Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8819
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8819, 382 aa
1>>>pF1KB8819 382 - 382 aa - 382 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8623+/-0.00116; mu= 14.3236+/- 0.069
mean_var=131.9527+/-28.547, 0's: 0 Z-trim(106.0): 179 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.111652
statistics sampled from 8510 (8725) to 8510 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 2.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX ( 382) 2565 425.1 5e-119
CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 631) 1623 273.6 3.3e-73
CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 644) 1623 273.7 3.3e-73
CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 660) 1623 273.7 3.4e-73
CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 ( 636) 1606 270.9 2.2e-72
CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 ( 631) 1509 255.3 1.1e-67
CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 ( 614) 1468 248.7 1.1e-65
CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX ( 200) 782 137.6 9.4e-33
CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX ( 200) 782 137.6 9.4e-33
CCDS72900.1 SF3B4 gene_id:10262|Hs108|chr1 ( 424) 375 72.4 8.3e-13
>>CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX (382 aa)
initn: 2565 init1: 2565 opt: 2565 Z-score: 2250.4 bits: 425.1 E(32554): 5e-119
Smith-Waterman score: 2565; 100.0% identity (100.0% similar) in 382 aa overlap (1-382:1-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
::::::::::::::::::::::
CCDS14 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
370 380
>>CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (631 aa)
initn: 1809 init1: 825 opt: 1623 Z-score: 1427.8 bits: 273.6 E(32554): 3.3e-73
Smith-Waterman score: 1623; 66.6% identity (85.8% similar) in 365 aa overlap (15-379:8-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
: :.:::::: :::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.::::. ::::: ::.:::::.:.:::.:.:::: : ::::::::.:::::::::::.
CCDS44 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. :::::::::::::::.:::::::.:::.. ::..:: .:::. ::.:.:.::::
CCDS44 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .. . ::::..::.:...:::.::::: ..: : ::::.:: .:::::
CCDS44 KSRKEREAELGAKAKE-FTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: :: :: :.::: ...:: :.::...:::::::.:: :::.:.::.:. .. ::
CCDS44 FGFVSYEKHEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
:: .::::::.::.::::..::: ::::. ::::.: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS44 GVNLYIKNLDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
:::::::::::.:.:.: .
CCDS44 MNGRIVGSKPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (644 aa)
initn: 1809 init1: 825 opt: 1623 Z-score: 1427.7 bits: 273.7 E(32554): 3.3e-73
Smith-Waterman score: 1623; 66.6% identity (85.8% similar) in 365 aa overlap (15-379:8-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
: :.:::::: :::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
CCDS43 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.::::. ::::: ::.:::::.:.:::.:.:::: : ::::::::.:::::::::::.
CCDS43 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. :::::::::::::::.:::::::.:::.. ::..:: .:::. ::.:.:.::::
CCDS43 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .. . ::::..::.:...:::.::::: ..: : ::::.:: .:::::
CCDS43 KSRKEREAELGAKAKE-FTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: :: :: :.::: ...:: :.::...:::::::.:: :::.:.::.:. .. ::
CCDS43 FGFVSYEKHEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
:: .::::::.::.::::..::: ::::. ::::.: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS43 GVNLYIKNLDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
:::::::::::.:.:.: .
CCDS43 MNGRIVGSKPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (660 aa)
initn: 1809 init1: 825 opt: 1623 Z-score: 1427.6 bits: 273.7 E(32554): 3.4e-73
Smith-Waterman score: 1623; 66.6% identity (85.8% similar) in 365 aa overlap (15-379:8-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
: :.:::::: :::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.::::. ::::: ::.:::::.:.:::.:.:::: : ::::::::.:::::::::::.
CCDS44 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. :::::::::::::::.:::::::.:::.. ::..:: .:::. ::.:.:.::::
CCDS44 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .. . ::::..::.:...:::.::::: ..: : ::::.:: .:::::
CCDS44 KSRKEREAELGAKAKE-FTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: :: :: :.::: ...:: :.::...:::::::.:: :::.:.::.:. .. ::
CCDS44 FGFVSYEKHEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
:: .::::::.::.::::..::: ::::. ::::.: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS44 GVNLYIKNLDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
:::::::::::.:.:.: .
CCDS44 MNGRIVGSKPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAAGGYFVPA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 (636 aa)
initn: 1791 init1: 838 opt: 1606 Z-score: 1412.9 bits: 270.9 E(32554): 2.2e-72
Smith-Waterman score: 1606; 64.3% identity (84.5% similar) in 373 aa overlap (7-379:2-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
::.. . : :.:::::: ::::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
CCDS62 MNPSAPS--YPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.::::. ::::: ::.:::::.:.::: :.:::: : ::::::::::::::::::::.
CCDS62 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. :::::::::::::::.::::::..:::.. ::.::: .:::. ::.:.:.::::
CCDS62 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .: . ::::..::.:.:.:::.::.:: ..::. ::::. : ::::::
CCDS62 KSRKEREAELGARAKE-FTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: .: :: ::::: ...:: ..:: .::::::::.:: .::.:.::... . .:
CCDS62 FGFVSFERHEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
:: .:.::::. :.::.:..::: ::.:. :::::: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS62 GVNLYVKNLDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
::::::..:::.:.:.: .
CCDS62 MNGRIVATKPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 (631 aa)
initn: 1681 init1: 764 opt: 1509 Z-score: 1328.5 bits: 255.3 E(32554): 1.1e-67
Smith-Waterman score: 1509; 61.1% identity (82.0% similar) in 373 aa overlap (7-379:2-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
::. .: :.:::::: ::::: :::.:: ::::. ::::: .: . .
CCDS93 MNPS--TPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.::::. ::: ::.:::::.:.::: :.:::: : ::::::::::.:::::::.:.
CCDS93 YAYVNFQHTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. :::::::::.::::.::::::..:::.. ::.::: .:::. ::.:.:.::.:
CCDS93 ALYDTVSAFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .: . : ::..::.:.:.:::.::.:: ..::. ::::. : ::::::
CCDS93 KSRKEREAELGARAKE-FPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: .: :: ::::: ...:: ..:: .::::::::.:: .::.: ::... . .:
CCDS93 FGFVSFERHEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
: .:.::::. :.::.:.. :: ::.:. :::::: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS93 VVNLYVKNLDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
::::::..:::.:.:.: .
CCDS93 MNGRIVATKPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPNQRAPPSGYFMTAVPQTQN
360 370 380 390 400 410
>>CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 (614 aa)
initn: 1615 init1: 766 opt: 1468 Z-score: 1293.0 bits: 248.7 E(32554): 1.1e-65
Smith-Waterman score: 1468; 59.2% identity (82.5% similar) in 365 aa overlap (15-379:8-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
: :.:::::: ::::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
CCDS42 MNASGSGYPLASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDVATRRSLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.:.::. ::::: ::.::::....:.:.:.:::: : ::::::::::::::. ::::.
CCDS42 YAYINFQQPADAERALDTMNFEMLKGQPIRIMWSQRDPGLRKSGVGNIFIKNLEDSIDNK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. ::.:::::::::.::..::.:...:::.. ::..:: :::. ::.:.:.::.:
CCDS42 ALYDTFSTFGNILSCKVACDEHGSRGFGFVHFETHEAAQQAINTMNGMLLNDRKVFVGHF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: ::. .: :::..:::. :.:.. :..:: ..: ::::.:: ::.:.
CCDS42 KSRREREAELGARA-LEFTNIYVKNLPVDVDEQGLQDLFSQFGKMLSVKVMRDNSGHSRC
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
:::: .: :: :::::. ..:: ..:..::.:::::..:: ::.::::... . :
CCDS42 FGFVNFEKHEEAQKAVVHMNGKEVSGRLLYAGRAQKRVERQNELKRRFEQMKQDRLRRYQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
:: .:.::::..:.:.::..::: .: :. :::: : :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS42 GVNLYVKNLDDSIDDDKLRKEFSPYGVITSAKVMTEGGHSKGFGFVCFSSPEEATKAVTE
300 310 320 330 340 350
370 380
pF1KB8 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
:::::::.:::.:.:.: .
CCDS42 MNGRIVGTKPLYVALAQRKEERKAILTNQYMQRLSTMRTLSNPLLGSFQQPSSYFLPAMP
360 370 380 390 400 410
>>CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX (200 aa)
initn: 761 init1: 761 opt: 782 Z-score: 701.5 bits: 137.6 E(32554): 9.4e-33
Smith-Waterman score: 782; 59.7% identity (81.6% similar) in 196 aa overlap (18-213:2-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
:.:::::: :.::: :::.:: ::::. ::::: .:: ::
CCDS35 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.:::.. :.::. ::.:.:::.:.:.: :.:::: : ::::::::.::::: :.:::.
CCDS35 YAYVNYQQPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. .::::::::::::.::..: :::..:::.. .:.::: :::. :: :...::::
CCDS35 ALYNIFSAFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: :: . : . :.. ::.. .: :.:
CCDS35 KSHKEREAERGAWARQS-TSADVKDFEEDTDEEATLR
170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
>>CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX (200 aa)
initn: 761 init1: 761 opt: 782 Z-score: 701.5 bits: 137.6 E(32554): 9.4e-33
Smith-Waterman score: 782; 59.7% identity (81.6% similar) in 196 aa overlap (18-213:2-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
:.:::::: :.::: :::.:: ::::. ::::: .:: ::
CCDS43 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
:.:::.. :.::. ::.:.:::.:.:.: :.:::: : ::::::::.::::: :.:::.
CCDS43 YAYVNYQQPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
::. .::::::::::::.::..: :::..:::.. .:.::: :::. :: :...::::
CCDS43 ALYNIFSAFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
: .:: :: . : . :.. ::.. .: :.:
CCDS43 KSHKEREAERGAWARQS-TSADVKDFEEDTDEEATLR
170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
>>CCDS72900.1 SF3B4 gene_id:10262|Hs108|chr1 (424 aa)
initn: 441 init1: 187 opt: 375 Z-score: 343.4 bits: 72.4 E(32554): 8.3e-13
Smith-Waterman score: 375; 41.1% identity (66.9% similar) in 175 aa overlap (18-189:13-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGSGEPNPAGKKKKYLKAALYVGDLDPDVTEDMLYKKFRPAGPLRFTRICRDPVTRSPLG
:..::: :: :.: .:.. : :::. :.. .: :: . :
CCDS72 MAAGPISERNQDATVYVGGLDEKVSEPLLWELFLQAGPVVNTHMPKDRVTGQHQG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
::.:.: ::..:.. ::. . :::.:. .. .. :. :::: ::: ::..
CCDS72 YGFVEFLSEEDADYAIKIMNMIKLYGKPIRVNKASAHNKNLDVGA-NIFIGNLDPEIDEK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB8 ALFYLFSAFGNILSC-KVVCD-DNG-SKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYV
:. ::::: ::. :.. : :.: :::::...: :. :.. :: ::: : :: . :
CCDS72 LLYDTFSAFGVILQTPKIMRDPDTGNSKGYAFINFASFDASDAAIEAMNGQYLCNRPITV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GRFKFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGK
. . : .. .:
CCDS72 S-YAFKKDSKGERHGSAAERLLAAQNPLSQADRPHQLFADAPPPPSAPNPVVSSLGSGLP
180 190 200 210 220 230
382 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 15:51:02 2016 done: Fri Nov 4 15:51:03 2016
Total Scan time: 2.600 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]