FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8986, 387 aa
1>>>pF1KB8986 387 - 387 aa - 387 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5826+/-0.00126; mu= 15.0345+/- 0.074
mean_var=136.3287+/-42.112, 0's: 0 Z-trim(102.8): 261 B-trim: 938 in 2/48
Lambda= 0.109845
statistics sampled from 6644 (7115) to 6644 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16
Scan time: 2.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 2538 414.8 6.8e-116
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 2335 382.6 3.1e-106
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 941 161.6 9.9e-40
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 931 160.1 2.9e-39
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 921 158.5 8.9e-39
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 920 158.3 9.9e-39
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 912 157.1 2.5e-38
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 902 155.5 7.1e-38
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 902 155.5 7.4e-38
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 887 153.1 3.7e-37
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 728 127.9 1.5e-29
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 723 127.1 2.5e-29
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 723 127.1 2.5e-29
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 698 123.2 4e-28
CCDS2736.1 XCR1 gene_id:2829|Hs108|chr3 ( 333) 688 121.5 1.1e-27
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 682 120.6 2.2e-27
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 657 116.7 3.6e-26
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 657 116.7 3.6e-26
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 631 112.5 6.1e-25
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 630 112.4 6.8e-25
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 630 112.4 6.9e-25
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 617 110.3 2.9e-24
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 617 110.4 3.1e-24
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 615 110.0 3.5e-24
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 589 105.8 5.9e-23
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 589 105.9 6.1e-23
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 586 105.4 8.3e-23
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 557 100.8 2.1e-21
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 499 91.6 1.2e-18
CCDS5322.1 GPER1 gene_id:2852|Hs108|chr7 ( 375) 479 88.5 1.1e-17
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 457 85.0 1.2e-16
CCDS2931.1 GPR15 gene_id:2838|Hs108|chr3 ( 360) 447 83.4 3.6e-16
CCDS9894.2 GPR68 gene_id:8111|Hs108|chr14 ( 365) 439 82.1 8.9e-16
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1 ( 361) 436 81.6 1.2e-15
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 430 80.7 2.4e-15
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12 ( 404) 427 80.3 3.5e-15
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 426 80.1 3.8e-15
CCDS4032.1 F2R gene_id:2149|Hs108|chr5 ( 425) 425 80.0 4.5e-15
CCDS12012.1 GALR1 gene_id:2587|Hs108|chr18 ( 349) 423 79.5 5e-15
CCDS13556.1 OPRL1 gene_id:4987|Hs108|chr20 ( 370) 415 78.3 1.2e-14
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1 ( 372) 415 78.3 1.3e-14
CCDS33063.1 C5AR1 gene_id:728|Hs108|chr19 ( 350) 405 76.7 3.6e-14
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 404 76.6 4.3e-14
CCDS1124.1 RXFP4 gene_id:339403|Hs108|chr1 ( 374) 401 76.1 5.8e-14
CCDS9412.1 CYSLTR2 gene_id:57105|Hs108|chr13 ( 346) 399 75.7 6.9e-14
CCDS6151.1 NPBWR1 gene_id:2831|Hs108|chr8 ( 328) 396 75.2 9.3e-14
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 396 75.3 1e-13
CCDS11691.1 SSTR2 gene_id:6752|Hs108|chr17 ( 369) 396 75.3 1e-13
CCDS12669.1 GPR4 gene_id:2828|Hs108|chr19 ( 362) 389 74.2 2.1e-13
CCDS9626.1 LTB4R gene_id:1241|Hs108|chr14 ( 352) 386 73.7 2.9e-13
>>CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (387 aa)
initn: 2538 init1: 2538 opt: 2538 Z-score: 2194.2 bits: 414.8 E(32554): 6.8e-116
Smith-Waterman score: 2538; 99.2% identity (99.7% similar) in 387 aa overlap (1-387:1-387)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MREPLEALKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVV
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MREPLEAFKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ISLGVWAAAILVAAPQFMFTKQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISLGVWAAAILVAAPQFMFTKQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSCDMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS54 YCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 KDLRLALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSE
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KDLRLALSVTETVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSE
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB8 SQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
370 380
>>CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 2335 init1: 2335 opt: 2335 Z-score: 2020.7 bits: 382.6 E(32554): 3.1e-106
Smith-Waterman score: 2335; 99.4% identity (99.7% similar) in 355 aa overlap (33-387:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 EPLEALKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFG
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 TVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHY
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTIS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 LGVWAAAILVAAPQFMFTKQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LGVWAAAILVAAPQFMFTKQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYC
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSCDMRKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS43 YFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNVMIFLETLKLYDFFPSCDMRKD
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LRLALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQ
::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LRLALSVTETVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQ
280 290 300 310 320 330
370 380
pF1KB8 RSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
:::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
340 350
>>CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 933 init1: 453 opt: 941 Z-score: 826.8 bits: 161.6 E(32554): 9.9e-40
Smith-Waterman score: 941; 42.3% identity (71.3% similar) in 352 aa overlap (38-382:13-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 LKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFE-YDDLAEACYIGDIVVFGTVFL
::. :. :... . : : .:: .::
CCDS26 MNPTDIADTTLDESIYSNYYLYESIPKPCTKEGIKAFGELFL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINE
.::..:..::.:: .::..: . :. .:.::.::::::.:::::: .:::: .: ..
CCDS26 PPLYSLVFVFGLLGNSVVVLVLFKYKRLRSMTDVYLLNLAISDLLFVFSLPFWGYYAADQ
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVW
. ..::. . ....::...:::. ..::::::::: :. :. ::. .:: ::..:
CCDS26 WVFGLGLCKMISWMYLVGFYSGIFFVMLMSIDRYLAIVHAVFSLRARTLTYGVITSLATW
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 AAAILVAAPQFMF----TKQKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYC
..:.... : :.: :..... : : . . : :: ..: :.::...:: :: .:
CCDS26 SVAVFASLPGFLFSTCYTERNHTYCKTKYS-LNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGIMLFC
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSCDMRKD
: ::.:: :::.:: ::.:.:. ::..:. :::::::..::::: . . .: ...
CCDS26 YSMIIRTLQHCKNEKKNKAVKMIFAVVVLFLGFWTPYNIVLFLETLVELEVLQDCTFERY
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LRLALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKC--LAVLCGRSVHVDFSSSE
: :...:: .:: ::::::.:: : :::::.:. .:. : : ::: ... :..
CCDS26 LDYAIQATETLAFVHCCLNPIIYFFLGEKFRKYILQLFKTCRGLFVLCQYCGLLQIYSAD
290 300 310 320 330 340
370 380
pF1KB8 SQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
. ::..: : : :
CCDS26 TP--------SSSYTQSTMDHDLHDAL
350 360
>>CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 863 init1: 466 opt: 931 Z-score: 818.3 bits: 160.1 E(32554): 2.9e-39
Smith-Waterman score: 931; 39.7% identity (75.3% similar) in 348 aa overlap (31-372:3-350)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MREPLEALKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVV
.:.: .::. . : .. : : .
CCDS26 MDYTLDLSVTTVTDYYYPDIFSSPCDAELIQT
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FGTVFLSIFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWT
: ..:..:: ..:...:.:: ::...:. :: .:.::.::::::::::::: ..:: :
CCDS26 NGKLLLAVFYCLLFVFSLLGNSLVILVLVVCKKLRSITDVYLLNLALSDLLFVFSFPFQT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 HYLINEKGLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVT
.::... . ..::: ...:..:::..:.::::..:.:::::.: :. ... ::.. :.:
CCDS26 YYLLDQWVFGTVMCKVVSGFYYIGFYSSMFFITLMSVDRYLAVVHAVYALKVRTIRMGTT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KB8 ISLGVWAAAILVAAPQFMFTK-QKENECLGDYPEVLQEI--WPVLRNVETNFLGFLLPLL
. :.:: .::... : ..: . .:. : : :. : .. : . :.::.:.:.
CCDS26 LCLAVWLTAIMATIPLLVFYQVASEDGVLQCYSFYNQQTLKWKIFTNFKMNILGLLIPFT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 IMSYCYFRIIQTLFSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSC
:. .::..:.. : :.::.:.:::.:.:.:::. .:::.:.:...:: .:. . .. .:
CCDS26 IFMFCYIKILHQLKRCQNHNKTKAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGC
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 DMRKDLRLALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGK-CLAVLC--GRSVHV
.. ..: : :::...:.:::.::.::::.::::...: ... : : .. ::..
CCDS26 SISQQLTYATHVTEIISFTHCCVNPVIYAFVGEKFKKHLSEIFQKSCSQIFNYLGRQMPR
280 290 300 310 320 330
360 370 380
pF1KB8 DFSSSESQRSRHGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
. . :. ..:.: ::
CCDS26 ESCEKSSSCQQHSSRSSSVDYIL
340 350
>>CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 (360 aa)
initn: 619 init1: 597 opt: 921 Z-score: 809.6 bits: 158.5 E(32554): 8.9e-39
Smith-Waterman score: 921; 47.2% identity (75.6% similar) in 307 aa overlap (38-342:18-322)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 LKLADLDFRKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLS
: :: :.:: : :. :. .:. .:
CCDS46 MLSTSRSRFIRNTNESGEEVTTFFDYDYGAP-CHKFDVKQIGAQLLP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 IFYSVIFAIGLVGNLLVVFALTNSKKPKSVTDIYLLNLALSDLLFVATLPFWTHYLINEK
.::..: .:.:::.:::. : : :: : .:::::::::.:::::. :::.:.: ::
CCDS46 PLYSLVFIFGFVGNMLVVLILINCKKLKCLTDIYLLNLAISDLLFLITLPLWAHSAANEW
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 GLHNAMCKFTTAFFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWA
. :::::. :... ::.::.:::: ...:::::::: :. ... ::: ::. :. .:
CCDS46 VFGNAMCKLFTGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 AAILVAAPQFMFTK-QKENECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRI
.:.....: ..::: :::. : . . : .... :.::..:::::: :: :
CCDS46 VAVFASVPGIIFTKCQKEDSVYVCGP-YFPRGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGI
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 IQTLFSCKNHKKA-KAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRL
..::. :.:.:: .:...:. ..::.:::::::::.:.:.:.. . . .:. ..:
CCDS46 LKTLLRCRNEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQ
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSR
: .::: ....:::.::.::::.:::::::: .. :
CCDS46 ATQVTETLGMTHCCINPIIYAFVGEKFRRYLSVFFRKHITKRFCKQCPVFYRETVDGVTS
290 300 310 320 330 340
370 380
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CCDS46 TNTPSTGEQEVSAGL
350 360
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: .:.: : : : . .::. .: .:
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::.. : ..:.: . .. : .: : :.: : ... .. :..:..::::.: ::
CCDS27 ILASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSLHFPHESLRE-WKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICYT
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::. :. :.::.::..::....:.:::::::::. :.. ... . : :.. . :
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CCDS27 STSPSTGEHELSAGF
350
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CCDS43 VFGNAMCKLFTGLYHIGYFGGIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWL
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.:.....: ..::: :::. : . . : .... :.::..:::::: :: :
CCDS43 VAVFASVPGIIFTKCQKEDSVYVCGP-YFPRGWNNFHTIMRNILGLVLPLLIMVICYSGI
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..::. :.:.:: .:...:. ..::.:::::::::.:.:.:.. . . .:. ..:
CCDS43 LKTLLRCRNEKKRHRAVRVIFTIMIVYFLFWTPYNIVILLNTFQEFFGLSNCESTSQLDQ
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pF1KB8 ALSVTEMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSR
: .::: ....:::.::.::::.::::: :.:. :
CCDS43 ATQVTETLGMTHCCINPIIYAFVGEKFRS-LFHIALGCRIAPLQKPVCGGPGVRPGKNVK
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370 380
pF1KB8 HGSVLSSNFTYHTSDGDALLLL
CCDS43 VTTQGLLDGRGKGKSIGRAPEASLQDKEGA
350 360 370
>>CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (355 aa)
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20 30 40 50 60 70
pF1KB8 RKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFA
:::.. : .: .. . :. .::..:.
CCDS27 MTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFT
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CCDS27 VGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMC
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CCDS27 KLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAAL
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pF1KB8 PQFMFTKQKE----NECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTL
:.:.: . .: . : . ::: : ..... ... ..::::.:. :: ::.::
CCDS27 PEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTL
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CCDS27 LRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVT
230 240 250 260 270 280
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pF1KB8 EMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVL
:..:.::::.::.::::.::.::.:: :.. . : . :: .. : :: . : .::
CCDS27 EVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGR--YIPFLPSE-KLERTSSVS
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:
CCDS27 PSTAEPELSIVF
350
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20 30 40 50 60 70
pF1KB8 RKSSLASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFA
:::.. : .: .. . :. .::..:.
CCDS54 LLRAHKPGSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFT
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CCDS54 VGLLGNVVVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMC
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CCDS54 KLLSGFYHTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHAVFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAAL
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200 210 220 230 240 250
pF1KB8 PQFMFTKQKE----NECLGDYPEVLQEIWPVLRNVETNFLGFLLPLLIMSYCYFRIIQTL
:.:.: . .: . : . ::: : ..... ... ..::::.:. :: ::.::
CCDS54 PEFIFYETEELFEETLCSALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTL
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pF1KB8 FSCKNHKKAKAIKLILLVVIVFFLFWTPYNIMIFLETLKLYDFFPSCDMRKDLRLALSVT
. : ..:: :::.::.... :::.::::::. :.: . . : .:. : : :.. ::
CCDS54 LRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVT
250 260 270 280 290 300
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 EMVAFSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVL
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CCDS54 EVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGR--YIPFLPSE-KLERTSSVS
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pF1KB8 SSNFTYHTSDGDALLLL
:
CCDS54 PSTAEPELSIVF
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initn: 742 init1: 465 opt: 887 Z-score: 780.6 bits: 153.1 E(32554): 3.7e-37
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pF1KB8 LASGWRMASGAFTMDQFPESVTENFEYDDLAEACYIGDIVVFGTVFLSIFYSVIFAIGLV
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CCDS27 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFV
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pF1KB8 FFFIGFFGSIFFITVISIDRYLAIVLAANSMNNRTVQHGVTISLGVWAAAILVAAPQFMF
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230 240 250 260 270 280
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pF1KB8 FSHCCLNPLIYAFAGEKFRRYLYHLYGKCLAVLCGRSVHVDFSSSESQRSRHGSVLSSNF
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CCDS27 MTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRSTGEQ
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CCDS27 EISVGL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]