Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8820
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8820, 384 aa
1>>>pF1KB8820 384 - 384 aa - 384 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4818+/-0.00101; mu= 15.4756+/- 0.060
mean_var=89.9694+/-22.797, 0's: 0 Z-trim(104.5): 272 B-trim: 947 in 2/46
Lambda= 0.135216
statistics sampled from 7578 (7920) to 7578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 2.280
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 2555 509.1 2.7e-144
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 888 183.9 2e-46
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 839 174.3 1.5e-43
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 798 166.3 3.9e-41
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 782 163.2 3.4e-40
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 782 163.2 3.4e-40
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 782 163.2 3.5e-40
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 782 163.2 3.5e-40
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 766 160.1 2.9e-39
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 734 153.8 2.2e-37
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 731 153.2 3.3e-37
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 731 153.2 3.4e-37
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 731 153.3 3.5e-37
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 731 153.3 3.7e-37
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 726 152.3 6.8e-37
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 722 151.5 1.2e-36
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 705 148.2 1.1e-35
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 696 146.4 3.7e-35
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 688 144.8 1.1e-34
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 683 143.9 2.2e-34
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 679 143.1 3.7e-34
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 668 141.0 1.7e-33
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 668 141.0 1.7e-33
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 619 131.4 1.3e-30
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 597 127.1 2.5e-29
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 597 127.1 2.6e-29
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 597 127.1 2.6e-29
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12 ( 404) 593 126.4 4.6e-29
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX ( 363) 569 121.6 1.1e-27
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 567 121.2 1.4e-27
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 558 119.5 4.7e-27
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 558 119.5 4.8e-27
CCDS11691.1 SSTR2 gene_id:6752|Hs108|chr17 ( 369) 497 107.6 1.9e-23
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 494 107.0 2.9e-23
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 492 106.6 3.6e-23
CCDS9410.1 LPAR6 gene_id:10161|Hs108|chr13 ( 344) 488 105.8 6e-23
CCDS14441.1 LPAR4 gene_id:2846|Hs108|chrX ( 370) 488 105.8 6.4e-23
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 482 104.6 1.4e-22
CCDS2368.1 GPR1 gene_id:2825|Hs108|chr2 ( 355) 477 103.7 2.7e-22
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 472 102.7 5.5e-22
CCDS13944.1 SSTR3 gene_id:6753|Hs108|chr22 ( 418) 466 101.6 1.4e-21
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 463 101.0 1.9e-21
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 455 99.4 5.7e-21
CCDS2931.1 GPR15 gene_id:2838|Hs108|chr3 ( 360) 449 98.2 1.2e-20
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 442 96.9 3.3e-20
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 442 96.9 3.3e-20
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 442 96.9 3.4e-20
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 442 96.9 3.4e-20
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 442 96.9 3.4e-20
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 442 96.9 3.4e-20
>>CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 (384 aa)
initn: 2555 init1: 2555 opt: 2555 Z-score: 2704.0 bits: 509.1 E(32554): 2.7e-144
Smith-Waterman score: 2555; 99.7% identity (99.7% similar) in 384 aa overlap (1-384:1-384)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAATASPQPLATEDADSENSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 MAATASPQPLATEDADSENSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFWGISVAWHWVFGSFLCKMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 LSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFWGISVAWHWVFGSFLCKMV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 STLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 STLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPDM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTIWKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVLVRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 VFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTIWKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVLVRL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RPAGQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQVTESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 RPAGQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQVTESI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 AFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLAPGTAQASLSSCSESSILTAQEEMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS27 AFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLAPGTAQASLSSCSESSILTAQEEMT
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 GMNDLGERQSENSPNKEDVGNKSA
:::::::::::: :::::::::::
CCDS27 GMNDLGERQSENYPNKEDVGNKSA
370 380
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 821 init1: 468 opt: 888 Z-score: 946.9 bits: 183.9 E(32554): 2e-46
Smith-Waterman score: 888; 41.3% identity (73.6% similar) in 322 aa overlap (12-332:4-324)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAATASPQPLATEDADSE-NSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVL
:. ::. . :.: :: : : :... .::..::: .:::.::.
CCDS26 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFLPPLYSLVFVF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GLSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFWGISVAWHWVFGSFLCKM
:: :: ....::..: : :...::::::::.:::. .::::: .: .:::: ::::
CCDS26 GLLGNSVVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQWVFGLGLCKM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VSTLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPD
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CCDS26 ISWMYLVGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATWSVAVFASLPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 MVFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTIWKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVLVR
..: . . . .. :.. .. ..: ::.. .. :.::...:: :.: :: : .: .
CCDS26 FLFSTCYTERNHTY-CKTKYSLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFCYSMIIRTLQH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LRPAGQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQVTES
. ...:.:. :.:: :. .: :::..:::.::..:.:. .: ..::::.:.::.
CCDS26 CKNEKKNKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERYLDYAIQATET
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 IAFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLAPGTAQASLSSCSESSILTAQEEM
.::.:::..::.: : ...::.:. .. . :
CCDS26 LAFVHCCLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSADTPSSSYTQST
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KB8 TGMNDLGERQSENSPNKEDVGNKSA
CCDS26 MDHDLHDAL
360
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 783 init1: 559 opt: 839 Z-score: 895.3 bits: 174.3 E(32554): 1.5e-43
Smith-Waterman score: 839; 39.6% identity (68.0% similar) in 359 aa overlap (9-360:4-352)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAATASPQPLATEDADSENSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVLG
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CCDS27 METPNTTEDYDTTTE----FDYGDATP---CQKVNERAFGAQLLPPLYSLVFVIG
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB8 LSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFW-GISVAWHWVFGSFLCKM
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CCDS27 LVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDAMCKI
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VSTLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPD
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CCDS27 LSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIIIWALAILASMPG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 MVFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTI--WKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVL
. : .:. . .: : : .. :::: .. ::.:..::::.::. :. : .:
CCDS27 LYFSKTQWEFTH-HTCSLHFP-HESLREWKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYTGIIKIL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 VRLRPA-GQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQV
.: :: ...:... .... ::..: :::::... .. :. .:: :.::: :.::
CCDS27 LR-RPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHLDLAVQV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 TESIAFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLA---PGTAQASLSSCSESSIL
:: ::. ::: .:..::: ..:::.::. .. .. ::. : . : : .:
CCDS27 TEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERVSSTSPS
290 300 310 320 330 340
360 370 380
pF1KB8 TAQEEMTGMNDLGERQSENSPNKEDVGNKSA
:...:..
CCDS27 TGEHELSAGF
350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 682 init1: 378 opt: 798 Z-score: 852.0 bits: 166.3 E(32554): 3.9e-41
Smith-Waterman score: 798; 38.2% identity (74.4% similar) in 317 aa overlap (12-327:13-320)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAATASPQPLATEDADSENSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVL
:... : ..:. ::: :.: : ..: .:: .:::.:..
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAP-----CHKFDVKQIGAQLLPPLYSLVFIF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GLSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFWGISVAWHWVFGSFLCKM
:. ::.:....:. . ...:::::::::.::::.:::.:. :.: .::::. .::.
CCDS46 GFVGNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEWVFGNAMCKL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 VSTLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPD
. :: :....::::: ...:.:: :::: . :: . ... ..:.: :.. .:.:
CCDS46 FTGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWLVAVFASVPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 MVFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTIWKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVLVR
..:.. ... . :. : : .: :. : ...:.::..:::: :.. :: : .:.:
CCDS46 IIFTKCQKEDS-VYVCGPYFP-RG--WNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGILKTLLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 LRPAGQ-GRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQVTE
: . ::... ......:..: :::....:.:. .. ..::: ...:: : ::::
CCDS46 CRNEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 SIAFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLAPGTAQASLSSCSESSILTAQEE
.... :::..::.::: ...::.::..:.
CCDS46 TLGMTHCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFCKQCPVFYRETVDGVTSTNTPST
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 768 init1: 406 opt: 782 Z-score: 835.2 bits: 163.2 E(32554): 3.4e-40
Smith-Waterman score: 782; 35.5% identity (68.1% similar) in 332 aa overlap (20-351:13-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAATASPQPLATEDADSENSSFYYYDYLDEVAFMLCRKDAVVSFGKVFLPVFYSLIFVLG
...:: : .. : . . . ::..: ::: :.::..
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSP----CDAELIQTNGKLLLAVFYCLLFVFS
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LSGNLLLLMVLLRYVPRRRMVEIYLLNLAISNLLFLVTLPFWGISVAWHWVFGSFLCKMV
: :: :...::. : ....::::::.:.:::. ..:: . .::::. .::.:
CCDS26 LLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQTYYLLDQWVFGTVMCKVV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 STLYTINFYSGIFFISCMSLDKYLEIVHAQPYHRLRTRAKSLLLATIVWAVSLAVSIPDM
: .: :.:::..:::. ::.:.:: .::: ..:: . : :: ... ..:: .
CCDS26 SGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTTLCLAVWLTAIMATIPLL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VFVQTHENPKGVWNCHADFGGHGTIWKLFLRFQQNLLGFLLPLLAMIFFYSRIGCVLVRL
:: :. . :: .:.. .. . ::.: :..:.::.:.:. ..: : .: : :
CCDS26 VFYQV-ASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFTIFMFCYIKILHQLKRC
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 RPAGQGRALKIAAALVVAFFVLWFPYNLTLFLHTLLDLQVFGNCEVSQHLDYALQVTESI
. .. .:.... .:.: ...: :.:..::: .: ..... .: .::.: :: .::: :
CCDS26 QNHNKTKAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEII
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 AFLHCCFSPILYAFSSHRFRQYLKAFLAAVLGWHLAPGTAQASLSSCSESSILTAQEEMT
.: ::: .:..::: ...:...:. .. . . : :: .::
CCDS26 SFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPRESCEKSSSCQQHSSRS
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CCDS43 CRNEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQATQVTE
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CCDS43 QGLLDGRGKGKSIGRAPEASLQDKEGA
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CCDS54 LERTSSVSPSTAEPELSIVF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]