Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8800
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8800, 342 aa
1>>>pF1KB8800 342 - 342 aa - 342 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0177+/-0.00126; mu= 11.3510+/- 0.074
mean_var=122.1668+/-36.406, 0's: 0 Z-trim(101.0): 267 B-trim: 848 in 2/46
Lambda= 0.116037
statistics sampled from 5941 (6327) to 5941 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.53), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 2.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 2275 393.1 1.8e-109
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 722 133.1 3.3e-31
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 682 126.5 3.5e-29
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 681 126.3 3.9e-29
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 674 125.1 8.6e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 674 125.1 8.7e-29
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 664 123.4 2.8e-28
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 664 123.4 2.8e-28
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 663 123.3 3.1e-28
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 645 120.3 2.6e-27
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 645 120.3 2.6e-27
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 639 119.3 5.2e-27
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 639 119.3 5.6e-27
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 636 118.8 7.4e-27
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 605 113.6 2.6e-25
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 589 110.9 1.7e-24
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 589 110.9 1.8e-24
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 567 107.2 2.1e-23
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 564 106.7 3e-23
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 556 105.4 7.7e-23
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 553 104.8 1.1e-22
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 553 104.9 1.1e-22
CCDS2736.1 XCR1 gene_id:2829|Hs108|chr3 ( 333) 542 103.0 3.7e-22
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 531 101.2 1.4e-21
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 507 97.2 2.4e-20
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 503 96.5 3.6e-20
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 503 96.5 3.8e-20
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 503 96.5 3.9e-20
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 482 93.0 4.3e-19
CCDS2931.1 GPR15 gene_id:2838|Hs108|chr3 ( 360) 478 92.3 6.6e-19
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 476 91.9 8.1e-19
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 476 92.0 8.2e-19
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 469 90.8 1.9e-18
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 459 89.1 6e-18
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 456 88.6 9e-18
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 450 87.6 1.7e-17
CCDS33063.1 C5AR1 gene_id:728|Hs108|chr19 ( 350) 446 86.9 2.6e-17
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 439 85.8 6.1e-17
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 438 85.6 6.9e-17
CCDS58959.1 F2RL2 gene_id:2151|Hs108|chr5 ( 352) 433 84.8 1.2e-16
CCDS4031.1 F2RL2 gene_id:2151|Hs108|chr5 ( 374) 433 84.8 1.3e-16
CCDS9894.2 GPR68 gene_id:8111|Hs108|chr14 ( 365) 398 78.9 7.2e-15
CCDS5322.1 GPER1 gene_id:2852|Hs108|chr7 ( 375) 390 77.6 1.8e-14
CCDS9482.1 OXGR1 gene_id:27199|Hs108|chr13 ( 337) 382 76.2 4.3e-14
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12 ( 404) 382 76.3 4.9e-14
CCDS11691.1 SSTR2 gene_id:6752|Hs108|chr17 ( 369) 377 75.4 8.2e-14
CCDS13944.1 SSTR3 gene_id:6753|Hs108|chr22 ( 418) 373 74.8 1.4e-13
CCDS3169.1 P2RY1 gene_id:5028|Hs108|chr3 ( 373) 372 74.6 1.5e-13
CCDS6152.1 OPRK1 gene_id:4986|Hs108|chr8 ( 380) 370 74.2 1.9e-13
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 ( 344) 369 74.0 2e-13
>>CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 (342 aa)
initn: 2275 init1: 2275 opt: 2275 Z-score: 2079.0 bits: 393.1 E(32554): 1.8e-109
Smith-Waterman score: 2275; 100.0% identity (100.0% similar) in 342 aa overlap (1-342:1-342)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEEHQDFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGNSLVLVISIFYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEEHQDFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGNSLVLVISIFYH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIYTINFYTSMLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 KLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIYTINFYTSMLIL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 TCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIYGNVFNLDKLIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 TCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIYGNVFNLDKLIC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GYHDEAISTVVLATQMTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQKHRSLKIIFLVMAVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 GYHDEAISTVVLATQMTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQKHRSLKIIFLVMAVF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LLTQMPFNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYTIMVTEAIAYLRACLNPVLYAFVSLKFRKNFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 LLTQMPFNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYTIMVTEAIAYLRACLNPVLYAFVSLKFRKNFW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB8 KLVKDIGCLPYLGVSHQWKSSEDNSKTFSASHNVEATSMFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 KLVKDIGCLPYLGVSHQWKSSEDNSKTFSASHNVEATSMFQL
310 320 330 340
>>CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 (350 aa)
initn: 655 init1: 379 opt: 722 Z-score: 673.8 bits: 133.1 E(32554): 3.3e-31
Smith-Waterman score: 722; 33.3% identity (67.8% similar) in 354 aa overlap (6-342:12-350)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEE----HQDFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGNS
:.:. ... : :: : ..: .:.::::: . .::: ::.:::
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10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LVLVISIFYHKLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIYT
.:..: .:.: .. :::...:: .:::... :::::: ..: ::.:..::: ..::
CCDS30 MVVAIYAYYKKQRTKTDVYILNLAVADLLLLFTLPFWAVNAVHGWVLGKIMCKITSALYT
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 INFYTSMLILTCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIYG
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CCDS30 LNFVSGMQFLACISIDRYVAVTKVPS--QSGVGKPCW--IICFCVWMAAILLSIPQLVFY
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB8 NVFNLDKLIC-----GYHDEAISTVVLATQMTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQ
.: : :. : : ...... .. .:: .:.: : ::: . .::.. ...
CCDS30 TV-N-DNARCIPIFPRYLGTSMKALIQMLEICIGFVVPFLIMGVCYFITARTLMKMPNIK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB8 KHRSLKIIFLVMAVFLLTQMPFNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYT------IMVTEAIAYL
: ::... :. ::..::.:.:..:: :. : .:: ... :.:::.:: .
CCDS30 ISRPLKVLLTVVIVFIVTQLPYNIVKFCRAIDIIYSLITSCNMSKRMDIAIQVTESIALF
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 RACLNPVLYAFVSLKFRKNFWKLVKDIGCLPYLGVSHQWKSSEDNSKTF--SASHNVEAT
..::::.::.:.. .:.. :..: : .:. .... . : .. .: :
CCDS30 HSCLNPILYVFMGASFKNYVMKVAKKYG---------SWRRQRQSVEEFPFDSEGPTEPT
300 310 320 330 340
340
pF1KB8 SMFQL
: :..
CCDS30 STFSI
350
>>CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (374 aa)
initn: 541 init1: 383 opt: 682 Z-score: 637.3 bits: 126.5 E(32554): 3.5e-29
Smith-Waterman score: 682; 36.2% identity (73.0% similar) in 293 aa overlap (17-299:27-316)
10 20 30 40
pF1KB8 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEEHQ-DFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGN
: . :. : :.. .:: .: .::. :.:::
CCDS43 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
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50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SLVLVISIFYHKLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIY
::..: : .::. :::..:.:: ..::.:. :::.::... .:::::..::: . :.:
CCDS43 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTGLY
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pF1KB8 TINFYTSMLILTCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIY
:... ..... .:.::....:.: .. .:. .:.: :::.. :......:.: ::.
CCDS43 HIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHA--VFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIF
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pF1KB8 GNVFNLDKL-ICG-YHDEAISTVVLATQMTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQK-
. . :.. .:: : .. .. . ::. :::: :..::: :.::::. . .:
CCDS43 TKCQKEDSVYVCGPYFPRGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNEKKR
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pF1KB8 HRSLKIIFLVMAVFLLTQMPFNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYT------IMVTEAIAYLR
::....:: .: :..: :.:.. .. .: :...... . : .:::.... .
CCDS43 HRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILL-NTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGMTH
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pF1KB8 ACLNPVLYAFVSLKFRKNFWKLVKDIGCLPYLGVSHQWKSSEDNSKTFSASHNVEATSMF
:.::..::::. :::. :
CCDS43 CCINPIIYAFVGEKFRSLFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVKVTTQGLLDGRGKG
300 310 320 330 340 350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 540 init1: 383 opt: 681 Z-score: 636.6 bits: 126.3 E(32554): 3.9e-29
Smith-Waterman score: 681; 36.1% identity (73.2% similar) in 291 aa overlap (17-297:27-314)
10 20 30 40
pF1KB8 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEEHQ-DFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGN
: . :. : :.. .:: .: .::. :.:::
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAPCHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIFGFVGN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SLVLVISIFYHKLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIY
::..: : .::. :::..:.:: ..::.:. :::.::... .:::::..::: . :.:
CCDS46 MLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKLFTGLY
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 TINFYTSMLILTCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIY
:... ..... .:.::....:.:. . .:. .:.: :::.. :......:.: ::.
CCDS46 HIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAV--FALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPGIIF
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 GNVFNLDKL-ICG-YHDEAISTVVLATQMTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQK-
. . :.. .:: : .. .. . ::. :::: :..::: :.::::. . .:
CCDS46 TKCQKEDSVYVCGPYFPRGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLRCRNEKKR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 HRSLKIIFLVMAVFLLTQMPFNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYT------IMVTEAIAYLR
::....:: .: :..: :.:.. .. .: :...... . : .:::.... .
CCDS46 HRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILL-NTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTETLGMTH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 ACLNPVLYAFVSLKFRKNFWKLVKDIGCLPYLGVSHQWKSSEDNSKTFSASHNVEATSMF
:.::..::::. :::.
CCDS46 CCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFCKQCPVFYRETVDGVTSTNTPSTGEQEVS
300 310 320 330 340 350
>>CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 (352 aa)
initn: 632 init1: 377 opt: 674 Z-score: 630.4 bits: 125.1 E(32554): 8.6e-29
Smith-Waterman score: 683; 33.0% identity (69.8% similar) in 348 aa overlap (5-331:11-352)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAEHDYHEDYGFSSFNDSSQEE--HQDFLQFSKVFLPCMYLVVFVCGLVGNSLV
.: :..: ... :: .: ... .:.:.::: .: ..:. :.:::.::
CCDS46 MEGISIYTSDNYTEEMGSGDY-DSMKEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLV
10 20 30 40 50
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pF1KB8 LVISIFYHKLQSLTDVFLVNLPLADLVFVCTLPFWAYAGIHEWVFGQVMCKSLLGIYTIN
... . .::.:.:: . ..: .:::.:: :::::: .. .: ::. .::.. :::.:
CCDS46 ILVMGYQKKLRSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVN
60 70 80 90 100 110
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pF1KB8 FYTSMLILTCITVDRFIVVVKATKAYNQQAKRMTWGKVTSLLIWVISLLVSLPQIIYGNV
.:.:.:::. :..::....:.::. .:. ... ::. . .:. .::...:..:..::
CCDS46 LYSSVLILAFISLDRYLAIVHATN--SQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANV
120 130 140 150 160 170
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pF1KB8 FNLD-KLICG-YHDEAISTVVLATQ-MTLGFFLPLLTMIVCYSVIIKTLLHAGGFQKHRS
. : . :: .. . . .::. : . .:..:: .... :: .::. : :. : ::...
CCDS46 SEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHSKGHQKRKA
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 LKIIFLVMAVFLLTQMP---------FNLMKFIRSTHWEYYAMTSFHYTIMVTEAIAYLR
:: ... .:. .: : :...:.. :. .. : : .:::.:...
CCDS46 LKTTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGC-EFE--NTVHKWISITEALAFFH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB8 ACLNPVLYAFVSLKFRKNFWKLVKDIGCLPYLGV-------SHQWKSSEDNSKTFSASHN
::::.::::.. ::. . . . ... : . .:. :.:..:..: .:
CCDS46 CCLNPILYAFLGAKFKTSAQHALTSVSRGSSLKILSKGKRGGHSSVSTESESSSFHSS
300 310 320 330 340 350
340
pF1KB8 VEATSMFQL
>>CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 (356 aa)
initn: 632 init1: 377 opt: 674 Z-score: 630.3 bits: 125.1 E(32554): 8.7e-29
Smith-Waterman score: 683; 33.0% identity (69.8% similar) in 348 aa overlap (5-331:15-356)
10 20 30 40
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:...:: ... .:. .: : :...:.. :. .. : : .:::.
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.:
CCDS33 SS
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. . :: . ::. ....::. .. ::::::...: ::..::.::..: .::.
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pF1KB8 QL
CCDS27 ALSL
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Smith-Waterman score: 795; 37.0% identity (73.1% similar) in 327 aa overlap (8-320:26-345)
10 20 30 40
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..::..::....:::::::.::. .::... : .:..::. . :: :
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CCDS27 KLSSMLLETTSGALSL
360
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:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]