FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8783, 277 aa
1>>>pF1KB8783 277 - 277 aa - 277 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7585+/-0.000776; mu= 18.3082+/- 0.047
mean_var=74.8466+/-15.380, 0's: 0 Z-trim(109.8): 191 B-trim: 755 in 2/48
Lambda= 0.148248
statistics sampled from 10931 (11144) to 10931 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 2.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 1868 408.5 2.7e-114
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 1829 400.1 8.8e-112
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 1613 354.0 7.1e-98
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 1445 318.0 4.7e-87
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 511 118.1 5.2e-27
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 491 113.8 9.8e-26
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 485 112.6 2.4e-25
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 483 112.1 3.2e-25
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 482 111.9 3.7e-25
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 452 105.5 3.2e-23
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 440 102.9 1.9e-22
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 437 102.3 3e-22
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 432 101.3 6.4e-22
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 431 101.0 7.5e-22
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 424 99.5 2e-21
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 423 99.4 2.7e-21
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 413 97.2 1.1e-20
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 413 97.2 1.1e-20
CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 407 95.8 2.2e-20
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 407 95.9 2.6e-20
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 405 95.5 3.5e-20
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 399 94.2 8.7e-20
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 391 92.6 3.2e-19
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 389 92.1 3.7e-19
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 386 91.4 5.9e-19
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 385 91.2 6.8e-19
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 385 91.2 7e-19
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 384 91.0 7.8e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 382 90.4 8.4e-19
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 382 90.5 1e-18
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 373 88.6 4.1e-18
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 367 87.3 9e-18
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 372 88.9 1.1e-17
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 360 85.8 2.6e-17
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 360 85.9 2.9e-17
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 367 88.0 2.9e-17
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 359 85.6 3.1e-17
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 356 84.9 4e-17
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 355 84.8 5.8e-17
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 348 83.3 1.6e-16
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 347 83.1 2e-16
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 343 82.1 2.7e-16
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 342 82.0 4e-16
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 342 82.1 4.4e-16
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 341 81.8 4.6e-16
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 340 81.6 5.3e-16
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 340 81.6 5.4e-16
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 335 80.5 1.1e-15
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 335 80.5 1.1e-15
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 335 80.5 1.2e-15
>>CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX (277 aa)
initn: 1868 init1: 1868 opt: 1868 Z-score: 2165.5 bits: 408.5 E(32554): 2.7e-114
Smith-Waterman score: 1868; 100.0% identity (100.0% similar) in 277 aa overlap (1-277:1-277)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 YSLTTSSTHKSSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSLTTSSTHKSSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX (278 aa)
initn: 1651 init1: 1651 opt: 1829 Z-score: 2120.4 bits: 400.1 E(32554): 8.8e-112
Smith-Waterman score: 1829; 97.8% identity (99.3% similar) in 278 aa overlap (1-277:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS35 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGTAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS35 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::
CCDS35 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 YSLTTSSTHK-SSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::
CCDS35 YSLTTSSTHKRSSLCKVKIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 (278 aa)
initn: 1472 init1: 1472 opt: 1613 Z-score: 1870.7 bits: 354.0 E(32554): 7.1e-98
Smith-Waterman score: 1613; 88.1% identity (94.6% similar) in 278 aa overlap (1-277:1-278)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
::: ::: .::::::::::::: ::::.::: :::::::::::.: .:::::::::::::
CCDS11 MSALGSPVRAYDFLLKFLLVGDSDVGKGEILASLQDGAAESPYGHPAGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::.:.:::::::
CCDS11 RRVKLQLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: :
CCDS11 KILVGNRLHLAFKRQVPTEQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNITESFTELARIVLLRHGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
. : ::::::::::::::..::::::::::::::: .:::::::::::.:::::::.: :
CCDS11 DRLWRPSKVLSLQDLCCRAVVSCTPVHLVDKLPLPIALRSHLKSFSMANGLNARMMHGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 YSLTTSSTHK-SSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::::::::: ::: ::..: :::::::::::::::::
CCDS11 YSLTTSSTHKRSSLRKVKLVRPPQSPPKNCTRNSCKIS
250 260 270
>>CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 (281 aa)
initn: 1449 init1: 1342 opt: 1445 Z-score: 1676.4 bits: 318.0 E(32554): 4.7e-87
Smith-Waterman score: 1445; 74.0% identity (92.2% similar) in 281 aa overlap (1-277:1-281)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
:.. ::: ..::.::::::::: ::::.:::::::::::::::.. .:::::::::::::
CCDS10 MGSQGSPVKSYDYLLKFLLVGDSDVGKGEILESLQDGAAESPYAYSNGIDYKTTTILLDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPGVP
.::::.:::::::::::::::::::::::..:::::.:::::.:.:::::.:.:::::::
CCDS10 RRVKLELWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGILLVYDITNRWSFDGIDRWIKEIDEHAPGVP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHRM
.:::::::::::::::: :::.::::. .::::::::::::.:::::::.::::.:: :
CCDS10 RILVGNRLHLAFKRQVPTEQARAYAEKNCMTFFEVSPLCNFNVIESFTELSRIVLMRHGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 NWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGLS
. . ::..:.::::::::.:::::::::.:::::: :..:::::::::.:.:: ::.: :
CCDS10 EKIWRPNRVFSLQDLCCRAIVSCTPVHLIDKLPLPVTIKSHLKSFSMANGMNAVMMHGRS
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB8 YSLTTSS----THKSSLCKVEIVCPPQSPPKNCTRNSCKIS
:::.... .. .:: . . . ::::::.::.:..::::
CCDS10 YSLASGAGGGGSKGNSLKRSKSIRPPQSPPQNCSRSNCKIS
250 260 270 280
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 499 init1: 323 opt: 511 Z-score: 598.4 bits: 118.1 E(32554): 5.2e-27
Smith-Waterman score: 511; 42.9% identity (71.2% similar) in 191 aa overlap (9-195:3-193)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
. :: :...::.:: :::. .: . :. .: . :.:.: :: .::
CCDS76 MAKQYDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAP-GV
.:....:::.:: :. :: ..: : :::..:::::... :.. . .:.. ..:.:: ::
CCDS76 IKVRIQIWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PKILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHR
:::.::. :::: :::.: :.. :. :.:.: :.:: ::::.:...:: ::
CCDS76 QKILIGNKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 MNWLG---RPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMM
. : : :. :.: .:
CCDS76 KELEGLRMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
180 190 200 210
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 490 init1: 340 opt: 491 Z-score: 575.5 bits: 113.8 E(32554): 9.8e-26
Smith-Waterman score: 491; 43.5% identity (74.7% similar) in 170 aa overlap (9-177:3-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
.::: :.:.::.:: :::. .. . . .. : :::.: :. ..:
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAP-GV
...::..:::.:: :: :: .: :::.:.::::::... :::... :.:.:.:.: ::
CCDS10 KKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PKILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHR
..:.::. . ::.: .:::. :.. :. :::.: ..:. :.:. ::: .::.
CCDS10 ERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 MNWLGRPSKVLSLQDLCCRTIVSCTPVHLVDKLPLPSTLRSHLKSFSMAKGLNARMMRGL
CCDS10 GRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 378 init1: 378 opt: 485 Z-score: 568.5 bits: 112.6 E(32554): 2.4e-25
Smith-Waterman score: 485; 45.5% identity (73.9% similar) in 165 aa overlap (9-172:3-167)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSAPGSPDQAYDFLLKFLLVGDRDVGKSEILESLQDGAAESPYSHLGGIDYKTTTILLDG
..::.:.:.::.:: :::. .: ... : .: . :::.: :: :::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 QRVKLKLWDTSGQGRFCTIFRSYSRGAQGVILVYDIANRWSFEGMDRWIKKIEEHAPG-V
.:.::..:::.:: :: :: .: :::.:..:::::.:. ::... ::..::::: . :
CCDS12 KRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 PKILVGNRLHLAFKRQVPREQAQAYAERLGVTFFEVSPLCNFNIIESFTELARIVLLRHR
:...::. . :::: .:... : :. :.:.: :.:. ..: :::
CCDS12 EKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMD
120 130 140 150 160 170
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CCDS10 RKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
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CCDS17 KKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDV
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CCDS17 ERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTP
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CCDS17 VKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
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CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDG
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CCDS46 KTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENV
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CCDS46 NKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMA--AEIKKR
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CCDS46 MGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]