVGMGYTREEIKESLTSQKYNEVTATYLLLGRKTEEGGDRGAPGLA
330 340 350 360 370 380
>>CCDS56097.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 (752 aa)
initn: 564 init1: 219 opt: 613 Z-score: 398.2 bits: 82.9 E(32554): 7.4e-16
Smith-Waterman score: 613; 38.8% identity (69.2% similar) in 263 aa overlap (12-273:59-316)
10 20 30 40
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIK
:.: ::::.:...:::.: ::::
CCDS56 KGPSWSSRSLGARCRNSIASCPEEQPHVGNYRLLRTIGKGNFAKVKLARHILTGREVAIK
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 VVDRRRAPPDFVNKFLPRELSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVME-AAATDLLQA
..:. . :. ..:.. ::. :..:. ::.::..:: ::. . ::.::: :.: ....
CCDS56 IIDKTQLNPSSLQKLF-REVRIMKGLNHPNIVKLFEVIET-EKTLYLVMEYASAGEVFDY
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 VQRNGRIPGVQARDLFAQIAGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQ
. .::. .:: : ::..::.: :....:::::: ::.::. : .:..::::. .
CCDS56 LVSHGRMKEKEARAKFRQIVSAVHYCHQKNIVHRDLKAENLLLDA-EANIKIADFGFSNE
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 AHGYPDLSTTYCGSAAYASPEVLLGIPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGL
:.: .::: ::.::.. : :: . :.::.::.::..:.: .::: .. :
CCDS56 FTLGSKLDT-FCGSPPYAAPELFQGKKYDGPEVDIWSLGVILYTLVSGSLPFDGHNLKEL
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270
pF1KB8 PRRQKRGVLYPEGLELSERCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG
.: :: : . .: :.... ..: ..:. : . :. .. :. : :
CCDS56 RERVLRGK-YRVPFYMSTDCESILRRFLVLNPAKRCTLEQIMKDKWINIGYEGEELKPYT
270 280 290 300 310 320
CCDS56 EPEEDFGDTKRIEVMVGMGYTREEIKESLTSQKYNEVTATYLLLGRKTEEGGDRGAPGLA
330 340 350 360 370 380
>>CCDS82645.1 LOC102724428 gene_id:102724428|Hs108|chr21 (783 aa)
initn: 480 init1: 220 opt: 610 Z-score: 396.1 bits: 82.6 E(32554): 9.6e-16
Smith-Waterman score: 610; 39.0% identity (68.7% similar) in 259 aa overlap (12-269:27-280)
10 20 30 40
pF1KB8 MSGDKLLSELGYKLGRTIGEGSYSKVKVATSKKYKGTVAIKVVDR
: . ::.:.:... ::.: . : ::::..:.
CCDS82 MVIMSEFSADPAGQGQGQQKPLRVGFYDIERTLGKGNFAVVKLARHRVTKTQVAIKIIDK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 RRAPPDFVNKFLPRELSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAAT-DLLQAVQRN
: . ..:. ::..... . ::::..... .:. . :::: : : . .... . :
CCDS82 TRLDSSNLEKIY-REVQLMKLLNHPHIIKLYQVMETKD-MLYIVTEFAKNGEMFDYLTSN
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GRIPGVQARDLFAQIAGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQAHGY
:.. .:: : :: .::.: ::::.:::::: ::.::. . .::.::::: ..
CCDS82 GHLSENEARKKFWQILSAVEYCHDHHIVHRDLKTENLLLDGNMD-IKLADFGFGNFYKSG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]