Result of FASTA (omim) for
pF1KB9271
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9271, 588 aa
1>>>pF1KB9271 588 - 588 aa - 588 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3450+/-0.00086; mu= 10.7956+/- 0.054
mean_var=331.2137+/-63.793, 0's: 0 Z-trim(111.8): 2081 B-trim: 16 in 1/51
Lambda= 0.070473
statistics sampled from 18184 (20500) to 18184 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 7.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [ ( 600) 2348 254.2 9.3e-67
NP_003408 (OMIM: 604668) zinc finger protein 264 [ ( 627) 2325 251.9 4.8e-66
XP_011525824 (OMIM: 604668) PREDICTED: zinc finger ( 595) 1975 216.2 2.4e-55
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1816 200.1 1.8e-50
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1816 200.1 1.8e-50
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1816 200.1 1.8e-50
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1816 200.1 1.9e-50
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1816 200.1 1.9e-50
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1816 200.2 1.9e-50
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1816 200.2 1.9e-50
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1816 200.2 1.9e-50
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1816 200.2 1.9e-50
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1816 200.2 1.9e-50
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1812 199.7 2.3e-50
NP_112495 (OMIM: 603975) zinc finger protein 93 [H ( 620) 1788 197.3 1.3e-49
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1779 196.4 2.6e-49
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1779 196.4 2.6e-49
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1779 196.5 2.7e-49
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1779 196.5 2.7e-49
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1779 196.5 2.7e-49
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1736 191.9 4.7e-48
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1736 191.9 4.7e-48
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1736 191.9 4.7e-48
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1736 191.9 4.7e-48
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1736 192.0 5.2e-48
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1736 192.0 5.3e-48
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1736 192.0 5.3e-48
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1736 192.0 5.3e-48
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1736 192.0 5.3e-48
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1736 192.1 5.4e-48
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1736 192.1 5.4e-48
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1736 192.1 5.4e-48
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1736 192.1 5.4e-48
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1732 191.5 6.5e-48
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1732 191.5 6.5e-48
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1732 191.6 6.9e-48
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1732 191.6 6.9e-48
NP_001317551 (OMIM: 604755) zinc finger protein 46 ( 521) 1729 191.1 7.6e-48
XP_016881665 (OMIM: 604755) PREDICTED: zinc finger ( 555) 1729 191.2 7.8e-48
NP_006626 (OMIM: 604755) zinc finger protein 460 i ( 562) 1729 191.2 7.9e-48
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1701 188.3 5.6e-47
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1701 188.5 6.3e-47
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1701 188.5 6.3e-47
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1701 188.5 6.3e-47
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1701 188.5 6.3e-47
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1690 187.4 1.4e-46
XP_011525946 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1685 186.8 1.8e-46
XP_016881643 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1685 186.8 1.8e-46
XP_006722685 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1685 186.8 1.8e-46
XP_006722683 (OMIM: 604751) PREDICTED: zinc finger ( 616) 1685 186.8 1.8e-46
>>NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [Homo (600 aa)
initn: 3624 init1: 2336 opt: 2348 Z-score: 1319.5 bits: 254.2 E(85289): 9.3e-67
Smith-Waterman score: 2348; 57.2% identity (79.4% similar) in 572 aa overlap (1-572:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MAAPALALVSFEDVVVTFTGEEWGHLDLAQRTLYQEVMLETCRLLVSLGHPVPKPELIYL
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NP_998 MAASAQVSVTFEDVAVTFTQEEWGQLDAAQRTLYQEVMLETCGLLMSLGCPLFKPELIYQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LEHGQELWTVKRGLSQSTCAGEKAKPKITEPTASQLAFSEESSFQELLAQRSSRDSRLGQ
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NP_998 LDHRQELWMATKDLSQSSYPGDNTKPKTTEPTFSHLALPEEVLLQEQLTQGASKNSQLGQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 ARDEEKLIKIQEGNLRPGTNPHKEICPEKLSYKHDDLEPDDSLGLRVLQERVTPQDALHE
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NP_998 SKDQDGPSEMQEVHLKIGIGPQRGKLLEKMSSERDGLGSDDGVCTKITQKQVSTEGDLYE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 CDSQGPGKDPMTDARNNPYTCTECGKGFSKKWALVRHQQIHAGVKPYECNECGKACRYMA
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NP_998 CDSHGPVTDALIREEKNSYKCEECGKVFKKNALLVQHERIHTQVKPYECTECGKTFSKST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 DVIRHMRLHTGEKPYKCIECGKAFKRRFHLTEHQRIHTGDKPYECKECGKAFTHRSSFIQ
...:. .:::::::::.::::::.:: :::.:::::.:.:::.:.::::::::::.:.
NP_998 HLLQHLIIHTGEKPYKCMECGKAFNRRSHLTRHQRIHSGEKPYKCSECGKAFTHRSTFVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 HNMTHTREKPFLCKECGKAFYYSSSFAQHMRIHTGKKLYECGECGKAFTHRSTFIQHNVT
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NP_998 HHRSHTGEKPFVCKECGKAFRDRPGFIRHYIIHTGEKPYECIECGKAFNRRSYLTWHQQI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 HTGEKPFLCKECGKTFCLNSSFTQHMRIHTGEKPYECGECGKAFTHRSTFIRHKRTHTGE
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NP_998 HTGVKPFECNECGKAFCESADLIQHYIIHTGEKPYKCMECGKAFNRRSHLKQHQRIHTGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 KPFECKECGKAFCDSSSLIQHMRIHTGEKPYECSECGKAFTHHSVFIRHNRTHSGQKPLE
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NP_998 KPYECSECGKAFTHCSTFVLHKRTHTGEKPYECKECGKAFSDRADLIRHFSIHTGEKPYE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 CKECAKAFYYSSSFTRHMRIHTGEKPYVCRECGKAFTQPANFVRHNRIHTGEKPFECKEC
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NP_998 CVECGKAFNRSSHLTRHQQIHTGEKPYECIQCGKAFCRSANLIRHSIIHTGEKPYECSEC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB9 EKAFCDNFALTQHMRTHTGEKPFECNECGKTFSHSSSFTHHRKIHTRV
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NP_998 GKAFNRGSSLTHHQRIHTGRNPTIVTDVGRPFMTAQTSVNIQELLLGKEFLNITTEENLW
550 560 570 580 590 600
>>NP_003408 (OMIM: 604668) zinc finger protein 264 [Homo (627 aa)
initn: 3227 init1: 1747 opt: 2325 Z-score: 1306.7 bits: 251.9 E(85289): 4.8e-66
Smith-Waterman score: 2325; 55.9% identity (79.0% similar) in 576 aa overlap (9-584:14-588)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAPALALVSFEDVVVTFTGEEWGHLDLAQRTLYQEVMLETCRLLVSLGHPVPKP
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NP_003 MAAAVLTDRAQVSVTFDDVAVTFTKEEWGQLDLAQRTLYQEVMLENCGLLVSLGCPVPKA
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 ELIYLLEHGQELWTVKRGLSQSTCAGEKAKPKITEPTASQLAFSEESSFQELLAQRSSRD
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NP_003 ELICHLEHGQEPWTRKEDLSQDTCPGDKGKPKTTEPTTCEPALSEGISLQGQVTQGNSVD
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120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SRLGQARDEEKLIKIQEGNLRPGTNPHKEICPEKLSYKHDDLEPDDSLGLRVLQERVTPQ
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NP_003 SQLGQAEDQDGLSEMQEGHFRPGIDP-QEKSPGKMSPECDGLGTADGVCSRIGQEQVSPG
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pF1KB9 DALHECDSQGPGKDPMTDARNNPYTCTECGKGFSKKWALVRHQQIHAGVKPYECNECGKA
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NP_003 DRVRSHNSCESGKDPMIQEEENNFKCSECGKVFNKKHLLAGHEKIHSGVKPYECTECGKT
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pF1KB9 CRYMADVIRHMRLHTGEKPYKCIECGKAFKRRFHLTEHQRIHTGDKPYECKECGKAFTHR
. ...: .::::.::.:.::::::.:. .::.:::::.:.:::.:.:::::::::
NP_003 FIKSTHLLQHHMIHTGERPYECMECGKAFNRKSYLTQHQRIHSGEKPYKCNECGKAFTHR
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pF1KB9 SSFIQHNMTHTREKPFLCKECGKAFYYSSSFAQHMRIHTGKKLYECGECGKAFTHRSTFI
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NP_003 SNFVLHNRRHTGEKSFVCTECGQVFRHRPGFLRHYVVHSGENPYECLECGKVFKHRSYLM
300 310 320 330 340 350
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pF1KB9 QHNVTHTGEKPFLCKECGKTFCLNSSFTQHMRIHTGEKPYECGECGKAFTHRSTFIRHKR
:. :::::::. :.::::.: .... .:. :::::::.:: ::::::.::: . ::.:
NP_003 WHQQTHTGEKPYECSECGKVFLESAALIHHYVIHTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRHQR
360 370 380 390 400 410
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pF1KB9 THTGEKPFECKECGKAFCDSSSLIQHMRIHTGEKPYECSECGKAFTHHSVFIRHNRTHSG
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NP_003 IHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGEKPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIHTG
420 430 440 450 460 470
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pF1KB9 QKPLECKECAKAFYYSSSFTRHMRIHTGEKPYVCRECGKAFTQPANFVRHNRIHTGEKPF
.:: :: ::.::: :..::: :::.::::: : ::::.: .:..:: :::::::.
NP_003 EKPYECVECGKAFTRMSGLTRHKRIHSGEKPYECVECGKSFCWSTNLIRHAIIHTGEKPY
480 490 500 510 520 530
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pF1KB9 ECKECEKAFCDNFALTQHMRTHTGEKPFECNECGKTFSHSSSFTHHRKIHTRV
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NP_003 KCSECGKAFSRSSSLTQHQRMHTGKNPISVTDVGRPFTSGQTSVTLRELLLGKDFLNVTT
540 550 560 570 580 590
NP_003 EANILPEETSSSASDQPYQRETPQVSSL
600 610 620
>>XP_011525824 (OMIM: 604668) PREDICTED: zinc finger pro (595 aa)
initn: 3227 init1: 1747 opt: 1975 Z-score: 1114.6 bits: 216.2 E(85289): 2.4e-55
Smith-Waterman score: 2112; 52.1% identity (74.8% similar) in 576 aa overlap (9-584:14-556)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MAAPALALVSFEDVVVTFTGEEWGHLDLAQRTLYQEVMLETCRLLVSLGHPVPKP
:.:.::.:::: ::::.:::::::::::::::.: :::::
XP_011 MAAAVLTDRAQVSVTFDDVAVTFTKEEWGQLDLAQRTLYQEVMLENCGLLVSL-------
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ELIYLLEHGQELWTVKRGLSQSTCAGEKAKPKITEPTASQLAFSEESSFQELLAQRSSRD
:.:.::: ::::. . :.:: :.: ..: .: :
XP_011 -------------------------GDKGKPKTTEPTTCEPALSEGISLQGQVTQGNSVD
60 70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 SRLGQARDEEKLIKIQEGNLRPGTNPHKEICPEKLSYKHDDLEPDDSLGLRVLQERVTPQ
:.::::.:.. : ..:::..::: .: .: : :.: . : : :.. :. ::.:.:
XP_011 SQLGQAEDQDGLSEMQEGHFRPGIDP-QEKSPGKMSPECDGLGTADGVCSRIGQEQVSPG
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 DALHECDSQGPGKDPMTDARNNPYTCTECGKGFSKKWALVRHQQIHAGVKPYECNECGKA
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XP_011 DRVRSHNSCESGKDPMIQEEENNFKCSECGKVFNKKHLLAGHEKIHSGVKPYECTECGKT
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 CRYMADVIRHMRLHTGEKPYKCIECGKAFKRRFHLTEHQRIHTGDKPYECKECGKAFTHR
. ...: .::::.::.:.::::::.:. .::.:::::.:.:::.:.:::::::::
XP_011 FIKSTHLLQHHMIHTGERPYECMECGKAFNRKSYLTQHQRIHSGEKPYKCNECGKAFTHR
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 SSFIQHNMTHTREKPFLCKECGKAFYYSSSFAQHMRIHTGKKLYECGECGKAFTHRSTFI
:.:. :: :: :: :.: :::..: . .: .:. .:.:.. ::: ::::.: ::: ..
XP_011 SNFVLHNRRHTGEKSFVCTECGQVFRHRPGFLRHYVVHSGENPYECLECGKVFKHRSYLM
270 280 290 300 310 320
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pF1KB9 QHNVTHTGEKPFLCKECGKTFCLNSSFTQHMRIHTGEKPYECGECGKAFTHRSTFIRHKR
:. :::::::. :.::::.: .... .:. :::::::.:: ::::::.::: . ::.:
XP_011 WHQQTHTGEKPYECSECGKVFLESAALIHHYVIHTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRHQR
330 340 350 360 370 380
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pF1KB9 THTGEKPFECKECGKAFCDSSSLIQHMRIHTGEKPYECSECGKAFTHHSVFIRHNRTHSG
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XP_011 IHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGEKPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIHTG
390 400 410 420 430 440
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pF1KB9 QKPLECKECAKAFYYSSSFTRHMRIHTGEKPYVCRECGKAFTQPANFVRHNRIHTGEKPF
.:: :: ::.::: :..::: :::.::::: : ::::.: .:..:: :::::::.
XP_011 EKPYECVECGKAFTRMSGLTRHKRIHSGEKPYECVECGKSFCWSTNLIRHAIIHTGEKPY
450 460 470 480 490 500
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pF1KB9 ECKECEKAFCDNFALTQHMRTHTGEKPFECNECGKTFSHSSSFTHHRKIHTRV
.:.:: ::: . .::::.: :::..:. .. :. :. ... . :..
XP_011 KCSECGKAFSRSSSLTQHQRMHTGKNPISVTDVGRPFTSGQTSVTLRELLLGKDFLNVTT
510 520 530 540 550 560
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pF1KB9 SR-LGQARDEEKLIKIQEGNLRPGTNPHKEICPEKL----SYKHDDLEPDDSLGLRVLQE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]