FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9466, 777 aa 1>>>pF1KB9466 777 - 777 aa - 777 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4450+/-0.000919; mu= 16.3988+/- 0.056 mean_var=108.1431+/-21.414, 0's: 0 Z-trim(109.2): 120 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.123332 statistics sampled from 10612 (10733) to 10612 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16 Scan time: 3.060 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 5167 930.5 0 CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 5155 928.3 0 CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 4843 872.8 0 CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 1335 248.4 1.6e-65 CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 1335 248.7 3.2e-65 CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 1005 190.0 1.6e-47 CCDS59229.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 339) 975 184.3 2.8e-46 CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 933) 975 184.6 6.2e-46 CCDS54811.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 867) 773 148.7 3.9e-35 CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 643 125.3 2.2e-28 CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 636 124.1 4.9e-28 CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 636 124.1 5.1e-28 CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 603 118.3 3.2e-26 CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 591 116.1 1.2e-25 CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 589 115.7 1.6e-25 CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 569 112.2 2e-24 CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 569 112.2 2.1e-24 CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 569 112.2 2.1e-24 CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 569 112.2 2.2e-24 CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 458 92.5 2.2e-18 CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 455 91.9 2.3e-18 CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 426 86.8 1.1e-16 CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 426 86.8 1.1e-16 CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 426 86.8 1.2e-16 CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 422 86.1 1.7e-16 CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 405 83.0 1.4e-15 CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 402 82.4 1.7e-15 CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 399 81.9 2.5e-15 CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 401 82.4 2.5e-15 CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 401 82.4 2.6e-15 CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 439) 394 81.0 4.5e-15 CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 394 81.0 4.7e-15 CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 385 79.4 1.2e-14 CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 382 78.9 2e-14 CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 381 78.7 2.3e-14 CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 364 75.6 1.5e-13 CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 347 72.6 1.2e-12 CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 396) 342 71.7 2.5e-12 CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 314) 328 69.2 1.2e-11 CCDS44584.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 387) 322 68.2 2.9e-11 CCDS44585.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 402) 322 68.2 3e-11 CCDS7929.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 447) 322 68.2 3.3e-11 CCDS73285.1 NR1H3 gene_id:10062|Hs108|chr11 ( 453) 322 68.2 3.3e-11 CCDS42593.1 NR1H2 gene_id:7376|Hs108|chr19 ( 460) 321 68.0 3.8e-11 CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 321 68.0 3.8e-11 CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 321 68.1 4.7e-11 CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 316 67.2 7.2e-11 CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 296) 313 66.5 7.2e-11 CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 309) 313 66.5 7.5e-11 CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 316 67.2 7.5e-11 >>CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 (777 aa) initn: 5167 init1: 5167 opt: 5167 Z-score: 4970.3 bits: 930.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5167; 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52.3% identity (79.7% similar) in 369 aa overlap (416-777:23-388) 390 400 410 420 430 440 pF1KB9 RTVFSNGYSSPSMRPDVSSPPSSSSTATTGPPPKLCLVCSDEASGCHYGVLTCGSCKVFF :: : ::.:.:::::::::.:::::::::: CCDS43 MILWLHSLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTCGSCKVFF 10 20 30 40 50 450 460 470 480 490 pF1KB9 KRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGMNLEARKTKK----KIK--G :::.::...::::.:::: :::.::::::.:: ::: .:::.: ::: :: :.. : CCDS43 KRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGNLKLQEEG 60 70 80 90 100 110 500 510 520 530 540 550 pF1KB9 IQQATTGVSQETSENPGNKTIVPATLPQLTPTLVSLLEVIEPEVLYAGYDSSVPDSTWRI ..::. ..::.. . :. . : ....::.::: :. ::.:.. ::: . CCDS43 EASSTTSPTEETTQ---KLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQPDSFAAL 120 130 140 150 160 560 570 580 590 600 610 pF1KB9 MTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMFLMAFALGWRSYRQSSAN ...:: :: ::.. .::::::.:::::::.::::...::::: ::.::.::::. . .. CCDS43 LSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRSFTNVNSR 170 180 190 200 210 220 620 630 640 650 660 670 pF1KB9 LLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQVSYEEYLCMKTLLLLSSVPKDG .: :::::..:: :: ::.:: .: ..:.:. ::.. .:.::::.:::.: .: :: CCDS43 MLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLFSIIPVDG 230 240 250 260 270 280 680 690 700 710 720 730 pF1KB9 LKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEVVENLLNYCFQT ::.:..:::.::.::::: . :. .. : .. .:::::::::::.. ....: .. :. CCDS43 LKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIARELHQFTFDL 290 300 310 320 330 340 740 750 760 770 pF1KB9 FLDKTM-SIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQK .. . : :..::::.::::. :.:: .:..: . :: . CCDS43 LIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 350 360 370 380 >>CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX (920 aa) initn: 1352 init1: 751 opt: 1335 Z-score: 1284.3 bits: 248.7 E(32554): 3.2e-65 Smith-Waterman score: 1338; 47.7% identity (73.4% similar) in 436 aa overlap (368-777:488-920) 340 350 360 370 380 390 pF1KB9 TASLSQQQDQKPIFNVIPPIPVGSENWNRCQG-SGDDNLTSLGTLNFPGRTVFSNGYSSP :: .:... . . .:: : : :: CCDS14 GGGGGGGGGGGGGGGGEAGAVAPYGYTRPPQGLAGQESDFTAPDVWYPGGMVSRVPYPSP 460 470 480 490 500 510 400 410 420 430 pF1KB9 S-----MRP--DVSSPPSSSSTATTG-----------PPPKLCLVCSDEASGCHYGVLTC . : : : : : .. :. :: : ::.:.:::::::::.::: CCDS14 TCVKSEMGPWMDSYSGPYGDMRLETARDHVLPIDYYFPPQKTCLICGDEASGCHYGALTC 520 530 540 550 560 570 440 450 460 470 480 490 pF1KB9 GSCKVFFKRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGMNLEARKTKK--- ::::::::::.::...::::.:::: :::.::::::.:: ::: .:::.: ::: :: CCDS14 GSCKVFFKRAAEGKQKYLCASRNDCTIDKFRRKNCPSCRLRKCYEAGMTLGARKLKKLGN 580 590 600 610 620 630 500 510 520 530 540 550 pF1KB9 -KIK--GIQQATTGVSQETSENPGNKTIVPATLPQLTPTLVSLLEVIEPEVLYAGYDSSV :.. : ..::. ..::.. . :. . : ....::.::: :. ::.:.. CCDS14 LKLQEEGEASSTTSPTEETTQ---KLTVSHIEGYECQPIFLNVLEAIEPGVVCAGHDNNQ 640 650 660 670 680 690 560 570 580 590 600 610 pF1KB9 PDSTWRIMTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMFLMAFALGWRS ::: ....:: :: ::.. .::::::.:::::::.::::...::::: ::.::.:::: CCDS14 PDSFAALLSSLNELGERQLVHVVKWAKALPGFRNLHVDDQMAVIQYSWMGLMVFAMGWRS 700 710 720 730 740 750 620 630 640 650 660 670 pF1KB9 YRQSSANLLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQVSYEEYLCMKTLLLL . . .. .: :::::..:: :: ::.:: .: ..:.:. ::.. .:.::::.:::. CCDS14 FTNVNSRMLYFAPDLVFNEYRMHKSRMYSQCVRMRHLSQEFGWLQITPQEFLCMKALLLF 760 770 780 790 800 810 680 690 700 710 720 730 pF1KB9 SSVPKDGLKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEVVENL : .: ::::.:..:::.::.::::: . :. .. : .. .:::::::::::.. ....: CCDS14 SIIPVDGLKNQKFFDELRMNYIKELDRIIACKRKNPTSCSRRFYQLTKLLDSVQPIAREL 820 830 840 850 860 870 740 750 760 770 pF1KB9 LNYCFQTFLDKTM-SIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQK .. :. .. . : :..::::.::::. :.:: .:..: . :: . CCDS14 HQFTFDLLIKSHMVSVDFPEMMAEIISVQVPKILSGKVKPIYFHTQ 880 890 900 910 920 >>CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 (984 aa) initn: 1592 init1: 873 opt: 1005 Z-score: 966.6 bits: 190.0 E(32554): 1.6e-47 Smith-Waterman score: 1615; 39.8% identity (63.1% similar) in 807 aa overlap (6-777:248-984) 10 20 30 pF1KB9 MDSKESLTPGREENPSSVLAQERGDVMDFYKTLRG : .:.. : .: :.. ... . .. . CCDS37 ASFGSFPVHSPITQGTPLTCSPNVENRGSRSHSPAHASNVGSPLSSPLSSMKSSISSPPS 220 230 240 250 260 270 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 GATVKVSASSPSLAVASQSDSKQRRLLVDFPKGSVSNAQQPDLSKAVSLSMGLYMGETET .:: .:::. .. .: :. .. . :::. .. . ...: . .: . CCDS37 HCSVKSPVSSPNNVTLRSSVSSPAN--INNSRCSVSSPSNTNNRSTLSSPAASTVGSICS 280 290 300 310 320 330 100 110 120 130 140 150 pF1KB9 KVMGNDLGFPQQGQISLSSGETDLKLLEESIANLNRSTSVPENPKSSASTAVSAAPTEKE : .: ... .: :.: . :. . : :.. ...:. : CCDS37 PV-NNAFSYTASGT---SAGSSTLRDVVPS----------PDTQEKGAQ--------EVP 340 350 360 370 160 170 180 190 200 210 pF1KB9 FPKTHSDVSSEQQHLKGQTGTNGGNVKLYTTDQSTFDILQDLEFSSGSPGKETNESPWRS ::::. :. .. . :: :. : . : :::. : ..: : CCDS37 FPKTEEVESAISNGVTGQL-----NIVQYIKPEP------DGAFSSSCLG---GNSKINS 380 390 400 410 220 230 240 250 260 270 pF1KB9 DLLIDENCLLSPLAGEDDSFLLEGNS---NEDCKPLILPD-TKPKIKDNGDLVLSSPSNV : . . :. :. . :.: : .:. . : . .. :. : : :.. CCDS37 D-----SSFSVPIKQESTKHSCSGTSFKGNPTVNPFPFMDGSYFSFMDDKDYY--SLSGI 420 430 440 450 460 470 280 290 300 310 320 330 pF1KB9 TLPQVKTEKEDFIELCTPGVIKQEKL-GTVYCQASFPGANIIGNKMSAISVHGVSTSGGQ : : . : :::: :. : .::.:.. :.: .:::: CCDS37 LGPPVPGFDGNCEGSGFPVGIKQEPDDGSYYPEASIPSSAIVG-----------VNSGGQ 480 490 500 510 520 340 350 360 370 380 pF1KB9 MYHYDMN---TASLSQQ-QDQK-PIFNVIPPIPVGSENWNRCQGSGDDNLTSLGTLNFPG .:: .. : :::.. .::. .. .::. . :.: .. :: :.: . ..: CCDS37 SFHYRIGAQGTISLSRSARDQSFQHLSSFPPVNTLVESW---KSHGD--LSSRRSDGYPV 530 540 550 560 570 390 400 410 420 430 440 pF1KB9 RTVFSNGYSSPSMRPDVSSPPSSSSTATTGPPPKLCLVCSDEASGCHYGVLTCGSCKVFF . .. :: ..: : ::... : :.::::.::::::::::.::::::::: CCDS37 LEYIPENVSSSTLR--------SVSTGSSRPS-KICLVCGDEASGCHYGVVTCGSCKVFF 580 590 600 610 620 450 460 470 480 490 500 pF1KB9 KRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGMNLEARKTKK--KIKGIQQA :::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::: :::.:: :.:::.. CCDS37 KRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRLQKCLQAGMNLGARKSKKLGKLKGIHEE 630 640 650 660 670 680 510 520 530 540 pF1KB9 TTGVSQETSENP-------GNKTIVPAT--------LPQL-------TPTLVSLLEVIEP .: : :. :.:: .::: ::. : .:: ::: CCDS37 QPQQQQPPPPPPPPQSPEEGTTYIAPAKEPSVNTALVPQLSTISRALTPSPVMVLENIEP 690 700 710 720 730 740 550 560 570 580 590 600 pF1KB9 EVLYAGYDSSVPDSTWRIMTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQYSWM :..::::::: ::.. ...::: :.:.:.: .:::::..:::.:: :.::.::.::::: CCDS37 EIVYAGYDSSKPDTAENLLSTLNRLAGKQMIQVVKWAKVLPGFKNLPLEDQITLIQYSWM 750 760 770 780 790 800 610 620 630 640 650 660 pF1KB9 FLMAFALGWRSYRQSSANLLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQVSYE : .:::.::::.......: :::::..::..: ::. :. : .: .. :::...: CCDS37 CLSSFALSWRSYKHTNSQFLYFAPDLVFNEEKMHQSAMYELCQGMHQISLQFVRLQLTFE 810 820 830 840 850 860 670 680 690 700 710 720 pF1KB9 EYLCMKTLLLLSSVPKDGLKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKL :: ::.:::::..:::::::: :.:.: .::::: : ..: .::.:.:::::::::: CCDS37 EYTIMKVLLLLSTIPKDGLKSQAAFEEMRTNYIKELRKMVTKCPNNSGQSWQRFYQLTKL 870 880 890 900 910 920 730 740 750 760 770 pF1KB9 LDSMHEVVENLLNYCFQTFLDK-TMSIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQK :::::..: .::..:: :: .. ....::: ::.:::..:.:: .:: : : ::.: CCDS37 LDSMHDLVSDLLEFCFYTFRESHALKVEFPAMLVEIISDQLPKVESGNAKPLYFHRK 930 940 950 960 970 980 >>CCDS59229.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 (339 aa) initn: 1252 init1: 840 opt: 975 Z-score: 944.3 bits: 184.3 E(32554): 2.8e-46 Smith-Waterman score: 1230; 53.4% identity (78.8% similar) in 339 aa overlap (449-777:1-339) 420 430 440 450 460 470 pF1KB9 KLCLVCSDEASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRY .:::::::::::::::.:::::::::::: CCDS59 MEGQHNYLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRL 10 20 30 480 490 500 510 520 pF1KB9 RKCLQAGMNLEARKTKK--KIKGIQQ-------ATTGVSQETSENPGNKTIVPATLPQLT ::: :::: : .:: :: :.. .. .:: .:.. :. :. :: CCDS59 RKCCQAGMVLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPVGVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLI 40 50 60 70 80 90 530 540 550 560 570 580 pF1KB9 PTLVSLLEVIEPEVLYAGYDSSVPDSTWRIMTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHL : :..:: :::.:.:::.:.. ::.. ..:.::.:: ::....:::.:..:::::::. CCDS59 PPLINLLMSIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQLGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHI 100 110 120 130 140 150 590 600 610 620 630 640 pF1KB9 DDQMTLLQYSWMFLMAFALGWRSYRQSSANLLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYV :::.::.::::: ::.:.::::::.. :...: ::::::.::::: .:. : : . CCDS59 DDQITLIQYSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAPDLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQI 160 170 180 190 200 210 650 660 670 680 690 700 pF1KB9 SSELHRLQVSYEEYLCMKTLLLLSSVPKDGLKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSS .:. .:::: ::.::::.::::...: .::.:: :.:.: .::.:: ::: :. . CCDS59 PQEFVKLQVSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQFEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVV 220 230 240 250 260 270 710 720 730 740 750 760 pF1KB9 QNWQRFYQLTKLLDSMHEVVENLLNYCFQTFLD-KTMSIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGN .. :::::::::::..:..:..: ::..::.. ...:.:::::..:.:. :.:: : CCDS59 SSSQRFYQLTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRALSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGM 280 290 300 310 320 330 770 pF1KB9 IKKLLFHQK .: ::::.: CCDS59 VKPLLFHKK >>CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 (933 aa) initn: 1448 init1: 840 opt: 975 Z-score: 938.1 bits: 184.6 E(32554): 6.2e-46 Smith-Waterman score: 1471; 41.5% identity (66.6% similar) in 631 aa overlap (190-777:320-933) 160 170 180 190 200 210 pF1KB9 HSDVSSEQQHLKGQTGTNGGNVKLYTTDQSTFDILQDLEFSSGSPGKETNESPWRSDLLI : ..:.: ...:. : . .: ::. CCDS83 APGRSPLATTVMDFIHVPILPLNHALLAARTRQLLEDESYDGGA-GAASAFAPPRSS--- 290 300 310 320 330 340 220 230 240 250 260 270 pF1KB9 DENCLLS-PLA-GE--DDSFLLEGNSNEDCKPLILPDTKP---KIKDNGDLVLSSPSNVT : : :.: :. : .. ... ..: :: : .: :::.. . . .: CCDS83 --PCASSTPVAVGDFPDCAYPPDAEPKDDAYPLY-SDFQPPALKIKEEEEGAEAS----- 350 360 370 380 390 280 290 300 310 320 pF1KB9 LPQVKTEKEDFIELCTPGVIKQEKLGTV-----YCQASFPGANIIGNKMSAISVHGVSTS ... . .. .:... . :: : :: . .. :: ..:.: CCDS83 ---ARSPRSYLVAGANPAAFPDFPLGPPPPLPPRATPSRPGEAAVTAAPASASVSSASSS 400 410 420 430 440 450 330 340 350 360 370 pF1KB9 GGQMYHYDMNTASLSQQQD-------QKPIFN--VIP--PIPVGSENWNRCQGSGDDNLT :. . ... . :: . : . ..: .: : . :.. CCDS83 GSTLECILYKAEGAPPQQGPFAPPPCKAPGASGCLLPRDGLPSTSAS-AAAAGAAPALYP 460 470 480 490 500 510 380 390 400 410 420 pF1KB9 SLGTLNFP--GR--TVFSNGYSS--PS----MRPDVSSPPSSSSTATTGPPPKLCLVCSD .:: ..: : .:...: . : .::: : .: . . . : :.::.:.: CCDS83 ALGLNGLPQLGYQAAVLKEGLPQVYPPYLNYLRPD-SEASQSPQYSFESLPQKICLICGD 520 530 540 550 560 570 430 440 450 460 470 480 pF1KB9 EASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGM ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::: ::: :::: CCDS83 EASGCHYGVLTCGSCKVFFKRAMEGQHNYLCAGRNDCIVDKIRRKNCPACRLRKCCQAGM 580 590 600 610 620 630 490 500 510 520 530 pF1KB9 NLEARKTKK--KIKGIQQ-------ATTGVSQETSENPGNKTIVPATLPQLTPTLVSLLE : .:: :: :.. .. .:: .:.. :. :. :: : :..:: CCDS83 VLGGRKFKKFNKVRVVRALDAVALPQPVGVPNESQALSQRFTFSPGQDIQLIPPLINLLM 640 650 660 670 680 690 540 550 560 570 580 590 pF1KB9 VIEPEVLYAGYDSSVPDSTWRIMTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQ :::.:.:::.:.. ::.. ..:.::.:: ::....:::.:..:::::::.:::.::.: CCDS83 SIEPDVIYAGHDNTKPDTSSSLLTSLNQLGERQLLSVVKWSKSLPGFRNLHIDDQITLIQ 700 710 720 730 740 750 600 610 620 630 640 650 pF1KB9 YSWMFLMAFALGWRSYRQSSANLLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQ :::: ::.:.::::::.. :...: ::::::.::::: .:. : : . .:. .:: CCDS83 YSWMSLMVFGLGWRSYKHVSGQMLYFAPDLILNEQRMKESSFYSLCLTMWQIPQEFVKLQ 760 770 780 790 800 810 660 670 680 690 700 710 pF1KB9 VSYEEYLCMKTLLLLSSVPKDGLKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQ :: ::.::::.::::...: .::.:: :.:.: .::.:: ::: :. . .. ::::: CCDS83 VSQEEFLCMKVLLLLNTIPLEGLRSQTQFEEMRSSYIRELIKAIGLRQKGVVSSSQRFYQ 820 830 840 850 860 870 720 730 740 750 760 770 pF1KB9 LTKLLDSMHEVVENLLNYCFQTFLD-KTMSIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQ ::::::..:..:..: ::..::.. ...:.:::::..:.:. :.:: : .: ::::. CCDS83 LTKLLDNLHDLVKQLHLYCLNTFIQSRALSVEFPEMMSEVIAAQLPKILAGMVKPLLFHK 880 890 900 910 920 930 pF1KB9 K : CCDS83 K >>CCDS54811.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 (867 aa) initn: 1342 init1: 652 opt: 773 Z-score: 744.3 bits: 148.7 E(32554): 3.9e-35 Smith-Waterman score: 1180; 34.9% identity (55.9% similar) in 783 aa overlap (6-777:248-867) 10 20 30 pF1KB9 MDSKESLTPGREENPSSVLAQERGDVMDFYKTLRG : .:.. : .: :.. ... . .. . CCDS54 ASFGSFPVHSPITQGTPLTCSPNVENRGSRSHSPAHASNVGSPLSSPLSSMKSSISSPPS 220 230 240 250 260 270 40 50 60 70 80 90 pF1KB9 GATVKVSASSPSLAVASQSDSKQRRLLVDFPKGSVSNAQQPDLSKAVSLSMGLYMGETET .:: .:::. .. .: :. .. . :::. .. . ...: . .: . CCDS54 HCSVKSPVSSPNNVTLRSSVSSPAN--INNSRCSVSSPSNTNNRSTLSSPAASTVGSICS 280 290 300 310 320 330 100 110 120 130 140 150 pF1KB9 KVMGNDLGFPQQGQISLSSGETDLKLLEESIANLNRSTSVPENPKSSASTAVSAAPTEKE : .: ... .: :.: . :. . : :.. ...:. : CCDS54 PV-NNAFSYTASGT---SAGSSTLRDVVPS----------PDTQEKGAQ--------EVP 340 350 360 370 160 170 180 190 200 210 pF1KB9 FPKTHSDVSSEQQHLKGQTGTNGGNVKLYTTDQSTFDILQDLEFSSGSPGKETNESPWRS ::::. :. .. . :: :. : . : :::. : ..: : CCDS54 FPKTEEVESAISNGVTGQL-----NIVQYIKPEP------DGAFSSSCLG---GNSKINS 380 390 400 410 220 230 240 250 260 270 pF1KB9 DLLIDENCLLSPLAGEDDSFLLEGNS---NEDCKPLILPD-TKPKIKDNGDLVLSSPSNV : . . :. :. . :.: : .:. . : . .. :. : : :.. CCDS54 D-----SSFSVPIKQESTKHSCSGTSFKGNPTVNPFPFMDGSYFSFMDDKDYY--SLSGI 420 430 440 450 460 470 280 290 300 310 320 330 pF1KB9 TLPQVKTEKEDFIELCTPGVIKQEKL-GTVYCQASFPGANIIGNKMSAISVHGVSTSGGQ : : . : :::: :. : .::.:.. :.: .:::: CCDS54 LGPPVPGFDGNCEGSGFPVGIKQEPDDGSYYPEASIPSSAIVG-----------VNSGGQ 480 490 500 510 520 340 350 360 370 380 pF1KB9 MYHYDMN---TASLSQQ-QDQK-PIFNVIPPIPVGSENWNRCQGSGDDNLTSLGTLNFPG .:: .. : :::.. .::. .. .::. . :.: .. :: :.: . ..: CCDS54 SFHYRIGAQGTISLSRSARDQSFQHLSSFPPVNTLVESW---KSHGD--LSSRRSDGYPV 530 540 550 560 570 390 400 410 420 430 440 pF1KB9 RTVFSNGYSSPSMRPDVSSPPSSSSTATTGPPPKLCLVCSDEASGCHYGVLTCGSCKVFF . .. :: ..: : ::... : :.::::.::::::::::.::::::::: CCDS54 LEYIPENVSSSTLR--------SVSTGSSRPS-KICLVCGDEASGCHYGVVTCGSCKVFF 580 590 600 610 620 450 460 470 480 490 500 pF1KB9 KRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGMNLEARKTKKKIKGIQQATT :::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::: : CCDS54 KRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRLQKCLQAGMNL----------G------ 630 640 650 660 670 510 520 530 540 550 560 pF1KB9 GVSQETSENPGNKTIVPATLPQLTPTLVSLLEVIEPEVLYAGYDSSVPDSTWRIMTTLNM CCDS54 ------------------------------------------------------------ 570 580 590 600 610 620 pF1KB9 LGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMFLMAFALGWRSYRQSSANLLCFAP ::.:: :.::.::.::::: : .:::.::::.......: ::: CCDS54 -----------------GFKNLPLEDQITLIQYSWMCLSSFALSWRSYKHTNSQFLYFAP 680 690 700 710 630 640 650 660 670 680 pF1KB9 DLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQVSYEEYLCMKTLLLLSSVPKDGLKSQEL ::..::..: ::. :. : .: .. :::...::: ::.:::::..:::::::: CCDS54 DLVFNEEKMHQSAMYELCQGMHQISLQFVRLQLTFEEYTIMKVLLLLSTIPKDGLKSQAA 720 730 740 750 760 770 690 700 710 720 730 740 pF1KB9 FDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEVVENLLNYCFQTFLDK-T :.:.: .::::: : ..: .::.:.:::::::::::::::..: .::..:: :: .. . CCDS54 FEEMRTNYIKELRKMVTKCPNNSGQSWQRFYQLTKLLDSMHDLVSDLLEFCFYTFRESHA 780 790 800 810 820 830 750 760 770 pF1KB9 MSIEFPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQK ...::: ::.:::..:.:: .:: : : ::.: CCDS54 LKVEFPAMLVEIISDQLPKVESGNAKPLYFHRK 840 850 860 >>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (470 aa) initn: 572 init1: 341 opt: 643 Z-score: 623.1 bits: 125.3 E(32554): 2.2e-28 Smith-Waterman score: 643; 29.8% identity (58.0% similar) in 476 aa overlap (297-753:9-466) 270 280 290 300 310 320 pF1KB9 SPSNVTLPQVKTEKEDFIELCTPGVIKQEKLGTVYCQ-ASFPGANIIGNKMSAISVHGVS ::.: . : :.:. . .:: . : : CCDS58 MWRECDWGLGAVKSDLACVPSAKRLLCRMSNKDRHIDS 10 20 30 330 340 350 360 370 380 pF1KB9 TSGGQMYHYDMNTASLSQQQDQKPIFNVIPPIPVGSENWNRCQGS---GDDNLTSLGTLN . .. . . :::... ... : :: . . .: : .: . : CCDS58 SCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHS--------PGGSSDASGSYSSTMNGHQNGLDSPPL- 40 50 60 70 80 390 400 410 420 430 pF1KB9 FPGRTVFSNGYSSP--SMRPDVSS-----PPSSSSTATTGPPPKLCLVCSDEASGCHYGV .:. .. : :.: .. : :: : .. .. : .:::::.: ::: :::: CCDS58 YPSAPIL--GGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGV 90 100 110 120 130 140 440 450 460 470 480 490 pF1KB9 LTCGSCKVFFKRAVEGQHNYLCAGRNDCIIDKIRRKNCPACRYRKCLQAGMNLEARKTKK .: .::.::::...:. .: : . :.: : : :::.: :::. :::..:: :. . . CCDS58 ASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDR 150 160 170 180 190 200 500 510 520 530 540 550 pF1KB9 KIKGIQQATTGVSQETSENPGNKTIVPATLPQL--TPT---LVSLLEVIEPEVLYAGYDS : :. .. :.: . . . :: : : :. .:: : : ::: .:: : CCDS58 VRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQPAKKPLLWSDPADNKIVSHLLVAEPEKIYAMPDP 210 220 230 240 250 260 560 570 580 590 600 610 pF1KB9 SVPDSTWRIMTTLNMLGGRQVIAAVKWAKAIPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMFLMAFALGW .:::: . .::: :. :.... . ::: :::: .: : :::.::: .:: .. ... . CCDS58 TVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVY 270 280 290 300 310 320 620 630 640 650 660 670 pF1KB9 RSYRQSSANLLCFAPDLIINEQRMTLPCMYDQCKHMLYVSSELHRLQVSYEEYLCMKTLL :: : . : .: : :..:.. : . : . .: . .. . ... ::.. .:.. CCDS58 RSL--SFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIA 330 340 350 360 370 380 680 690 700 710 720 pF1KB9 LLSSVPKDGLKSQELFDEIRMTYIKELGKAIVKRE-GNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEVV : .: :... ... .. . : .:. : :. .. .: .. : .... CCDS58 LANS---DSMHIEDVEAVQKLQDV--LHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTS 390 400 410 420 430 440 730 740 750 760 770 pF1KB9 ENLLNYCFQTFLDKTMSIE--FPEMLAEIITNQIPKYSNGNIKKLLFHQK . ... .. :. . .. : ::: CCDS58 TKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV 450 460 470 777 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 23:46:22 2016 done: Fri Nov 4 23:46:23 2016 Total Scan time: 3.060 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]