Result of FASTA (ccds) for
pF1KB8984
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8984, 386 aa
1>>>pF1KB8984 386 - 386 aa - 386 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6262+/-0.000771; mu= 16.4151+/- 0.047
mean_var=120.0431+/-32.030, 0's: 0 Z-trim(111.1): 124 B-trim: 1356 in 2/49
Lambda= 0.117059
statistics sampled from 11916 (12127) to 11916 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.373), width: 16
Scan time: 3.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 ( 386) 2622 453.8 1.2e-127
CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 ( 358) 787 143.9 2.2e-34
CCDS61454.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 ( 296) 535 101.2 1.2e-21
CCDS9707.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 ( 359) 533 101.0 1.8e-21
CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 ( 488) 499 95.4 1.2e-19
CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 343) 465 89.5 5e-18
CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 ( 407) 465 89.6 5.6e-18
CCDS686.1 PTGFR gene_id:5737|Hs108|chr1 ( 359) 406 79.5 5.1e-15
CCDS44160.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 365) 372 73.8 2.8e-13
CCDS652.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 374) 372 73.8 2.8e-13
CCDS658.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 388) 372 73.8 2.9e-13
CCDS657.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 372 73.8 2.9e-13
CCDS656.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 390) 372 73.8 2.9e-13
CCDS655.1 PTGER3 gene_id:5733|Hs108|chr1 ( 418) 372 73.9 3e-13
CCDS12309.1 PTGER1 gene_id:5731|Hs108|chr19 ( 402) 331 66.9 3.6e-11
>>CCDS12686.1 PTGIR gene_id:5739|Hs108|chr19 (386 aa)
initn: 2622 init1: 2622 opt: 2622 Z-score: 2405.3 bits: 453.8 E(32554): 1.2e-127
Smith-Waterman score: 2622; 100.0% identity (100.0% similar) in 386 aa overlap (1-386:1-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPARPSAFAVLVTGLAATD
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CCDS12 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPARPSAFAVLVTGLAATD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPALCDAFAFAMTFFGLASMLILFAMAVERCLA
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CCDS12 LLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPALCDAFAFAMTFFGLASMLILFAMAVERCLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPGSWCFLRMRWAQPG
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CCDS12 LSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPGSWCFLRMRWAQPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 GAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSLGPRPRTGEDEVDHLIL
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CCDS12 GAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSLGPRPRTGEDEVDHLIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAPDSSSEMGDLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVF
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CCDS12 LALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAPDSSSEMGDLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 QRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPL
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CCDS12 QRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPL
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 PPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
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CCDS12 PPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
370 380
>>CCDS9708.1 PTGER2 gene_id:5732|Hs108|chr14 (358 aa)
initn: 783 init1: 346 opt: 787 Z-score: 730.8 bits: 143.9 E(32554): 2.2e-34
Smith-Waterman score: 848; 46.1% identity (69.6% similar) in 332 aa overlap (2-309:10-332)
10 20 30 40
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGIL----------SARR
...:.. .. . .:: :..:: :::.:: .::..: :: :
CCDS97 MGNASNDSQSEDCETRQWLPPGESPAISSVMFSAGVLGNLIALALLARRWRGDVGCSAGR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 PARPSAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPALCDAFAFAMTFF
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CCDS97 RSSLSLFHVLVTELVFTDLLGTCLISPVVLASYARNQTLVALAPESRA-CTYFAFAMTFF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GLASMLILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLA-LPAIYAFCVLFCALPLLGLGQH
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CCDS97 SLATMLMLFAMALERYLSIGHPYFY-QRRVSRSGGLAVLPVIYAVSLLFCSLPLLDYGQY
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 QQYCPGSWCFLRMRWAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQ
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CCDS97 VQYCPGTWCFIRH-----GRTAYLQLYATLLLLLIVSVLACNFSVILNLIRMHRRSRRSR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB8 -------GSLGPRPRT-GE-----DEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAPDS
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CCDS97 CGPSLGSGRGGPGARRRGERVSMAEETDHLILLAIMTITFAVCSLPFTI--FAYMNETSS
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 SSEMGDLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLAS
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CCDS97 RKEKWDLQALRFLSINSIIDPWVFAILRPPVLRLMRSVLCCRISLRTQDATQTSCSTQSD
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 GRRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
CCDS97 ASKQADL
>>CCDS61454.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 (296 aa)
initn: 639 init1: 321 opt: 535 Z-score: 501.8 bits: 101.2 E(32554): 1.2e-21
Smith-Waterman score: 663; 43.8% identity (69.3% similar) in 274 aa overlap (5-255:8-281)
10 20 30 40
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILS-------ARRPARP--SA
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CCDS61 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 FAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARG-GPALCDAFAFAMTFFGLASM
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CCDS61 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 LILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPG
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CCDS61 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 SWCFLRMRWAQPGGAA--FSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSLG
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CCDS61 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB8 -----PRPRTGE------DEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAPDSSSEMGD
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CCDS61 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIAFVPGVPAKTPGSR
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDPR
>>CCDS9707.1 PTGDR gene_id:5729|Hs108|chr14 (359 aa)
initn: 746 init1: 321 opt: 533 Z-score: 499.0 bits: 101.0 E(32554): 1.8e-21
Smith-Waterman score: 767; 42.8% identity (67.1% similar) in 325 aa overlap (5-301:8-332)
10 20 30 40
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILS-------ARRPARP--SA
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CCDS97 MKSPFYRCQNTTSVEKGNSAVMGGVLFSTGLLGNLLALGLLARSGLGWCSRRPLRPLPSV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 FAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARG-GPALCDAFAFAMTFFGLASM
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CCDS97 FYMLVCGLTVTDLLGKCLLSPVVLAAYAQNRSLRVLAPALDNSLCQAFAFFMSFFGLSST
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 LILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPG
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CCDS97 LQLLAMALECWLSLGHPFFYRRHITLRLGALVAPVVSAFSLAFCALPFMGFGKFVQYCPG
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 SWCFLRMRWAQPGGAA--FSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSLG
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CCDS97 TWCFIQMVHEEGSLSVLGYSVLYSSLMALLVLATVLCNLGAMRNLYAMHRRLQRHPRSCT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260
pF1KB8 -----PRPRTGE------DEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAVAP-----DSS
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CCDS97 RDCAEPRADGREASPQPLEELDHLLLLALMTVLFTMCSLPVIYRAYYGAFKDVKEKNRTS
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 SEMGDLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASG
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CCDS97 EEAEDLRALRFLSVISIVDPWIFIIFRSPVFRIFFHKIFIRPLRYRSRCSNSTNMESSL
310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 RRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
>>CCDS3930.1 PTGER4 gene_id:5734|Hs108|chr5 (488 aa)
initn: 659 init1: 358 opt: 499 Z-score: 466.4 bits: 95.4 E(32554): 1.2e-19
Smith-Waterman score: 631; 36.7% identity (62.1% similar) in 335 aa overlap (17-311:20-349)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPAT-STLMFVAGVVGNGLALGIL-SARRPARPSAFAVLVTG
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CCDS39 MSTPGVNSSASLSPDRLNSPVTIPAVMFIFGVVGNLVAIVVLCKSRKEQKETTFYTLVCG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPALCDAFAFAMTFFGLASMLILFAMAV
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CCDS39 LAVTDLLGTLLVSPVTIATYMK-----GQWPGGQPLCEYSTFILLFFSLSGLSIICAMSV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 ERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQYCPGSWCFLRMR
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CCDS39 ERYLAINHAYFYSHYVDKRLAGLTLFAVYASNVLFCALPNMGLGSSRLQYPDTWCFIDWT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB8 WAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQ---------QKRHQG---S
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CCDS39 TNVTAHAAYSYMYAGFSSFLILATVLCNVLVCGALLRMHRQFMRRTSLGTEQHHAAAAAS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB8 LGPR---------PRTGE------------DEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFT-
.. : :: .. :.. .::: ..:. .::.::..: :.
CCDS39 VASRGHPAASPALPRLSDFRRRRSFRRIAGAEIQMVILLIATSLVVLICSIPLVVRVFVN
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB8 QAVAPDSSSEMG---DLLAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCL-CLGPAHG
: :. :.. :: :.:. . :::::::..::.::.:... . :: :
CCDS39 QLYQPSLEREVSKNPDLQAIRIASVNPILDPWIYILLRKTVLSKAIEKIKCLFCRIGGSR
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 DSQTPLSQLASGRRDPRAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKA
CCDS39 RERSGQHCSDSQRTSSAMSGHSRSFISRELKEISSTSQTLLPDLSLPDLSENGLGGRNLL
360 370 380 390 400 410
>>CCDS42467.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (343 aa)
initn: 424 init1: 195 opt: 465 Z-score: 437.1 bits: 89.5 E(32554): 5e-18
Smith-Waterman score: 465; 33.6% identity (62.2% similar) in 304 aa overlap (17-304:28-320)
10 20 30 40
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPARP---
: .. . :.:...: :::..:.. : .
CCDS42 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPA--LCDAFAFAMTFFGL
:.: ... ::. ::.:: ... .. :. ....:. :. :: .. .: ::::
CCDS42 SSFLTFLCGLVLTDFLGL-LVTGTIVVS--QHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 ASMLILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQY
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CCDS42 SPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 CPGSWCFLRMRWAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSL
::::::: . :. : .::.: .. : .: :. :: : . .::..:. :. :
CCDS42 YPGSWCFLTLG-AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQ---
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB8 GPRPRTGEDEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAV--APDSSSEMGDL-------
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CCDS42 -QRPR--DSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLV-FIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKE
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 --LAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDP
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CCDS42 LLIYLRVATWNQILDPWVYILFRRAVLRRLQPRLSTRPRSLSLQPQLTQRSGLQ
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380
pF1KB8 RAPSAPVGKEGSCVPLSAWGEGQVEPLPPTQQSSGSAVGTSSKAEASVACSLC
>>CCDS54198.1 TBXA2R gene_id:6915|Hs108|chr19 (407 aa)
initn: 424 init1: 195 opt: 465 Z-score: 436.3 bits: 89.6 E(32554): 5.6e-18
Smith-Waterman score: 465; 33.6% identity (62.2% similar) in 304 aa overlap (17-304:28-320)
10 20 30 40
pF1KB8 MADSCRNLTYVRGSVGPATSTLMFVAGVVGNGLALGILSARRPARP---
: .. . :.:...: :::..:.. : .
CCDS54 MWPNGSSLGPCFRPTNITLEERRLIASPWFAASFCVVGLASNLLALSVLAGARQGGSHTR
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPA--LCDAFAFAMTFFGL
:.: ... ::. ::.:: ... .. :. ....:. :. :: .. .: ::::
CCDS54 SSFLTFLCGLVLTDFLGL-LVTGTIVVS--QHAALFEWHAVDPGCRLCRFMGVVMIFFGL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 ASMLILFAMAVERCLALSHPYLYAQLDGPRCARLALPAIYAFCVLFCALPLLGLGQHQQY
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CCDS54 SPLLLGAAMASERYLGITRPFSRPAVASQRRAWATVGLVWAAALALGLLPLLGVGRYTVQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 CPGSWCFLRMRWAQPGGAAFSLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTLSLCRMYRQQKRHQGSL
::::::: . :. : .::.: .. : .: :. :: : . .::..:. :. :
CCDS54 YPGSWCFLTLG-AESGDVAFGLLFSMLGGLSVGLSFLLNTVSVATLCHVYHGQEAAQ---
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB8 GPRPRTGEDEVDHLILLALMTVVMAVCSLPLTIRCFTQAV--APDSSSEMGDL-------
::: ..::. . : . :: .:: ::: . ..:.: : . : :.:
CCDS54 -QRPR--DSEVEMMAQLLGIMVVASVCWLPLLV-FIAQTVLRNPPAMSPAGQLSRTTEKE
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 --LAFRFYAFNPILDPWVFILFRKAVFQRLKLWVCCLCLGPAHGDSQTPLSQLASGRRDP
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270 280 290 300 310
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10 20 30 40
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pF1KB8 --RRPARPSAFAVLVTGLAATDLLGTSFLSPAVFVAYARNSSLLGLARGGPALCDAFAFA
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CCDS65 RRRESKRKKSFLLCIGWLALTDLVGQLLTTPVVIVVYLSKQRWEHIDPSG-RLCTFFGLT
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pF1KB8 GQHQQYCPGSWCFLRMRWAQPG-------GAAF---SLAYAGLVALLVAAIFLCNGSVTL
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CCDS65 FWGN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]