FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9023, 1375 aa
1>>>pF1KB9023 1375 - 1375 aa - 1375 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5741+/-0.00115; mu= 9.3594+/- 0.069
mean_var=223.5237+/-43.886, 0's: 0 Z-trim(111.3): 188 B-trim: 37 in 2/49
Lambda= 0.085785
statistics sampled from 12066 (12259) to 12066 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 5.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9706.1 NID2 gene_id:22795|Hs108|chr14 (1375) 9674 1211.5 0
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CCDS31478.1 LRP4 gene_id:4038|Hs108|chr11 (1905) 652 95.1 2e-18
CCDS8181.1 LRP5 gene_id:4041|Hs108|chr11 (1615) 596 88.1 2.2e-16
CCDS579.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 700) 583 86.2 3.6e-16
CCDS8647.1 LRP6 gene_id:4040|Hs108|chr12 (1613) 576 85.6 1.2e-15
CCDS30720.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 904) 560 83.4 3.1e-15
CCDS578.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 963) 560 83.4 3.3e-15
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CCDS34979.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 845) 522 78.7 7.8e-14
CCDS6446.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 873) 522 78.7 8e-14
CCDS580.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 793) 518 78.2 1e-13
CCDS58651.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 858) 513 77.6 1.7e-13
CCDS12254.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 860) 513 77.6 1.7e-13
CCDS8932.1 LRP1 gene_id:4035|Hs108|chr12 (4544) 526 79.8 1.9e-13
CCDS54795.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1165) 513 77.7 2.1e-13
CCDS54794.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1166) 513 77.7 2.1e-13
CCDS3689.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1207) 513 77.7 2.2e-13
CCDS56083.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 682) 504 76.4 3.1e-13
CCDS56085.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 819) 501 76.1 4.6e-13
CCDS74370.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1557) 467 72.1 1.4e-11
CCDS74368.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1587) 467 72.1 1.4e-11
CCDS74369.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1624) 467 72.1 1.4e-11
CCDS56084.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 692) 442 68.7 6.4e-11
CCDS46762.1 FBLN2 gene_id:2199|Hs108|chr3 (1184) 442 68.9 9.5e-11
CCDS46761.1 FBLN2 gene_id:2199|Hs108|chr3 (1231) 442 68.9 9.8e-11
>>CCDS9706.1 NID2 gene_id:22795|Hs108|chr14 (1375 aa)
initn: 9674 init1: 9674 opt: 9674 Z-score: 6480.5 bits: 1211.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9674; 99.6% identity (99.6% similar) in 1375 aa overlap (1-1375:1-1375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEGDRVAGRPVLSSLPVLLLLQLLMLRAAALHPDELFPHGESWGDQLLQEGDDESSAVVK
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CCDS97 MEGDRVAGRPVLSSLPVLLLLPLLMLRAAALHPDELFPHGESWGDQLLQEGDDESSAVVK
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70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LANPLHFYEARFSNLYVGTNGIISTQDFPRETQYVDYDFPTDFPAIAPFLADIDTSHGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LANPLHFYEARFSNLYVGTNGIISTQDFPRETQYVDYDFPTDFPAIAPFLADIDTSHGRG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 RVLYREDTSPAVLGLAARYVRAGFPRSARFTPTHAFLATWEQVGAYEEVKRGALPSGELN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 RVLYREDTSPAVLGLAARYVRAGFPRSARFTPTHAFLATWEQVGAYEEVKRGALPSGELN
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190 200 210 220 230 240
pF1KB9 TFQAVLASDGSDSYALFLYPANGLQFLGTRPKESYNVQLQLPARVGFCRGEADDLKSEGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TFQAVLASDGSDSYALFLYPANGLQFLGTRPKESYNVQLQLPARVGFCRGEADDLKSEGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 YFSLTSTEQSVKNLYQLSNLGIPGVWAFHIGSTSPLDNVRPAAVGDLSAAHSSVPLGRSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 YFSLTSTEQSVKNLYQLSNLGIPGVWAFHIGSTSPLDNVRPAAVGDLSAAHSSVPLGRSF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SHATALESDYNEDNLDYYDVNEEEAEYLPGEPEEALNGHSSIDVSFQSKVDTKPLEESST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 SHATALESDYNEDNLDYYDVNEEEAEYLPGEPEEALNGHSSIDVSFQSKVDTKPLEESST
310 320 330 340 350 360
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pF1KB9 LDPHTKEGTSLGEVGGPDLKGQVEPWDERETRSPAPPEVDRDSLAPSWETPPPYPENGSI
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CCDS97 LDPHTKEGTSLGEVGGPDLKGQVEPWDERETRSPAPPEVDRDSLAPSWETPPPYPENGSI
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pF1KB9 QPYPDGGPVPSEMDVPPAHPEEEIVLRSYPASDHTTPLSRGTYEVGLEDNIGSNTEVFTY
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CCDS97 QPYPDGGPVPSEMDVPPAHPEEEIVLRSYPASGHTTPLSRGTYEVGLEDNIGSNTEVFTY
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CCDS97 NAANKETCEHNHRQCSRHAFCTDYATGFCCHCQSKFYGNGKHCLPEGAPHRVNGKVSGHL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 HVGHTPVHFTDVDLHAYIVGNDGRAYTAISHIPQPAAQALLPLTPIGGLFGWLFALEKPG
550 560 570 580 590 600
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pF1KB9 SENGFSLAGAAFTHDMEVTFYPGEETVRITQTAEGLDPENYLSIKTNIQGQVPYVPANFT
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CCDS97 SENGFSLAGAAFTHDMEVTFYPGEETVRITQTAEGLDPENYLSIKTNIQGQVPYVSANFT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 AHISPYKELYHYSDSTVTSTSSRDYSLTFGAINQTWSYRIHQNITYQVCRHAPRHPSFPT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS97 TQQLNVDRVFALYNDEERVLRFAVTNQIGPVKEDSDPTPGNPCYDGSHMCDTTARCHPGT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GVDYTCECASGYQGDGRNCVDENECATGFHRCGPNSVCINLPGSYRCECRSGYEFADDRH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TCILITPPANPCEDGSHTCAPAGQARCVHHGGSTFSCACLPGYAGDGHQCTDVDECSENR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 CHPAATCYNTPGSFSCRCQPGYYGDGFQCIPDSTSSLTPCEQQQRHAQAQYAYPGARFHI
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pF1KB9 PQCDEQGNFLPLQCHGSTGFCWCVDPDGHEVPGTQTPPGSTPPHCGPSPEPTQRPPTICE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PQCDEQGNFLPLQCHGSTGFCWCVDPDGHEVPGTQTPPGSTPPHCGPSPEPTQRPPTICE
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CCDS97 RWRENLLEHYGGTPRDDQYVPQCDDLGHFIPLQCHGKSDFCWCVDKDGREVQGTRSQPGT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TPACIPTVAPPMVRPTPRPDVTPPSVGTFLLYTQGQQIGYLPLNGTRLQKDAAKTLLSLH
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1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 GSIIVGIDYDCRERMVYWTDVAGRTISRAGLELGAEPETIVNSGLISPEGLAIDHIRRTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GSIIVGIDYDCRERMVYWTDVAGRTISRAGLELGAEPETIVNSGLISPEGLAIDHIRRTM
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 YWTDSVLDKIESALLDGSERKVLFYTDLVNPRAIAVDPIRGNLYWTDWNREAPKIETSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 YWTDSVLDKIESALLDGSERKVLFYTDLVNPRAIAVDPIRGNLYWTDWNREAPKIETSSL
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pF1KB9 DGENRRILINTDIGLPNGLTFDPFSKLLCWADAGTKKLECTLPDGTGRRVIQNNLKYPFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 DGENRRILINTDIGLPNGLTFDPFSKLLCWADAGTKKLECTLPDGTGRRVIQNNLKYPFS
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pF1KB9 IVSYADHFYHTDWRRDGVVSVNKHSGQFTDEYLPEQRSHLYGITAVYPYCPTGRK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 IVSYADHFYHTDWRRDGVVSVNKHSGQFTDEYLPEQRSHLYGITAVYPYCPTGRK
1330 1340 1350 1360 1370
>>CCDS1608.1 NID1 gene_id:4811|Hs108|chr1 (1247 aa)
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Smith-Waterman score: 3496; 41.7% identity (65.7% similar) in 1370 aa overlap (18-1373:16-1208)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MEGDRVAGRPVLSSLPVLLLLQLLMLRAAALHPDELFPHGESWGDQLLQEGDDESSAVVK
::: :: .. : .:::: : . :: :..::: : ...
CCDS16 MLASSSRIRAAWTRALLLPLLLAGPVGCLSRQELFPFGPGQGDLELEDGDDFVSPALE
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pF1KB9 LANPLHFYE-ARFSNLYVGTNGIISTQDFPRETQYVDYDFPTDFPAIAPFLADIDTSHGR
:.. :.::. . .. .:: :::::.:.. : . .. :: : :.::::::.::. :
CCDS16 LSGALRFYDRSDIDAVYVTTNGIIATSEPPAKESHPGL-FPPTFGAVAPFLADLDTTDGL
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pF1KB9 GRVLYREDTSPAVLGLAARYVRAGFPRSARFTPTHAFLATWEQVGAYEEVKRGALPSGEL
:.: :::: ::.. ::. :. :::. . : :. : ..:::.:. :. .: .:.
CCDS16 GKVYYREDLSPSITQRAAECVHRGFPEIS-FQPSSAVVVTWESVAPYQGPSRDPDQKGKR
120 130 140 150 160 170
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pF1KB9 NTFQAVLASDGSDSYALFLYPANGLQFLGTRPKESYNVQLQLPARVGFCRGEADDL-KSE
:::::::::. :.:::.:::: .:::: : :. : :.:: :.: .: . : ::.
CCDS16 NTFQAVLASSDSSSYAIFLYPEDGLQFHTTFSKKENN---QVPAVVAFSQGSVGFLWKSN
180 190 200 210 220 230
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pF1KB9 GPYFSLTSTEQSVKNLYQLSNLGIPGVWAFHIGSTSPLDNVRPAAVGDLSAAHSSVPLGR
: : ... ..::.:: . :: : :::.:.::: . ..: :: .: ::
CCDS16 GAYNIFANDRESVENLAKSSNSGQQGVWVFEIGSPATTNGVVPA----------DVILG-
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pF1KB9 SFSHATALESDYNEDNLDYYDVNEEEAEYLPGEPEEALNGHSSIDVSFQSKVDTKPLEES
.::. .: : :. .: :..
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pF1KB9 STLDPHTKEGTSLGEVGGPDLKGQVEPWDERETRSPAPPEVDRDSLAPSWETPPPYPENG
:. : : .:: . :.. . : . .: :. :: .: . .
CCDS16 ------TRLG--LEDVG-------TTPFSYKALRRGG---ADTYSV-PSVLSPR---RAA
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pF1KB9 SIQPYPDGGPVPSEMDVPPAHPEEEIVLRSYPASDHTTPLSRGTYEVGLEDNIGSNTEVF
. .: :: :.: ::. . .: . . .: :.. . ::
CCDS16 TERPL---GP-PTERT------------RSFQLAVET--FHQQHPQVIDVDEVEETGVVF
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pF1KB9 TYNAANKETCEHNHRQCSRHAFCTDYATGFCCHCQSKFYGNGKHCLPEGASHRVNGKVSG
.::. ...:: .:..::: :: : :::::::: : . . :::..:. ::. .::::::.:
CCDS16 SYNTDSRQTCANNRHQCSVHAECRDYATGFCCSCVAGYTGNGRQCVAEGSPQRVNGKVKG
390 400 410 420 430 440
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pF1KB9 HLHVGHT--PVHFTDVDLHAYIVGNDGRAYTAISHIPQPAAQALLPLTPIGGLFGWLFAL
.. :: . :. : ..:::.:.: : ::.::::: ::. .. .::::.:.::..::.::.
CCDS16 RIFVGSSQVPIVFENTDLHSYVVMNHGRSYTAISTIPETVGYSLLPLAPVGGIIGWMFAV
450 460 470 480 490 500
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pF1KB9 EKPGSENGFSLAGAAFTHDMEVTF--YPGEETVRITQTAEGLDPENYLSIKTNIQGQVPY
:. : .::::..:. ::.. :::: .::. ... : :.: ...:.: :...:.::
CCDS16 EQDGFKNGFSITGGEFTRQAEVTFVGHPGNLVIK--QRFSGIDEHGHLTIDTELEGRVPQ
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pF1KB9 VPANFTAHISPYKELYHYSDSTVTSTSSRDYSLTF----GAI-NQTWSYRIHQNITYQVC
.: . ..:: :: :::::: :..::.:.:.:..: :: .. ..:. .:.::.: :
CCDS16 IPFGSSVHIEPYTELYHYSTSVITSSSTREYTVTEPERDGASPSRIYTYQWRQTITFQEC
560 570 580 590 600 610
710 720 730 740 750 760
pF1KB9 RHAPRHPSFPTTQQLNVDRVFALYNDEERVLRFAVTNQIGPVKEDSDPTPVNPCYDGSHM
: .:..:.::::.:: ::.:::.::..::.:..:.::::.: : . :::: :.:
CCDS16 VHDDSRPALPSTQQLSVDSVFVLYNQEEKILRYALSNSIGPVREGSPDALQNPCYIGTHG
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pF1KB9 CDTTARCHPGTGVDYTCECASGYQGDGRNCVDENECATGFHRCGPNSVCINLPGSYRCEC
:::.: :.:: ...::::. :..::::.: : .::. :: ...: : ::..::::
CCDS16 CDTNAACRPGPRTQFTCECSIGFRGDGRTCYDIDECSEQPSVCGSHTICNNHPGTFRCEC
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pF1KB9 RSGYEFADDRHTCILITP--PANPCEDGSHTCAPAGQARCVHHGGSTFSCACLPGYAGDG
::.:.:. ::. .. : : :: : :.: .:.:.. :::...:.::::..:::
CCDS16 VEGYQFSDE-GTCVAVVDQRPINYCETGLHNCDIPQRAQCIYTGGSSYTCSCLPGFSGDG
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pF1KB9 HQCTDVDECSENRCHPAATCYNTPGSFSCRCQPGYYGDGFQCIPDSTSSLTPCEQQQRHA
. : :::::. .:::: : ::::::::.:.:.::: ::::.:.: . . : :.....:
CCDS16 QACQDVDECQPSRCHPDAFCYNTPGSFTCQCKPGYQGDGFRCVPGEVEK-TRCQHEREHI
800 810 820 830 840 850
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pF1KB9 QAQYAYPGARFHIPQCDEQGNFLPLQCHGSTGFCWCVDPDGHEVPGTQTPPGSTPPHCGP
:..: .:: . : :::
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.::.:: ::. : ::::.. .:::::.:
CCDS16 ------------------------------LFVPECDAHGHYAPTQCHGSTGYCWCVDRD
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1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KB9 GREVQGTRSQPGTTPACIPTVAPPMVRPTPRPD-VTPPSVGTFLLYTQGQQIGYLPLNGT
::::.:::..:: :: :. :::::. . : : : :: ::..: .: :::.:.
CCDS16 GREVEGTRTRPGMTPPCLSTVAPPIHQGPAVPTAVIPLPPGTHLLFAQTGKIERLPLEGN
910 920 930 940 950 960
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KB9 RLQKDAAKTLLSLHGSIIVGIDYDCRERMVYWTDVAGRTISRAGLELGAEPETIVNSGLI
..: ::..: . ...:.:. .:: ..::::::.. .:.::.:. :.:: ::. . :
CCDS16 TMRKTEAKAFLHVPAKVIIGLAFDCVDKMVYWTDITEPSIGRASLH-GGEPTTIIRQDLG
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB9 SPEGLAIDHIRRTMYWTDSVLDKIESALLDGSERKVLFYTDLVNPRAIAVDPIRGNLYWT
::::.:.::. :...:::: ::.:: : :::..:.::: :::::::.:..: .:::::::
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1370
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CCDS31 PSGQNYTCACPTGFRKISSHACAQSLDKFLLFARRMDIRRISFDTEDLSDDVIPLADVRS
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CCDS31 NGLTLDYDTRRIYWVDAHLDRIESADLNGKLRQVLVSHVSHPFALTQQDRWIYWTDWQTK
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CCDS31 DAHTERIEAADLNGANRHTLVSPVQHPYGLTLLDSYIYWTDWQTRSIHRADKGTGSNVIL
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CCDS31 VRSNLPGLMDMQAVDRAQPLGFNKCGSRNGGCSHLCLPRPSGFSCACPTGIQLKGDGKTC
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CCDS81 VVSGLEDAAA----VDFQFSKGAVYWTDVSEEAIKQTYLNQTGAAVQNVVISGLVSPDGL
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CCDS81 ACDWVGKKLYWTDSETNRIEVANLNGTSRKVLFWQDLDQPRAIALDPAHGYMYWTDWG-E
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CCDS81 TPRIERAGMDGSTRKIIVDSDIYWPNGLTIDLEEQKLYWADAKLSFIHRANLDGSFRQKV
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....: .::... .: .: :::. .. . ::..: : : : .
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CCDS81 LARRTDLRRISLDTPDFTDIVLQVDDIRHAIAIDYDPLEGYVYWTDDEVRAIRRAYLD-G
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CCDS81 SGAQTLVNTEINDPDGIAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTSRKILVSEDLDEPRAI
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CCDS81 ALHPVMGLMYWTDWG-ENPKIECANLDGQERRVLVNASLGWPNGLALDLQEGKLYWGDAK
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CCDS81 TDKIEVINVDGTKRRTLLEDKLPHIFGFTLLGDFIYWTDWQRRSIERV--HKVKASRDVI
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CCDS81 IDQLPDLMGLKAVNVAKVVGTNPCADRNGGCSHLCFFTPHATRCGCPIGLELLSDMKTCI
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CCDS81 LSDM-KTCIVPEA---FLVFTSRAAIHRISLETN--NNDVAIPLTGVKEA--SALDFDVS
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CCDS81 NNHIYWTDVSLKTISRAFMN-GSSVEHVVEFGLDYPEGMAVDWMGKNLYWADTGTNRIEV
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CCDS81 ARLDGQFRQVLVWRDLDNPRSLALDPTKGYIYWTEWGGK-PRIVRAFMDGTNCMTLVDK-
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CCDS57 SDPKEQEVLIDEQLHSPEGLAVDWVHKHIYWTDSGNKTISVATVDGGRRRTLFSRNLSEP
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pF1KB9 RAIAVDPIRGNLYWTDWNREAPKIETSSLDGENRRILINTDIGLPNGLTFDPFSKLLCWA
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CCDS21 QFRCSSGRCIPGHWACDGDNDCGDFSDEAQINCTKEEIHSPAGCNGNEFQCHPDGNCVPD
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