Result of FASTA (ccds) for
pF1KB9166
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9166, 2003 aa
1>>>pF1KB9166 2003 - 2003 aa - 2003 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6967+/-0.00131; mu= 18.4722+/- 0.079
mean_var=407.6636+/-77.806, 0's: 0 Z-trim(113.6): 321 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.063522
statistics sampled from 13916 (14262) to 13916 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.438), width: 16
Scan time: 6.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34420.1 NOTCH4 gene_id:4855|Hs108|chr6 (2003) 15277 1416.9 0
CCDS908.1 NOTCH2 gene_id:4853|Hs108|chr1 (2471) 3248 314.7 2.9e-84
CCDS43905.1 NOTCH1 gene_id:4851|Hs108|chr9 (2555) 2662 261.0 4.4e-68
CCDS12326.1 NOTCH3 gene_id:4854|Hs108|chr19 (2321) 2443 240.9 4.6e-62
CCDS9998.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1238) 1536 157.3 3.6e-37
CCDS9999.1 JAG2 gene_id:3714|Hs108|chr14 (1200) 1498 153.8 3.9e-36
CCDS58052.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 ( 870) 1372 142.0 1e-32
CCDS1390.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1406) 1307 136.4 7.9e-31
CCDS47445.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3144) 1263 133.0 1.9e-29
CCDS78156.1 EYS gene_id:346007|Hs108|chr6 (3165) 1263 133.0 1.9e-29
CCDS58053.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1382) 1243 130.5 4.5e-29
CCDS12196.1 FBN3 gene_id:84467|Hs108|chr19 (2809) 1191 126.3 1.7e-27
CCDS34222.1 FBN2 gene_id:2201|Hs108|chr5 (2912) 1151 122.7 2.3e-26
CCDS13112.1 JAG1 gene_id:182|Hs108|chr20 (1218) 1076 115.1 1.7e-24
CCDS46562.1 SNED1 gene_id:25992|Hs108|chr2 (1413) 975 106.0 1.1e-21
CCDS32232.1 FBN1 gene_id:2200|Hs108|chr15 (2871) 955 104.7 5.7e-21
CCDS33390.1 DNER gene_id:92737|Hs108|chr2 ( 737) 939 102.2 8.1e-21
CCDS53454.1 CRB1 gene_id:23418|Hs108|chr1 (1294) 900 99.1 1.3e-19
CCDS5313.1 DLL1 gene_id:28514|Hs108|chr6 ( 723) 892 97.9 1.6e-19
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 868 96.2 1.1e-18
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 868 96.2 1.1e-18
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 868 96.3 1.1e-18
CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9 (3571) 821 92.6 3.2e-17
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 811 91.0 3.9e-17
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 810 90.9 4.2e-17
CCDS10213.2 MEGF11 gene_id:84465|Hs108|chr15 (1044) 802 89.9 5.8e-17
CCDS9831.1 LTBP2 gene_id:4053|Hs108|chr14 (1821) 755 86.0 1.5e-15
CCDS6852.2 CRB2 gene_id:286204|Hs108|chr9 (1285) 749 85.2 1.9e-15
CCDS4142.1 MEGF10 gene_id:84466|Hs108|chr5 (1140) 745 84.8 2.3e-15
CCDS45232.1 DLL4 gene_id:54567|Hs108|chr15 ( 685) 739 83.8 2.6e-15
CCDS74370.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1557) 745 85.0 2.6e-15
CCDS74368.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1587) 745 85.0 2.7e-15
CCDS74369.1 LTBP4 gene_id:8425|Hs108|chr19 (1624) 745 85.0 2.7e-15
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 727 83.3 8.2e-15
CCDS78055.1 MEGF10 gene_id:84466|Hs108|chr5 ( 567) 686 78.8 6.8e-14
CCDS12537.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 587) 681 78.4 9.5e-14
CCDS12538.1 DLL3 gene_id:10683|Hs108|chr19 ( 618) 681 78.4 9.8e-14
CCDS4897.1 DLK2 gene_id:65989|Hs108|chr6 ( 383) 642 74.5 9.2e-13
CCDS54345.1 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1342) 616 73.1 8.9e-12
CCDS33178.2 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1395) 616 73.1 9.1e-12
CCDS33177.2 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1721) 616 73.2 1e-11
CCDS75461.1 DLK2 gene_id:65989|Hs108|chr6 ( 377) 581 68.9 4.4e-11
>>CCDS34420.1 NOTCH4 gene_id:4855|Hs108|chr6 (2003 aa)
initn: 15277 init1: 15277 opt: 15277 Z-score: 7584.7 bits: 1416.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 15277; 99.9% identity (100.0% similar) in 2003 aa overlap (1-2003:1-2003)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFLGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFLGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 TCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAQLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS34 TCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAKLED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PCPPSFCSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQIQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PCPPSFCSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQIQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGPCPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGPCPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 RGCSNGGTCQLMPEKDSTFHLCLCPPGFIGPDCEVNPDNCVSHQCQNGGTCQDGLDTYTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RGCSNGGTCQLMPEKDSTFHLCLCPPGFIGPDCEVNPDNCVSHQCQNGGTCQDGLDTYTC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LCPETWTGWDCSEDVDECEAQGPPHCRNGGTCQNSAGSFHCVCVSGWGGTSCEENLDDCI
:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LCPETWTGWDCSEDVDECETQGPPHCRNGGTCQNSAGSFHCVCVSGWGGTSCEENLDDCI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 AATCAPGSTCIDRVGSFSCLCPPGRTGLLCHLEDMCLSQPCHGDAQCSTNPLTGSTLCLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AATCAPGSTCIDRVGSFSCLCPPGRTGLLCHLEDMCLSQPCHGDAQCSTNPLTGSTLCLC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 QPGYSGPTCHQDLDECLMAQQGPSPCEHGGSCLNTPGSFNCLCPPGYTGSRCEADHNECL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QPGYSGPTCHQDLDECLMAQQGPSPCEHGGSCLNTPGSFNCLCPPGYTGSRCEADHNECL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 SQPCHPGSTCLDLLATFHCLCPPGLEGQLCEVETNECASAPCLNHADCHDLLNGFQCICL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SQPCHPGSTCLDLLATFHCLCPPGLEGQLCEVETNECASAPCLNHADCHDLLNGFQCICL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 PGFSGTRCEEDIDECRSSPCANGGQCQDQPGAFHCKCLPGFEGPRCQTEVDECLSDPCPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PGFSGTRCEEDIDECRSSPCANGGQCQDQPGAFHCKCLPGFEGPRCQTEVDECLSDPCPV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 GASCLDLPGAFFCLCPSGFTGQLCEVPLCAPNLCQPKQICKDQKDKANCLCPDGSPGCAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GASCLDLPGAFFCLCPSGFTGQLCEVPLCAPNLCQPKQICKDQKDKANCLCPDGSPGCAP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 PEDNCTCHHGHCQRSSCVCDVGWTGPECEAELGGCISAPCAHGGTCYPQPSGYNCTCPTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PEDNCTCHHGHCQRSSCVCDVGWTGPECEAELGGCISAPCAHGGTCYPQPSGYNCTCPTG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 YTGPTCSEEMTACHSGPCLNGGSCNPSPGGYYCTCPPSHTGPQCQTSTDYCVSAPCFNGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YTGPTCSEEMTACHSGPCLNGGSCNPSPGGYYCTCPPSHTGPQCQTSTDYCVSAPCFNGG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 TCVNRPGTFSCLCAMGFQGPRCEGKLRPSCADSPCRNRATCQDSPQGPRCLCPTGYTGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TCVNRPGTFSCLCAMGFQGPRCEGKLRPSCADSPCRNRATCQDSPQGPRCLCPTGYTGGS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 CQTLMDLCAQKPCPRNSHCLQTGPSFHCLCLQGWTGPLCNLPLSSCQKAALSQGIDVSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CQTLMDLCAQKPCPRNSHCLQTGPSFHCLCLQGWTGPLCNLPLSSCQKAALSQGIDVSSL
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910 920 930 940 950 960
pF1KB9 CHNGGLCVDSGPSYFCHCPPGFQGSLCQDHVNPCESRPCQNGATCMAQPSGYLCQCAPGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CHNGGLCVDSGPSYFCHCPPGFQGSLCQDHVNPCESRPCQNGATCMAQPSGYLCQCAPGY
910 920 930 940 950 960
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pF1KB9 DGQNCSKELDACQSQPCHNHGTCTPKPGGFHCACPPGFVGLRCEGDVDECLDQPCHPTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DGQNCSKELDACQSQPCHNHGTCTPKPGGFHCACPPGFVGLRCEGDVDECLDQPCHPTGT
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB9 AACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAGSPLGFICHCPKGFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAGSPLGFICHCPKGFE
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB9 GPTCSHRAPSCGFHHCHHGGLCLPSPKPGFPPRCACLSGYGGPDCLTPPAPKGCGPPSPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GPTCSHRAPSCGFHHCHHGGLCLPSPKPGFPPRCACLSGYGGPDCLTPPAPKGCGPPSPC
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB9 LYNGSCSETTGLGGPGFRCSCPHSSPGPRCQKPGAKGCEGRSGDGACDAGCSGPGGNWDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LYNGSCSETTGLGGPGFRCSCPHSSPGPRCQKPGAKGCEGRSGDGACDAGCSGPGGNWDG
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB9 GDCSLGVPDPWKGCPSHSRCWLLFRDGQCHPQCDSEECLFDGYDCETPPACTPAYDQYCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GDCSLGVPDPWKGCPSHSRCWLLFRDGQCHPQCDSEECLFDGYDCETPPACTPAYDQYCH
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pF1KB9 DHFHNGHCEKGCNTAECGWDGGDCRPEDGDPEWGPSLALLVVLSPPALDQQLFALARVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DHFHNGHCEKGCNTAECGWDGGDCRPEDGDPEWGPSLALLVVLSPPALDQQLFALARVLS
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pF1KB9 LTLRVGLWVRKDRDGRDMVYPYPGARAEEKLGGTRDPTYQERAAPQTQPLGKETDSLSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LTLRVGLWVRKDRDGRDMVYPYPGARAEEKLGGTRDPTYQERAAPQTQPLGKETDSLSAG
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pF1KB9 FVVVMGVDLSRCGPDHPASRCPWDPGLLLRFLAAMAAVGALEPLLPGPLLAVHPHAGTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FVVVMGVDLSRCGPDHPASRCPWDPGLLLRFLAAMAAVGALEPLLPGPLLAVHPHAGTAP
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pF1KB9 PANQLPWPVLCSPVAGVILLALGALLVLQLIRRRRREHGALWLPPGFTRRPRTQSAPHRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PANQLPWPVLCSPVAGVILLALGALLVLQLIRRRRREHGALWLPPGFTRRPRTQSAPHRR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RPPLGEDSIGLKALKPKAEVDEDGVVMCSGPEEGEEVGQAEETGPPSTCQLWSLSGGCGA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LPQAAMLTPPQESEMEAPDLDTRGPDGVTPLMSAVCCGEVQSGTFQGAWLGCPEPWEPLL
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pF1KB9 DGGACPQAHTVGTGETPLHLAARFSRPTAARRLLEAGANPNQPDRAGRTPLHAAVAADAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DGGACPQAHTVGTGETPLHLAARFSRPTAARRLLEAGANPNQPDRAGRTPLHAAVAADAR
1630 1640 1650 1660 1670 1680
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pF1KB9 EVCQLLLRSRQTAVDARTEDGTTPLMLAARLAVEDLVEELIAAQADVGARDKWGKTALHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EVCQLLLRSRQTAVDARTEDGTTPLMLAARLAVEDLVEELIAAQADVGARDKWGKTALHW
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1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB9 AAAVNNARAARSLLQAGADKDAQDNREQTPLFLAAREGAVEVAQLLLGLGAARELRDQAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AAAVNNARAARSLLQAGADKDAQDNREQTPLFLAAREGAVEVAQLLLGLGAARELRDQAG
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB9 LAPADVAHQRNHWDLLTLLEGAGPPEARHKATPGREAGPFPRARTVSVSVPPHGGGALPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LAPADVAHQRNHWDLLTLLEGAGPPEARHKATPGREAGPFPRARTVSVSVPPHGGGALPR
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB9 CRTLSAGAGPRGGGACLQARTWSVDLAARGGGAYSHCRSLSGVGAGGGPTPRGRRFSAGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CRTLSAGAGPRGGGACLQARTWSVDLAARGGGAYSHCRSLSGVGAGGGPTPRGRRFSAGM
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB9 RGPRPNPAIMRGRYGVAAGRGGRVSTDDWPCDWVALGACGSASNIPIPPPCLTPSPERGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RGPRPNPAIMRGRYGVAAGRGGRVSTDDWPCDWVALGACGSASNIPIPPPCLTPSPERGS
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000
pF1KB9 PQLDCGPPALQEMPINQGGEGKK
:::::::::::::::::::::::
CCDS34 PQLDCGPPALQEMPINQGGEGKK
1990 2000
>>CCDS908.1 NOTCH2 gene_id:4853|Hs108|chr1 (2471 aa)
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Smith-Waterman score: 5080; 38.4% identity (57.8% similar) in 2079 aa overlap (4-1773:6-2016)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MQPPSLLLLLLLLLLLCVSVVRPRGLLCGSFPEPCANGGTCLSLSLGQGTCQCAPGFL
:.:: :: : : :.. . ..: : . :::.: : :.. : : :.: :::
CCDS90 MPALRPALLWALLALWLCCAAPA--HALQCRDGYEPCVNEGMCVTYHNGTGYCKCPEGFL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 GETCQFPDPCQNAQLCQNGGSCQALLPAPLGLPSSPSPLTPSFLCTCLPGFTGERCQAQL
:: :: :::.. . :::::.: : : :: . : : ::::: :: .
CCDS90 GEYCQHRDPCEKNR-CQNGGTCVA--QAMLGKAT----------CRCASGFTGEDCQYST
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 EDPCPPSF-CSKRGRCHIQASGRPQCSCMPGWTGEQCQLRDFCSANPCVNGGVCLATYPQ
:: : : . : ::. . .:.:. :.::..:: : : ..::.::..: .. :
CCDS90 SHPCFVSRPCLNGGTCHMLSRDTYECTCQVGFTGKECQWTDACLSHPCANGSTCTTVANQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 IQCHCPPGFEGHACERDVNECFQDPGPCPKGTSCHNTLGSFQCLCPVGQEGPRCELRAGP
..:.: :: :. :: ::::: . :: : .: .: : ::.:: :: : : :. :
CCDS90 FSCKCLTGFTGQKCETDVNEC-DIPGHCQHGGTCLNLPGSYQCQCPQGFTGQYCDSLYVP
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. :: :...:
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CCDS58 L-QDIKIDWNHITLENISSGSSLNVKAGCVRKDWCESQPCQSRGRCINLWLSYQCDCHRP
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pF1KB9 YDGQNCSK-------ELDA--CQSQP----CHNHGTCTPKPGGFHCACPPGFVGLRCEGD
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CCDS58 YEGPNCLRGKFCRQSRLPSTVCGNEKTNLTCYNGGNCTEFQTELKCMCRPGFTGEWCEKD
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pF1KB9 VDECLDQPCHPTGTAACHSLANAFYCQCLPGHTGQWCEVEIDPCHSQPCFHGGTCEATAG
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CCDS58 IDECASDPCVNGGL--CQDLLNKFQCLCDVAFAGERCEVDLADDLISDIFTTIGSVTVAL
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pF1KB9 SPLGFICHCPKGFEGPTCSHRAPSCGFHHCHHGGLCLPSPKPGFPPRCACLSGYGGPDCL
CCDS58 LLILLLAIVASVVTSNKRATQGTYSPSRQEKEGSRVEMWNLMPPPAMERLI
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CCDS13 MALKNINYLLIFYLSFSLLIYIKNSFCNKNNTRCLS--NSCQNNSTCKDFS-KDNDCSCS
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CCDS13 DTANNLDKDCDNMKDPCFSNP-CQGSATCVN------------TPGERSFLCKCPPGYSG
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CCDS13 TICETTI-GSCGKNSCQHGGICH-QDPIYPVCICPAGYAGRFCEIDHDECASSPCQNGAV
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CCDS13 CQDGIDGYSCFCVPGYQGRHCDLEVDECASDP--CKNEATCLNEIGRYTCICPHNYSGVN
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CCDS13 CELEIDECWSQPCLNGATCQ-----DALGAYFCDCAPGFLGDHCELNTDECASQPCLHGG
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: ..:.:. . .:.:::: ::::: :: . . ..
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:. ...: .:: .:. : : :. :.: . .: . . . :
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. . . . .... : : ::.: ::. : : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]